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浙江省1998-2009年H3N2亚型流感流行株基因组全序列分析

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中华流行病学杂志 2010年第12期31卷 1368-1373页

作者：赵斐斐卢亦愚冯燕徐昌平茅海燕周敏莫世华宁波大学医学院 315211 浙江省疾病预防控制中心

目的从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近... 详细信息

目的从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近十余年间使用的疫苗株序列进行比较.结果 H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00% 其他6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1（氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%）外,其他蛋白的氨基酸变异均＜3.00% 在H3N2亚型流感存在较大范围流行的年份,除HA和NA基因外,流感病毒其他6个内部基因也会发生不同程度的变异.此外,在以往一些年份中,WHO推荐的H3N2流感病毒疫苗株与浙江省同期流行株之间,在许多基因上存在着滞后现象.结论在加强对H3N2亚型流感毒株表面HA与NA基因监测的同时,也应注意到其他内部基因的变异,为新一轮流感流行株的出现提供重要的预警信息.

关键词：流感病毒 H3N2亚型全序列

游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列测定及分析

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微生物学报 2008年第10期48卷 1295-1300页

作者：杨勇覃重军中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所上海200032

【目的】获得游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列,并揭示新型的端粒复制蛋白和可能的中间复制位点。【方法】用分段克隆的方法和序列拼接获得pPR2的全序列,利用软件分析端粒DNA的二级结构和可能的端粒复制蛋白,利用链霉菌原生质体转化的方... 详细信息

【目的】获得游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列,并揭示新型的端粒复制蛋白和可能的中间复制位点。【方法】用分段克隆的方法和序列拼接获得pPR2的全序列,利用软件分析端粒DNA的二级结构和可能的端粒复制蛋白,利用链霉菌原生质体转化的方法检测可能的中间复制的位点。【结果】pPR2全长为15520bp,(G+C)含量为68.1%。其端粒末端反向重复序列的长度为329bp,不能像多数链霉菌的线型质粒那样能形成保守的"折返"的二级结构。pPR2虽然没有参与链霉菌端粒复制的保守的tap/tpg基因,但是pPR2.3c基因编码了一个双结构域蛋白,分别同链霉菌的端粒复制相关蛋白Tap和嗜血杆菌的解旋酶具有相似性。pPR2缺少典型的链霉菌重复序列-复制基因(iteron-rep)区段,将几乎覆盖全长pPR2的两段DNA进行克隆后,不能转化变铅青链霉菌。此外,pPR2基因还编码可能参与线型DNA复制的调控的单链结合蛋白(SSB)和与放线菌质粒接合转移相关的主要蛋白(Tra)。【结论】pPR2是链霉菌之外的放线菌中最小的线型质粒,其序列在游动双孢菌属的线型质粒中是首次报道。pPR2可能具有新型的端粒复制的机制,其中pPR2.2c和pPR2.3c编码可能的端粒复制蛋白。

关键词：游动双孢菌线型质粒全序列端粒复制

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小鼠成釉蛋白基因cDNA全序列的克隆

中华口腔医学杂志 2002年第4期37卷 278-280页

作者：顾淑萍史俊南刘晗郝建军汪平费俭第四军医大学口腔医学院口腔内科西安710032 上海中国科学院细胞生物学研究所基因工程组

目的　筛选与小鼠牙胚发育相关的特异基因。方法　利用随机引物、反转录酶合成特异和非特异探针 ,采用差异显示方法筛选小鼠牙胚cDNA文库 ,挑选阳性克隆并测序。结果　得到 6个阳性克隆 ,经测序证实其中 1个克隆序列与大鼠成釉蛋白序列... 详细信息

目的　筛选与小鼠牙胚发育相关的特异基因。方法　利用随机引物、反转录酶合成特异和非特异探针 ,采用差异显示方法筛选小鼠牙胚cDNA文库 ,挑选阳性克隆并测序。结果　得到 6个阳性克隆 ,经测序证实其中 1个克隆序列与大鼠成釉蛋白序列高度同源 :其中用pTriplEX 3′引物测得的 5 2 6个碱基序列与大鼠成釉蛋白基因 5′端的 32 5 80序列有 4 97个碱基一致 ,5′引物测得的 5 6 7个碱基序列与大鼠成釉蛋白基因 3′端的 12 85 185 4序列有 5 33个碱基一致。结论　筛选到小鼠釉基质特异蛋白———成釉蛋白基因的cDNA全序列。

关键词：小鼠成釉蛋白基因 cDNA 全序列克隆

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中国南瓜曲叶病毒DNAA的克隆及其全序列

微生物学报 2001年第1期41卷 31-34页

作者：殷勤燕杨怀义王寰宇蔡健和秦碧霞田波中国科学院微生物研究所北京100080 广西农科院植保所

:对引起我国南瓜曲叶病的病毒分离物DNA的克隆和序列分析表明 ,中国南瓜曲叶病毒DNAA由 2 741个核苷酸组成 ,共编码 6个开放阅读框 (ORF) ,其中病毒链有 2个ORF :AV1 (2 56aa)和AV2 (1 40aa) ,AV1为外壳蛋白基因 ;病毒链的互补链有 4个O... 详细信息

:对引起我国南瓜曲叶病的病毒分离物DNA的克隆和序列分析表明 ,中国南瓜曲叶病毒DNAA由 2 741个核苷酸组成 ,共编码 6个开放阅读框 (ORF) ,其中病毒链有 2个ORF :AV1 (2 56aa)和AV2 (1 40aa) ,AV1为外壳蛋白基因 ;病毒链的互补链有 4个ORF ,AC1 (2 4 3aa)编码复制酶基因 ,AC2 (1 34aa)编码反式激活蛋白 ,AC3(1 36aa)和AC4(1 72aa) ,该病毒属于旧世界Begomoviruses,是一个粉虱传播的联体病毒。

关键词：联体病毒南瓜曲叶病毒基因组全序列

黄瓜绿斑驳花叶病毒基因组全序列分析及病害的田间调查

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植物保护学报 2016年第4期43卷 529-536页

作者：肖彩利郑红英吴晓花李国景燕飞陈剑平浙江师范大学化学与生命科学学院金华321004 浙江省农业科学院病毒学与生物技术研究所杭州310021 浙江省农业科学院蔬菜研究所杭州310021

为明确近年来在浙江省葫芦科作物上发生的黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）基因组特征及其发生分布情况,从浙江省及上海地区的甜瓜、西瓜和瓠瓜上采集疑似样品进行RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼... 详细信息

为明确近年来在浙江省葫芦科作物上发生的黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）基因组特征及其发生分布情况,从浙江省及上海地区的甜瓜、西瓜和瓠瓜上采集疑似样品进行RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得基因组全序列并进行系统进化分析,利用特异性引物扩增获得CGMMV外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列,制备CGMMV CP抗血清进行Western-blot和Dot-ELISA检测。结果显示,来自甜瓜、西瓜和瓠瓜的3个CGMMV分离物基因组全序列均具有烟草花叶病毒属典型基因组结构特征,全部由6 423 nt构成;3个全序列间的核苷酸同源性高达99.11%~99.67%,编码的CP氨基酸同源性为100%。系统进化分析发现,CGMMV不同分离物形成2个进化相关群体,3个浙江的CGMMV分离物均位于第I组内,与已报道的中国CGMMV分离物和韩国CGMMV分离物亲缘性较高。Western-blot检测表明CGMMV CP抗血清可以与感病植株中的病毒发生特异性反应,可用于CGMMV鉴定;Dot-ELISA检测发现CGMMV在浙江省和上海市的葫芦科作物上普遍存在。

关键词：黄瓜绿斑驳花叶病毒全序列系统进化分析原核表达抗血清制备

基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析

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水生生物学报 2013年第2期37卷 199-207页

作者：高天翔毕潇潇赵林林李创举中国海洋大学海洋生物多样性与进化研究所青岛266003 中国水产科学院长江水产研究所荆州434000

对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.000... 详细信息

对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005—0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系,而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离,再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率,推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析,中性检验结果均为负值且显著,核苷酸不配对分布呈单峰型,表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张,其扩张时间大约为12万年前。

关键词：松江鲈 Cytb基因全序列遗传结构群体扩张

三斑海马线粒体基因组核苷酸全序列结构与分析

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动物学杂志 2016年第3期51卷 413-422页

作者：张艳红刘帅帅王信王昌命林强中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广州510301 西南林业大学生命科学学院昆明650224 中国科学院大学北京100049

通过PCR扩增并测序获得了三斑海马（Hippocampus trimaculatus）线粒体DNA（mt DNA）全序列。三斑海马线粒体基因组全序列长度为16 534 bp（Gen Bank登录号为KJ956892）,编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个t RNA基因和2个r RNA基... 详细信息

通过PCR扩增并测序获得了三斑海马（Hippocampus trimaculatus）线粒体DNA（mt DNA）全序列。三斑海马线粒体基因组全序列长度为16 534 bp（Gen Bank登录号为KJ956892）,编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个t RNA基因和2个r RNA基因。非编码区域包括1个控制区（D-loop）及一个轻链复制起始区域。大部分基因由H-链编码,包括14个t RNA基因、2个r RNA基因、12个蛋白编码基因;只有ND6和8个t RNA基因是在L-链编码。预测的22个t RNA基因的二级结构均为典型的三叶草状。基因间隔一般1-14 bp不等。此外,还存在7处碱基重叠,其中,4处是鱼类和脊椎动物典型的基因重叠位点。总的碱基含量分别为,A 32.7%,C 23.4%,G 14.6%,T 29.3%,A＋T含量为62.0%。其线粒体基因组序列的结构与脊椎动物的典型结构近似。邻接法和贝叶斯法构建的三斑海马系统进化树的拓扑结构相似,这与现有的三斑海马的系统演化地位一致。本研究为海马的进化研究以及保护工作提供了基础数据。

关键词：线粒体基因组全序列系统进化三斑海马

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日本绒螯蟹ND2基因全序列测定与分析

水产学报 2005年第5期29卷 129-132页

作者：柳广东高天翔刘进贤渡边精一中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室东京水产大学水生生物系山东青岛266003 日本东京108-8477

Degenerate primers were designed according to the conserved sequences of NADH dehydrogenase subunit 2（ND2） gene in mitochondrial tRNAMet and tRNATrp gene respectively,and the complete sequence of the ND2 gene of Eriocheir japonica was *** results indicated that the length of ND2 gene of Eriocheir japonica was 1009 *** A,T,G,C contents of the gene were 28.54%（288 bp）,44.20%（446 bp）,8.23%（83 bp）,and 19.03%（192 bp） respectively;and the sequence was AT rich and *** start and stop codons were ATC and A *** homology analysis of nucleotide sequence showed that the similarities in ND2 gene between Eriocheir japonica and other crustacean were comparatively low,which suggested that ND2 gene could be effective molecular marker for further study on phylogeny of Eriocheir species.

关键词：日本绒螯蟹 ND2基因全序列

厚荚相思树根瘤菌HJ06菌株的16SrDNA全序列和nifA基因片段分析

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热带亚热带植物学报 2006年第1期14卷 19-24页

作者：吕成群黄宝灵庄培亮武波广西大学林学院南宁530005 广西大学生命科学与技术学院南宁530005

对厚荚相思(Acaciacrassicarpa)根瘤菌HJ06菌株的16SrDNA全序列和nifA基因片段进行了测定。结果表明,HJ06菌株在以16SrDNA序列构建的系统发育树状图中位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中,与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;从HJ06菌株克隆... 详细信息

对厚荚相思(Acaciacrassicarpa)根瘤菌HJ06菌株的16SrDNA全序列和nifA基因片段进行了测定。结果表明,HJ06菌株在以16SrDNA序列构建的系统发育树状图中位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中,与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;从HJ06菌株克隆出的585bpnifA基因片段与Klebsiellapneumoniae的同源性达到99.3%,与Klebsiellaoxytoca的NifF,NifL,NifA,NifB蛋白基因的同源性为97.8%。

关键词：厚荚相思根瘤菌 16S rDNA 全序列系统发育 nifA基因