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基于超声和临床特征决策树模型预测乳腺癌分子亚型

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肿瘤影像学 2022年第3期31卷 249-257页

作者：施维夏威黄敏常才王宇游小慧顾华芸董智芬郭建锋中国科学院苏州生物医学工程技术研究所医学影像技术研究室江苏苏州215163 南京医科大学附属苏州医院苏州市立医院超声科江苏苏州215001 复旦大学附属肿瘤医院超声科上海200032

目的:建立不同亚型浸润性乳腺癌的超声决策树预测模型,并分析模型的临床价值。方法:回顾并分析420例经病理学检查证实的浸润性乳腺癌患者,其中管腔A(Luminal A,LA)型患者137例、管腔B(Luminal B,LB)型患者157例、人表皮生长因子受体2过... 详细信息

目的:建立不同亚型浸润性乳腺癌的超声决策树预测模型,并分析模型的临床价值。方法:回顾并分析420例经病理学检查证实的浸润性乳腺癌患者,其中管腔A(Luminal A,LA)型患者137例、管腔B(Luminal B,LB)型患者157例、人表皮生长因子受体2过表达(human epidermal growth factor receptor 2 over-expression,HER2+)型患者61例和三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)型患者65例。使用方差分析和Fisher精确概率检验统计分析患者的超声特征和临床特征,将差异有统计学意义的特征纳入决策树模型以预测乳腺癌分子亚型。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线的曲线下面积(areaundercurve,AUC)评价模型的预测效果。结果:对于4种乳腺癌分子亚型,找到7种差异有统计学意义(P分子亚型。

关键词：乳腺癌分子亚型超声决策树

肿瘤圆度——MRI形态学特征的量化指标在乳腺良恶性肿瘤及不同分子亚型乳腺癌中的应用研究

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临床放射学杂志 2018年第8期37卷 1289-1293页

作者：江森洪又佳李仰康汕头大学医学院附属肿瘤医院放射科广东汕头515041 汕头大学医学院附属肿瘤医院超声科广东汕头515041

目的通过肿瘤圆度量化分析乳腺良恶性肿瘤及不同分子亚型乳腺癌的MRI形态学特征。方法回顾性分析2015年3月至2016年12月行乳腺MRI检查的213例患者资料,测量肿块的肿瘤圆度,比较良恶性肿瘤间肿瘤圆度的差异,并用多元线性回归分析肿瘤圆... 详细信息

目的通过肿瘤圆度量化分析乳腺良恶性肿瘤及不同分子亚型乳腺癌的MRI形态学特征。方法回顾性分析2015年3月至2016年12月行乳腺MRI检查的213例患者资料,测量肿块的肿瘤圆度,比较良恶性肿瘤间肿瘤圆度的差异,并用多元线性回归分析肿瘤圆度的独立影响因素。区分不同分子亚型乳腺癌的肿瘤圆度,通过one-way ANOVA分析比较不同分子亚型乳腺癌及与良性肿瘤间肿瘤圆度的差异。结果 213例患者,通过病理结果确诊乳腺癌150例,乳腺良性肿瘤63例。乳腺癌中Luminal A型43例（28.7%）,Luminal B型69例（46%）,HER2过表达型16例（10.7%）,三阴性乳腺癌（TNBC）22例（14.6%）。良恶性肿瘤间肿瘤圆度的差异有统计学意义（良性75.9%,恶性56.5%,P〈0.001）。肿块大小、分子分型是肿瘤圆度的独立影响因素。不同分子亚型乳腺癌及乳腺良性肿瘤间肿瘤圆度差异显著,良性肿瘤与TNBC组肿瘤圆度明显高于其他三组,而良性肿瘤与TNBC间肿瘤圆度差异无统计学意义（肿瘤圆度平均值良性肿瘤75.91%、TNBC 70.52%,HER2过表达型59.71%,Luminal A型54.68%、Luminal B型52.44%）。结论肿瘤圆度可作为MRI形态学特征的量化指标,TNBC形态学上更倾向于圆形,与良性肿瘤的MRI表现有重叠性。

关键词：乳腺癌分子亚型三阴性乳腺癌磁共振成像

乳腺癌X线征象与ER、PR、HER-2、Ki-67表达及分子亚型的相关性

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西部医学 2022年第7期34卷 1083-1088页

作者：廖雪芮许国辉任静周鹏徐忠孜梁旭曹英四川省肿瘤医院放射影像诊治中心四川成都610041

目的探讨乳腺癌X线征象与雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子受体2(HER-2)、增殖细胞核抗原(Ki-67)及分子亚型的相关性。方法回顾性分析2020年9月~2021年1月我院收治的经病理证实的226例乳腺癌患者的影像及病理资料,采用... 详细信息

目的探讨乳腺癌X线征象与雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子受体2(HER-2)、增殖细胞核抗原(Ki-67)及分子亚型的相关性。方法回顾性分析2020年9月~2021年1月我院收治的经病理证实的226例乳腺癌患者的影像及病理资料,采用2检验或Fisher确切概率法检验,分析乳腺癌X线征象与ER、PR、HER-2、Ki-67表达及分子亚型的关系。结果肿块征、分叶征HER-2多为阴性(P=0.01、P=0.04);钙化征HER-2多为阴性、Ki-67多>14%(均P14%(P14%(P=0.03、P=0.02)。肿块伴或不伴钙化、结构扭曲HER-2阴性多见,单纯钙化HER-2过表达相对多见,肿块伴或不伴钙化、单纯钙化、结构扭曲均是Ki-67>14%多见(均P分子亚型提供相关信息。

关键词：乳腺癌 X线征象雌激素受体孕激素受体人表皮生长因子受体2 增殖细胞核抗原分子亚型

基于多组学识别复杂核型软组织肉瘤的分子亚型及特征研究

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基于多组学识别复杂核型软组织肉瘤的分子亚型及特征研究

作者：高露西南交通大学

学位级别：硕士

目的:软组织肉瘤是一种分类繁多、复杂多变的间充质来源的罕见恶性肿瘤。按照是否具有特殊的遗传改变,其可分为单一核型和复杂核型软组织肉瘤。相对于后者,前者更容易找到能够适用于诊断和治疗的有效分子标志物（如胃肠间质瘤）。而复... 详细信息

目的:软组织肉瘤是一种分类繁多、复杂多变的间充质来源的罕见恶性肿瘤。按照是否具有特殊的遗传改变,其可分为单一核型和复杂核型软组织肉瘤。相对于后者,前者更容易找到能够适用于诊断和治疗的有效分子标志物（如胃肠间质瘤）。而复杂核型软组织肉瘤因其组织亚型分类复杂、异质性高、侵袭性强、缺乏特殊遗传变异的特点,对其的诊断和治疗仍然是当今临床实践的难点与挑战。随着高通量测序技术的发展,使得复杂核型软组织肉瘤的分子表达模式更加清晰展现出来。已有研究表明不同组织亚型之间具有相似的表达模式,而同一组织亚型内却表现出不同的特点。因此,本研究旨在通过挖掘复杂核型软组织肉瘤多组学数据（基因组、转录组和表观基因组学）的内在相似性,识别分子亚型,寻找分子亚型特异的关键分子或通路,并建立分子亚型预测模型,为分子标志物的选择或发病机制的研究提供参考。方法:（1）从TCGA数据库中下载复杂核型软组织肉瘤的多组学数据（RNAseq、miRNAseq、Methylation和CNV）及临床特征数据,经数据预处理后,通过相似性网络融合分析整合四种组学数据,采用谱聚类分析识别分子亚型,并探究分子亚型与临床因素的关系;（2）基于新划分的分子亚型,结合多种生物信息分析方法识别亚型特异的分子或通路。首先以加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴别与分子亚型显著相关的基因模块,从中筛选hub基因,并通过生存分析和log-rank检验分析hub基因表达水平对总体生存时间的影响。基于模块基因,从中筛选亚型特异的差异表达基因,并以此进行路径富集分析。其次,以ESTIMATE程序包和CIBERSORTx工具评估每一样本肿瘤微环境免疫浸润水平及免疫细胞构成,以期寻找免疫相关亚型。紧接着,利用QDMR工具识别分子亚型特异的差异甲基化区域,并分析差异甲基化区域对应基因的甲基化水平对基因表达的影响程度,结合抑癌基因库筛选亚型特异的抑癌基因。最后,Gistic2软件鉴别重复拷贝数变异区域,并分析hub基因表达水平与拷贝数变异的相关性。（3）采用LASSO和Boruta两种方法筛选与反应变量（分子亚型）相关的分子特征,以筛选出的分子特征集分别建立回归模型和支持向量机分类模型以预测分子亚型,并以准确率和宏F1值为指标评估模型性能。结果:（1）最终获得5类组织亚型,共240例复杂核型软组织肉瘤相关数据,包括57例去分化脂肪肉瘤、24例黏液纤维肉瘤、9例恶性周围神经鞘瘤、101例平滑肌肉瘤（74软组织平滑肌肉瘤和27例子宫平滑肌肉瘤）以及49例未分化多形性肉瘤。经无监督聚类分析将所有样本划分为5类分子亚型,以C1～C5表示。C2均由平滑肌肉瘤组成（15例子宫平滑肌肉瘤和50例软组织平滑肌肉瘤）。C3主要由去分化脂肪肉瘤（25）、黏液纤维肉瘤（14）及未分化多形性肉瘤（17）组成。生存分析表明C2和C3生存时间优于C1和C4。（2）WGCNA划分了 7个基因模块（以颜色表示）,其中蓝色模块和红色模块分别与C2（r=0.9）和C3（r=0.76）显著相关,并从中筛选出21个蓝色和5个红色hub基因。蓝色hub基因中FSCN1、PGD、ASB2、MYH11、MRVI1和PGM5基因表达量显著影响总体生存时间,而红色hub基因均不影响。C2差异上调基因显著富集扩张性心肌病、血管平滑肌收缩、cGMP-PKG等与肌肉收缩相关的信号通路;C3差异上调基因显著富集于ABC转运、干细胞多能性调节、人类乳头瘤病毒感染、PI3K-AKT等信号通路。与其他亚型相比,C5具有最高的免疫评分（P＜0.0001）和免疫检查点相关基因（PD-1和PD-L1）高表达,其免疫微环境中调节性T细胞、CD8 T细胞、残留的记忆CD4 T细胞和单核细胞构成比例更高,而浆细胞、初始B细胞及记忆B细胞浸润比例更低。按照中位免疫评分组,高免疫评分组总体生存时间优于低免疫组（P=0.026）。C2和C4具有较多的差异甲基化区域,分别为508和179。LOC728264、CMTM7、THY1、CRYAB等10个基因表达水平与甲基化水平呈负相关关系（P＜0.05）。THY1是为人熟知的肿瘤抑制基因,且其对应甲基化位点（探针cg13524082）在C2中呈高甲基化状态。从总体来看,37.1%的样本染色体12q15发生扩增,而72.5%和50.8%的样本发生13q14.2和17p13.1缺失。而在C2中,仅有1.5%（1/65）出现 12q15 扩增。CPM、MDM2、SYNM、AKAP1、ABCA9 及 CRYAB基因表达水平与拷贝数变异程度有关。（3）基于Boruta的支持向量机模型预测准确率（0.842）和宏F1值（0.832）高于LASSO回归模型（0.821和0.793）,但前者在特征选择阶段花费时间更多（4.96 min）,所用特征数目（96）同样高于后者（79）。结论:240例复杂核型软组织肉瘤被划分为5种分子亚型。C2均为平滑肌肉瘤,且预后

关键词：多组学相似性网络融合分子亚型分类模型

M2型丙酮酸激酶、自噬相关基因2B蛋白与乳腺浸润性导管癌分子亚型的关系

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中国临床医生杂志 2023年第5期51卷 541-544页

作者：石代伟姚宝忠李良合肥市第二人民医院甲乳外科安徽合肥230000

目的探究M2型丙酮酸激酶(pyruvate kinase M2,PKM2)、自噬相关基因2B(autophagy related gene 2B,ATG2B)蛋白与乳腺浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC)分子亚型及临床病理特征的关系。方法选择2018年9月至2019年12月合肥市第二人民医院收治的IDC患者63例为研究对象,采用免疫组织化学法检测患者癌组织及癌旁组织PKM2、ATG2B表达,分析癌组织PKM2、ATG2B表达与临床病理特征及分子亚型的关系;所有患者均随访3年,根据其生存情况分为死亡组及生存组,分析癌组织PKM2、ATG2B表达、临床病理特征及分子亚型对患者预后的影响。结果IDC癌组织PKM2蛋白阳性表达率高于癌旁组织,ATG2B蛋白阳性表达率低于癌旁组织(P分子亚型有关,且PKM2蛋白阳性是影响IDC患者预后的危险因素。

关键词：乳腺浸润性导管癌分子亚型自噬相关基因2B M2型丙酮酸激酶

乳腺癌患者3.0T动态增强MRI乳腺背景实质强化程度与其分子亚型及EGFR表达的关系

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检验医学与临床 2023年第23期20卷 3433-3437页

作者：杨志宏曹杰罗巧云刘浩茹钟美花杨春静江西省九江市第一人民医院影像科江西九江332000 江西省九江市第一人民医院病理科江西九江332000

目的探究乳腺癌患者3.0T动态增强核磁共振成像(MRI)乳腺背景实质强化(BPE)程度与其分子亚型及表皮生长因子受体(EGFR)表达的关系。方法回顾性分析2020年1月至2022年10月该院收治的乳腺癌患者102例的相关临床资料,收集所有研究对象的3.0... 详细信息

目的探究乳腺癌患者3.0T动态增强核磁共振成像(MRI)乳腺背景实质强化(BPE)程度与其分子亚型及表皮生长因子受体(EGFR)表达的关系。方法回顾性分析2020年1月至2022年10月该院收治的乳腺癌患者102例的相关临床资料,收集所有研究对象的3.0T动态增强MRI报告中乳腺BPE程度;根据乳腺BPE程度的不同将上述研究对象分为轻度强化组(40例)、中度强化组(34例)、重度强化组(28例)。采用多因素Logistic回归分析乳腺癌强化程度的影响因素。结果Luminal A型乳腺癌患病率为轻度强化组中度强化组,轻度强化组>重度强化组,Her-2过表达型乳腺癌患病率轻度强化组>重度强化组,差异均有统计学意义(P重度强化组,差异有统计学意义(P分子亚型及EGFR表达存在一定的关联,重度强化提示Luminal A型或B型乳腺癌的概率较高,且EGFR多呈阴性,存在一定的借鉴价值。

关键词：乳腺癌动态增强核磁共振成像乳腺背景实质强化程度分子亚型表皮生长因子受体

3.0T动态增强MRI乳腺背景实质强化程度与乳腺癌分子亚型及临床特征的相关性

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医疗装备 2023年第23期36卷 53-55页

作者：曹杰罗巧云刘浩茹杨志宏钟美花杨春静江西省九江市第一人民医院江西九江332000

目的分析3.0T动态增强MRI乳腺背景实质强化(BPE)程度与乳腺癌分子亚型及临床特征的相关性。方法回顾性分析2018年1月至2022年12月于医院行乳腺3.0T动态增强MRI检查的64例患者资料,分析3.0T动态增强MRI检查BPE特征与乳腺癌分子亚型及临... 详细信息

目的分析3.0T动态增强MRI乳腺背景实质强化(BPE)程度与乳腺癌分子亚型及临床特征的相关性。方法回顾性分析2018年1月至2022年12月于医院行乳腺3.0T动态增强MRI检查的64例患者资料,分析3.0T动态增强MRI检查BPE特征与乳腺癌分子亚型及临床特征的相关性。结果BPE等级与乳腺癌分子亚型间无明显相关性,BPE等级与雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子受体2(HER-2)、细胞增殖抗原标记物Ki-67指数也无明显相关性(P>0.05);BPE等级与患者年龄、体质量指数(BMI)、月经状态有明显相关性(P分子亚型及ER、PR、HER-2、Ki-67指数无明显相关性,临床无法将BPE等级作为预测患者乳腺癌分子亚型及免疫组化报告的依据,但BPE等级与患者年龄、BMI、月经状态有明显相关性。

关键词： 3.0T动态增强MRI 乳腺癌乳腺背景实质强化分子亚型

磁共振弛豫时间定量成像预测乳腺浸润性导管癌分子亚型的价值

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天津医药 2024年

作者：朱刚明董永德朱瑞婷谭源满陶娟刘晓陈德成杨概东莞东华医院放射科

目的对磁共振弛豫时间定量成像预测乳腺浸润性导管癌(IDC)分子亚型的价值进行初步研究。方法对79例IDC患者行MRI常规扫描及弛豫时间定量成像，根据病灶免疫组化结果分为不同的免疫组化指标组、分子亚型组，比较各组病灶MRI征象、T1值... 详细信息

目的对磁共振弛豫时间定量成像预测乳腺浸润性导管癌(IDC)分子亚型的价值进行初步研究。方法对79例IDC患者行MRI常规扫描及弛豫时间定量成像，根据病灶免疫组化结果分为不同的免疫组化指标组、分子亚型组，比较各组病灶MRI征象、T1值、T2值差异，并采用受检者工作特征(ROC)曲线评价单独使用T1、T2值及二者联用对IDC分子亚型的鉴别诊断价值。结果 79例患者共82个病灶中，Luminal A型16个(19.51%)、Luminal B1型11个(13.41%)、Luminal B2型27个(32.93%)、酪氨酸激酶受体-2过度表达型(Erb-B2 enriched)14个(17.07%)、三阴型(TNBC)14个(17.07%)。各分子亚型患者年龄、病灶分布、最大径、形态、边缘、强化表现差异均无统计学意义(P>0.05)。免疫组化指标中仅Ki-67阳性组T1值高于阴性组(P分子亚型间T1、T2值差异均无统计学意义(P>0.05)，而Luminal型病灶T1、T2值均低于TNBC型(P<0.05)。ROC曲线分析显示，联合T1、T2值鉴别Luminal型/TNBC型的效能优于单独使用T1、T2值。结论 T1mapping可作为预测IDC肿瘤Ki-67高低表达程度的方法之一，联合使用T1、T2值可提高预测Luminal型/TNBC型的效能。

关键词：乳腺肿瘤癌,导管,乳腺磁共振成像弛豫时间定量成像分子亚型

实时荧光定量PCR确定儿童和青少年髓母细胞瘤分子亚型的准确性分析

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中华神经外科杂志 2016年第9期32卷 867-872页

作者：张晶李春德刘丕楠李朋李仕维张顺赵赤赵赋首都医科大学北京市神经外科研究所100050 首都医科大学附属北京天坛医院神经外科

目的探讨实时荧光定量PCR方法（RT-qPCR）诊断儿童和青少年髓母细胞瘤分子亚型的可靠性。方法回顾性纳入首都医科大学附属北京天坛医院神经外科2011年1月至2015年12月经病理学确诊为髓母细胞瘤的患者30例。采用RT—qPCR方法对肿瘤的冰... 详细信息

目的探讨实时荧光定量PCR方法（RT-qPCR）诊断儿童和青少年髓母细胞瘤分子亚型的可靠性。方法回顾性纳入首都医科大学附属北京天坛医院神经外科2011年1月至2015年12月经病理学确诊为髓母细胞瘤的患者30例。采用RT—qPCR方法对肿瘤的冰冻样本进行检测，选取11个分子亚型特征性标记基因（OTX2、FOXG1B、MYC、DKK1、WFJ、DKK2、MYCN、SFRPl、HHIP、OTX1、NPR3），依据基因表达水平差异进行无监督聚类分析和微列阵预测分析，并绘制热图和重心图；结合表达谱芯片和免疫组化方法进行验证，采用单因素方差分析分子亚型间标记基因表达值的差异，分析分子亚型临床因素分布的差异。结果采用RT—qPCR方法可将30例髓母细胞瘤患者分成4个分子亚型，其中SHH亚型17例，WNT亚型4例，Group3亚型4例，Group4亚型5例，分型结果与免疫组织化学染色结果和无监督聚类分析结果完全一致；在各个亚型间，11个特征性标记基因的表达差异均有统计学意义（P〈0．01或P〈0．05），其中SFRP1、MYCN、NPR3及MYC是区别亚型的关键基因；SHH亚型和WNT亚型在性别分布上（男：女分别为4．7：1．0和1：3）、诊断年龄上（≤3岁：3～16岁分别为1．0：4．7和3：1），差异均有统计学意义（均P=0．022）。结论RT-qPCR方法能准确确定儿童和青少年髓母细胞瘤的4个分子亚型。

关键词：髓母细胞瘤分子亚型儿童青少年聚合酶链反应免疫组织化学