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基于客观λ_(2)方法的海洋三维涡旋核心线提取

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海洋通报 2024年第2期43卷 151-161页

作者：田丰林李博涵田万林唐蓦然马颖自然资源部城市国土资源监测与仿真重点实验室广东深圳518034 中国海洋大学信息科学与工程学部山东青岛266100 崂山实验室区域海洋动力学与数值模拟功能实验室山东青岛266000 深圳市海洋发展研究促进中心广东深圳518000

涡旋核心线是海洋中尺度涡旋结构的重要组成要素,涡旋核心线提取和可视化对于切入中尺度涡三维结构研究、开展海洋垂直物质能量运输分析具有重要意义。本文基于客观参考框架和λ_(2)准则,提出了使用客观化的流场参数得到λ_(2)区域,并... 详细信息

涡旋核心线是海洋中尺度涡旋结构的重要组成要素,涡旋核心线提取和可视化对于切入中尺度涡三维结构研究、开展海洋垂直物质能量运输分析具有重要意义。本文基于客观参考框架和λ_(2)准则,提出了使用客观化的流场参数得到λ_(2)区域,并提取其山谷线作为涡旋核心线的方法,实现了对海洋三维结构中尺度涡旋核心线的提取和可视化。首先,引入了最优局部参考系,使得速度、速度梯度等测度成为在变化的参考系下保持不变的客观量,提升了在海洋科学实践中的可靠性和实用性;其次,针对含有垂向速度的海洋三维流场数据,计算其空间雅可比矩阵,展示了涡旋核心区域的三维结构,实现了海洋涡旋研究从二维到三维的提升;最后,分别在多个半径大小播撒流线种子点,分析不同旋转方向的涡旋,对已提取的涡旋核心线实验结果进行验证,证明了客观λ_(2)海洋三维涡旋核心线提取方法的有效性及可行性。

关键词：海洋流场涡旋核心线客观性三维结构

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基于客观λ方法的海洋三维涡旋核心线提取

海洋通报 2024年

作者：田丰林李博涵田万林唐蓦然马颖中国海洋大学信息科学与工程学部自然资源部城市国土资源监测与仿真重点实验室深圳市海洋发展研究促进中心崂山实验室区域海洋动力学与数值模拟功能实验室

涡旋核心线是海洋中尺度涡旋结构的重要组成要素，涡旋核心线提取和可视化对于切入中尺度涡三维结构研究、开展海洋垂直物质能量运输分析具有重要意义。本文基于客观参考框架和λ2准则，提出了使用客观化的流场参数得到λ2区域，并提取... 详细信息

涡旋核心线是海洋中尺度涡旋结构的重要组成要素，涡旋核心线提取和可视化对于切入中尺度涡三维结构研究、开展海洋垂直物质能量运输分析具有重要意义。本文基于客观参考框架和λ2准则，提出了使用客观化的流场参数得到λ2区域，并提取其山谷线作为涡旋核心线的方法，实现了对海洋三维结构中尺度涡旋核心线的提取和可视化。首先，引入了最优局部参考系，使得速度、速度梯度等测度成为在变化的参考系下保持不变的客观量，提升了在海洋科学实践中的可靠性和实用性；其次，针对含有垂向速度的海洋三维流场数据，计算其空间雅可比矩阵，展示了涡旋核心区域的三维结构，实现了海洋涡旋研究从二维到三维的提升；最后，分别在多个半径大小播撒流线种子点，分析不同旋转方向的涡旋，对已提取的涡旋核心线实验结果进行验证，证明了客观λ2海洋三维涡旋核心线提取方法的有效性及可行性。

关键词：海洋流场涡旋核心线客观性三维结构

牙鲆foxl3的分子特征、亚细胞定位及组织表达

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中国水产科学 2023年第4期30卷 406-414页

作者：武宁宁刘翠汪惟超张俊玲上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心上海海洋大学国家海洋生物科学国际联合研究中心

为明确牙鲆(Paralichthys olivaceus)foxl3的结构和功能,通过PCR克隆和测序获得了牙鲆foxl3的编码区(coding sequence, CDS)和3’非编码区(untranslated region, UTR),共1089 bp,其中开放阅读框(open reanding frame,ORF) 750 bp,编码249个氨基酸。Foxl3二级结构包含一个FH (Forkhead)结构域;三级结构则包含20.48%的α螺旋、15.26%的延伸链和64.26%的无规则卷曲,不均匀分布在蛋白多肽链上。比较多种生物Foxl3氨基酸序列发现,牙鲆Foxl3与其他鱼类相似度较高,其中与大菱鲆(Scophthalmus maximus)同源性最高,达到91.97%,与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最低,仅为66.27%。通过氨基酸序列比对发现,与Foxl2相比, Foxl3在不同物种之间的差异更为显著,说明foxl3的进化速度比foxl2快。亚细胞定位显示,Foxl3细胞融合蛋白在细胞核和细胞质中表达。实时荧光定量PCR检测结果显示foxl3在牙鲆卵巢中表达量最高,显著高于精巢等其他组织,暗示foxl3可能在牙鲆卵巢发育与分化中具有重要意义。

关键词：牙鲆 foxl3 分子特征亚细胞定位组织表达

高通量测序揭示高、低温季节下长牡蛎菌群变化

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食品研究与开发 2022年第18期43卷 164-172页

作者：徐皓月张翔谷莉白昌明辛鲁生王文彬王崇明江苏海洋大学食品科学与工程学院江苏连云港222000 中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室山东青岛266071

为解析高、低温季节对养殖长牡蛎(Crassostrea gigas)微生物群落组成,及微生物群落变化对长牡蛎品质和食品安全的潜在影响,利用16s扩增子高通量测序技术,对高温季节和低温季节采集自青岛鳌山湾的长牡蛎软体组织微生物群落结构进行分析... 详细信息

为解析高、低温季节对养殖长牡蛎(Crassostrea gigas)微生物群落组成,及微生物群落变化对长牡蛎品质和食品安全的潜在影响,利用16s扩增子高通量测序技术,对高温季节和低温季节采集自青岛鳌山湾的长牡蛎软体组织微生物群落结构进行分析。高通量测序结果表明,高温季节长牡蛎样本软体组织中的细菌群落主要由变形菌门(Proteobacteria,40.35%)、厚壁菌门(Firmicutes,19.87%)、放线菌门(Actinobacteria,12.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,10.39%)组成;在属水平上优势菌为双歧杆菌属(Bifidobacterium,5.11%)、栖水菌属(Enhydrobacter,5.03%)、内源性单胞菌属(Endozoicomonas,4.81%)和甲基杆菌属(Methylobacterium,3.04%)。低温季节长牡蛎样本软体组织中细菌群落发生变化,放线菌门占比大幅降低至4.14%,蓝细菌门(Cyanobacteria,9.05%)占比由2.61%上升至9.05%;在属水平上鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,21.13%)、蓝细菌(Cyanobacteria,7.70%)和支原体属(Mycoplasma,5.08%)占比上升,成为优势菌,而双歧杆菌属(0.58%)、栖水菌属(0.05%)占比大幅降低;弧菌属(Vibrio)在外套膜组织中占比最高,整体占比由高温季节的1.25%降低至0.10%,与传统培养结果一致。从高温季节到低温季节,长牡蛎样品中微生物群落丰富度略有增加,而多样性有所下降。该研究可为评估不同季节长牡蛎品质与安全的影响提供参考。

关键词：长牡蛎高温季节低温季节微生物高通量测序

鲍疱疹病毒原位LAMP检测方法的建立与初步应用

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水产学报 2022年第5期46卷 885-894页

作者：谷莉郑玉东张翔白昌明刘金兰辛鲁生李晨王崇明天津农学院水产学院天津市水产生态及养殖重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业农村部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国海洋大学水产动物病害与免疫学实验室

为精确定位鲍疱疹病毒(HaHV-1)在宿主不同组织器官中的分布，明确HaHV-1的组织亲嗜性和侵染进程，实验基于环介导等温扩增技术(LAMP)和原位杂交技术建立了HaHV-1的原位LAMP检测方法。利用该方法研究了HaHV-1人工感染实验不同时间节点，... 详细信息

为精确定位鲍疱疹病毒(HaHV-1)在宿主不同组织器官中的分布，明确HaHV-1的组织亲嗜性和侵染进程，实验基于环介导等温扩增技术(LAMP)和原位杂交技术建立了HaHV-1的原位LAMP检测方法。利用该方法研究了HaHV-1人工感染实验不同时间节点，病毒在杂色鲍主要器官的分布规律和组织亲嗜性。并对已报道的HaHV-1 LAMP扩增引物进行优化，实现对载玻片上原位固定靶组织内病毒DNA的稳定、特异扩增，筛选最佳显色时间等原位杂交反应条件，最后通过免疫酶标技术分析HaHV-1在组织样本内的分布情况。结果显示，HaHV-1原位LAMP检测方法最适显色时间为60 min。利用该方法对攻毒后24、36、48、60和72 h,HaHV-1在杂色鲍外套膜、鳃、肝胰腺和腹足神经节4种样本的组织分布情况进行检测和分析。病毒阳性信号最早于36 h出现在腹足神经节，48 h在部分外套膜样本中观察到病毒阳性信号，分布局限于外周神经中。在感染实验后期，病毒阳性信号出现在肝胰腺结缔组织中。病毒阳性信号出现的部位常有大量细胞渗出和浸润，渗出的细胞中可见被病毒感染的血淋巴细胞。本研究建立的HaHV-1原位LAMP检测方法，同步实现了高灵敏度和精确定位的功能。该检测方法适用于病毒感染的确诊、不同组织器官的亲嗜性、病毒侵染途径和致病机理等相关研究。

关键词：杂色鲍鲍疱疹病毒原位LAMP 检测方法

基于液相高分辨质谱联用与核磁共振技术的甘露特钠结构鉴定

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中国药学杂志 2023年第18期58卷 1657-1663页

作者：王悦陈欣桐刘博宋玉娟李俏吟范慧红中国食品药品检定研究院国家药品监督管理局化学药品质量研究与评价重点实验室北京102629

目的建立国家一类新药甘露特钠首批国家标准物质,对标准物质的寡糖结构进行确证。方法采用液质联用、核磁共振等方法确证待标物的结构。液相色谱采用GE Superdex 30 Increase 10/300GL色谱柱对寡糖进行分离,采用负离子模式进行质谱检... 详细信息

目的建立国家一类新药甘露特钠首批国家标准物质,对标准物质的寡糖结构进行确证。方法采用液质联用、核磁共振等方法确证待标物的结构。液相色谱采用GE Superdex 30 Increase 10/300GL色谱柱对寡糖进行分离,采用负离子模式进行质谱检测;采用一维、二维核磁共振技术,对聚甘露糖醛酸、聚古罗糖醛酸及待标物进行结构分析。结果通过对质谱、光谱的分析,确证了甘露特钠待标品是以2~10糖组成的寡糖混合物,分子骨架以甘露糖醛酸为主,与理论结构一致。结论本研究建立了甘露特钠结构确证方法,并对甘露特钠首批对照品的相对分子质量、分子结构进行了确证。

关键词：甘露特钠高分辨质谱核磁共振结构鉴定国家对照品甘露糖醛酸古罗糖醛酸

基于原位LAMP技术的牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)易感宿主调查

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渔业科学进展 2023年第2期44卷 174-185页

作者：张翔谷莉郑玉东李晨白昌明辛鲁生王崇明刘金兰天津农学院水产学院、天津市水产生态及养殖重点实验室天津300384 中国水产科学研究院黄海水产研究所、青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业农村部海水养殖病害防治重点实验室、青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室山东青岛266071 中国海洋大学水产动物病害与免疫学实验室山东青岛266003

牡蛎疱疹病毒(Ostreidherpesvirus1,Os HV-1)给世界双壳贝类养殖业造成了严重的经济损失。10余种双壳贝类陆续被认定为易感宿主,仍有其他几种贝类仅有PCR核酸阳性数据,因确诊证据不足导致其易感性未得到充分评估。原位环介导等温核酸扩... 详细信息

牡蛎疱疹病毒(Ostreidherpesvirus1,Os HV-1)给世界双壳贝类养殖业造成了严重的经济损失。10余种双壳贝类陆续被认定为易感宿主,仍有其他几种贝类仅有PCR核酸阳性数据,因确诊证据不足导致其易感性未得到充分评估。原位环介导等温核酸扩增(LAMP)检测技术相对传统原位杂交技术具有灵敏度高、方便快捷、可作为病原微生物感染证据的优点。为了在Os HV-1流行病学调查过程中实现病毒感染的快速检测和确诊,根据已报道的Os HV-1特异性LAMP检测引物,设计内引物,优化反应条件,建立了Os HV-1的原位LAMP检测方法。基于该方法对2019年以来采集的长牡蛎(Crassostreagigas)、福建牡蛎(Crassostrea angulata)、栉孔扇贝(Chlamysfarreri)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、毛蚶(Scapharca subcrenata)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)样本进行检测。结果显示,毛蚶样本的Os HV-1原位LAMP检测结果呈阳性;其他几种贝类部分样本的实时定量PCR (qPCR)检测呈阳性,但原位LAMP检测呈阴性。对毛蚶样本的原位LAMP检测结果分析发现,病毒杂交信号主要分布在外套膜和肝胰腺等器官的结缔组织,推测感染的细胞为成纤维细胞和血淋巴细胞;在闭壳肌和斧足肌肉组织的肌细胞细胞核中也发现较多杂交信号。鳃丝内和周边偶现阳性信号,推测来自渗出的血淋巴细胞。基于原位LAMP技术的Os HV-1检测结果显示,毛蚶是Os HV-1的一种易感宿主,毛蚶结缔组织、肌肉组织和血淋巴细胞对该病毒有强亲嗜性。

关键词：牡蛎疱疹病毒原位LAMP 易感性流行病学调查

硫酸氨基葡萄糖固体口服制剂质量、企业执行标准评价及质控方法探索性研究

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药物评价研究 2023年第11期46卷 2346-2353,2359页

作者：王悦李俏吟宋玉娟程舒倩韩苗苗范慧红中国食品药品检定研究院北京102629 国家药品监督管理局化学药品质量研究与评价重点实验室北京102629

目的评价国内目前市售的硫酸氨基葡萄糖固体口服制剂的质量,考察现行标准中存在的问题,为生产和质量控制提供参考。方法对硫酸氨基葡萄糖固体口服制剂进行国家药品抽检(共73批,涉及8家生产企业),采用现行各企业执行的注册标准(共9个标准... 详细信息

目的评价国内目前市售的硫酸氨基葡萄糖固体口服制剂的质量,考察现行标准中存在的问题,为生产和质量控制提供参考。方法对硫酸氨基葡萄糖固体口服制剂进行国家药品抽检(共73批,涉及8家生产企业),采用现行各企业执行的注册标准(共9个标准)对抽检样品进行法定检验。同时对产品进行探索性研究,表观溶解度参照《美国药典》(USP)1236通则;含量测定方法参照USP43硫酸氨基葡萄糖氯化钠项下相关方法;有关物质方法参照原研企业标准;囊壳铬含量测定方法按照《中国药典》2020年版明胶空心胶囊项下相关方法;建立近红外光谱一致性检验模型。结果73批次硫酸氨基葡萄糖制剂合格率97.3%,2批样品有关物质检查项目不合格。各家质量标准存在一定差异,个别企业质量标准不完善,有待提高,质量标准中部分重要项目检测方法待改进。此外,个别企业应考虑制剂配方工艺的合理性、包装材料的密封性和防潮措施等。探索性研究结果显示,目前各企业执行标准中均没有原料药溶解性检验,建议企业关注晶型等可能影响溶解度的因素;法定检验采用C8色谱柱的结果较探索性结果整体偏高,采用氯离子作为主成分峰进行含量控制方法不专属,紫外可见分光光度法操作复杂、结果偏差较大,建议改为更为简便和专属的HPLC法;原料药为非复盐的受试批次制剂的杂质检出种类、已知杂质果糖嗪和脱氧果糖嗪含量、其他已知杂质类别和总杂含量高于其他受试企业样品,推断原因为其易吸湿;泡腾片中果糖嗪含量较高,未知杂质数量多于其他剂型,推测原因为辅料较多;与胶囊剂相比,片剂含有的杂质更多,提示片剂生产过程中制粒、整粒等温度较高的步骤会对产品质量产生一定影响;可按生产厂家建立近红外光谱一致性模型或相关系数模型,补充本品的快速筛查方法。结论各企业质量标准尚存在一定差异,个别企业质量标准不完善,有待提高,质量标准中部分重要项目的检测方法有待改进。应建立统一的国家标准,建立专属性强、准确度高的检测方法。

关键词：硫酸氨基葡萄糖国家药品抽检探索性研究有关物质现行标准

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基于FVCOM渤海浅水分潮的特征分析

上海海洋大学学报 2020年第6期29卷 921-927页

作者：张志康刘浩上海海洋大学海洋科学学院上海201306

基于非结构有限体积法海洋模型FVCOM(finite volume coast and ocean model),对渤海潮波系统进行数值模拟。利用渤海沿岸共19个潮位站的资料对模拟结果进行验证,计算结果均与实测结果吻合良好。基于此进一步研究渤海3个主要浅水分潮M_(4... 详细信息

基于非结构有限体积法海洋模型FVCOM(finite volume coast and ocean model),对渤海潮波系统进行数值模拟。利用渤海沿岸共19个潮位站的资料对模拟结果进行验证,计算结果均与实测结果吻合良好。基于此进一步研究渤海3个主要浅水分潮M_(4)、MS_(4)和M_(6)的主要特征,并与前人的研究结果进行对比。结果表明:M4和MS4分潮传播特征相似,都存在5个无潮点,其中1个为顺时针旋转,而其余4个为逆时针旋转;对于M_(6)分潮,存在9个无潮点,2个为顺时针,其余7个为逆时针。M_(4)分潮振幅在近岸处可达25 cm,约为M2分潮振幅的10%,MS_(4)振幅次之,M_(6)振幅最小,仅为M_(4)分潮振幅的18%左右。3者振幅均为从外海向近岸迅速增大,表明浅水分潮振幅分布特征与海底地形关系密切。

关键词： FVCOM模型渤海浅水分潮无潮点