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醛酮化合物色谱保留指数的集成全息定量构效关系模型

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色谱 2021年第3期39卷 331-337页

作者：雷斌臧芸蕾薛志伟葛懿擎李伟翟倩焦龙西安石油大学化学化工学院陕西西安710065 核工业二〇三研究所陕西咸阳712000 庆安集团有限公司陕西西安710077

色谱保留指数(retention index,RI)是色谱分析中的重要参数,不同化合物在不同极性固定相上具有不同的保留行为。醛酮化合物种类众多,实验测定其RI值的时间和经济成本高。该论文采用集成建模(ensemble modeling)结合全息定量构效关系(HQS... 详细信息

色谱保留指数(retention index,RI)是色谱分析中的重要参数,不同化合物在不同极性固定相上具有不同的保留行为。醛酮化合物种类众多,实验测定其RI值的时间和经济成本高。该论文采用集成建模(ensemble modeling)结合全息定量构效关系(HQSAR)方法研究了醛酮化合物在2种固定相(DB-210和HP-Inno w ax)上色谱保留指数的定量构效关系(QSAR)模型。用外部测试集验证法和留一交叉验证法评估了所建立模型的预测能力。首先建立了34种被研究化合物的个体HQSAR模型。在固定相DB-210上,片段特性(FD)为"供体/受体原子(DA)"且片段尺寸(FS)为1~9时可得到最优个体模型,在固定相HP-Innow ax上,FD为"DA"且FS为4~7时可得到最优个体模型,这两个模型的交叉验证相关系数(qcv2)分别为0.935和0.909,外部验证相关系数(qext2)分别为0.925和0.927,一致性相关系数(CCC)分别为0.953和0.960,预测平方相关系数F2 (QF22)分别为0.922和0.918,预测平方相关系数F3(QF32)分别为0.931和0.927。研究结果表明醛酮化合物的分子结构与RI值之间存在定量关系,用HQSAR方法可以建立二者之间的QSAR模型。其次,以4个预测准确度最高的个体HQSAR模型作为子模型通过算术平均建立了集成HQSAR模型。建立的集成HQSAR模型预测被研究化合物在DB-210和HPInno wax固定相上RI值的qcv2分别为0.927和0.919,qext2分别为0.929和0.963,CCC分别为0.956和0.979,Q2F2分别为0.927和0.958,Q2F3分别为0.935和0.963。与个体HQSAR模型相比,建立的集成HQSAR模型预测准确度更高。这说明集成建模是提高HQSAR模型预测能力的有效方法,HQSAR与集成建模方法相结合可以用于研究和预测醛酮化合物的RI值。

关键词：集成建模全息定量构效关系醛酮化合物色谱保留指数

三苯胺类染料敏化太阳能电池能量转化效率的全息定量构效关系研究

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化学通报 2022年第10期85卷 1243-1248,1254,I0001页

作者：焦龙尹丽娜钟汉斌马羚李睿王芹西安石油大学化学化工学院西安710065 西安石油大学石油工程学院西安710065 陕西理工大学化学与环境科学学院汉中723000

研究构建了三苯胺类化合物分子结构与相应染料敏化太阳能电池能量转化效率(PCE)之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当fragment distinction、fragment size、hologram length和principal components分别为“C、DA”、“4-7”、“199... 详细信息

研究构建了三苯胺类化合物分子结构与相应染料敏化太阳能电池能量转化效率(PCE)之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当fragment distinction、fragment size、hologram length和principal components分别为“C、DA”、“4-7”、“199”和“6”时,可以获得最优HQSAR模型。采用外部测试集验证和留一交叉验证对所建立模型进行检验,外部测试集验证中CCC和Q_(F3)^(2)分别为0.933和0.892,留一交叉验证中q_(cv)^(2)和r^(2)分别为0.791和0.902,表明所建立模型具有较好的拟合效果和预测能力。通过所建立HQSAR模型的分子贡献图可知,环戊并二噻吩基团的存在有利于提高PCE值,长烷基链的存在可能降低PCE值。

关键词：染料敏化太阳能电池全息定量构效关系三苯胺能量转化效率

芳胺类染料敏化太阳能电池填充因子的全息定量构效关系研究

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化学研究与应用 2022年第6期34卷 1394-1403页

作者：翟倩马羚闫春华屈乐陈刚焦龙西安石油大学化学化工学院陕西西安710065 陕西省非常规油气勘探开发协同创新中心陕西西安710065

根据对65种芳胺类染料的研究,建立了染料敏化太阳能电池填充因子(FF)的全息定量构效关系(HQSAR)模型。模型参数fragment distinction、fragment size和holograms length分别选择为“A,B,C,H,DA”、“4~7”和“307”时可建立最佳HQSAR模... 详细信息

根据对65种芳胺类染料的研究,建立了染料敏化太阳能电池填充因子(FF)的全息定量构效关系(HQSAR)模型。模型参数fragment distinction、fragment size和holograms length分别选择为“A,B,C,H,DA”、“4~7”和“307”时可建立最佳HQSAR模型。采用外部测试集验证和留一交叉验证两种方法对所建立模型进行了验证,外部测试集验证中的RMSRE和RMSEP分别为6.09和0.04,留一交叉验证中的RMSRE和RMSECV分别为2.73和0.02。两种验证结果表明建立的HQSAR模型预测能力良好。此外,通过所得HQSAR模型的分子贡献图可知,芳胺环上长烷基链和咔唑基团的存在会使FF值有降低的趋势。

关键词：全息定量构效关系染料敏化太阳能电池填充因子芳胺类染料

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有机氟化合物急性毒性全息定量构效关系

上海应用技术学院学报（自然科学版） 2015年第3期15卷 212-220,241页

作者：李媛媚周彦伊王志开振鹏上海应用技术学院化学与环境工程学院上海201418

运用分子全息定量构效关系（HQsAR）方法研究有机氟化合物对大鼠和小鼠的急性毒性．选择对小鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、化学键类型、氢原子、氢键给体和受体时，得到最佳模型（r^2=0．978，q^2=0．82... 详细信息

运用分子全息定量构效关系（HQsAR）方法研究有机氟化合物对大鼠和小鼠的急性毒性．选择对小鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、化学键类型、氢原子、氢键给体和受体时，得到最佳模型（r^2=0．978，q^2=0．821）．选择对大鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、连接性、氢原子和手性时，得到最佳模型（r^2=0．908，q^2=0．605）．研究结果表明，所建模型具有良好的拟合效果和较高的预测能力．

关键词：有机氟化合物全息定量构效关系毒性预测

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硅烷偶联剂折光率的全息定量构效关系研究

浙江化工 2023年第3期54卷 47-54页

作者：吕璐瑶胡祖彪王清臣魏艳闫春华焦龙西安石油大学化学化工学院陕西西安710065 中国石油川庆钻探工程有限公司长庆钻井总公司陕西西安710016

建立了85个硅烷偶联剂折光率的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当设置参数fragment distinction为“A、B、C、H、DA”、fragment size为“4~7”、holograms length为“151”时可建立最优HQSAR模型。采用外部测试集验证和留一交叉验证两... 详细信息

建立了85个硅烷偶联剂折光率的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当设置参数fragment distinction为“A、B、C、H、DA”、fragment size为“4~7”、holograms length为“151”时可建立最优HQSAR模型。采用外部测试集验证和留一交叉验证两种方法评估了模型的预测能力和稳健性。外部测试集验证的RMSRE、RMSEP、Q2F3、CCC分别为0.916、0.013、0.924、0.936,留一交叉验证的RMSRE、RMSECV、q2cv和R2分别为1.364、0.020、0.659和0.829。验证结果表明建立的HQSAR模型稳健可靠,可用于预测硅烷偶联剂的折光率。此外,通过所得HQSAR模型的分子贡献图可知,硅烷偶联剂中苯基和氧原子上长链烷基的存在会提高折光率。

关键词：硅烷偶联剂全息定量构效关系折光率分子贡献图

具有除草活性的大环内酯类衍生物的定量构效关系

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物理化学学报 2010年第4期26卷 1065-1074页

作者：段红霞王瑞刚张建军董燕红梁晓梅吴景平王道全中国农业大学应用化学系农业部农药化学与应用技术重点开放实验室北京100193

研究了一系列结构新颖的具有除草活性的大环内酯衍生物的定量构效关系(QSAR). 构建的比较分子力场分析(CoMFA)、比较分子近似指数分析(CoMSIA)和全息定量构效关系(HQSAR)分子模型的交叉验证系数 rc2v均大于 0.5, 非交叉验证系数 r2 都超... 详细信息

研究了一系列结构新颖的具有除草活性的大环内酯衍生物的定量构效关系(QSAR). 构建的比较分子力场分析(CoMFA)、比较分子近似指数分析(CoMSIA)和全息定量构效关系(HQSAR)分子模型的交叉验证系数 rc2v均大于 0.5, 非交叉验证系数 r2 都超过 0.8, 表明获取的 QSAR 模型具有可信的预测能力. 对 CoMFA、CoMSIA模型的三维(3D)等势图分析, 发现除了立体场和静电场外, 疏水场和氢键受体场也是影响大环内酯类化合物除草活性的重要因素. 构建的 HQSAR 模型的原子贡献图提示的结构改造信息与三维 QSAR 的结果基本一致. 利用 CoMFA、CoMSIA 模型提供的信息, 对目前已合成的活性最高化合物 B1-3 进行分子结构改造, 预测结果发现部分化合物可能具有更好的除草活性.

关键词：比较分子力场分析比较分子近似指数分析全息定量构效关系大环内酯除草活性

非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂的定量构效关系及分子对接研究

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非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂的定量构效关系及分子对接研究

作者：王洋陕西科技大学

学位级别：硕士

获得性免疫缺陷综合症(AIDS)是一种致命疾病且由人类免疫缺陷病毒(HIV)而引起的。HIV可分为I型(HIV-1)和II型(HIV-2),两者之间存在一定的免疫交叉反应。据报道HIV-1是人类最容易传播和感染的病毒之一,所以绝大多数艾滋病都是由HIV-1而... 详细信息

获得性免疫缺陷综合症(AIDS)是一种致命疾病且由人类免疫缺陷病毒(HIV)而引起的。HIV可分为I型(HIV-1)和II型(HIV-2),两者之间存在一定的免疫交叉反应。据报道HIV-1是人类最容易传播和感染的病毒之一,所以绝大多数艾滋病都是由HIV-1而引起的。逆转录酶(RT)在HIV-1的复制循环中起着关键性的作用。因而,HIV-1逆转录酶一直以来都是抗艾滋病药物发展中主要的生物靶点。本文以易位体比较分子场(Topomer CoMFA)为主要的三维定量构效关系(3D-QSAR)研究方法,分别对S-烷氧苄基嘧啶二酮(S-DABO)类衍生物、硫代氨基甲酸酯(TCS)衍生物、二芳基嘧啶(DAPY)类衍生物、1,3-噻唑烷-4-酮衍生物和二芳基三嗪(DATA)类衍生物5个NNRTI体系进行细致研究。主要工作如下:1.采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对21个6-(1-萘甲基)取代S-DABO类化合物进行3D-QSAR研究,建立了3D-QSAR模型,所得的主要参数分别为N=3,q=0.659,r=0.917,F=44.418,SEE=0.222,q=0.45,r=0.22。结果表明,所建模型较优。采用Topomer Search在ZINC分子数据库中进行R基团的虚拟筛选,设计了8个活性优于模板分子的新化合物。借助Surflex-dock分子对接研究了新化合物与HIV-1逆转录酶作用模式与机制。结果显示,新化合物与HIV-1逆转录酶的LYS101、LYS103、TYR318位点作用显著。2.硫代氨基甲酸酯(TCS)被确认为一种新的非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂。本文研究了TCS类抑制剂的3D-QSAR。采用R基团搜索技术的Topomer CoMFA方法。实验一对111个硫代氨基甲酸酯衍生物分子进行了三维定量构效关系分析,得到3D-QSAR模型的q为0.616,r为0.751;实验二对前60个分子进行同样的分析,得到q为0.777,r为0.913。两次实验结果表明所建立的模型在统计上都有较好的稳定性和预测能力,但相比之下,实验二更有利于抗艾滋病药物的设计。3.二芳基嘧啶类(DAPY)化合物是重要的非核苷类逆转录酶抑制剂。本文研究了DAPY类抑制剂的(3D-QSAR)及其结合模式。采用Topomer CoMFA方法对24个训练集化合物进行了3D-QSAR模型的建立,并利用8个测试集化合物验证了模型的外部预测能力,该模型的r、q、Q 分别为0.979,0.597和0.756。采用Topomer Search在ZINC分子数据库中进行R基团的虚拟筛选。最后,成功设计了30种新分子,其活性高于所有训练集和测试集抑制剂。结果显示,所建模型较好。Topomer Search技术可以有效地用于筛选和设计新化合物,并具有良好的预测能力来指导新的抗HIV药物的设计。最后借助Surflex-dock分子对接技术研究了数据集化合物及新化合物与HIV-1逆转录酶作用模式与机制。本研究显示了DAPY衍生物与HIV活性部位中的MET230、TRP229、PHE227、TYR318、TYR183、PRO95、GLY99、ILE100、TYR188、VAL106、TYR181、GLY190、GLU138、VAL179、THR139、ASN103和LYS101残基之间存在有利的相互作用。这些结果为有效的HIV-1逆转录酶新抑制剂的设计提供了有用的见解。4.采用Topomer CoMFA方法对20种HIV-1逆转录酶(RT)抑制剂进行三维定量结构活性关系(3D-QSAR)研究。基于不同的切割方式建立模型,得到该模型的r、q、Q 分别为0.920、0.575、0.701,结果显示,所建模型较好。Topomer Search用于从ZINC数据库中搜索R基团。结果,获得了一系列具有相对高活性贡献的R基团。以6号分子为模板进行过滤,得到3个R和15个R基团。最后,设计了45种新化合物,并使用Topomer CoMFA模型来预测生物活性。同时,Topomer Search可以有效地进行筛查,并可以指导新的HIV/AIDS药物的设计。最后借助Surflex-dock分子对接技术研究了新设计化合物与HIV-1逆转录酶作用模式与机制。该研究表明,1,3-噻唑烷-4-酮抑制剂与HIV-1 RT活性部位的HIS84、ASP145、LYS33和LEU83残基之间存在有利的相互作用。这些结果为有效的新型RT抑制剂的设计提供了有用的见解。5.采用全息定量构效关系(HQSAR)和Topomer CoMFA两种方法对28种二芳基三嗪类衍生物进行了定量构效关系研究。所得两个模型的r、q分别为0.972、0.749和0.951、0.610,结果显示,所建模型较好。接着用两个模型的等

关键词：定量构效关系 HIV-1逆转录酶分子对接全息定量构效关系

苯并咪唑类缓蚀剂的HQSAR研究及分子设计

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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物理化学学报 2013年第6期29卷 1192-1200页

作者：孙磉礅米思奇游靖余吉良胡松青刘新泳胜利油田采油工艺研究院山东东营257000 中国石油大学(华东)理学院山东青岛266580 华北油田采油工程研究院河北任丘062500 山东大学药学院济南250012

采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,构建苯并咪唑衍生物在酸性环境中的缓蚀性能与结构之间的定量构效关系模型,研究不同碎片区分参数及碎片大小对模型质量的影响,寻找最优HQSAR模型,并对其稳定性及预测能力进行评价.结果显示:选取碎... 详细信息

采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,构建苯并咪唑衍生物在酸性环境中的缓蚀性能与结构之间的定量构效关系模型,研究不同碎片区分参数及碎片大小对模型质量的影响,寻找最优HQSAR模型,并对其稳定性及预测能力进行评价.结果显示:选取碎片区分参数为原子类型(A)、化学键类型(B)、连接性(C)、氢原子(H)、手性(Ch)、氢键给体和受体(D&A),碎片大小为1-3建模时,得到的HQSAR模型(r2(非交叉验证系数)=0.996,q2(交叉验证系数)=0.960,SEcv(交叉验证标准误差)=3.709)具有良好的统计学稳定性及预测能力.根据最优HQSAR模型图设计出的38种苯并咪唑类化合物理论上均具有较好的缓蚀性能.本研究为油气田新型高效缓蚀剂研发提供可靠的理论依据.

关键词：苯并咪唑缓蚀剂全息定量构效关系分子设计

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类黄酮构效关系研究进展

华中农业大学学报 2015年第6期34卷 146-154页

作者：方雅静何梦影潘思轶徐晓云华中农业大学食品科技学院/环境食品学教育部重点实验室武汉430070 河南省农科院农副产品加工研究所郑州450002

类黄酮在植物中大量存在并具有多种生理活性。具有C6-C3-C6骨架结构的类黄酮结构特征鲜明,对其结构与不同生理活性的构效关系研究是筛选和利用类黄酮的重要依据。随着类黄酮构效关系的研究方法不断地深入发展,从最初的定性构效关系研究... 详细信息

类黄酮在植物中大量存在并具有多种生理活性。具有C6-C3-C6骨架结构的类黄酮结构特征鲜明,对其结构与不同生理活性的构效关系研究是筛选和利用类黄酮的重要依据。随着类黄酮构效关系的研究方法不断地深入发展,从最初的定性构效关系研究,逐渐发展到依次出现的二维、三维和全息定量构效关系研究,极大地提高了对类黄酮活性研究的效率。本文从研究方法的角度,对近年来的类黄酮构效关系研究进展进行了综述。

关键词：类黄酮二维定量构效关系三维定量构效关系全息定量构效关系