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文昌鱼miR-183和miR-216基因簇的表达模式和保守性研究

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文昌鱼miR-183和miR-216基因簇的表达模式和保守性研究

作者：张群中国海洋大学

学位级别：硕士

MicroRNAs （miRNAs）是近年来新发现的一种长度约为22个核苷酸的高度保守的内源性非编码小RNA。它们在后生动物基因组中普遍存在，是生物基因调控网络的重要组成。越来越多的证据表明，miRNAs在动物发育和人类疾病发生中发挥重要作用... 详细信息

MicroRNAs （miRNAs）是近年来新发现的一种长度约为22个核苷酸的高度保守的内源性非编码小RNA。它们在后生动物基因组中普遍存在，是生物基因调控网络的重要组成。越来越多的证据表明，miRNAs在动物发育和人类疾病发生中发挥重要作用。它们广泛参与胚胎早期发育、器官形成、细胞增殖分化、细胞凋亡等生理过程，并对肿瘤发生有一定影响。 miRNA基因簇（miRNA clusters）是指miRNA基因在染色体上紧密分布的现象。miRNA基因簇在动物中是较常见的现象，其在细胞基因表达调控的网络系统中发挥重要作用，比单个miRNA的调控模式更加复杂，功能作用更加高效。但相对于单个miRNA，miRNA基因簇在表达、功能和进化方面的研究仍处于起步阶段。因此，有必要对现有的miRNA基因簇进行深入研究。同时，对一些高度保守的基因簇进行研究，将有助于我们理解miRNA的起源与发生以及相关的动物类群的演化和发展。 miR-183基因簇是一个在后口动物中高度保守的基因簇，在脊椎动物中编码miR-182、miR-96和miR-183这3个miRNAs，文昌鱼中则只有miR-96和miR-183。miR-216基因簇，包含miR-216和miR-217两个miRNAs，是脊索动物特有的基因簇，不存在于无脊椎动物。本论文以经典模式动物——文昌鱼为研究对象，鉴定获得miR-183基因簇和miR-216基因簇各miRNAs基因，阐明这些miRNAs的组织分布及在胚胎中的表达规律，与其他生物的表达谱进行比较研究，结合前期靶基因的研究结果，以此推测其可能的功能以及在脊椎动物起源和演化中的意义。本研究从青岛文昌鱼（Branchiostoma belcheri tsingtauense）中鉴定获得了miR-183基因簇和miR-216基因簇，并对其在组织和胚胎中的时空表达模式及保守性进行了分析研究。首先，根据佛罗里达文昌鱼miR-183基因簇和miR-216基因簇各基因家族成熟序列及前体序列设计引物，鉴定获得了青岛文昌鱼miR-183基因簇和miR-216基因簇各成员相应序列。通过比较分析，miR-183基因簇和miR-216基因簇都保守存在于后口动物中。其次，应用实时定量PCR技术对miR-183基因簇和miR-216基因簇各家族成员在文昌鱼成体各组织中的表达情况进行了研究。结果表明，miR-183基因簇miRNAs在文昌鱼背神经管中表达量最高，在肝盲囊和脊索中的表达量较弱，在剩余其他组织中的表达量则较低;miR-216基因簇miRNAs在鳃中的表达量最高，肝盲囊中表达量次之，在剩余其他组织中的表达量很低。最后，应用原位杂交技术对miR-183基因簇在组织和胚胎中的表达进行了研究。整体胚胎原位杂交结果显示，miR-183基因簇miRNAs在早期胚胎及一天幼虫中均没有表达，在两天幼虫的背神经管中明显表达。组织切片原位杂交结果则显示，miR-183基因簇在背神经管、肝盲囊和鳃中表达。根据上述结果我们可以得出以下结论：miR-183基因簇和miR-216基因簇均表现出组织特异性表达，前者主要在背神经管中表达，后者主要在鳃和肝盲囊中表达;miR-183基因簇参与文昌鱼感觉神经器官的发育和功能，miR-216基因簇则可能与脊椎动物胰脏的起源有关。

关键词：文昌鱼 miR-183基因簇 miR-216基因簇表达模式保守性

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论牛津大学的保守性

论牛津大学的保守性

作者：祝春华吉林大学

学位级别：硕士

牛津大学作为英国最早的学术中心,自中古以来,牛津始终固守着传统的大学理念,守望着大学精神,守护着自己的优良传统,顽强地坚守着从创建之初就有的保守的特质。正是牛津这种保守性始终引领着英国高等教育的潮流,使得牛津成为“智慧之府... 详细信息

牛津大学作为英国最早的学术中心,自中古以来,牛津始终固守着传统的大学理念,守望着大学精神,守护着自己的优良传统,顽强地坚守着从创建之初就有的保守的特质。正是牛津这种保守性始终引领着英国高等教育的潮流,使得牛津成为“智慧之府,世界之光,信仰的使者,新生文明之母。”在高教界处于改革流变的今天,牛津大学坚守其保守的文化品格,以渐进变革方式在保守中寻求发展,具有重要启示作用。本文在对保守性内涵界定之后,对保守性的特征进行解析,进而概括牛津大学保守的特质,考察牛津大学保守性的形成与发展的历史,对牛津大学保守性的具体表现进行分析,着重从政治动因、文化传统与历史渊源等三重方面剖析牛津大学保守性得以形成之因,在此论述的基础上,阐明保守性对牛津大学的积极和消极双重影响,最终指明牛津大学保守性的发展趋势。

关键词：牛津大学保守保守性

T-S模糊系统低保守性控制及稳定性分析方法研究

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T-S模糊系统低保守性控制及稳定性分析方法研究

作者：郑华哈尔滨理工大学

学位级别：硕士

T-S模糊模型通过隶属度函数将非线性系统描述为一组线性子系统的组合,将非线性控制问题转化为线性系统的控制问题,从而能够直接使用大量成熟的线性系统理论,为系统性地处理非线性系统控制问题提供了一种途径。本文基于T-S模糊模型,针对... 详细信息

T-S模糊模型通过隶属度函数将非线性系统描述为一组线性子系统的组合,将非线性控制问题转化为线性系统的控制问题,从而能够直接使用大量成熟的线性系统理论,为系统性地处理非线性系统控制问题提供了一种途径。本文基于T-S模糊模型,针对模糊系统的稳定性分析及控制综合问题展开如下研究:针对T-S模糊系统镇定控制问题,在前件变量-隶属度坐标系中将前件变量空间划分为若干个子域,基于隶属度函数分段线性逼近方法,为每个子域设计局部控制器,分别利用二次Lyapunov函数、分段Lyapunov函数的方法,分析闭环系统的稳定性,并将闭环系统渐近稳定的问题转化为线性不等式（Linear Matrix Inequality,LMI）的可行性求解问题。随后提出保守性更低的局部模糊控制器,借助模糊Lyapunov函数,得到LMI形式的稳定性条件。较之经典的控制方法,本文设计的两种控制器不需要人为地选择隶属度函数,保守性较低,其中局部模糊控制器方法效果更佳。最后,通过仿真验证了提出方法的有效性。针对开闭环T-S模糊系统稳定性分析问题,提出平衡点包络的方法,划分前件变量空间获得一系列子域,在各个子域里计算隶属度函数的极大、极小值,经坐标变换后,得到能在隶属度函数空间中包络隶属度函数轨迹的凸多胞形,将模糊系统稳定性分析问题转化为凸多胞形顶点处对应LMI的可行性求解问题,但此种方法在模糊规则数较多时,复杂度成倍增加。故引入分段线性逼近的方法,将隶属度函数估计项加减逼近误差项所得到的端点映射为凸多面体的顶点,该凸多面体同样能包络原隶属度函数曲线的轨迹。两种方法较之前人的方法而言,保守性都更低。最后,仿真分析验证了提出方法的有效性。

关键词： T-S模糊系统稳定性分析局部控制器 H∞性能保守性

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论阿拉伯伊斯兰文化的开放性和保守性

论阿拉伯伊斯兰文化的开放性和保守性

作者：刘磊上海外国语大学

学位级别：硕士

度量空间上狄氏型的保守性及热核上界估计等价条件

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度量空间上狄氏型的保守性及热核上界估计等价条件

作者：朱超逸清华大学

学位级别：硕士

本文对度量空间上狄氏型的保守性以及热核的的上界估计进行了研究。首先介绍了热半群以及热核的一些基本性质和引理,然后证明了强局部狄氏型上survival估计推出保守性,进而给出了有界或无界空间上没有killing项的狄氏型保守性的一个较... 详细信息

本文对度量空间上狄氏型的保守性以及热核的的上界估计进行了研究。首先介绍了热半群以及热核的一些基本性质和引理,然后证明了强局部狄氏型上survival估计推出保守性,进而给出了有界或无界空间上没有killing项的狄氏型保守性的一个较弱的充分条件,最后给出了在有界空间上热核上界估计的若干个等价条件。

关键词：狄氏型热核保守性上界估计

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植物环状RNA的保守性与进化研究

植物环状RNA的保守性与进化研究

作者：丁昱雯浙江大学

学位级别：硕士

环状RNA是一类普遍存在于动、植物界的内源性共价闭合单链RNA分子,是非编码RNA家族中的一员,由前体mRNA的反向剪接产生。伴随测序技术和分析手段的革新,日益深入的研究已在动物中发现了大量功能特异的保守环状RNA,但在植物界相关报道还... 详细信息

环状RNA是一类普遍存在于动、植物界的内源性共价闭合单链RNA分子,是非编码RNA家族中的一员,由前体mRNA的反向剪接产生。伴随测序技术和分析手段的革新,日益深入的研究已在动物中发现了大量功能特异的保守环状RNA,但在植物界相关报道还很少,且几乎没有系统地研究植物环状RNA保守性及其进化关系的工作。本论文利用自主测序产生的稻属物种及玉米、小麦的转录组数据11份,结合422份公开发表的14种植物转录组数据来进行环状RNA的鉴定与后续分析。首先,成功组装了6519个水稻和4663个拟南芥环状RNA的全长序列,再与另外45个全基因组注释良好的物种进行了序列比对、表达水平和母基因同源性的分析,发现其保守性依赖于物种间亲缘关系的远近,在同一属内的保守性较好。大部分环状RNA的出现时间都比其母基因更晚,因而可能是在母基因之后起源,如水稻环状RNA主要出现在稻属分化后约1500万年前。植物的环状RNA在进化发生上还处于较为早期的状态,这也可能是其保守性受限的主要原因。最后,为更好地共享本研究所利用的丰富数据与所获结果,同时完善植物环状RNA的基础资源,还进一步将其整合至PlantcircBase(http://***/plantcircbase)数据库中并推出最新版本v7.0。本研究的结论为植物环状RNA起源方式和进化动力学提供了新的重要见解;所提供的这些在不同植物物种间保守的环状RNA可作为功能研究的有力候选,为遗传育种应用奠定基础;同还补充并完善了环状RNA的最新数据资源,具有较高的参考意义。

关键词：植物环状RNA 保守性进化 PlantcircBase数据库

利用疟原虫属—保守性引物作虫种鉴别和数量测定

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国际医学寄生虫病杂志 1996年第3期 123-124页

作者：侯雨潇

疟原虫的许多虫种不能只根据红内期形态来鉴别。rRNA,特别是SSUrRNA被认为是鉴别疟原虫的理想靶分子。该分子由保守区和可变区嵌合而成,利用疟原虫属共有的保守区作引物就可使各种疟原虫的序列得以扩增。经PCR扩增产生的片段与已知的寡... 详细信息

疟原虫的许多虫种不能只根据红内期形态来鉴别。rRNA,特别是SSUrRNA被认为是鉴别疟原虫的理想靶分子。该分子由保守区和可变区嵌合而成,利用疟原虫属共有的保守区作引物就可使各种疟原虫的序列得以扩增。经PCR扩增产生的片段与已知的寡核苷酸探针杂交或作序列分析即可鉴定虫种。扩增寄生虫RNA时有竞争机制,得到的产物与原样本中靶物量的比例相平行;这种反

关键词：疟原虫属子孢子保守性红内期 RNA 虫种引物

缺陷尺寸对不同剩余强度评价方法保守性的影响

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船海工程 2015年第4期44卷 135-137,142页

作者：王丹丹高书鹏曲杰詹燕红中海油能源发展装备技术有限公司中海石油中国有限公司天津分公司天津300452

为明确缺陷尺寸对不同剩余强度评价方法保守性的影响,针对一系列不同长度和不同相对深度的缺陷,采用改进的ASME B31G准则、DNV RP F101规范和PCORCC方法分别对其进行剩余强度评价,比较发现缺陷的长度和相对深度对3种剩余强度评价方法的... 详细信息

为明确缺陷尺寸对不同剩余强度评价方法保守性的影响,针对一系列不同长度和不同相对深度的缺陷,采用改进的ASME B31G准则、DNV RP F101规范和PCORCC方法分别对其进行剩余强度评价,比较发现缺陷的长度和相对深度对3种剩余强度评价方法的保守性影响十分显著,尤其是对传统认为的过分保守的ASME B31G方法影响最为显著。

关键词：缺陷尺寸相对深度剩余强度评价保守性

动物源性粪肠球菌ebp菌毛基因的保守性及其多克隆抗体的制备

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动物源性粪肠球菌ebp菌毛基因的保守性及其多克隆抗体的制备

作者：张留君河南农业大学

学位级别：硕士

粪肠球菌是医院内和动物感染的重要病原体,对人、畜健康和食品安全构成严重的威胁。一般认为肠道表皮屏障是细菌性病原体侵入的优先入口,黏附并定植到肠上皮细胞是其感染的关键步骤。菌毛在革兰氏阴性和阳性细菌的感染中起着关键的作用... 详细信息

粪肠球菌是医院内和动物感染的重要病原体,对人、畜健康和食品安全构成严重的威胁。一般认为肠道表皮屏障是细菌性病原体侵入的优先入口,黏附并定植到肠上皮细胞是其感染的关键步骤。菌毛在革兰氏阴性和阳性细菌的感染中起着关键的作用,但动物源性粪肠球菌ebp菌毛基因的携带情况、保守性以及它的致病作用还不清楚。本研究通过对动物源性粪肠球菌的ebp基因分布情况、保守性进行分析,并原核表达ebp菌毛蛋白,制备高效价、高特异性的多克隆抗体,以分析其致病作用和免疫原性,从而为动物源性粪肠球菌感染的预防和治疗打下良好的基础。使用Nallapareddy等人所描述的引物,采用PCR方法对2006年至2011年间从河南省不同地区分离的50株动物源性粪肠球菌ebp基因的携带情况进行检测,结果显示50株动物源性粪肠球菌全部携带ebpABC基因。再根据GenBank上已发表的粪肠球菌OG1RF株的ebp基因序列,使用Primer Premier 5.0设计ebpABC全基因引物,对10株动物源性粪肠球菌ebp菌毛蛋白的编码基因进行PCR扩增,产物经胶回收试剂盒纯化回收,与pMD18-T载体连接,转化入大肠杆菌DH5α感受态细胞中,筛选阳性克隆进行测序。然后应用DNASTAR(5.0版本)软件将测定出的10株动物源性粪肠球菌的ebp基因序列进行比对分析,并与粪肠球菌OG1RF株的ebp基因序列进行比较,结果显示测定的10株动物源性粪肠球菌之间ebpA、ebpB和ebpC基因DNA序列的同源性分别为98.0%-100%、98.8%-100%和99.0%-100%,所推导的氨基酸序列的同源性分别为98.4%-100%、98.2%-100%和98.7%-100%。10株菌与GenBank上已发表的人临床粪肠球菌OG1RF株相比,ebp基因DNA序列的同源性为98.2%-99.7%,所推导的氨基酸序列的同源性为98.5%-99.8%。由此可见,ebp基因在动物源性粪肠球菌中广泛分布且高度保守,并且与人源粪肠球菌的同源性也较高。使用生物信息学软件对粪肠球菌EbpA蛋白和EbpC蛋白的抗原表位进行预测,综合各软件的分析结果后将ebpA基因分成3段来表达,分别命名为ebpA1、ebpA2和ebpA3,将ebpC基因分成2段来表达,分别命名为ebpC1和ebpC2。然后,根据GenBank上已发表的粪肠球菌OG1RF株的ebpA和ebpC基因序列,设计5对带有合适酶切位点的引物,以提取的猪源粪肠球菌N9株的基因组DNA为模板分别扩增出ebpA1、ebpA2、ebpA3、ebpC1和ebpC2基因片段,大小分别为1167 bp、1098 bp、963 bp、981 bp和891 bp,扩增ebpB基因(EF1092A)所使用的引物引用Jouko Sillanpaa等人所描述的(酶切位点有改动),目的片段大小为1233 bp。将所扩增出的6个基因片段分别克隆到原核表达载体pET-28a中,构建了重组表达质粒pET-28a-ebpA1、pET-28a-ebpA2、pET-28a-ebpA3、pET-28a-ebpC1、pET-28a-ebpC2和pET-28aEF1092A(ebpB),经测序验证6个重组质粒均构建成功。将重组质粒转化到表达菌大肠杆菌BL21(DE3)中,在IPTG的诱导下均成功表达,获得了分子量大小分别约为46.7 kDa、45.0kDa、39.4 kDa、39.3 kDa、36.0 kDa和50.0 kDa的重组蛋白,与预期的目的蛋白分子量相符。通过优化表达条件,大量表达重组蛋白,用尿素法和镍柱对表达的蛋白进行纯化获得了高纯度的重组蛋白。使用6种已纯化的重组蛋白作为免疫原分别免疫新西兰大白兔,制备抗重组蛋白的多克隆抗体,经双向免疫琼脂扩散实验检测抗体效价分别为1:16、1:8、1:32、1:32、1:64和1:64。将多克隆抗体进行免疫印迹,结果显示制备的多抗可以与各自的重组蛋白特异性结合。而且,在多克隆抗体阻止野生菌株的生物膜生成实验中,当抗EbpA3蛋白IgG的终浓度为0.1875mg/mL时,粪肠球菌N9株的生物膜生成量最少,此数值与阴性对照值差异显著(P<0.05),表明抗EbpA3蛋白的IgG能够抑制粪肠球菌N9株生物膜的生成。

关键词：粪肠球菌 ebp菌毛保守性原核表达多克隆抗体生物膜