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基于Cytb基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

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海洋渔业 2023年第4期45卷 423-433页

作者：李大命刘燕山唐晟凯殷稼雯谷先坤蒋琦辰蔡永久张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室南京210008

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的... 详细信息

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点分布曲线与中性检验结果表明,鲢群体进化过程中较为稳定,没有经历过种群扩张事件。研究结果表明,应将长江水系和淮河水系鲢群体作为不同的管理单元进行保护。

关键词：鲢细胞色素b基因遗传多样性遗传结构

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滆湖鲢、鳙种群生长特征及起捕规格

江苏农业科学 2021年第6期49卷 134-139页

作者：李大命唐晟凯刘燕山周志军谷先坤殷稼雯刘洋何浩然沈冬冬朱凛李春宁张彤晴江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 江苏省滆湖渔业管理委员会办公室江苏常州213161

2019年7—11月在滆湖采集了126尾鲢、153尾鳙样本,研究鲢、鳙年龄组成及生长特征。结果显示,鲢由0^(+)~5^(+)龄共6个年龄段组成,其中0^(+)~3^(+)龄的低龄组占据明显优势,种群数量占比为81.0%。鳙由1^(+)~8+龄共8个年龄段组成,其中1^(+)~... 详细信息

2019年7—11月在滆湖采集了126尾鲢、153尾鳙样本,研究鲢、鳙年龄组成及生长特征。结果显示,鲢由0^(+)~5^(+)龄共6个年龄段组成,其中0^(+)~3^(+)龄的低龄组占据明显优势,种群数量占比为81.0%。鳙由1^(+)~8+龄共8个年龄段组成,其中1^(+)~3^(+)龄的低龄组占据明显优势,种群数量占比为84.3%。鲢、鳙的体长与体质量符合幂指数关系,方程式分别为m=0.011L^(3.149)和m=0.0273L^(2.9412)。鲢、鳙的生长规律可用von Bertalanffy生长方程表示,鲢的生长方程为L_(t)=97.55[1-e^(-0.2052(t+0.4577))]和m_(t)=20203.64[1-e^(-0.2052(t+0.4577))]3.149,鳙的生长方程为Lt=108.48[1-e^(-0.16(t+1.008))]和mt=26456.54[1-e^(-0.16(t+1.008))]2.9412。根据鲢、鳙的生长方程计算出生长速度和生长加速度方程,并得出鲢、鳙生长拐点分别为5.13、5.73龄。综合考虑鲢、鳙的生长特征、生态作用及市场需求,建议选择5^(+)龄作为滆湖鲢、鳙的起捕年龄。研究结果为滆湖鲢、鳙资源科学保护和合理利用及滆湖生态环境修复提供重要参考依据。

关键词：滆湖鲢鳙年龄生长特征捕捞规格

基于COⅠ基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性分析

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江苏农业科学 2021年第20期49卷 177-181页

作者：李大命刘洋唐晟凯刘燕山蒋琦辰何浩然沈冬冬张彤晴江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210046

为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态。通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段。序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ... 详细信息

为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态。通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段。序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ基因序列碱基组成相似,且具有明显碱基组成偏向性,A+T的含量高于G+C的含量。翘嘴鲌的46条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义了4种单倍型(Hq1-Hq4),翘嘴鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.422和0.00085;蒙古鲌的20条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义4种单倍型(Hm1-Hm4),蒙古鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.695和0.00190;达氏鲌的41条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义5种单倍型(Hd1-Hd5),达氏鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.230和0.00053。中性检验和歧点分布分析显示,3种鲌类在历史进化过程中经历了不明显的种群扩张。整体来看,滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性水平较低,种群遗传组成趋于单一化,需要采取措施增加鲌类种群数量,提高其遗传多样性水平。

关键词：国家级水产种质资源保护区遗传多样性 COⅠ基因翘嘴鲌蒙古鲌达氏鲌

长江下游近口段近岸鱼类群落多样性及潮汐强度的影响

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生态学杂志 2020年第6期39卷 1865-1874页

作者：阎明军胡春亭蔺丹清马凤娇徐跑刘凯南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081 农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站中国水产科学研究院淡水渔业研究中心江苏无锡214081 水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306

为了解长江下游近口段近岸鱼类群落多样性及其潮汐的影响,于2016-2017年在靖江样点、2017-2018年在常熟样点分别进行连续4个季度的鱼类调查,同步收集潮汐强度数据。结果表明:靖江样点共监测到鱼类61种,隶属于9目18科47属,鲢(Hypophthalm... 详细信息

为了解长江下游近口段近岸鱼类群落多样性及其潮汐的影响,于2016-2017年在靖江样点、2017-2018年在常熟样点分别进行连续4个季度的鱼类调查,同步收集潮汐强度数据。结果表明:靖江样点共监测到鱼类61种,隶属于9目18科47属,鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、刀鲚(Coilia nasus)、贝氏?(Hemiculter bleekeri)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳙(Aristichthys nobilis)为主要优势种;常熟样点共监测到鱼类41种,隶属于8目14科34属,鲢、中国花鲈(Lateolabrax maculatus)、鳙、鳊(Parabramis pekinensis)和鲫(Carassius auratus)为主要优势种;靖江样点Margalef指数、Shannon指数和Simpson指数均大于常熟样点,Pielou指数则小于常熟样点;SIMPER分析表明,靖江和常熟样点周年群落组成平均相似度分别为64.5%和64.7%,样点间平均相异度为61.1%;不同季节各潮汐周期内鱼类群落多样性相关分析结果显示,在95%置信区间内,靖江样点物种数、渔获重量、Shannon指数与采样日最大潮差呈极显著正相关(P 资源保护与可持续利用提供支撑。

关键词：长江近口段鱼类群落多样性优势种潮汐强度

基于COI和Cytb基因序列的太湖河蚬遗传多样性分析

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生物学杂志 2023年第1期40卷 69-73页

作者：李大命刘洋刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯蒋琦辰张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院南京210023

以线粒体COI和Cytb基因部分序列作为分子标记,对太湖河蚬(Corbicula fluminea)群体的遗传多样性进行分析。结果显示:COI和Cytb序列片段长度分别为614 bp和621 bp,两基因片段的碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性。COI序列有1... 详细信息

以线粒体COI和Cytb基因部分序列作为分子标记,对太湖河蚬(Corbicula fluminea)群体的遗传多样性进行分析。结果显示:COI和Cytb序列片段长度分别为614 bp和621 bp,两基因片段的碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性。COI序列有19个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.851±0.04和0.007 45±0.000 81,平均核苷酸差异数为4.572,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.020;Cytb序列有19个变异位点,定义17种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.896±0.028和0.005 10±0.000 51,平均核苷酸差异数为3.167,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.013,河蚬的遗传多样性具有高单倍性多样性和高核苷酸多样性特征。中性检验结果和歧点分布图分析表明,太湖河蚬种群进化过程中保持相对稳定,未经历显著的种群扩张过程。

关键词：河蚬遗传多样性 Cytb基因 COI基因种群历史

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启东长江口围填海工程对大型底栖动物的影响

广西科学 2021年第5期28卷 529-536页

作者：袁健美张虎肖悦悦贲成恺胡海生祖凯伟江苏省海洋水产研究所江苏南通226007

为研究启东长江口围填海工程对大型底栖动物的影响,于2019年春季和夏季对围填海工程外侧水域大型底栖动物进行调查,分析群落结构特征、多样性指数及其与环境因子的关系。结果表明:2019年共采集大型底栖动物40种,其中围填海建造的围堤近... 详细信息

为研究启东长江口围填海工程对大型底栖动物的影响,于2019年春季和夏季对围填海工程外侧水域大型底栖动物进行调查,分析群落结构特征、多样性指数及其与环境因子的关系。结果表明:2019年共采集大型底栖动物40种,其中围填海建造的围堤近侧和离岸20 km以外辐射的外侧海域分别采集到大型底栖动物19种和29种;近侧海域和远侧海域的优势种分别为7种和10种,春、夏季共有优势种分别为伶鼬榧螺Oliva mustelina和异足索沙蚕Lumbrineris heteropoda,优势类群为软体动物和环节动物,并且出现小型化、单一化趋势;近侧海域和远侧海域平均生物密度分别为15.36,19.64 ind./m^(2),平均生物量分别为1.28,3.80 g/m^(2);2019年近侧海域生物多样性指数较2011年有所下降,低于远侧海域;冗余分析(Redundancy Analysis,RDA)表明,盐度、水深是影响大型底栖动物的主要环境因子。围填海改变了海域的盐度、水深、沉积物等生境,加之围垦后人为频繁的扰动及陆源输入等综合因子的影响,导致大型底栖动物群落结构和多样性指数均发生变动。

关键词：大型底栖动物群落结构生物多样性围填海启东

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2019年秋冬季长荡湖渔获物资源调查

水产养殖 2020年第6期41卷 25-28,35页

作者：殷稼雯徐俊华付言言朱滨清何浩然张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 长荡湖水产管理委员会管理处江苏金坛213224 生态环境部南京环境科学研究所自然保护与生物多样性研究中心江苏南京210042

江苏省淡水水产研究所于2019年丰水期和枯水期对长荡湖渔业资源进行监测,以期掌握长荡湖渔业资源现状。3个监测点位共监测到渔获物30种,其中鱼类21种,龟鳖目1种,虾类3种,蟹类1种,螺类4种。鲤科种类最多,鱼类群落中,刀鲚(湖鲚)的数量最多... 详细信息

江苏省淡水水产研究所于2019年丰水期和枯水期对长荡湖渔业资源进行监测,以期掌握长荡湖渔业资源现状。3个监测点位共监测到渔获物30种,其中鱼类21种,龟鳖目1种,虾类3种,蟹类1种,螺类4种。鲤科种类最多,鱼类群落中,刀鲚(湖鲚)的数量最多,约占渔获物81.5%。鳙、鲢产量巨大,在渔获物产量中占有绝对优势,合计约75.9%。长荡湖鱼类生物多样性较低,目前的鱼类群落结构物种丰富度较低。需根据鱼类群落结构及时空分布特点对增殖放流工作进行调整,重塑生态环境,实现渔业资源的可持续利用,以促进长荡湖生态文明建设。

关键词：长荡湖渔业资源监测鱼类生物多样性增殖放流

江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设现状及展望

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水产科技情报 2023年第4期50卷 259-264页

作者：李大命唐晟凯钟立强刘燕山谷先坤殷稼雯蒋琦辰江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017

水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础,属于国家的重要战略资源,划定水产种质资源保护区是保护水产种质资源及其栖息环境的重要措施之一。文章概述了江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设过程及现状,... 详细信息

水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础,属于国家的重要战略资源,划定水产种质资源保护区是保护水产种质资源及其栖息环境的重要措施之一。文章概述了江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设过程及现状,总结了水产种质资源保护区的水域类型、面积大小及保护对象种类,指出水产种质资源保护区建设和管理中存在的一些问题,并就水产种质资源保护区的未来发展提出了措施建议。

关键词：国家级水产种质资源保护区保护对象保护区建设措施建议

基于线粒体Ctyb基因的滆湖3种黄颡鱼遗传多样性分析

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安徽农业科学 2023年第21期51卷 105-108,121页

作者：李大命刘洋刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210046

为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因... 详细信息

为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因的碱基组成具有偏倚性,碱基A+T的含量(55.6%)高于G+C的含量(44.4%)。49尾黄颡鱼的Cytb基因序列有23个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性为0.903,核苷酸多样性为0.002 40;40尾光泽黄颡鱼的Cytb基因序列有25个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.004 59;32尾长须黄颡鱼的Cytb基因序列有20个多态位点,定义11种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.829和0.002 25。整体来看,3种黄颡鱼的单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性较低。黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的种内遗传距离分别为0~0.006、0~0.012和0~0.008。3种黄颡鱼的种间遗传距离为0.078~0.138,长须黄颡鱼与黄颡鱼的亲缘关系较近、与光泽黄颡鱼的亲缘关系较远。Tajima’s D和Fu’s F_s中性检验值均为负值,且核苷酸不配对分布图呈现单峰型,表明3种黄颡鱼经历过明显的种群扩张过程。该研究结果可为滆湖3种黄颡鱼的种质资源保护及开发利用提供参考依据。

关键词：遗传多样性 Cytb基因黄颡鱼光泽黄颡鱼长须黄颡鱼