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假单胞菌属植物病原菌DNA条形码检测技术研究

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假单胞菌属植物病原菌DNA条形码检测技术研究

作者：卢松玉南京农业大学

学位级别：硕士

假单胞菌属(Pseudomonas)是一类分布较为广泛且种类较多的细菌。该属下既有存在于植物叶片上的无害共生菌,也有侵染植物的植物病原细菌。假单胞菌属分类体系庞大而复杂,且随着分类鉴定技术的发展该属下细菌分类情况又会出现变动,这些均... 详细信息

假单胞菌属(Pseudomonas)是一类分布较为广泛且种类较多的细菌。该属下既有存在于植物叶片上的无害共生菌,也有侵染植物的植物病原细菌。假单胞菌属分类体系庞大而复杂,且随着分类鉴定技术的发展该属下细菌分类情况又会出现变动,这些均为该属细菌的快速准确检测鉴定带来了难度。同时,在我国检疫性有害生物名录中隶属于假单胞菌属的植物病原细菌就有六种,且均是以致病变种水平进行区分,因此探究如何快速高效的对假单胞菌属、种及致病变种进行检测鉴定有着非常重要的意义。DNA条形码技术作为一种将分子生物学同生物信息学有机结合的检测技术,为假单胞菌属细菌快速准确检测鉴定提供了思路。为筛选DNA条形码技术应用时所需的DNA条形码基因,我们特选取了假单胞菌属分类鉴定研究中常用的八个基因:16S rRNA、rpoD、gyrB、cpn60、gltA、gapA、cts和pgi对从各菌种库购买或使用实验室分离得到并准确鉴定后的共107株假单胞菌进行扩增测序,并对各基因所得序列进行扩增率、测序成功率计算,NJ进化树分析,种内种间遗传距离分析,Wilcoxon秩和检验分析以及Barcoding gap计算等比较评价这八个基因对假单胞菌的区分能力。结果表明rpoD和gapA基因均能有效将大多数假单胞菌致病变种进行鉴别,同时本研究还根据这两个基因的区分能力初步建立了利用DNA条形码技术快速准确实现假单胞菌属非特异性鉴定的有效方法。植物病原性假单胞菌除了六类检疫性致病变种需要重点关注外,还有一些其他的致病变种由于为农业生产带来巨大损失而同样需要格外关注,黄瓜细菌性角斑病菌***便属于后者。黄瓜细菌性角斑病菌是一类侵染黄瓜的植物病原细菌,其引发的病害在我国多地区普遍发生,带来严重的损失。对于该病害的快速检测,虽然可以通过DNA条形码技术来实现,但是当检测中确定该病菌为目标菌时,使用特异性的检测方法则会更加的高效准确。数字PCR作为一种新兴的定量PCR技术,目前在医学检测、基因检测中得到较为广泛的运用,在植物病原细菌的特异性检测方面也拥有着巨大前景。本实验为探究数字PCR对***特异性检测的可行性与适用性,特使用该病原细菌特异性引物探针结合数字PCR进行特异性检测和灵敏度检测。结果表明,使用数字PCR技术可以特异性的检测***并且可以检测浓度大于2.4×10-4 ng/μl的阳性DNA模板。这都说明利用数字PCR技术可以有效地、高灵敏度地对黄瓜细菌性角斑病菌P syringae ***进行特异性检测。

关键词：假单胞菌属植物病原细菌检测鉴定 DNA条形码数字PCR

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非铜绿假单胞菌属败血症——附61例报告

中华内科杂志 1996年第5期35卷 330-331页

作者：余鑫之黄家麟安徽医科大学第一附属医院

非铜绿假单胞菌属败血症——附６１例报告余鑫之黄家麟近几年，非铜绿假单胞菌属的严重感染成为临床病原治疗上的一个难题，已引起人们的重视。为了提高对本病的认识，现将我院１９８８年１月至１９９５年６月间，经血细菌培养阳性证实... 详细信息

非铜绿假单胞菌属败血症——附６１例报告余鑫之黄家麟近几年，非铜绿假单胞菌属的严重感染成为临床病原治疗上的一个难题，已引起人们的重视。为了提高对本病的认识，现将我院１９８８年１月至１９９５年６月间，经血细菌培养阳性证实的非铜绿假单胞菌属败血症６１例报告...

关键词：败血症非铜绿假单胞菌属病例报告

宁波沿海陆源排污口假单胞菌属(Pseudomonas)分布特点

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海洋与湖沼 2013年第4期44卷 926-930页

作者：陈丽萍侯付景张迪骏何伟娜周君张春丹童茜茜王中华李太武苏秀榕宁波大学海洋学院宁波315211 宁波绿之健药业有限公司宁波315505 宁波城市职业技术学院宁波315100

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明,宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属。在检出的假单胞菌... 详细信息

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明,宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属。在检出的假单胞菌属中,维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)的含量相对较多,分别占56.72%、13.904%;排污口中假单胞菌属的数量存在季节性差异,3月份、5月份假单胞菌的数量相对较多,8月份和10月份较少,推测与季节性温度变化有关;假单胞菌属的含量与排污口的主要污染物有关,氨氮含量较高的排污口假单胞菌属的含量更高。

关键词：假单胞菌属 454焦磷酸测序陆源排污口聚类分析

口腔综合治疗台水路系统中假单胞菌属污染状况的检测

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南京医科大学学报（自然科学版） 2017年第4期37卷 452-457页

作者：周如玉平逸帆张元时玉洁王娟张光东南京医科大学口腔疾病研究江苏省重点实验室南京医科大学附属口腔医院牙体牙髓科江苏南京210029

目的:采用细菌培养技术与Miseq测序技术检测牙科综合治疗台水路系统(dental unit waterlines,DUWLs)中的假单胞菌属,以综合评估假单胞菌属在DUWLs中的污染情况。方法:选择南京医科大学附属口腔医院25台口腔综合治疗台作为研究对象。在... 详细信息

目的:采用细菌培养技术与Miseq测序技术检测牙科综合治疗台水路系统(dental unit waterlines,DUWLs)中的假单胞菌属,以综合评估假单胞菌属在DUWLs中的污染情况。方法:选择南京医科大学附属口腔医院25台口腔综合治疗台作为研究对象。在医院开诊前收集三用枪水样400 mL,平均分为2份,一份用于细菌培养。另一份用于提取细菌基因组总DNA,经细菌通用引物PCR扩增后构建宏基因组文库,用于Miseq测序和生物信息学分析。结果:25个样本在不同浓度条件下经细菌培养法均未检出假单胞菌属。16个样本成功构建宏基因组文库,经Miseq测序均检测到假单胞菌属存在,检出率为100%,假单胞菌属在16个样本中的丰度为(3.02±2.12)%。结论:DUWLs中存在低水平的假单胞菌属污染,但假单胞菌属大部分可能处于死亡或"活的非可培养"状态,不具有较大的生物危害性。与传统细菌培养法相比,Miseq测序技术在特定病原菌的检测方面表现出了较高的敏感性,但无法区分样本中细菌的活性,若要将高通量测序技术用于活性病原菌的检测还需要进一步的研究。

关键词：口腔综合治疗台水路系统假单胞菌属 Miseq测序技术

一种对假单胞菌属有显效的较新的头孢菌素E1040

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国外医药（抗生素分册） 1992年第2期13卷 134-134,137页

作者：张荣富

一、对耐Ceftazidime和Imipenem绿脓杆菌具高度活性从绿脓杆菌菌株自然分离出耐Cefazid-ime(CAZ)和Imipenem(IPM)的一些获得性突变体。因为来源于一种给定菌株的所有选择性突变体(随机挑选10～30个菌落)

关键词：头孢菌素假单胞菌属

假单胞菌属No.2120生产D-甘露糖异构酶发酵培养基的优化

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生物加工过程 2010年第1期8卷 34-39页

作者：张荆童群义江南大学食品学院食品科学与技术国家重点实验室无锡214122

通过单因子实验、Plackett-Burman实验设计、响应面分析法对假单胞菌属No.2120产D-甘露糖异构酶的培养基进行优化,确定发酵优化条件:果糖15.26 g/L,牛肉膏20 g/L,酵母膏2 g/L,K2HPO42 g/L,MgSO4.7H2O0.5 g/L,NaCl 0.5 g/L,Tween-80 1.54... 详细信息

关键词：异构酶 D-甘露糖优化假单胞菌属