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鸡Smad4基因克隆、生物信息学及组织表达分析

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中国畜牧兽医 2021年第10期48卷 3522-3532页

作者：黄正洋王钱保李春苗黄华云梁忠穆春宇黎寿丰赵振华中国农业科学院家禽研究所扬州225125 江苏省家禽遗传育种重点实验室扬州225125

试验旨在克隆鸡Smad4基因,并对其进行生物信息学和组织表达分析。以苏禽3号优质黄羽肉鸡为试验对象,使用RACE技术扩增并克隆了鸡Smad4基因全长序列,对其进行生物信息学分析,构建系统进化树,并利用实时荧光定量PCR检测了Smad4基因在鸡各... 详细信息

试验旨在克隆鸡Smad4基因,并对其进行生物信息学和组织表达分析。以苏禽3号优质黄羽肉鸡为试验对象,使用RACE技术扩增并克隆了鸡Smad4基因全长序列,对其进行生物信息学分析,构建系统进化树,并利用实时荧光定量PCR检测了Smad4基因在鸡各组织中的表达情况。结果显示,鸡Smad4基因全长序列包含17 bp的5′UTR、1842 bp的开放阅读框和466 bp的3′UTR,有11个外显子和10个内含子,mRNA序列全长2325 bp,可编码613个氨基酸。系统进化树显示,鸡Smad4与其他鸟类聚为一类。生物信息学分析显示,Smad4蛋白分子质量为65.43 ku,理论等电点为10.04,为亲水蛋白;含有2个保守结构域:MH1和MH2;二级结构由α-螺旋(18.11%)、延伸链(17.29%)和无规则卷曲(64.60%)组成。组织表达分析表明,Smad4基因在鸡的心脏、肝脏、空肠、卵巢中均有较高表达,而在胸肌中不表达。本试验成功获得了鸡Smad4基因全长序列,并初步研究了其组织表达规律,为进一步研究Smad4基因在鸡繁殖活动中的分子机制提供了理论依据。

关键词：鸡 Smad4基因克隆表达分析

家蚕质型多角体病毒(苏州株)基因组片段8 cDNA克隆与分析

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科技通报 2010年第6期26卷 837-843页

作者：张晓荣孟祥坤朱越雄贡成良薛仁宇曹广力苏州大学医学部江苏苏州215123

为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:S8由1 328 bp构成,具... 详细信息

为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:S8由1 328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域,具有E-丰富和P-丰富的区域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域。Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构。推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能。基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小。

关键词：家蚕质型多角体病毒 RT-PCR 克隆生物信息学

发菜组氨酸激酶基因NfHK2的克隆及其在干旱胁迫下的差异表达

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分子植物育种 2021年第17期19卷 5678-5687页

作者：张筝任随缘王猛李晓旭王玲霞梁文裕宁夏大学生命科学学院银川750021

由HK基因编码的组氨酸激酶是双组分信号系统的重要组成部分。为了研究发菜NfHK2基因的分子信息及其对干旱胁迫的响应,对NfHK2基因进行了克隆、序列分析以及原核表达,并分析了该基因在干旱胁迫下的差异表达。结果表明,NfHK2基因全长1467 ... 详细信息

由HK基因编码的组氨酸激酶是双组分信号系统的重要组成部分。为了研究发菜NfHK2基因的分子信息及其对干旱胁迫的响应,对NfHK2基因进行了克隆、序列分析以及原核表达,并分析了该基因在干旱胁迫下的差异表达。结果表明,NfHK2基因全长1467 bp,NfHK2氨基酸序列中疏水性最强的是位于139的Leu,亲水性最强的是229位的Lys,共有49个磷酸化位点,由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲构成不对称的三维结构。发菜NfHK2蛋白定位于细胞质中,与筒孢藻(Cylindrospermum sp.NIES-4074)(BAZ29775.1)HK亲缘关系较近。NfHK2包含一个保守功能域His KA。将NfHK2基因转入大肠杆菌中,获得了54.2 kD的外源组氨酸激酶。随着发菜干旱胁迫程度加重,NfHK2基因的表达量逐渐升高。结果为深入挖掘发菜NfHK2的功能以及其对于干旱胁迫的调控机理提供了参考。

关键词：发菜组氨酸激酶克隆差异表达干旱胁迫

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鲤鱼NOD1基因克隆与组织特异性表达分析

济南大学学报（自然科学版） 2012年第3期26卷 260-265页

作者：黄建勋安利国袁金铎张福淼杨桂文山东省动物抗性生物学重点实验室山东济南250014 山东师范大学生命科学学院山东济南250014

利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1... 详细信息

利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1在头肾和血液中表达最高,在肌肉、皮肤和性腺中表达量最少;鳗弧菌(V.anguillarum)刺激后NOD1基因在肝脏、脾脏、头肾和前肠中表达量都有明显上升。研究结果显示NOD1在鲤鱼应对鳗弧菌刺激天然免疫过程中可能发挥着重要作用。

关键词：鲤鱼 NOD1 克隆开放性阅读框

昆明犬IGF-1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织表达研究

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中国畜牧兽医 2020年第6期47卷 1659-1667页

作者：韦云芳李飞翔马卫国徐陶李居东陈方良万九生陈超公安部昆明警犬基地昆明650204 警犬技术公安部重点实验室昆明650204 云南农业大学动物科学技术学院昆明650201

试验旨在系统研究昆明犬胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因的结构和功能,揭示该基因的组织表达规律,为探讨工作犬体型及生长发育性状提供基本数据。以昆明犬为试验材料,运用分子克隆技术扩增IGF-1基因CDS区,... 详细信息

试验旨在系统研究昆明犬胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因的结构和功能,揭示该基因的组织表达规律,为探讨工作犬体型及生长发育性状提供基本数据。以昆明犬为试验材料,运用分子克隆技术扩增IGF-1基因CDS区,应用生物信息学方法进行序列同源性比对并构建系统进化树;获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、亲疏水性和磷酸化位点,利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测蛋白二级结构并构建蛋白质三级结构模型;同时利用实时荧光定量方法检测该基因在昆明犬各组织的表达情况。结果显示,昆明犬IGF-1基因CDS区长462 bp,编码153个氨基酸,其核苷酸序列与家犬的同源性较高(100%),与小鼠和鸡的同源性较低(82.6%和81.2%)。IGF-1蛋白分子质量和理论等电点分别为16.97 ku和9.36,属亲水性分泌型蛋白,无跨膜结构,存在信号肽区域(第1-48位氨基酸);亚细胞定位分析表明,IGF-1蛋白主要分布于细胞核(56.5%)及线粒体(17.4%)中;磷酸化位点分析发现,IGF-1蛋白存在15个磷酸化位点;该蛋白的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。组织表达显示,IGF-1基因在昆明犬不同组织中均有表达,尤其在脾脏、肝脏及肾脏中呈现高表达。本试验结果为今后深入研究IGF-1基因功能提供了理论参考,并为深入探讨IGF-1基因对昆明犬生长发育性状研究提供一定的基础资料。

关键词：昆明犬 IGF-1基因克隆组织表达生物信息学分析

梭鱼脂肪酸合成酶基因部分片段的克隆和表达分析

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江苏农业科学 2017年第23期45卷 49-54页

作者：杨文平王爱民於叶兵刘飞吕林兰吕富盐城工学院海洋与生物工程学院/江苏省沿海池塘养殖生态重点实验室/江苏省沿海养殖鱼类饲料工程技术研究中心江苏盐城224051 南京农业大学动物科技学院/江苏省动物源食品生产与安全保障重点实验室江苏南京210095

分离、克隆梭鱼脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,简称FAS)基因的部分c DNA片段(Gen Bank登录号为KJ848474),共920 bp,编码303个氨基酸,序列分析表明梭鱼FAS基因与其他物种的同源性为74%~95%,其中与军曹鱼、斑马拟丽鱼相似性达95%。FA... 详细信息

分离、克隆梭鱼脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,简称FAS)基因的部分c DNA片段(Gen Bank登录号为KJ848474),共920 bp,编码303个氨基酸,序列分析表明梭鱼FAS基因与其他物种的同源性为74%~95%,其中与军曹鱼、斑马拟丽鱼相似性达95%。FAS基因mRNA在梭鱼鱼皮、肌肉、肝脏、心脏、脾脏、肾脏、胃、肠、腹腔脂肪、脑和鳃组织中表达丰度差异显著(P0.05)。

关键词：梭鱼脂肪水平脂肪酸合成酶克隆基因表达分析活性同源性系统进化树

桃果实PpTIFY10b基因的克隆与表达分析

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北方园艺 2020年第22期 23-30页

作者：殷亚蕊武军凯王海静宋立琴肖啸张立彬河北科技师范学院园艺科技学院河北秦皇岛066600

采用同源克隆方法从‘京红’桃及其晚熟芽变果实中克隆出PpTIFY10b基因,初步分析了该基因的理化性质,并利用荧光定量PCR(RT-PCR)分析了该基因在‘京红’桃以及其突变体中的表达情况,以期揭示桃果实成熟机制提供基本数据支持。结果表明:... 详细信息

采用同源克隆方法从‘京红’桃及其晚熟芽变果实中克隆出PpTIFY10b基因,初步分析了该基因的理化性质,并利用荧光定量PCR(RT-PCR)分析了该基因在‘京红’桃以及其突变体中的表达情况,以期揭示桃果实成熟机制提供基本数据支持。结果表明:该基因开放阅读框为639 bp,编码213个氨基酸,等电点为9.04,为以丝氨酸为主的亲水性不稳定蛋白。同源性比对和结构分析表明,该基因与其它植物TIFY10b蛋白具有较高的相似性,其中与梅的一致性最高,均含有1个TIFY功能结构域和1个CCT基序。荧光定量PCR结果表明,该基因在桃及其晚熟芽变果实的生理成熟期表达量最高,但二者的表达规律有显著差异,即晚熟芽变在S1、S4时期的基因表达量上调,且明显高于‘京红’,表明PpTIFY10b基因参与了果实成熟调控。该研究为了解桃果实成熟期调控机制提供了新颖的理论数据。

关键词：桃 PpTIFY10b基因克隆组织表达

北极狐及乌苏里貉抑制素α亚基基因克隆及生物信息学分析

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中国畜牧兽医 2017年第12期44卷 3391-3400页

作者：张宇飞李晓霞王士勇曹新燕刁云飞杨镒峰陈秀敏赵伟刚赵蒙魏海军许保增中国农业科学院特产研究所长春130112 中国农业科学院特种经济动物分子生物学重点实验室长春130112

试验旨在克隆北极狐及乌苏里貉抑制素α(inhibinα,INHα)亚基基因并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中犬科INHα预测mRNA序列(登录号:XM_545660.5)设计1对引物,用RT-PCR技术从北极狐及乌苏里貉的卵巢组织中扩增出INHα亚基基因,... 详细信息

试验旨在克隆北极狐及乌苏里貉抑制素α(inhibinα,INHα)亚基基因并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中犬科INHα预测mRNA序列(登录号:XM_545660.5)设计1对引物,用RT-PCR技术从北极狐及乌苏里貉的卵巢组织中扩增出INHα亚基基因,同时将其插入到克隆载体中,进行测序及生物信息学分析。测序结果表明,北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因CDS序列全长为1 107bp,编码369个氨基酸。北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因与犬的同源性最高,分别为97.9%与97.6%。系统进化树分析表明,北极狐及乌苏里貉与犬亲缘关系较近,同时也说明INHα亚基基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。对INHα亚基蛋白的高级结构预测发现,由于半胱氨酸间形成的二硫键导致其采用"蝴蝶形"或"开放手"构型,其中α-螺旋形成分子的"手腕"结构,β-折叠形成分子的"手指"结构。本研究成功克隆了北极狐及乌苏里貉的INHα亚基基因,同时进行了系统的生物信息学分析,为今后研究抑制素在卵母细胞-颗粒细胞同步发育过程中的生物学功能奠定了基础。

关键词：北极狐乌苏里貉抑制素a(INHa)亚基基因克隆生物信息学分析

油桐丙二酰单酰CoA:ACP转酰基酶的克隆与序列分析

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经济林研究 2014年第4期32卷 1-7页

作者：刘美兰谭晓风龙洪旭王哲刘璐王僳僳中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室湖南长沙410004 泰安市林业局山东泰安271000 咸安区林业局林业调查规划设计院湖北咸宁437000

为了深入了解油桐丙二酰单酰辅酶A酰基载体蛋白转酰基酶(Malonyl Co A:ACP transacylase,MCAT)在油脂合成代谢过程中的作用,利用RT-PCR技术克隆获得了油桐MCAT基因序列,且命名为Vf MCAT,并利用相关生物软件对该基因序列及其相应蛋白质... 详细信息

为了深入了解油桐丙二酰单酰辅酶A酰基载体蛋白转酰基酶(Malonyl Co A:ACP transacylase,MCAT)在油脂合成代谢过程中的作用,利用RT-PCR技术克隆获得了油桐MCAT基因序列,且命名为Vf MCAT,并利用相关生物软件对该基因序列及其相应蛋白质进行了生物信息学分析。结果表明:Vf MCAT的CDS长为1 179 bp,编码392个氨基酸;该蛋白与蓖麻和亚麻的MCAT同源性均达85%,存在"GXSXG"和"GQGXQ"两个高度保守的motif,在系统进化关系上,其与蓖麻和亚麻的亲缘关系最为接近;分析其氨基酸序列后发现,Vf MCAT的分子量约为41.67 KDa,理论等电点p I为8.43,是一个含有一个跨膜结构域的可溶性稳定蛋白;对其二级和三级结构的预测结果表明,该蛋白主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,且最有可能在线粒体中发挥其主要作用,文中由此推测,Vf MCAT在叶绿体中参与了油桐脂肪酸合成代谢。

关键词：油桐丙二酰单酰CoA:ACP转酰基酶 MCAT 克隆生物信息学分析