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基因组分析对猪乳头数相关数量性状基因座鉴定

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中国农业科学 2023年第10期56卷 1994-2006页

作者：尹彦镇侯黎明刘航陶伟石传宗刘锴月张萍牛培培李强李平华黄瑞华南京农业大学养猪研究所南京农业大学淮安研究院淮安市淮阴新淮种猪场

【目的】分析乳头数的变异，挖掘与乳头数相关的数量性状基因座（quantitative trait locus,QTL）和候选基因，为猪乳头数的选育研究提供重要分子标记。【方法】准确测定了709头苏淮猪（335头育肥猪和374头种猪）的左、右和总乳头数。... 详细信息

【目的】分析乳头数的变异，挖掘与乳头数相关的数量性状基因座（quantitative trait locus,QTL）和候选基因，为猪乳头数的选育研究提供重要分子标记。【方法】准确测定了709头苏淮猪（335头育肥猪和374头种猪）的左、右和总乳头数。对苏淮育肥猪进行80K芯片分型，并使用芯片数据计算左、右、总乳头数的遗传力和基因组估计育种值（genomic estimated breeding value, GEBV）。基于乳头数GEBV和表型排名，选择前10%的个体以及后10%的个体进行群体分化指数分析（fixation Index, FST）检测高度分化的位点。接着，通过全基因组关联分析（genome wide association analysis, GWAS）鉴定与乳头数关联的位点，选择高度分化且与乳头数显著关联的位点作为候选位点，选择位于候选位点附近且功能注释后与乳头数相关的基因作为候选基因。最后，选择每个染色体上最显著的候选位点对709头苏淮猪进行乳头数关联分析，以验证上述位点的显著性。【结果】苏淮育肥猪左、右、总乳头数的变异系数分别为10.20%、9.26%、8.50%，遗传力分别为0.212、0.257、0.312。基于FST和GWAS分析，总共在7、13、16、18号染色体（Sus Scrofa Chromosome, SSC）上鉴定到20个乳头数的候选位点，这些候选位点可解释5.49%—8.03%的表型方差。其中，SSC7上与总乳头数关联的位点rs80894106与文献中报道的影响大白和杜洛克猪总乳头数的候选位点一致，但左乳头的候选位点rs81444134(26.51 Mb, SSC13)和rs81233299(8.13 Mb, SSC18)均为新发现的与乳头数相关的位点。左、右、总乳头的候选位点主要集中在SSC16上的6.36—10.66 Mb区间;连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）分析发现，区间内7.47—8.27 Mb的候选位点拟合成了一个795 kb的单倍型块，且该单倍型块是新发现的影响乳头数的候选区域；单倍型块内的rs337606862(7.47 Mb)与右乳头和总乳头最显著关联，单倍型块内的3个位点均位于cadherin 18(CDH18)基因的内含子上，CDH18编码Ⅱ型钙黏附素，且钙黏附素与发育中组织细胞的识别、分选、增殖、凋亡以及乳腺癌的发生有关。因此，CDH18可能是新的影响猪乳头数的候选基因。再者，本研究对4个染色体上最显著的位点：rs81444134、rs80894106、rs337606862、rs81233299在709头苏淮猪中基因分型，经关联分析后发现，这些位点均与乳头数显著相关，可以作为潜在分子标记用于乳头数的选育。【结论】本研究通过基因组分析在苏淮猪群体中鉴定到20个与乳头数显著相关的位点。其中SSC13上的26.51 Mb和SSC18上的8.13 Mb是新的乳头数的候选QTLs,SSC16上的7.47—8.27 Mb也是新发现的乳头数的候选QTL，且区间内CDH18可能是新的影响猪乳头形成的候选基因。

关键词： FST GWAS 数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL) 苏淮猪乳头数候选基因

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乳头数和胎次对母猪繁殖性能的影响

乳头数和胎次对母猪繁殖性能的影响

作者：陈亮安徽农业大学

学位级别：硕士

本文分为两个部分：第一部分为猪乳头数的遗传规律及其与产仔数之间的关系;第二部分为胎次对母猪繁殖性能的影响。(1)乳头数遗传规律及其与产仔数的关系对376头种猪、1344头仔猪的乳头数的遗传规律及其与产仔数之间的关系作了详细的调... 详细信息

本文分为两个部分：第一部分为猪乳头数的遗传规律及其与产仔数之间的关系;第二部分为胎次对母猪繁殖性能的影响。(1)乳头数遗传规律及其与产仔数的关系对376头种猪、1344头仔猪的乳头数的遗传规律及其与产仔数之间的关系作了详细的调查和分析,用SPSS17.0软件中的比较均值程序对数据进行处理分析,结果表明：品种对乳头数的分布规律及其与产仔数的关系没有影响,乳头数呈不规则的正态分布。仔猪的平均乳头数与双亲的平均乳头数存在相关性且仔猪的平均乳头数接近于双亲的平均值;不同乳头数的母猪窝产仔数差异不显著(P>0.05),不同乳头数的父本之间的窝产仔数差异显著(P乳头数较多的公猪做父本来提高母猪的产仔数。(2)胎次对母猪繁殖性能的影响根据安徽某核心原种场2009～2012年共3520窝杜洛克、长白和大白母猪的繁殖数据,用SPSS17.0进行统计分析,结果表明：(1)杜洛克猪从第一胎到第六胎,总产仔数、初生窝重以及断奶窝重是逐渐增加的,一直到第六胎达到最高峰,其值为10.50、11.62kg和54.12kg。从第七胎开始,其总产仔数、产活仔数、初生窝重以及断奶窝重又开始下降。(2)长白母猪的总产仔数最高值出现在第六胎,为14.72头,最低值出现在第一胎,为11.80头,第六胎平均比第一胎多出2.92头,存在极显著差异(P<0.01),而平均断奶窝重的最高值为62.37 kg,出现在第五胎,第八胎的平均断奶窝重最小,为58.92kg,第五胎的断奶窝重相对于第一胎、第七胎和第八胎都存在极显著差异(P<0.01)。(3)大白猪的繁殖性能随胎次变化的整体趋势为第一胎到第六胎,随胎次的增加母猪的总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶窝重也增加,第六胎达到最大值,然后随着胎次的增加开始逐渐地减小。大白母猪第五胎和第六胎的总产仔数、出生窝重与其他胎次相比较,都存在显著性的差异(P<0.05),第五胎的产活仔数和断奶窝重与第一胎、第七胎和第八胎相比较,差异极显著(P<0.01)。根据以上结果说明不同胎次对窝总产仔数、初生窝重和断奶窝重影响差异显著(P<0.05),随着胎次的增加,三个品种的窝产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶窝重都在逐渐增大,到第五胎或第六胎时达到最大,第七胎以后开始下降。

关键词：猪乳头数胎次产仔数繁殖性能

猪雌激素受体基因与产仔数和乳头数的关系研究

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南京农业大学学报 2002年第2期25卷 79-81页

作者：丁家桐葛红山姜勋平刘桂琼张军强扬州大学畜牧兽医学院江苏扬州225009

用PCR RFLPs法检测了 90头姜曲海、梅山、二花脸母猪雌激素受体基因 (ESR)的多态性 ,分析了该基因与产仔数和乳头数的关系。结果表明 ,ESR基因型间总产仔数 (TNB)和产活仔数 (NBA)差异极显著 (P 0 0 5 )。

用PCR RFLPs法检测了 90头姜曲海、梅山、二花脸母猪雌激素受体基因 (ESR)的多态性 ,分析了该基因与产仔数和乳头数的关系。结果表明 ,ESR基因型间总产仔数 (TNB)和产活仔数 (NBA)差异极显著 (P 乳头数差异不显著 (P >0 0 5 )。

关键词：猪雌激素受体基因产仔数乳头数多态性产活仔数 ESR

基于全基因组填充重测序关联分析鉴别影响苏山猪初生体尺与乳头数性状的遗传位点

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畜牧兽医学报 2023年第1期54卷 88-102页

作者：张昌政李德森黄敏方晓敏赵为民任守文董焕声任军周李生青岛农业大学动物科技学院青岛266109 华南农业大学动物科学学院广州510642 江苏省农业科学院畜牧研究所南京210014

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全... 详细信息

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。

关键词：苏山猪初生体尺乳头数全基因组关联分析候选基因

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加系大白猪乳头数性状的全基因组关联分析

中国畜牧杂志 2022年第8期58卷 141-146页

作者：周佳伟张宇吴俊静乔木徐忠李梓芃杨前平彭先文梅书棋动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064

乳头数是母猪重要繁殖性状,影响断奶仔猪存活率。研究者对不同品种和品系的猪相继开展了乳头数性状相关数量性状座位(Quantitative Trait Locus,QTL)鉴定,但目前关于加系大白猪乳头数性状相关QTL的研究较少。本研究以944头加系大白猪群... 详细信息

乳头数是母猪重要繁殖性状,影响断奶仔猪存活率。研究者对不同品种和品系的猪相继开展了乳头数性状相关数量性状座位(Quantitative Trait Locus,QTL)鉴定,但目前关于加系大白猪乳头数性状相关QTL的研究较少。本研究以944头加系大白猪群体为研究对象,对乳头数性状进行全基因组关联分析(GWAS)。GCTA软件计算左、右、总乳头数性状的遗传力分别为0.1、0.12、0.16。利用rMVP软件在SSC7上分别检测到4、1、4个与左、右和总乳头数基因组水平显著相关(P乳头数性状潜在显著相关(P乳头数的选育提供了新的分子标记和候选基因。

关键词：猪乳头数全基因组关联分析 SNP

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猪乳头数性状遗传育种的研究进展

中国畜牧杂志 2023年第8期59卷 7-12页

作者：王露露邢凯杨森许璇赵欢李航赵希桐王楚端中国农业大学动物科学技术学院北京100193 北京农学院动物科学技术学院北京102206 北京顺鑫农业股份有限公司养猪研究院北京101300

在猪生产中,需要保证母猪足够的猪乳头数以满足仔猪营养需要。乳头数是一个受微效多基因控制的具有品种特性的数量性状,影响仔猪的断奶成活率、断奶窝重及窝均匀度,解析其遗传机制对于选育优良种猪具有重要意义。近年来有许多研究一直... 详细信息

在猪生产中,需要保证母猪足够的猪乳头数以满足仔猪营养需要。乳头数是一个受微效多基因控制的具有品种特性的数量性状,影响仔猪的断奶成活率、断奶窝重及窝均匀度,解析其遗传机制对于选育优良种猪具有重要意义。近年来有许多研究一直关注于猪乳头数性状的改良,相关的分子标记和候选基因被相继报道。本文主要对猪乳头数与数量性状之间的联系、影响乳头数的因素以及QTL定位和GWAS鉴别候选基因等方面的研究进展进行综述,为后续乳头数的选育提供理论基础。

关键词：乳头数功能性乳头数 QTL GWAS 猪

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大白猪乳头数对繁殖性状的影响及其遗传参数估计

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中国畜牧杂志 2022年第8期58卷 61-67页

作者：钟展明黄晓宇林清刘亚轩魏趁冯雪燕张哲李加琪林长光华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室国家生猪种业工程技术研究中心广东广州510642 福建省农业科学院畜牧兽医研究所福建福州350013 福建光华百斯特生态农牧发展有限公司福建三明365106

本研究主要对大白猪的繁殖性状和乳头数进行遗传参数估计,评估遗传趋势和表型趋势,并探究乳头数对母猪繁殖性状的影响。将乳头数作为繁殖性状的固定效应,对影响大白猪繁殖性状的固定效应进行方差分析,运用DMU软件的DMUAI和DMU4模块,利用... 详细信息

本研究主要对大白猪的繁殖性状和乳头数进行遗传参数估计,评估遗传趋势和表型趋势,并探究乳头数对母猪繁殖性状的影响。将乳头数作为繁殖性状的固定效应,对影响大白猪繁殖性状的固定效应进行方差分析,运用DMU软件的DMUAI和DMU4模块,利用单/多性状动物模型估计大白猪繁殖性状和乳头数的遗传参数,并评估这些性状的遗传趋势和表型趋势。结果发现,乳头数对校正21日龄窝重的影响在P乳头数的遗传力为0.156±0.023,属于中等遗传力性状,各繁殖性状的遗传力范围为0.010~0.092,属于低遗传力性状;各繁殖性状遗传相关的范围为-0.306~0.978,表型相关的范围为-0.055~0.970;各繁殖性状的遗传趋势和表型趋势均为先下降后上升,表明该群体的繁殖性状早期选育成效不佳,但在选育后期有所提升。乳头数和校正21日龄均重的遗传趋势和表型趋势波动比较大,表明这2个性状在该群体中并未被选育,在后期选育时,该群体应注重乳头数的选育,以提高大白母猪的繁殖性能。

关键词：大白猪繁殖性状遗传参数乳头数

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大白母猪乳头数全基因组关联分析

中国畜牧杂志 2021年第S1期57卷 69-75,83页

作者：石丽丹王小女张孟浩聚明明李新建韩雪蕾王克君李秀领周李生乔瑞敏河南农业大学动物科技学院河南郑州450046 青岛农业大学动物科技学院山东青岛266109

乳头数是评价母猪繁殖性能的重要参数,是大白猪选种的重要指标之一。本研究利用1118头大白猪母猪群体,利用50K SNP芯片对该群体进行基因分型,采用单变量混合线性模型的全基因组关联分析(GWAS)及Fst选择信号分析,筛选该群体的左乳头数、... 详细信息

乳头数是评价母猪繁殖性能的重要参数,是大白猪选种的重要指标之一。本研究利用1118头大白猪母猪群体,利用50K SNP芯片对该群体进行基因分型,采用单变量混合线性模型的全基因组关联分析(GWAS)及Fst选择信号分析,筛选该群体的左乳头数、右乳头数和总乳头数性状相关基因。结果显示:GCTA软件计算左、右、总乳头数性状的遗传力分别为0.062、0.006、0.047。GEMMA软件共检测到10个达到染色体显著水平(P乳头数相关,AA基因型为优势基因型;9个位点位于SSC2的关联区间为123.1~124.0 Mb,与右乳头数和总乳头数相关,2个性状显著位点P值最小的位点为同一位点(ASGA0011685),TT基因型为优势基因型。GCTA软件选择信号分析结果显示,GWAS检测到的SSC2上的9个SNPs均超过显著性阈值(Fst值>0.12);SSC7上检测的41个显著SNPs中有40个位于已报道的乳头数相关QTLs中。2、7、16号染色体显著SNPs位点上下游1 Mb区域内共包含63个基因。其中,GABRG2、GABRA1、PRDM6、HSD17B4、HSD17B11、GABRB2、FAM170A、RAD51B为乳头数强相关基因。研究检测到显著区间可作为分子标记用于大白母猪乳头数的选育。

关键词：猪乳头数全基因组关联分析基因定位

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可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

中国畜牧兽医 2016年第11期43卷 2866-2872页

作者：谢健喻昌燕许瑶牛熙冉雪琴王嘉福贵州大学生命科学学院贵阳550025 贵州大学农业生物工程研究院贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵阳550025 铜仁学院铜仁554300

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经... 详细信息

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个(P乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。

关键词： SNP芯片全基因组关联分析乳头数

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