检索结果-南通市图书馆

基于转录组学的不同色系蝴蝶兰花色苷差异积累分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2018年第14期16卷 4530-4542页

作者：张加强史小华刘慧春马广莹邹清成朱开元周江华毛军铭浙江省农业科学院花卉研究开发中心杭州311202

蝴蝶兰花色丰富且极具变化,是研究花着色机制的理想材料。本研究利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较三种不同色系蝴蝶兰花器官转录组,鉴定蝴蝶兰花色苷合成的相关基因,从转录组水平揭示蝴蝶兰花色苷生物合成的分子调控机制。选取白花... 详细信息

蝴蝶兰花色丰富且极具变化,是研究花着色机制的理想材料。本研究利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较三种不同色系蝴蝶兰花器官转录组,鉴定蝴蝶兰花色苷合成的相关基因,从转录组水平揭示蝴蝶兰花色苷生物合成的分子调控机制。选取白花蝴蝶兰(PAPW)、红花蝴蝶兰(PAPR)和黄花蝴蝶兰(PAPY)为试验材料,对其花苞及盛开花朵分别釆样,分别提取三个样品的总RNA,利用Illumina Hiseq 2 000进行测序分析,过滤处理后分别得到总Clean reads片段为60 031 912、57 685 822和55 765 402个,GC含量分别为47.78%、47.36%和49.48%,平均长度约为575 bp,N50长度为940 bp,对获得的All-unigenes进行功能注释,注释到Swiss-Prot、Nt、KO、Nr、GO和KOG数据库的Unigenes分别是22 321、19 199、8 671、28 952、20 152和10 380个;PAPR和PAPW相比差异基因共有642个,上调基因有354个,下调基因有288个;PAPY和PAPW相比差异基因共有2 459个,上调基因有132个,下调基因2 327个;KEGG代谢分析表明,2个对比组中的差异基因富集在不同代谢通路中。PAPR和PAPW差异基因主要富集在类黄酮生物合成,苯丙氨酸代谢和钙信号通路等代谢通路,其中类黄酮生物合成中差异基因为8个(7个上调,1个下调)。PAPY和PAPW差异表达基因主要富集在DNA复制,烷、哌啶和吡啶生物碱和细胞凋亡等代谢通路,其中,参与到淀粉与蔗糖代谢中的差异基因最多,有34条(1个上调,33个下调)。这些信息为蝴蝶兰不同花色苷形成相关关键基因的研究提供了重要依据。

关键词：蝴蝶兰不同色系花色苷转录组测序差异表达基因

芍药MADS-box基因家族的鉴定及适应性进化分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2019年第21期17卷 6959-6966页

作者：张加强朱开元史小华浙江省萧山棉麻研究所

在植物生长发育过程中,MADS-box是一大类重要的转录调控因子,尤其是在植物花器官发育过程中起到重要的作用。本研究以已经公开的芍药(Paeonia lactiflora)MADS-box相关的基因信息为研究对象,利用生物信息学方法对芍药MADS-box基因家族... 详细信息

在植物生长发育过程中,MADS-box是一大类重要的转录调控因子,尤其是在植物花器官发育过程中起到重要的作用。本研究以已经公开的芍药(Paeonia lactiflora)MADS-box相关的基因信息为研究对象,利用生物信息学方法对芍药MADS-box基因家族进行鉴定和注释,并对其基本理化性质、保守基序以及适应性进化等方面进行分析。结果表明,在芍药中鉴定出23个MADS-box基因家族成员,编码的氨基酸序列长度在209~244 aa之间,相对分子量介于24.29~28.13 kD之间,氨基酸组成以Leu含量最为丰富。系统进化树的分析表明,23个芍药MADS-box基因可分为AP1亚族、AP3亚族、PI亚族、SEP1亚族、AG亚族、AGL亚族和SEP3亚族等7个。保守基序分析发现,所有芍药MADS-box基因家族成员中都包含有高度保守的MADS和K-box基序,均属于MIKCC型基因。适应性进化分析发现,PlMADS基因虽存在有正选择的分支,但大多数分支受到强烈的负选择作用。研究结果为深入理解芍药MADS-box基因的生物学功能提供了重要的参考信息。

关键词：芍药(Paeonia lactiflora) 花器官发育 MADS-box基因适应性进化

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

观赏植物DFR基因的密码子使用模式比较

分子植物育种 2019年第16期17卷 5276-5284页

作者：张加强朱开元刘慧春谭晨周江华浙江省萧山棉麻研究所

二氢黄酮醇4-还原酶(dihydroflavonol 4-reductase, DFR)是植物类黄酮代谢途径的关键酶之一,在植物花色修饰起重要作用。本研究以观赏植物的21个DFR基因为研究对象,利用CodonW和MEGA 5.05等软件分析其密码子使用模式,探讨影响密码子使... 详细信息

二氢黄酮醇4-还原酶(dihydroflavonol 4-reductase, DFR)是植物类黄酮代谢途径的关键酶之一,在植物花色修饰起重要作用。本研究以观赏植物的21个DFR基因为研究对象,利用CodonW和MEGA 5.05等软件分析其密码子使用模式,探讨影响密码子使用偏性的主要因素。结果表明:观赏植物DFR基因密码子使用偏性较弱;DFR基因在单/双子叶观赏植物之间的密码子使用偏好性存在差异;单子叶观赏植物偏好以G/C结尾,而双子叶观赏植物偏好使用A/T结尾。有效密码子数分析显示,大部分观赏植物DFR基因(占供试材料76.19%)分布于期望曲线下方;奇偶偏好分析发现,嘌呤(A和G)和嘧啶(T和C)的使用频率存在不均衡使用。由此可推测观赏植物DFR基因的密码子偏性使用模式受到突变压力和选择作用等因素的共同影响。此外,还确定了ATT等倾向以A/T结尾的15个最优密码子。本研究结果为观赏植物花色转基因研究中的密码子改造及优化提供了理论参考。

关键词：观赏植物花色 DFR 密码子偏性最优密码子

植物赤霉素氧化酶GA20ox基因的生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2019年第15期17卷 4986-5002页

作者：张加强刘慧春周江华谭晨朱开元浙江省萧山棉麻研究所

在植物发育和生理过程中,GA-20氧化酶(GA-20 oxidase, GA20ox)起着非常重要的调控作用。运用生物信息学的方法,对27种不同植物的GA20ox基因的氨基酸序列的基本理化参数进行预测和分析,并构建其系统进化树。结果表明,植物GA20ox的蛋白质... 详细信息

在植物发育和生理过程中,GA-20氧化酶(GA-20 oxidase, GA20ox)起着非常重要的调控作用。运用生物信息学的方法,对27种不同植物的GA20ox基因的氨基酸序列的基本理化参数进行预测和分析,并构建其系统进化树。结果表明,植物GA20ox的蛋白质序列长度在345~426 aa之间,分子量在39.23~49.15 kD之间,等电点在5.09~7.65之间,大多数植物的GA20ox蛋白呈酸性、蛋白较为稳定、表现为亲水性、定位于细胞核中、具有多个功能位点(包括磷酸化位点和糖基化位点);27种不同植物的含有5个保守基序,其中Motif 1和Motif 2为2OG-FeⅡ_Oxy域,Motif 3为DIOX_N域;基于氨基酸序列的系统聚类结果与物种间的亲缘关系远近相一致,具有明显种属特征;GA20ox蛋白二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主要元件。该研究结果对深入解析植物GA20的生物学功能及GA调控机理具有重要意义,为以后植物定向改良育种实践提供理论参考。

关键词：生物信息学赤霉素 GA-20氧化酶休眠与萌发

油用牡丹脂肪酸脱氢酶基因FAD3密码子偏好性分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2019年第17期17卷 5569-5577页

作者：张加强刘慧春朱开元周江华谭晨浙江省萧山棉麻研究所

本研究以油用牡丹的脂肪酸脱氢酶FAD3基因为研究对象,运用Codon W和CUSPS等研究FAD3基因的密码子使用偏好性及组成特征。研究表明,油用牡丹FAD3基因的ENc值为55.58,该基因密码子选择偏性较弱,GC含量为0.457,密码子第3位碱基的GC含量为0.... 详细信息

本研究以油用牡丹的脂肪酸脱氢酶FAD3基因为研究对象,运用Codon W和CUSPS等研究FAD3基因的密码子使用偏好性及组成特征。研究表明,油用牡丹FAD3基因的ENc值为55.58,该基因密码子选择偏性较弱,GC含量为0.457,密码子第3位碱基的GC含量为0.420,油用牡丹FAD3基因有18个偏好使用的密码子,其中约72.22%(13个)的密码子以A/T结尾;聚类结果分析表明,基于FAD3基因密码子相对使用度RSCU和CDS序列的分类结果一致,均能将单子叶植物和双子叶植物区分开;与大肠杆菌、酵母、拟南芥和烟草的基因组密码子使用偏好性比较,油用牡丹与烟草基因组密码子的使用偏性更为接近,烟草更适合作为FAD3转基因的受体。本研究结果为FAD3基因选择适合的受体和提高该基因的表达水平提供参考依据。

关键词：油用牡丹脂肪酸脱氢酶密码子偏好性聚类分析