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肝癌细胞应对TNF-α刺激过程中与细胞黏附相关的信号转导网络研究

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中华医学杂志 2014年第42期94卷 3345-3348页

作者：郑永昌杜顺达徐海峰徐意瑶赵海涛迟天毅卢欣桑新亭毛一雷中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院肝脏外科 100730

目的利用生物信息学方法进一步认识肝癌细胞应对肿瘤坏死因子α（TNF-α）刺激过程中的细胞黏附相关的信号转导网络.方法利用肝癌细胞HepG2应对TNF-α刺激的基因芯片数据、转录因子数据库HTRI以及蛋白-蛋白相互作用数据库HRPD构建了... 详细信息

目的利用生物信息学方法进一步认识肝癌细胞应对肿瘤坏死因子α（TNF-α）刺激过程中的细胞黏附相关的信号转导网络.方法利用肝癌细胞HepG2应对TNF-α刺激的基因芯片数据、转录因子数据库HTRI以及蛋白-蛋白相互作用数据库HRPD构建了肝癌细胞应对TNF-α刺激过程中的信号转导网络,并利用网络结构和基因功能聚类的分析方法进行了研究.结果发现在信号转导网络中MYC、SP1等基因是信号转导网络中的关键转录因子,信号转导网络中的基因与细胞黏附密切相关,EGFR很可能是肝癌细胞应对TNF-α刺激过程中调控细胞黏附的关键基因.结论 EGFR很可能在TNF-α引起的肝癌细胞迁移过程中发挥了关键作用.

关键词：肿瘤坏死因子α 细胞黏附信号转导网络

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基于扩展卡尔曼滤波的信号转导网络参数估计

中北大学学报（自然科学版） 2008年第3期29卷 219-223页

作者：杨瑞峰贾建芳中北大学信息与通信工程学院山西太原030051

针对细胞信号转导网络的数学模型结构复杂、强非线性以及实验测量数据存在极大不确定性的特点,采用扩展卡尔曼滤波技术,将模型参数作为随机过程的状态估计量,构造相应的卡尔曼滤波方程进行参数估计.以肿瘤坏死因子诱导的核转录因子κB... 详细信息

针对细胞信号转导网络的数学模型结构复杂、强非线性以及实验测量数据存在极大不确定性的特点,采用扩展卡尔曼滤波技术,将模型参数作为随机过程的状态估计量,构造相应的卡尔曼滤波方程进行参数估计.以肿瘤坏死因子诱导的核转录因子κB信号转导网络为例,对系统模型的未知参数进行辨识.结果表明该方法能够从噪声数据中提取有效信号,从而有效地识别参数,为解决复杂信号转导通路参数辨识中的不确定性问题提供了可靠的理论方法.

关键词：信号转导网络参数估计扩展卡尔曼滤波不确定性

子宫腺肌病在位内膜差异基因表达及信号转导网络构建

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现代妇产科进展 2017年第6期26卷 409-412页

作者：蒋建发肖松舒薛敏中南大学湘雅三医院妇产科长沙410013

目的:探讨信使RNA(mRNA)在子宫腺肌病在位内膜组织中的差异表达情况,并构建差异基因间的信号转导网络。方法:收集4例子宫腺肌病患者的在位内膜组织及4例正常内膜组织。采用基因芯片检测mRNA表达,对差异表达的mRNA进行信号通路分析,得到... 详细信息

目的:探讨信使RNA(mRNA)在子宫腺肌病在位内膜组织中的差异表达情况,并构建差异基因间的信号转导网络。方法:收集4例子宫腺肌病患者的在位内膜组织及4例正常内膜组织。采用基因芯片检测mRNA表达,对差异表达的mRNA进行信号通路分析,得到差异基因参与的具有显著性、低误判率、靶向性的信号通路。基于KEGG数据库构建基因间的信号转导网络并得到网络中的关键基因。结果:子宫腺肌病在位内膜与对照内膜相比,有612个差异表达的mRNA,其中下调的有414个,上调的有198个。上调差异基因参与的显著性信号转导通路共40项,包括MAPK信号通路、局部黏附、黏附连接、PI3K-Akt信号通路等;下调差异基因参与的显著性信号转导通路共39项,包括DNA复制、细胞周期、细胞因子、细胞因子受体相互作用等。成功构建信号转导网络,得到网络中关键基因包括HDAC2和ACTN4等。结论:与正常内膜相比,子宫腺肌病在位内膜的mRNA存在明显的差异表达,可能与子宫腺肌病的发生发展密切相关。

关键词：子宫腺肌病在位内膜信使RNA 信号转导网络

神经元突触可塑性的细胞信号转导网络动力学研究

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神经元突触可塑性的细胞信号转导网络动力学研究

作者：张广辉浙江师范大学

学位级别：硕士

神经元突触可塑性及其依赖的胞内信号转导系统在脑的学习和记忆等高级认知功能中具有极其重要的意义。近年来,这一领域的研究取得快速发展,胞内信号转导系统已经成为神经科学乃至整个生命科学领域研究的重要前沿。但是随着实验数据的不... 详细信息

神经元突触可塑性及其依赖的胞内信号转导系统在脑的学习和记忆等高级认知功能中具有极其重要的意义。近年来,这一领域的研究取得快速发展,胞内信号转导系统已经成为神经科学乃至整个生命科学领域研究的重要前沿。但是随着实验数据的不断涌现以及胞内信号通道的不断细化,使得神经元胞内信号转导通道成为一个极其纷繁复杂的信号网络系统。因此,研究者需要具备丰富的神经科学知识,从网络整体来认识胞内信号转导系统,同时,研究手段与途径也必须由单技术、单学科向多技术综合应用、多学科交叉研究转化,从而更深刻地理解和把握其动力学全貌。本文依据现有经典实验数据和实验结果,通过建立动力学模型,研究和分析了CREB依赖的与突触可塑性相关的两条信号转导通道及其构成的信号转导网络的动力学特性。 CREB作为细胞核内转录因子,在学习记忆相关的神经元突触可塑性功能调节中发挥着重要作用。本文提出了一个嵌有CREB依赖的正反馈环的cAMP-PKA-CREB通道的动力学模型。该模型通过假定CREB诱导的基因转录和新蛋白合成正向调控上游通道,首次在cAMP-PKA-CREB信号通道中嵌入CREB依赖的正反馈环机制。研究发现,这一模型是一个鲁棒的双稳系统,并且我们假定的CREB依赖的正反馈环是系统存在鲁棒的双稳特性的重要条件。研究结果也提示了CREB依赖的正反馈环可能是决定突触长时程增强诱导和维持的导向机制之一。为了研究双向突触可塑性与CREB依赖的级联反应网络间的内在机制及动力学特性,本文进一步建立了CREB1/2介导的从神经元的膜到核的大网络分子模型。该模型通过耦合突触刺激介导的膜上电活动、信号的胞内传递和CREB1/2对下游基因转录的调控及对突触活动的反馈,首次将核内的动力学行为与神经元的膜上电活动联系了起来。研究发现,不同频率的突触刺激可以诱导LTP/LTD这种双向突触可塑现象,并且CREB1/2对下游基因转录的调控及对突触活动的反馈是LTP/LTD诱导和维持的重要元件,这暗示了CREB1/2介导的正负反馈机制对于诱导和维持双向突触可塑性扮演着重要角色。最后,本文所建立的相关动力学模型可以被进一步推广到CREB依赖的更广泛的细胞信号转导网络的研究中。

关键词： CREB 突触可塑性双稳信号转导网络正负反馈

基于人类信号转导网络与Toll样受体信号通路挖掘心血管疾病风险基因

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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国际免疫学杂志 2014年第1期37卷 69-73页

作者：侯敏徐松杜悠雯黄昊李琬陈丽娜哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物物理教研室 150081

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析... 详细信息

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析、网络motif筛选以及基因功能富集分析等方法对候选基因进行分析。结果经分析得到21个潜在的心血管疾病风险基因，有12个为已知心血管疾病风险基因。结论对所发现的潜在心血管疾病风险基因进行研究，以阐明心血管疾病发病机制有重要的生物学意义。

关键词：心血管疾病 Toll样受体信号转导网络风险基因

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基于蒙特卡洛方法的信号转导网络鲁棒性分析

计算机仿真 2007年第10期24卷 295-299页

作者：贾建芳刘太元岳红王宏中国科学院自动化研究所

细胞信号转导网络内部结构的复杂性和动力学参数的不确定性影响着系统的动态特性,如何定量地确定系统特性与参数变化的关系,已经成为系统生物研究的重要问题之一。为了研究NF-κB信号转导网络的鲁棒性,应用蒙特卡洛(Monte-Carlo)随机模... 详细信息

细胞信号转导网络内部结构的复杂性和动力学参数的不确定性影响着系统的动态特性,如何定量地确定系统特性与参数变化的关系,已经成为系统生物研究的重要问题之一。为了研究NF-κB信号转导网络的鲁棒性,应用蒙特卡洛(Monte-Carlo)随机模拟方法,假设参数在其变化范围内服从某一随机分布,通过对模型参数进行随机采样,系统地研究了系统输出NF-κBn关于64个速率参数变化和阶跃输入信号IKK幅值变化的鲁棒性。仿真结果表明,6个鲁棒性较弱的参数k1、k34、k61、k28、k36、k29极大地影响着系统输出NF-κBn的振荡特性,说明这些参数是NF-κB信号转导网络的关键速率常数;同时,输入阶跃信号IKK幅值的变化对系统输出NF-κBn的振荡特性产生了巨大影响。

关键词：信号转导网络鲁棒性分析蒙特卡洛方法系统生物

炎症信号转导网络研究与药物发现——中国医学科学院医药生物技术研究所副研究员邓洪斌博士研究成果

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科技成果管理与研究 2013年第5期 90-91页

作者：本刊编辑部《科技成果管理与研究》编辑部

细胞信号转导（signal transduction）在细胞增殖、分化、程序性死亡等诸多细胞活动的调控中都发挥非常重要的作用。细胞内众多信号转导通路构成了信号转导网络（intracellular signaling network），从而调控各种重要的细胞活动。炎症... 详细信息

细胞信号转导（signal transduction）在细胞增殖、分化、程序性死亡等诸多细胞活动的调控中都发挥非常重要的作用。细胞内众多信号转导通路构成了信号转导网络（intracellular signaling network），从而调控各种重要的细胞活动。炎症信号转导网络调控的异常在人体感染、肿瘤、心脑血管病、神经退行性疾病、

关键词：信号转导网络中国医学科学院医药生物技术研究成果药物发现炎症研究员研究所

维普期刊数据库评论

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典型生化网络构建子块中噪声传播的机制

物理学报 2009年第4期58卷 2804-2811页

作者：陈爱敏张家军苑占江周天寿中山大学数学与计算科学学院广州510275 中山大学生命科学学院广州510275

活性细胞的内部过程是一个内在的随机过程,而细胞内分子丰度的波动对细胞的生长和发育会产生重大影响.对生化网络(包括信号转导网络和代谢网络)的典型构建子块,采用统一的生化反应模式,应用线性噪声逼近理论刻画出噪声传播的一般机制:... 详细信息

活性细胞的内部过程是一个内在的随机过程,而细胞内分子丰度的波动对细胞的生长和发育会产生重大影响.对生化网络(包括信号转导网络和代谢网络)的典型构建子块,采用统一的生化反应模式,应用线性噪声逼近理论刻画出噪声传播的一般机制:信号转导网络中存在噪声传播,且噪声强度满足加和规则;代谢网络中没有噪声传播,稳定态处物种分子数的分布相互独立.这为理解细胞内部过程奠定了理论基础.

关键词：噪声传播线性噪声逼近信号转导网络代谢网络

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血小板活化及其产物对类风湿关节炎的影响

免疫学杂志 2017年第8期33卷 717-722页

作者：章平衡刘健纵瑞凯黄旦安徽中医药大学研究生院合肥230038 安徽中医药大学第一附属医院风湿免疫科合肥230031

类风湿关节炎是一种自身免疫性疾病,主要是以血管翳的形成和滑膜炎为病理改变。研究发现血小板活化及其活化产物作为类风湿关节炎一个重要的病理变化和发病因素,贯穿在病程始终,对类风湿关节炎的发生发展极其重要。本文通过对血小板活... 详细信息

类风湿关节炎是一种自身免疫性疾病,主要是以血管翳的形成和滑膜炎为病理改变。研究发现血小板活化及其活化产物作为类风湿关节炎一个重要的病理变化和发病因素,贯穿在病程始终,对类风湿关节炎的发生发展极其重要。本文通过对血小板活化机制的分析以及对血小板活化产物与类风湿关节炎之间关系的分析,探讨血小板活化及其活化产物对类风湿关节炎的影响。

关键词：类风湿关节炎血小板活化 FAK/Calpain 信号转导网络