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基于图论的炎症性肠病患者脑功能网络研究

中华炎性肠病杂志（中英文） 2024年第4期8卷 278-286页

作者：吴昕橦王炳健鲍时珍卢爽爽孙静雯岳柯岑邹凌刘文佳南京医科大学第三附属医院(常州市第二人民医院)消化内科常州213003 大连医科大学研究生院大连116044 南京医科大学第三附属医院(常州市第二人民医院)影像科常州213003 常州大学计算机科学与技术学院常州213164

目的研究炎症性肠病(IBD)患者脑功能网络改变特征,探讨其与临床指标和精神心理评分的相关性。方法采用横断面调查研究方法。纳入2021年6月至2023年6月在常州市第二人民医院确诊的48例IBD患者,同时选择32例年龄、性别和教育程度相匹配的... 详细信息

目的研究炎症性肠病(IBD)患者脑功能网络改变特征,探讨其与临床指标和精神心理评分的相关性。方法采用横断面调查研究方法。纳入2021年6月至2023年6月在常州市第二人民医院确诊的48例IBD患者,同时选择32例年龄、性别和教育程度相匹配的健康人为健康对照组。采集脑静息状态功能磁共振成像数据,通过图论分析的方法,比较两组受试者脑网络拓扑属性之间的差异,并采用Pearson相关性或Spearman偏相关分析探讨IBD患者脑网络拓扑属性的改变与临床指标、精神心理评分的相关性。结果IBD组中,男性29例(60.4%),女性19例(39.6%);总病程1.0(0.3,5.0)年;克罗恩病34例,溃疡性结肠炎14例;以活动期为主(58.84%,28/48)。IBD患者医院焦虑量表(HADS-A)和医院抑郁量表(HADS-D)量表评分均高于健康对照组(均P1.1)。与健康对照组相比,IBD组聚类系数、全局效率、局部效率更低,特征路径长度更长,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。局部属性方面,与健康对照组相比,IBD组左侧额中回的度中心性和节点效率更高,左侧丘脑介数中心性更高,右侧海马旁回的介数中心性和度中心性更低,双侧颞中回、右侧前扣带回与旁扣带回的节点聚类系数更低,双侧尾状核和左侧颞中回节点局部效率更低,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。IBD组右侧海马旁回的度中心性与HADS-A评分呈负相关(r=-0.401,P=0.005),介数中心性与HADS-A评分呈负相关(r=-0.343,P=0.017)。IBD组右侧颞中回节点聚类系数与总病程呈正相关(r_(s)=0.589,P<0.001)。结论IBD患者脑网络整体信息传输能力下降,边缘系统功能降低,疼痛感知脑区功能异常,且与病程和精神心理状态存在一定相关性。

关键词：炎症性肠病脑肠轴磁共振成像脑功能网络图论

融合信息检索和深度模型特征的软件缺陷定位方法

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软件学报 2024年第7期35卷 3245-3264页

作者：申宗汶牛菲菲李传艺陈翔李奇葛季栋骆斌计算机软件新技术国家重点实验室(南京大学) 江苏南京210023 南通大学信息科学技术学院江苏南通226019

构建自动化的缺陷定位方法能够加快程序员利用缺陷报告定位到复杂软件系统缺陷代码的过程.早期相关研究人员将缺陷定位视为检索任务,通过分析缺陷报告和相关代码构造缺陷特征,并结合信息检索的方法实现缺陷定位.随着深度学习的发展,利... 详细信息

构建自动化的缺陷定位方法能够加快程序员利用缺陷报告定位到复杂软件系统缺陷代码的过程.早期相关研究人员将缺陷定位视为检索任务,通过分析缺陷报告和相关代码构造缺陷特征,并结合信息检索的方法实现缺陷定位.随着深度学习的发展,利用深度模型特征的缺陷定位方法也取得了一定效果.然而,由于深度模型训练的时间成本和耗费资源相对较高,现有基于深度模型的缺陷定位研究方法存在实验搜索空间和真实情况不符的情况.这些研究方法在测试时并没有将项目下的所有代码作为搜索空间,而仅仅搜索了与已有缺陷相关的代码,例如DNNLOC方法、DeepLocator方法、DreamLoc方法.这种做法和现实中程序员进行缺陷定位的搜索场景是不一致的.致力于模拟缺陷定位的真实场景,提出了一种融合信息检索和深度模型特征的TosLoc方法进行缺陷定位.TosLoc方法首先通过信息检索的方式检索真实项目的所有源代码,确保已有特征的充分利用;再利用深度模型挖掘源代码和缺陷报告的语义,获取最终定位结果.通过两阶段的检索,TosLoc方法能够对单个项目的所有代码实现快速缺陷定位.通过在4个常用的真实Java项目上进行实验,TosLoc方法能够在检索速度和准确性上超越已有基准方法.与最优基准方法DreamLoc相比,TosLoc方法在消耗DreamLoc方法35%的检索时间下,平均MRR值比DreamLoc方法提高了2.5%,平均MAP值提高了6.0%.

关键词：缺陷定位缺陷报告信息检索深度学习检索空间

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神经程序修复领域数据泄露问题的实证研究

软件学报 2024年第7期35卷 3071-3092页

作者：李卿源钟文康李传艺葛季栋骆斌计算机软件新技术国家重点实验室(南京大学) 江苏南京210023

修复软件缺陷是软件工程领域一个无法回避的重要问题,而程序自动修复技术则旨在自动、准确且高效地修复存在缺陷的程序,以缓解软件缺陷所带来的问题.近年来,随着深度学习的快速发展,程序自动修复领域兴起了一种使用深度神经网络去自动... 详细信息

修复软件缺陷是软件工程领域一个无法回避的重要问题,而程序自动修复技术则旨在自动、准确且高效地修复存在缺陷的程序,以缓解软件缺陷所带来的问题.近年来,随着深度学习的快速发展,程序自动修复领域兴起了一种使用深度神经网络去自动捕捉缺陷程序及其补丁之间关系的方法,被称为神经程序修复.从在基准测试上被正确修复的缺陷的数量上看,神经程序修复工具的修复性能已经显著超过了非学习的程序自动修复工具.然而,近期有研究发现:神经程序修复系统性能的提升可能得益于测试数据在训练数据中存在,即数据泄露.受此启发,为了进一步探究神经程序修复系统数据泄露的原因及影响,更公平地评估现有的系统:(1)对现有神经程序修复系统进行了系统的分类和总结,根据分类结果定义了神经程序修复系统的数据泄露,并为每个类别的系统设计了数据泄露的检测方法;(2)依照上一步骤中的数据泄露检测方法对现有模型展开了大规模检测,并探究了数据泄露对模型真实性能与评估性能间差异的影响以及对模型本身的影响;(3)分析现有神经程序修复系统数据集的收集和过滤策略,加以改进和补充,在现有流行的数据集上,基于改进后的策略构建了一个纯净的大规模程序修复训练数据集,并验证了该数据集避免数据泄露的有效性.由实验结果发现:调研的10个神经程序修复系统在基准测试集上均出现了数据泄露,其中,神经程序修复系统RewardRepair的数据泄露问题较为严重,在基准测试集Defects4J(v1.2.0)上的数据泄露达24处,泄露比例高达53.33%.此外,数据泄露对神经程序修复系统的鲁棒性也造成了影响,调研的5个神经程序修复系统均因数据泄露产生了鲁棒性降低的问题.由此可见,数据泄露是一个十分常见的问题,且会使神经程序修复系统得到不公平的性能评估结果以及影响系统在基准测试集上的鲁棒性.研究人员在训练神经程序修复模型时,应尽可能避免出现数据泄露,且要考虑数据泄露问题对神经程序修复系统性能评估产生的影响,尽可能更公平地评估系统.

关键词：程序自动修复神经程序修复深度学习数据泄露程序修复数据集

基于一体化系统的呼吸道合胞病毒分型即时检验检测技术的建立及应用

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第8期44卷 660-664页

作者：邓斐朱立国许可祁贤余慧燕王慎骄鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所南京210009

目的研发一款一体化呼吸道合胞病毒(RSV)分型即时检验(point-of-care testing,POCT)检测试剂并评估其性能。方法以RSV A和B亚型及ON1和BA9基因型的基因组保守序列设计特异性的引物和探针,优化PCR反应体系和条件,整合试剂玻璃化技术和多... 详细信息

目的研发一款一体化呼吸道合胞病毒(RSV)分型即时检验(point-of-care testing,POCT)检测试剂并评估其性能。方法以RSV A和B亚型及ON1和BA9基因型的基因组保守序列设计特异性的引物和探针,优化PCR反应体系和条件,整合试剂玻璃化技术和多重检测平台,开发RSV分型POCT检测试剂,并对该产品的敏感度、特异度、重复性和临床性能进行评估。结果一体化RSV分型POCT检测试剂敏感度可达500拷贝/ml,特异度好,与临床上表现相似的病原体无交叉反应,试剂批间和批内重复性Ct值的变异系数均<5%,具有较好的重复性,检测试剂应用于53例临床样本测试,检测结果与对比试剂具有较高的一致性和符合率,阳性符合率高达98.11%。结论本研究开发的一体化RSV分型POCT检测试剂集成了"核酸提取-纯化-检测",实现了"样本进,结果出",操作简单,检测结果准确、可靠、稳定,可用于RSV A和B亚型的分型即时检验,为RSV的防控和诊疗提供助力。

关键词：呼吸道合胞病毒分型 POCT检测试剂一体化

植保无人飞机喷雾防治小麦赤霉病雾滴沉积量的气象影响因子分析及预报模型构建

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植物保护 2024年第3期50卷 70-79,87页

作者：徐敏周晴晴杨荣明徐忆菲高苹江苏省气候中心南京210019 金坛国家气候观象台常州213200 农业农村部南京农业机械化研究所南京210014 江苏省植物保护植物检疫站南京210036

为阐明不同气象条件对植保无人飞机防治赤霉病过程中冠层雾滴沉积的影响规律,采用大疆T40四轴八旋翼植保无人飞机在不同麦区进行喷雾施药处理,利用诱惑红示踪剂、聚酯卡、水敏纸等采集雾滴,计算雾滴沉积量和覆盖率,并对实时记录的田间... 详细信息

为阐明不同气象条件对植保无人飞机防治赤霉病过程中冠层雾滴沉积的影响规律,采用大疆T40四轴八旋翼植保无人飞机在不同麦区进行喷雾施药处理,利用诱惑红示踪剂、聚酯卡、水敏纸等采集雾滴,计算雾滴沉积量和覆盖率,并对实时记录的田间气象条件进行分级,其中温度分为A1(10℃≤TA3、B3>B2>B1、C1≥C2>C3。不同气象等级对覆盖率的影响规律与对沉积量的影响规律基本一致,其中相对湿度对雾滴覆盖率和沉积量影响显著,温度和风速的交互作用对覆盖率也具有显著影响。基于气象因子构建的冠层上层雾滴沉积量和覆盖率预报模型准确率分别为88.15%、82.82%,均方根误差分别为0.030μL/cm^(2)、1.33%,具有较高的可信度,可应用于植保飞防气象预报服务。研究结果对植保无人飞机适时开展药剂喷洒作业、提高防治效果、减轻农药对农田生态环境的污染具有参考作用。

关键词：气象条件植保无人飞机沉积量覆盖率

暗纹东方鲀肠上皮细胞体外培养方法的建立及皮质醇对其生理生化的影响

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渔业科学进展 2024年第5期45卷 119-133页

作者：刘雨曦孙亦如王思进马思思喻伟峰尹绍武王涛南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210023 江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心江苏南京210023

应激反应对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)养殖业危害极大,而皮质醇(cortisol)是判断鱼类应激反应的重要标志物。肠道是鱼体与外界环境接触的媒介,肠道生理状态能反映鱼体的应激水平,但目前肠道在鱼类响应应激反应中的作用不详。本研... 详细信息

应激反应对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)养殖业危害极大,而皮质醇(cortisol)是判断鱼类应激反应的重要标志物。肠道是鱼体与外界环境接触的媒介,肠道生理状态能反映鱼体的应激水平,但目前肠道在鱼类响应应激反应中的作用不详。本研究以暗纹东方鲀肠上皮细胞为对象,分别采用胰蛋白酶和DMEM培养基、胰蛋白酶和1640培养基、Ⅰ型胶原酶和DMEM培养基、Ⅰ型胶原酶和1640培养基4种方法对其进行原代培养,旨在建立暗纹东方鲀原代肠上皮细胞体外培养方法,并在此基础上探讨皮质醇对暗纹东方鲀肠上皮细胞氧化应激、细胞凋亡和脂代谢的影响。利用CCK-8法检测肠上皮细胞活力,透射电镜观察皮质醇处理后细胞内线粒体的形态结构,荧光定量PCR(qRT-PCR)检测氧化应激相关基因、细胞凋亡相关基因及脂代谢相关基因在肠上皮细胞内的表达模式,Annexin V-FITC/PI法检测细胞凋亡等。结果显示,在4种培养方法中,采用胰蛋白酶消化和DMEM培养基进行培养的肠上皮细胞增殖率最高,贴壁情况最佳;与对照组相比,当皮质醇浓度高于2 000 nmol/L时,肠上皮细胞活力显著下降(P期为暗纹东方鲀抗应激养殖提供一定的参考资料。

关键词：暗纹东方鲀肠上皮细胞皮质醇氧化应激细胞凋亡脂代谢

基于LEAP模型的工业园区碳达峰路径:以南京某国家级开发区为例

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环境科学 2024年第4期45卷 1898-1906页

作者：李慧鹏李荔殷茵何文太宿杰赵秋月江苏省环境科学研究院江苏省环境工程重点实验室南京210036

工业园区是能源消费和碳排放的密集区域,推动工业园区碳达峰对国家早日实现碳达峰目标具有重要意义.以南京某国家级开发区为例,基于LEAP模型,设置基准情景(BAU)、非工业减排(S1)、全行业一般减排(S2)、全行业强化减排(S3)和深度减排(S4)... 详细信息

工业园区是能源消费和碳排放的密集区域,推动工业园区碳达峰对国家早日实现碳达峰目标具有重要意义.以南京某国家级开发区为例,基于LEAP模型,设置基准情景(BAU)、非工业减排(S1)、全行业一般减排(S2)、全行业强化减排(S3)和深度减排(S4)共5类情景,分析各情景下的能源消费需求和CO_(2)排放变化情况,评估各项措施的碳减排贡献,提出园区实现碳达峰目标的政策建议.结果表明,S2、S3和S4情景下能源消费需求和CO_(2)排放量将分别于2035、2030和2028年达到峰值,能源消费需求峰值(以标煤计)分别为26.28、21.66和19.10万t,CO_(2)排放峰值分别为75.35、59.34和53.24万t.工业是研究区域能源消费和碳排放的主要贡献行业,S2、S3和S4情景下工业能源消费和碳排放占比分别于2035年、2030年和2028年达到峰值57.1%、56.0%、53.6%和64.2%、66.2%和62.9%.工业能效提升的碳减排贡献最大,其次为经济增速放缓,交通新能源汽车推广和公共建筑节能的碳减排贡献不显著.综合考虑碳达峰时间和园区碳排放强度考核目标,建议将S3情景作为该园区碳达峰的实施路径.研究建议,碳减排应以工业为重点,以提升能效水平为主,优先从重点行业入手.同时不断提升新能源汽车占比,降低公共建筑能耗水平.

关键词： LEAP模型工业园区能源消费碳减排碳达峰

犀角地黄汤联合阿加曲班治疗静脉溶栓时间窗内急性脑梗死

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中医学报 2024年

作者：姜婧钱冰冰薛莲李静波赵帅刘红权南京中医药大学附属中西医结合医院神经内科江苏省中医药研究院南京大学医院

目的:观察犀角地黄汤联合阿加曲班治疗静脉溶栓时间窗内急性脑梗死（acutecerebralinfarction，ACI）的临床疗效及其对炎症因子、凝血和脑血流动力学的影响。方法:前瞻性纳入南京中医药大学附属中西医结合医院神经内科2018年1月至2022... 详细信息

目的:观察犀角地黄汤联合阿加曲班治疗静脉溶栓时间窗内急性脑梗死（acutecerebralinfarction，ACI）的临床疗效及其对炎症因子、凝血和脑血流动力学的影响。方法:前瞻性纳入南京中医药大学附属中西医结合医院神经内科2018年1月至2022年12月收治的发病时间在静脉溶栓时间窗内的80例ACI患者作为研究对象，按随机数字法分为对照组和联合组，各40例。对照组采用阿加曲班治疗，联合组在对照组的基础上加用犀角地黄汤治疗，7d为一个疗程。比较两组患者治疗后临床疗效、改良Rankin量表（mRS）以及治疗前后美国国立卫生院卒中量表（NIHSS）评分、瘀热证候积分、血清炎症因子水平[超敏C反应蛋白（hCRP）、血清脂蛋白相关磷脂酶A2（Lp-PLA2）、同型半胱氨酸（Hcy）]、凝血[凝血酶原时间（PT）、活化部分凝血酶原时间（APTT）、国际标准化比率（INR）、凝血酶时间（TT）、D-二聚体（DD）、纤维蛋白原（FIB）]和大脑中动脉（MCA）的血流动力学参数[收缩峰血流速度（Vs）、舒张末期血流流速（Vd）、平均血流速度（Vm）]。结果（1）两组患者治疗结束时的NIHSS评分、瘀热证候评分均显著降低（P<0.01），且联合组下降幅度更显著（P<0.05）。（2）治疗结束时联合组患者mRS评分低于对照组，治疗总有效率高于对照组（P<0.05）。（3）治疗结束时，两组患者hCRP、Lp-PLA2和Hcy水平均显著降低（P<0.01），且联合组CRP水平低于对照组（P<0.05），Lp-PLA2和Hcy水平显著低于对照组（P<0.01）。（4）治疗结束时，两组患者PT、APTT、INR、TT水平均明显下降（P<0.01），对照组DD和FIB水平较前下降（P<0.05），且联合组DD和FIB水平下降更为显著（P<0.05）。（5）治疗结束时，两组患者MCAVs、Vd、Vm水平显著高于治疗前（P<0.01），且联合组Vs、Vd、Vm升高较对照组更明显（P<0.05）。结论犀角地黄汤联合加曲班治疗静脉溶栓时间窗内ACI疗效确切，可以改善患者神经功能缺损，提高生活能力，可能与降低患者血清炎症因子水平、改善凝血功能和增加局部脑血流有关。

关键词：阿加曲班犀角地黄汤急性脑梗死溶栓时间窗炎性因子凝血脑血流动力学

基于混合链的协作业务流程的隐私保护和数据监管

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计算机集成制造系统 2024年第8期30卷 2897-2912页

作者：邹文涛李传艺葛季栋骆斌南京大学计算机软件新技术国家重点实验室江苏南京210023

协作业务流程可以在执行跨组织的业务目标时简化业务逻辑,提升协作效率。它有两个重要的管理目标:隐私保护和数据监管。协作者们通常会利用可信的第三方平台。然而这种中心化的协作会存在监管失效和隐私泄露的风险。因此,目前的研究转... 详细信息

协作业务流程可以在执行跨组织的业务目标时简化业务逻辑,提升协作效率。它有两个重要的管理目标:隐私保护和数据监管。协作者们通常会利用可信的第三方平台。然而这种中心化的协作会存在监管失效和隐私泄露的风险。因此,目前的研究转向了利用去中心化方式的区块链技术实现流程监管。目前的方法基于匿名身份和公开的数据,会造成数据泄露的风险。为此,提出一个基于混合链的协作业务流程管理新方法,在监管业务流程数据的基础上,设计了对流程数据的针对性隐私保护方案。公有链部分确保流程实例对外部用户的隐私性和可监管性,联盟链部分提供了对内部协作者的隐私保护和数据监管。当流程实例在联盟链上执行时,利用三次遍历全体协作者的双向传递机制隔离协作任务。通过在多个公开的业务流程数据上的仿真实验,对比了混合链方法与其他基于区块链的方法。实验结果表明,混合链方法能够保护隐私数据和监管流程数据,在执行效率上具备可用性。

关键词：协作业务流程区块链隐私保护数据监管