检索结果-南通市图书馆

哺乳动物锌指蛋白中KRAB功能域及其亚家族的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

哺乳动物锌指蛋白中KRAB功能域及其亚家族的研究

作者：袁力赟上海交通大学

学位级别：硕士

KRAB锌指基因是哺乳动物锌指转录因子中最大的一个家族,他们于1991年首先被发现,大部分成员在基因组上成簇分布。KRAB功能域自身具有五种不同的亚家族,在功能行使上可能承担着不同的角色。前期研究已经证明,KRAB锌指蛋白在诸如胚胎发育... 详细信息

KRAB锌指基因是哺乳动物锌指转录因子中最大的一个家族,他们于1991年首先被发现,大部分成员在基因组上成簇分布。KRAB功能域自身具有五种不同的亚家族,在功能行使上可能承担着不同的角色。前期研究已经证明,KRAB锌指蛋白在诸如胚胎发育、细胞分化和细胞转化等过程中发挥重要作用。我们通过对人类、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗五种哺乳动物全蛋白质组序列分析发现:C2H2锌指结构在单个KRAB蛋白质中出现的数目多于一般锌指蛋白质;KRAB功能域在各物种中分布显著不同且与分化时间不成正比,这表明KRAB相关功能域多样性在灵长类进化过程中潜在的适应性进化。同时,根据对人类及小鼠的KRAB锌指蛋白的锌指区域序列的系统发育树的分析,提出可能的KRAB亚家族进化路线:即KRAB-A为起始家族,B由A直接演变形成,而C,BL和b三种亚型可能经过B型或直接从A型演变形成;此外,我们还发现锌指结构在单个蛋白质中出现个数伴随KRAB功能域自身的进化路线逐渐递增,这反映了KRAB功能域在形成新转录调控因子方面的积极作用。然而对于正常人的mRNA组织表达谱的分析也验证了序列相似定位相近的KRAB锌指蛋白在功能上的多样性,揭示了高等动物调控因子的复杂和精密。本研究包含了对五种哺乳动物中KRAB锌指蛋白及各功能域的分布统计、不同KRAB亚家族间的进化和KRAB锌指蛋白的差异表达,是对哺乳动物中KRAB锌指蛋白这种重要的转录调控蛋白家族的全面而细致的分析报告。不仅提出了作者本身对实验结果的猜想和假设,也是为此领域的进一步研究提供数据基础。

关键词： KRAB功能域锌指基因亚家族进化

整合多维特征的载脂蛋白及其亚家族预测模型的构建

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

整合多维特征的载脂蛋白及其亚家族预测模型的构建

作者：刘婷西南医科大学

学位级别：硕士

目的:构建高灵敏性、高精度、高特异性的载脂蛋白及其功能的预测模型和预测工具。方法:（1）构建当前包含信息最全的载脂蛋白及其亚家族基准数据集,其中包含270个载脂蛋白序列（阳性样本）和535个非载脂蛋白序列（阴性样本）以及11个亚... 详细信息

目的:构建高灵敏性、高精度、高特异性的载脂蛋白及其功能的预测模型和预测工具。方法:（1）构建当前包含信息最全的载脂蛋白及其亚家族基准数据集,其中包含270个载脂蛋白序列（阳性样本）和535个非载脂蛋白序列（阴性样本）以及11个亚家族的序列。（2）整合利用188D（188-dimensional feature vectors）,二肽组成（Dipeptide Composition,DPC）,伪氨基酸组成（pseudoamino acid composition,Pse AAC）和k间隔氨基酸对的组成（k-spaced amino acid pairs,CKSAAP）四种蛋白质序列描述符及其不同组合,对载脂蛋白和其亚家族蛋白序列的氨基酸组成、空间结构、理化性质等多维度信息进行表征。（3）为了降低特征向量的噪声和提高模型的容错能力,采用方差分析（analysis of variance,ANOVA）对特征进行排序,并利用增量特征选择方法（incremental feature selection,IFS）获得最优特征子集。（4）利用支持向量机（Support vector machine,SVM）、随机森林（Random Forest,RF）和XGBoost（Extreme Gradient Boosting）等三种机器学习算法,分别构建载脂蛋白及其亚家族的分类模型,并基于10-折交叉验证对分类模型的性能进行评估。在最佳模型基础上,开发基于perl、php、python程序的具有用户友好界面的载脂蛋白及其功能类型识别的网络服务。结果:通过比较三种分类器算法的效能,最终选择SVM分类器用于构建载脂蛋白及其亚家族分类的预测模型。经10-折交叉验证,由Pse AAC和188D特征组合所构建的识别载脂蛋白与非载脂蛋白的SVM预测模型性能最好,准确率达到97.76%,灵敏度为97.04%,特异性为98.13%。此外,由CKSAAP（k=3）、188D和DPC特征组合所构建的载脂蛋白亚家族的SVM分类模型在10-折交叉验证中整体准确率达到97.04%。其中Apo D、Apo L达到最高准确率100.00%,Apo A准确率其次（98.88%）,Apo B、Apo C以及Apo E准确率分别为95.45%,95.45%和93.55%,而Apoelse是Apo F、Apo H、Apo M、Apo N、Apo R等五个亚家族的合集,准确率略低为90.00%。基于最佳预测模型,我们还搭建了一个便利的在线预测器Apo Pred,http://***/server/Apo Pred/***,为载脂蛋白研究人员提供基准数据集的下载以及相关预测服务。结论:信息准确、全面的基准数据集为模型构建奠定了序列基础,多尺度特征的整合能显著提高载脂蛋白及其亚家族分类模型的预测性能,基于ANOVA和IFS的特征选择方法能有效避免维数灾难,而SVM分类算法比RF和XGBoost等基于决策树的分类模型更适合载脂蛋白的预测场景,因此本研究构建了高质量的载脂蛋白及其亚家族的预测模型和在线预测工具,可为相关疾病的载脂蛋白功能研究及药物靶标开发提供重要参考。

关键词：载脂蛋白亚家族识别机器学习方法多维特征

糖苷水解酶GH5主要亚家族活性架构功能探究

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

糖苷水解酶GH5主要亚家族活性架构功能探究

作者：田震楠山东大学

学位级别：硕士

木质纤维素是地球上储量最丰富的可再生资源,其主要成分包括纤维素和各类半纤维素,如甘露聚糖和木聚糖等。通过糖苷水解酶,如纤维素酶,甘露聚糖酶和木聚糖酶催化降解,这些多糖成分可以被水解成可溶性糖,经过生物炼制可以转化为生物燃料... 详细信息

木质纤维素是地球上储量最丰富的可再生资源,其主要成分包括纤维素和各类半纤维素,如甘露聚糖和木聚糖等。通过糖苷水解酶,如纤维素酶,甘露聚糖酶和木聚糖酶催化降解,这些多糖成分可以被水解成可溶性糖,经过生物炼制可以转化为生物燃料和多种化工制品,这为解决当前世界所面临的环境污染和能源短缺提供了一个有效途径。显然,获得适用于特定工业环境的不同种类的糖苷水解酶是降低工业生产成本,加快木质纤维素转化的关键。虽然糖苷水解酶设计工作已经有很多成功的先例,但对它们的活性架构和催化过程分子机制的认识尚不深入。本文基于结构生物信息学方法,对GH5主要亚家族的纤维素酶和甘露聚糖酶进行了序列、结构和分子动态等方面的分析,定位了活性架构中与底物特异性相关的关键氨基酸残基,并对TfCe15A活性中心残基进行了丙氨酸筛选及功能分析,初步阐明GH5家族酶分子不同亚位点关键残基在酶催化中发挥的不同功能,为进一步的酶分子设计奠定了基础。本文的主要内容如下:1.通过对糖苷水解酶GH5家族中6个主要亚家族酶分子的结构生物信息学分析,阐明了不同亚家族酶分子间的主要异同点。对GH5家族主要亚家族序列、结构和分子动态分析显示,不同亚家族酶分子的主要差异存在于构成活性架构的8个loop 区域。比较不同亚家族活性中心序列谱发现,GH5家族酶分子负亚位点残基保守度最高,-1亚位点有3个残基在整个GH5家族内是完全保守的,一2亚位点也有一个色氨酸在GH5家族内完全保守,这些残基可能与催化断键密切相关;还有部分残基在单个亚家族内保守或相对保守,这些残基可能与不同亚家族之间的功能演化相关。2.通过对GH5亚家族纤维素酶和GH5甘露聚糖酶的结构分析和生化测定,发现了活性架构-1和-2亚位点关键残基在两个亚位点不同的底物识别机制。由于纤维素和甘露聚糖底物-1亚位点糖环不同程度的扭曲,在该亚位点两类底物O3空间位置存在差异,而在-2亚位点,纤维素和甘露聚糖差异在于O2的空间位置。相应地,结构比对结果显示,在-1亚位点,两个亚家族保守的组氨酸和天冬酰胺通过与-1O3的相互作用起到底物识别作用,而在-2亚位点,GH5 2亚家族相对保守的谷氨酸通过与-2O2的相互作用起到底物识别作用。3.通过对TfCe15A所有活性中心氨基酸残基的丙氨酸筛选及生化测定,揭示了活性中心残基在酶催化过程中发挥的不同作用。对TfCel5A活性中心共22个关键氨基酸进行了丙氨酸突变及结合常数Ka和酶活测定,并分析了关键残基在酶催化中发挥的功能。Ka测定结果显示,负亚位点残基在底物结合中至关重要,其中-2亚位点保守的色氨酸和-2/-3亚位点相对保守的带电残基对通过与底物-2/-3亚位点形成密集的氢键网络在底物初始结合中发挥了重要作用。酶活测定显示,-2到+1亚位点残基在催化断键中至关重要,其中与-1O2相互作用的保守组氨酸和酪氨酸通过稳定亲核试剂并维持其带电状态来协助催化断键;与-1O3相互作用的保守组氨酸和天冬酰胺通过与底物间的相互作用协助-1亚位点糖环的扭曲,该过程需要loop3较大幅度的运动;此外,-2和+1亚位点两个保守色氨酸也参与底物形变过程;根据相关残基在GH5家族中的高保守度可知,它们在催化断键中发挥的重要作用在整个GH5家族中是一致的。

关键词：糖苷水解酶GH5家族亚家族活性架构结构生物信息学底物识别

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

GDF亚家族及其生物学作用

实用手外科杂志 2007年第3期21卷 158-160页

作者：陈福令刘杰陈献春济宁市第二人民医院骨科山东济宁272049

GDFs（生长分化因子）是TGF—β超家族的一个亚家族，其家族成员都是先合成前体蛋白质，由信号肽、编码前肽的N-末端区和编码成熟肽的C-末端区三部分组成，在N-末端区和C-末端区之间有一个蛋白酶解加工位点。

关键词：亚家族生物学作用生长分化因子 C-末端 N-末端合成前体家族成员蛋白质

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

布恩地亚家族的尴尬——读《百年孤独》

作文世界（高中版） 2005年第10期 87-89页

作者：陈慧中山大学中文系

1967年,哥伦比亚作家加西亚·马尔克斯出版了他代表作.小说以虚构的小镇马贡多为背景,叙述了百年来布恩地亚家族七代人尴尬的困境和孤独的命运.

关键词：亚家族《百年孤独》布恩羊皮书奥雷马尔克斯基阿命运交响曲加西亚自我意识

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

δ原钙黏附素亚家族的生物学功能研究进展

中华普通外科学文献（电子版） 2010年第4期4卷 70-72页

作者：解婧于观贞王杰军第二军医大学附属长征医院肿瘤科上海200070

钙黏附素（cadherins）是一类主要介导细胞间同质黏附的钙依赖性跨膜糖蛋白，其作用依赖于Ca2＋，胞外区含由约100个氨基酸组成的多个“钙黏附素重复序列（EC段）”。至今已鉴定出分布于不同组织的钙黏附素100余种，

关键词：钙黏附素生物学功能亚家族钙依赖性跨膜糖蛋白氨基酸组成 Ca2+ 重复序列细胞间

瞬时感受器电位离子通道香草素受体亚家族在低氧条件下肺动脉平滑肌细胞中的表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华结核和呼吸杂志 2009年第10期32卷 789-789页

作者：王跃秀王军王丛刘杰史路平徐萌王辰首都医科大学附属北京朝阳医院-北京呼吸疾病研究所 100020 首都医科大学基础医学院生理学系

瞬时感受器电位离子通道香草素受体亚家族（***，TRPV）即TRPV家族，是近年来备受关注的TRP超家族成员，具有6个亚型，是非选择性阳离子通道，该通道的激活可诱发细胞钙内流，进而诱发生理及疾病状态下呼吸系统的功能调节，TRPV通道在... 详细信息

瞬时感受器电位离子通道香草素受体亚家族（***，TRPV）即TRPV家族，是近年来备受关注的TRP超家族成员，具有6个亚型，是非选择性阳离子通道，该通道的激活可诱发细胞钙内流，进而诱发生理及疾病状态下呼吸系统的功能调节，TRPV通道在肺动脉平滑肌细胞（pulmonaryarterysmoothmusclecell，PASMC）的研究目前还处于全新领域。

关键词：肺动脉平滑肌细胞阳离子通道感受器电位亚家族香草素低氧条件受体家族成员

同源域转录因子NK6同源盒1通过核受体亚家族4的A组孤儿核受体家族1和3调节胰岛β细胞增殖

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华糖尿病杂志 2014年第12期6卷 923-923页

作者：曾维新王新军武晓泓于森

功能性β细胞量的缺失足1型和2型糖尿病的特点，寻找恢复β-N胞的方法非常必要。同源域转录因子NK6同源盒1（Nkx6．1）是β细胞发育所必需的，Nkx6．1在大鼠胰岛细胞的过度表达可引起13细胞增殖，并增强葡萄糖刺激的胰岛素分泌，但Nkx6... 详细信息

功能性β细胞量的缺失足1型和2型糖尿病的特点，寻找恢复β-N胞的方法非常必要。同源域转录因子NK6同源盒1（Nkx6．1）是β细胞发育所必需的，Nkx6．1在大鼠胰岛细胞的过度表达可引起13细胞增殖，并增强葡萄糖刺激的胰岛素分泌，但Nkx6．1激活β细胞增殖的分子机制尚不清楚。

关键词：细胞增殖转录因子胰岛细胞同源盒受体家族葡萄糖刺激的胰岛素分泌亚家族核受体

全新一代别克GL8 Avenir艾维亚家族上市售价45.99万元-52.99万元

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

汽车知识 2020年第5期 9-9页

近日,全新一代别克GL8 Avenir艾维亚家族"云首发"上市,共推出四座尊礼版、六座贤礼版、七座亲礼版三款车型,售价分别为52.99万元、46.59万元和45.99万元。全新一代GL8 Avenir艾维亚家族的车身尺寸为5219×1878×1799mm,轴距3088mm,磅礴... 详细信息

近日,全新一代别克GL8 Avenir艾维亚家族"云首发"上市,共推出四座尊礼版、六座贤礼版、七座亲礼版三款车型,售价分别为52.99万元、46.59万元和45.99万元。全新一代GL8 Avenir艾维亚家族的车身尺寸为5219×1878×1799mm,轴距3088mm,磅礴气势浑然天成。作为全新一代GL8 Avenir艾维亚家族的旗舰车型,四座尊礼版完美复刻了GL8 Avenir概念车的设计精髓,以全面进化的感官体验凸显对用户的至尊礼遇。四座车型采用"帝王蓝"专

关键词：亚家族 GL8 Avenir