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应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

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世界科学技术-中医药现代化 2016年第2期18卷 184-190页

作者：汤欢向丽赵莎孙伟叶萌四川农业大学林学院成都611130 中国中医科学院中药研究所/中药鉴定与安全性检测评估北京市重点实验室北京100700 中国中药公司北京102600

目的:应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法:对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对... 详细信息

目的:应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法:对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果:90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离(0.051和0.056);NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论:基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。

关键词： DNA条形码 ITS2序列黄柏混伪品

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基于DNA条形码的藤类药材鉴定

世界科学技术-中医药现代化 2012年第5期14卷 2005-2009页

作者：孙稚颖张永清山东中医药大学药学院济南250355

目的:对《中国药典》中记载的14种藤类药材进行分子鉴定。方法:以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建NJ(邻接)树。结果:14种藤类... 详细信息

目的:对《中国药典》中记载的14种藤类药材进行分子鉴定。方法:以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建NJ(邻接)树。结果:14种藤类药材的ITS2序列长度为190-284 bp;各药材种内K2P遗传距离为0-0.053,远远小于种间K2P遗传距离(平均值为0.852,最小值为0.309);由所构建的系统聚类树图可以看出,本研究中具有不同产地来源样品的药材均表现出了单系性,同时又与其它药材明显分开。结论:ITS2序列作为条形码适用于鉴定《中国药典》中藤类药材,在中药材的鉴定领域具有重要的应用前景。

关键词：藤类药材 DNA条形码 ITS2 分子鉴定

Bar-HRM技术在人参和西洋参药材鉴定中的应用研究

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世界科学技术-中医药现代化 2016年第2期18卷 191-195页

作者：王志科鲁放熊超孙伟薛建平淮北师范大学生命科学学院淮北235000 中国中医科学院中药研究所北京100700

目的:采用高分辨率熔解曲线技术(HRM),应用ITS2序列对人参和西洋参药材进行快速鉴别,为规范市场药材管理提供一个新的分子检测手段。方法:收集人参、西洋参以及购买人参商品粉末药材,提取DNA,选择ITS2作为鉴别序列。在HRM—PCR条件下,... 详细信息

目的:采用高分辨率熔解曲线技术(HRM),应用ITS2序列对人参和西洋参药材进行快速鉴别,为规范市场药材管理提供一个新的分子检测手段。方法:收集人参、西洋参以及购买人参商品粉末药材,提取DNA,选择ITS2作为鉴别序列。在HRM—PCR条件下,建立人参和西洋参的标准高分辨熔解曲线、熔解曲线模型并确定Tm值;应用该方法检测市场随机收集的10份人参商品。结果:通过比较分析,人参和西洋参能够很好的区分开,10份人参商品粉末的高分辨熔解曲线、熔解曲线的峰形和Tm值均与人参相吻合,初步说明这10份人参商品都含有人参。进而将其PCR产物测序,以验证该结果。结论:Bar—HRM方法可简单、快速、高通量化和可视化的实现人参商品粉末药材的快速检测。

关键词：高分辨熔解曲线 ITS2 人参西洋参分子鉴定快速检测

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无公害中药材生产关键技术研究

世界科学技术-中医药现代化 2011年第3期13卷 436-444页

作者：陈士林黄林芳陈君杨美华钱忠直陆建伟中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室北京100193 国家药典委员会北京100061 国家中医药管理局北京100027

详细介绍了无公害中药材生产关键技术,包括生产基地选址、基地环境及监测技术,野生抚育等栽培管理技术,采收、产地加工技术,包装、贮运技术,病虫害预测技术,农业及物理防治技术,应用天敌昆虫、拮抗微生物的生物防治技术及植物源农药防... 详细信息

详细介绍了无公害中药材生产关键技术,包括生产基地选址、基地环境及监测技术,野生抚育等栽培管理技术,采收、产地加工技术,包装、贮运技术,病虫害预测技术,农业及物理防治技术,应用天敌昆虫、拮抗微生物的生物防治技术及植物源农药防治病虫害等综合防治技术,农药残留、重金属、真菌毒素检测技术及限量标准、有效成分含量测定及指纹图谱等质量控制技术。为我国无公害中药材生产和中药产业发展提供重要参考。

关键词：无公害中药材生产关键技术

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药用植物叶绿体基因组研究

世界科学技术-中医药现代化 2010年第3期12卷 442-446页

作者：林小涵刘志华李卿陈士林李西文中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 清华大学化学系北京100084

本文在总结植物叶绿体基因组测序研究进展基础上,提出了药用植物叶绿体基因组测序的策略,对物种的选择,测序平台的确定,生物信息学工具的综合分析应用,样品提取、分析及检测等技术环节进行了深入讨论。

关键词：药用植物叶绿体全基因组测序策略

野菊花质量标志物(Q-marker)预测及其一测多评研究

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世界科学技术-中医药现代化 2022年第4期24卷 1343-1355页

作者：王旭胡鑫胡志刚刘义飞刘迪陈士林张景景湖北中医药大学药学院武汉430065 中国中医科学院中药研究所北京100700

目的预测野菊花Q-marker,并建立能够同时测定野菊花Q-marker含量的一测多评方法,为野菊花药材质量评价及优质品种选育奠定基础。方法结合野菊花化学成分及药理学研究,依据Q-marker的“五原则”综合分析、预测野菊花的Q-marker的候选... 详细信息

目的预测野菊花Q-marker,并建立能够同时测定野菊花Q-marker含量的一测多评方法,为野菊花药材质量评价及优质品种选育奠定基础。方法结合野菊花化学成分及药理学研究,依据Q-marker的“五原则”综合分析、预测野菊花的Q-marker的候选化合物,采用高效液相色谱法构建适用于野菊花品质评价的一测多评体系。结果从野菊花的功效相关性、可测成分、入血成分及成分特异性等多方面分析,预测了野菊花药材中8个Q-marker的候选化合物,8种成分在测定范围内线性良好,且在不同的实验条件下相对校正因子重现性良好。结论建议考虑将野菊花药材中4个类黄酮成分(蒙花苷、田蓟苷、芹菜素和木犀草苷)和4个酚酸类成分(绿原酸、异绿原酸A、异绿原酸B和异绿原酸C)作为野菊花药材Q-marker的候选化合物,本研究中一测多评法同时测定野菊花中8种候选Q-marker成分含量准确可行。

关键词：野菊花 Q-marker 相对校正因子一测多评法

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菝葜叶绿体基因组的组装分析与分子标记研究

世界科学技术-中医药现代化 2022年第4期24卷 1411-1421页

作者：钟浩天蒋莉萍江宇慧胡志刚余坤刘义飞森林湖北中医药大学药学院武汉430065 湖北中医药大学教育部重点实验室武汉430065

目的采用高通量测序数据和新组装手段对药用植物菝葜的叶绿体基因组进行精细组装,并以此为基础厘清其分类地位,开发分子鉴定标记。方法利用两种测序手段重新测定并精细组装菝葜叶绿体基因组;重建菝葜近缘物种在时间尺度下的系统发育关系... 详细信息

目的采用高通量测序数据和新组装手段对药用植物菝葜的叶绿体基因组进行精细组装,并以此为基础厘清其分类地位,开发分子鉴定标记。方法利用两种测序手段重新测定并精细组装菝葜叶绿体基因组;重建菝葜近缘物种在时间尺度下的系统发育关系;分析菝葜叶绿体基因组一级结构并检测编码区选择压力;筛选并验证具备种群特异性的SSR引物。结果混合组装结果显示菝葜叶绿体基因组全长157959 bp,内含编码基因86个。菝葜族与油点草族和百合族互为姐妹群;其内部约26.5Mya开始出现分化。在accD、rbcL及rpl20基因中存正选择信号。247个SSR位点中的3个具备作为菝葜分子鉴定标记的潜力。结论利用短读长和长读长共同组装菝葜叶绿体基因组的结果更佳。已探明的3个SSR位点能为筛选分子标记提供数据支撑。

关键词：菝葜叶绿体基因高精度组装分子标记系统发育

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基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定

世界科学技术-中医药现代化 2010年第3期12卷 452-456页

作者：王亚之李秋实陈士林孙超宋经元中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品... 详细信息

目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化。DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出。结果:茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg(1pgDNA=0.965×109bp)。在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰。结论:本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考。

关键词：茯苓基因组大小流式细胞术黑曲霉

基于转录组测序研究不同海拔生境神农香菊的基因表达差异

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世界科学技术-中医药现代化 2022年第4期24卷 1356-1368页

作者：周春苗蒋莉萍董刚强刘义飞陈士林张景景湖北中医药大学药学院武汉430065 安利(中国)植物研发中心无锡214115 中国中医科学院中药研究所北京100700

目的比较神农香菊不同海拔生境的主要生态环境因子差异和基因表达谱差异,研究神农香菊适应不同海拔生境的分子机制。方法利用WheatA获得海拔相关的主要生态因子如温度和降水等并进行差异统计分析,利用转录组测序获得黄龙堰与宋洛两个不... 详细信息

目的比较神农香菊不同海拔生境的主要生态环境因子差异和基因表达谱差异,研究神农香菊适应不同海拔生境的分子机制。方法利用WheatA获得海拔相关的主要生态因子如温度和降水等并进行差异统计分析,利用转录组测序获得黄龙堰与宋洛两个不同海拔生境的神农香菊样本的基因表达谱,并基于GO、KEGG等数据库进行基因注释、功能富集分析,获取样本间的差异基因及其关联的代谢通路。结果光照和温度是影响神农香菊生长发育的最重要的生态因子。不同海拔种植点样本的差异表达基因主要富集到植物激素信号转导、萜类、苯丙素类、不饱和脂肪酸类等次生代谢生物合成途径。其中,参与萜类生物合成途径的相关基因在不同海拔种植样本间显著上调或下调表达。结论神农香菊可能通过调控萜类关键表达基因如DXS、DXR、HMGCS等的表达适应生境变化。研究结果为深入研究神农香菊不同海拔适应机制及新品种培育提供数据支撑。

关键词：神农香菊海拔转录组环境因子基因表达次生代谢物