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A generalized framework for AMOVA with multiple hierarchies and ploidies

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Integrative Zoology 2021年第1期16卷 33-52页

作者： Kang HUANG Tiantian WANG Derek W.DUNN Pei ZHANG Hongjuan SUN Baoguo LI Shaanxi Key Laboratory for Animal Conservation College of Life SciencesNorthwest UniversityXi’anChina Department of Forest and Conservation Sciences University of British ColumbiaVancouverCanada Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics Chinese Academy of SciencesKunmingChina

The analysis of molecular variance(AMOVA)is a widely used statistical method in population genetics and molec-ular ecology.The classic framework of AMOVA only supports haploid and diploid data,in which the number of hierarchies ranges from two to four.In practice,natural populations can be classified into more hierarchies,and polyploidy is frequently observed in extant species.The ploidy level may even vary within the same species,and/or within the same individual.We generalized the framework of AMOVA such that it can be used for any number of hierarchies and any level of ploidy.Based on this framework,we present four methods to account for data that are multilocus genotypic and allelic phenotypic(with unknown allele dosage).We use simulated datasets and an empirical dataset to evaluate the performance of our framework.We make freely available our methods in a new software package,polygene,which is freely available at https://***/huangkang1987/polygene.

关键词： analysis of molecular variance hierarchy maximum-likelihood estimation method-of-moment estimation polyploidy

Observation of mother-perpetrated infanticide in golden takins(Budorcas taxicolor bedfordi)

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Zoological Research 2020年第4期41卷 455-457页

作者： Hai-Tao Zhao Wen-Qing Zhang Kang-Sheng Jia Jia-Xuan Li Xu-Xiang Bai Xiao-Wei Wang Song-Tao Guo Shu-Jun He Hong-Juan Sun Ying-Hu Lei Ru Liang Pan Bao-Guo Li Shaanxi Key Laboratory for Animal Conservation Shaanxi Institute of ZoologyXi'anShaanxi 710032 China College of Life Sciences Northwest UniversityXianShaanxi 710069China Shaanxi Broadcasting Corporation Xi'anShaanxi 710061China Research Center of Qinling Giant Panda Shaanxi Academy of ForestryXi'anShaanxi 710402China University of California Davis Davis 95616USA Internationa/Centre of Biodiversity and Primate ConservationCentre Dali UniversityDaliYunnan 671000China School of Human Sciences University of Western AustraliaPerthWA 6009Australia Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics Chinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650223China

DEAR EDITOR,Infanticide by unrelated individuals is widely reported in the animal kingdom;however,little is known about cases perpetrated by a parent,particularly the mother.This article reports on three cases of mother-initiated infanticide in Qinling golden takins(Budorcas taxicolor bedfordi)from video and camera images.Based on previous reports in other animals,we propose that the infanticide events observed in golden takins were related to the parental manipulation mechanism-i.e.

关键词： EDIT mother individual

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土壤pH值对秦岭川金丝猴食土行为的影响

兽类学报 2018年第1期38卷 12-17页

作者：何凤芝李延鹏高颖黄志旁齐晓光李保国大理大学东喜玛拉雅研究院大理671003 西北大学生命科学学院西安710069

食土行为广泛存在于灵长类动物中,关于灵长类的食土行为有很多功能性的假说,包括补充矿物质、有毒物质吸附、抗腹泻、抗体内寄生虫感染及肠胃酸性中和等假说。为了解秦岭川金丝猴取食黏土的影响因子和功能假说,于2013年9月至2015年1月... 详细信息

食土行为广泛存在于灵长类动物中,关于灵长类的食土行为有很多功能性的假说,包括补充矿物质、有毒物质吸附、抗腹泻、抗体内寄生虫感染及肠胃酸性中和等假说。为了解秦岭川金丝猴取食黏土的影响因子和功能假说,于2013年9月至2015年1月采用扫描观察法和瞬时记录法收集食性数据,记录取食黏土个体的性别年龄及取食位置,并采集秦岭川金丝猴取食的黏土和对照黏土样品。于2016年7月采用电位法测定土壤样品的p H值。食性结果表明不同性别年龄个体,从1岁的婴幼猴到成年个体都存在取食黏土的行为;秦岭川金丝猴取食黏土的p H值显著高于对照样品的p H值。因此,本研究结果与肠胃酸性中和假说更为契合,秦岭川金丝猴取食偏碱性的黏土,有利于中和取食大量芽和叶摄入的酸性物质。

关键词：川金丝猴食土黏土秦岭

秦岭川金丝猴雄性社群间迁移模式及其保护应用

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秦岭川金丝猴雄性社群间迁移模式及其保护应用

第十三届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中...

作者：黄志旁齐晓光李保国西北大学生命科学学院陕西珍稀濒危动物保育重点实验室大理大学东喜玛拉雅研究院

多样化的社会体系是动物应对自然环境变化和社会选择压力的进化和适应结果。中国特有珍稀动物川金丝猴为少数具有重层社会体系的灵长类物种之一,其社会组织是由多个一夫多妻的繁殖单元和多个全雄性个体的单元组成。成年雄性和雌性川金...

多样化的社会体系是动物应对自然环境变化和社会选择压力的进化和适应结果。中国特有珍稀动物川金丝猴为少数具有重层社会体系的灵长类物种之一,其社会组织是由多个一夫多妻的繁殖单元和多个全雄性个体的单元组成。成年雄性和雌性川金丝猴社区内的迁移研究较为清楚,因多数研究仅关注单一的种群,使得金丝猴个体在社群间的迁移模式及原因知之甚少。本研究基于个体识别和长期监测,发现秦岭金丝猴

关键词：

来源： cnki会议评论

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中国中部发现黑鹇分布（英文）

野生动物学报 2019年第2期40卷 506-509页

作者：赵海涛侯大富罗磊李俊峰王晓卫王开锋李保国陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室陕西省动物研究所西安710032 西北大学生命科学学院西安710069 陕西米仓山国家级自然保护区管理局西乡723500

2012年5月至2016年10月,借助红外相机对位于中国中部陕西省西南部西乡县境内的米仓山国家级自然保护区开展长期监测,首次拍摄到黑鹇的活动照片,初步证实该区域有该物种分布。据资料记载,黑鹇在国内分布相当少见,仅分布于云南西部的贡山... 详细信息

2012年5月至2016年10月,借助红外相机对位于中国中部陕西省西南部西乡县境内的米仓山国家级自然保护区开展长期监测,首次拍摄到黑鹇的活动照片,初步证实该区域有该物种分布。据资料记载,黑鹇在国内分布相当少见,仅分布于云南西部的贡山、盈江县和西藏南部的聂拉木、墨脱等县。结合黑鹇的形态特征与生活习性,因其飞行能力较差,且发现地与分布地相距较远,初步推测该区域的活动种群并非为迁移种群,因而本调查结果就显得尤为重要。此外,本文亦对此次发现进行了初步探讨。

关键词：中国陕西黑鹇分布红外相机

秦岭大坪峪川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群生存力分析

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生态学报 2016年第23期36卷 7724-7731页

作者：王程亮王晓卫赵海涛任轶李保国陕西省动物研究所陕西省濒危动物保育与利用重点实验室西安710032 西北大学生命科学学院西安710069

小种群的保护已成为保护生物学中一个重要的问题,鉴于小种群极易灭绝的特性,寻找制约小种群存活的关键因子,形成快速拯救的措施,是目前对于小种群进行保护十分迫切的任务。根据秦岭大坪峪地区2个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群... 详细信息

小种群的保护已成为保护生物学中一个重要的问题,鉴于小种群极易灭绝的特性,寻找制约小种群存活的关键因子,形成快速拯救的措施,是目前对于小种群进行保护十分迫切的任务。根据秦岭大坪峪地区2个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群连续5a的观察数据,参照群体大小、配偶体制、迁移扩散、环境容纳量、死亡率、灾害的发生频率等种群参数,并结合川金丝猴其他种群的研究结果,利用旋涡模型(Vortex 10.0),对猴群未来100a内的数量动态进行了模拟分析。结果表明,在没有个体迁移的情况下,大坪峪种群种群100a间灭绝概率为95.8%和93%;当存在个体迁移和扩散的情况,灭绝概率为2%和0.4%。因此种群间个体迁移是秦岭大坪峪川金丝猴种群数量动态的限制因子。鉴于此,增加川金丝猴大坪峪种群间的个体交流,能够保证本群川金丝猴长期生存所需的遗传多样性。同时,增加秦岭川金丝猴各种群间的个体交流,建立群间的生境走廊对这一世界性濒危物种的长期存活具有重要的现实意义。

关键词：秦岭山脉川金丝猴种群生存力分析(PVA) 迁移

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雄性川金丝猴对雌性的受孕认知与等级识别

兽类学报 2019年第3期39卷 227-233页

作者：赵海涛王晓卫侯大富王程亮任轶付卫伟李保国陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室陕西省动物研究所西安710032 西北大学生命科学学院西安710069 陕西米仓山国家级自然保护区管理局西乡723500

社会认知是群居动物适应复杂环境和社会生活能力的体现,致力于理解自身、他人与社会。认知有利于促进利益分配的优化,而行为认知策略则是关注的热点问题。但迄今为止,川金丝猴如何进行社会地位与受孕状态等基础认知尚不清楚。本研究通... 详细信息

社会认知是群居动物适应复杂环境和社会生活能力的体现,致力于理解自身、他人与社会。认知有利于促进利益分配的优化,而行为认知策略则是关注的热点问题。但迄今为止,川金丝猴如何进行社会地位与受孕状态等基础认知尚不清楚。本研究通过投食招引,在个体识别和等级判定的基础上,以栖息于秦岭观音山自然保护区熊猫谷景区的一个半野生川金丝猴群为对象,采用瞬时扫描和焦点动物取样法,观察并收集了猴群中6个一雄多雌单元成年雌雄个体的空间位置、邀配、交配及产仔行为数据,结合食物密度梯度"同心圆"和受孕周期,推测雌性成功受孕的交配时间段,运用配对t-检验统计证实受孕前后雌性的交配实现率差异显著(t=4.527,P=0.001),表现为受孕前雌性邀配行为获取的雄性响应率明显高于受孕后;通过Spearman相关性检验发现,雌性受孕前的交配实现率(R=0.527,P=0.006)及受孕时间(R=0.556,P=0.049)与自身等级均显著正相关,即高等级雌性邀配行为的雄性响应率及与雄性生殖性交配的时间明显高于或早于低等级雌性。结果表明,雄性川金丝猴拥有认知单元内成年雌性受孕状况和等级地位的能力,这种认知能力影响着雄性的性行为方式。

关键词：川金丝猴性行为受孕等级关系社会认知

陕西省楼观台实验林场川金丝猴的种群数量及分布

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四川动物 2018年第2期37卷 219-223页

作者：钟凌贾康胜王晓卫雷颖虎曹崇文王程亮任轶付卫伟赵海涛李保国陕西省自然保护区和野生动物管理站西安710082 陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室西安710032 西北大学生命科学学院陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室西安710069 中国科学院西安分院西安710043 陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心西安710402 陕西省楼观台实验林场西安710402

2016年5—10月,采用"V"形样线调查和红外相机监测相结合的方法,对陕西省楼观台实验林场川金丝猴Rhinopithecus roxellana的种群分布、数量进行调查,初步探讨林场内猴群的社会结构。通过持续跟踪观察,发现猴群共2处,证实一雄多雌单元(OMU... 详细信息

2016年5—10月,采用"V"形样线调查和红外相机监测相结合的方法,对陕西省楼观台实验林场川金丝猴Rhinopithecus roxellana的种群分布、数量进行调查,初步探讨林场内猴群的社会结构。通过持续跟踪观察,发现猴群共2处,证实一雄多雌单元(OMU)15个,全雄单元(AMU)1个,能区分不同个体137只。AMU有8只个体,OMU平均大小为8.6只,其中,成年占40%、青少年占48%、婴幼猴占12%。成年雌雄的比例为2.40∶1,成年与青少年的比例为1∶1.22,且主要分布于林场南部的东碾道-秦岭村-光头山区域。与秦岭其他种群相比,虽OMU大小基本一致,但成年雌雄的比例却低于其他种群,造成的原因尚不清楚。本次调查不仅摸清了陕西省楼观台实验林场川金丝猴的种群数量、分布与社会结构,且为陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心圈养川金丝猴的饲养管理提供基础资料。

关键词：秦岭北坡川金丝猴种群调查分布

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秦岭南坡大坪峪川金丝猴的种群研究

生物学通报 2016年第12期51卷 44-46页

作者：杨斌黄康王开锋张鹏赵建强王晓卫李保国陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室陕西西安710032 西北大学生命科学学院陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室陕西西安710069 中山大学社会与人类学院广东广州510275 陕西省佛坪县旅游局陕西佛坪723400

开展不同地区的灵长类种群研究,是进一步进行不同地理种群间的遗传、分类、行为和认知等比较研究的基础,具有重要的科学意义。以秦岭陕西省观音山自然保护区内大坪峪的川金丝猴为研究对象,分别采用随机取样法、扫描取样法和焦点动物取样... 详细信息

开展不同地区的灵长类种群研究,是进一步进行不同地理种群间的遗传、分类、行为和认知等比较研究的基础,具有重要的科学意义。以秦岭陕西省观音山自然保护区内大坪峪的川金丝猴为研究对象,分别采用随机取样法、扫描取样法和焦点动物取样法,收集猴群的种群结构数据收集。结果显示秦岭南坡的猴群基本社会结构组成和秦岭北坡基本一致,但秦岭南坡佛坪的川金丝猴种群显著小于秦岭北坡周至的川金丝猴种群(Z=-2.741,P<0.01),且经常发生分群和合群现象。导致这一现象的发生,可能是秦岭南坡的大坪峪栖息地破碎化。

关键词：川金丝猴种群大小