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Measurement of copy number variation in single cancer cells using rapid-emulsification digital droplet MDA

Microsystems & Nanoengineering 2017年第1期3卷 260-266页

作者： Samuel C.Kim Gayatri Premasekharan Iain C.Clark Hawi B.Gemeda Pamela L.Paris Adam R.Abate Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences University of CaliforniaSan Francisco(UCSF)California Institute for Quantitative Biosciences(QB3)San FranciscoSan FranciscoCA 94158USA Department of Urology Division of Hematology&OncologyUniversity of CaliforniaSan Francisco(UCSF)San FranciscoCA 94158USA

Uniform amplification of low-input DNA is important for applications across biology,including single-cell genomics,forensic science,and microbial and viral ***,the requisite biochemical amplification methods are prone to bias,skewing sequence proportions and obscuring signals relating to copy *** droplet multiple displacement amplification enables uniform amplification but requires expert knowledge of microfluidics to generate monodisperse *** addition,existing microfluidic methods are tedious and labor intensive for preparing many ***,we introduce rapid-emulsification multiple displacement amplification,a method to generate monodisperse droplets with a hand-held syringe and hierarchical droplet *** conventional microfluidic devices require >10 min to emulsify a sample,our system requires tens of seconds and yields data of equivalent *** demonstrate the approach by using it to accurately measure copy number variation(CNV)in single cancer cells.

关键词： amplification bias copy number variation ddMDA droplet microfluidics multiple displacement amplification

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