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睡莲品种保罗蓝花器官不同部位的转录组测序分析

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植物遗传资源学报 2024年第4期25卷 647-659页

作者：毛立彦檀小辉龙凌云黄秋伟邓有展於艳萍丁丽琼韦勇杰广西壮族自治区亚热带作物研究所/农业农村部亚热带果品蔬菜质量安全控制重点实验室南宁530001

为探究热带睡莲花器官不同部位的花香代谢通路及参与萜类香气物质生物合成的差异表达基因,本研究借助转录组测序技术,以热带睡莲品种保罗蓝为研究对象,对其花器官的花瓣(PE,petal)、雄蕊(ST,stamen)和雌蕊(PI,pistil)3个部位进行转录组... 详细信息

为探究热带睡莲花器官不同部位的花香代谢通路及参与萜类香气物质生物合成的差异表达基因,本研究借助转录组测序技术,以热带睡莲品种保罗蓝为研究对象,对其花器官的花瓣(PE,petal)、雄蕊(ST,stamen)和雌蕊(PI,pistil)3个部位进行转录组测序分析。差异表达基因分析结果显示,花瓣相对于雌蕊(PE-vs-PI)、雄蕊相对于雌蕊(ST-vs-PI)和雄蕊相对于花瓣(ST-vs-PE)的差异表达基因数目分别为7853个、7501个和2526个。GO分类和富集分析显示,3个比较组的差异表达基因主要参与了生物调节、细胞过程、代谢过程和刺激应答的生物学过程;KEGG分类和富集分析显示,PE-vs-PI的差异表达基因显著富集的KEGG通路最多,其次为ST-vs-PI,ST-vs-PE最少。从3个比较组共有的794个差异表达基因中筛选出98个参与萜类物质代谢差异表达基因,富集于4条萜类物质合成通路,且PE-vs-PI和ST-vs-PI的差异表达基因数目均高于ST-vs-PE。已知的金合欢醛和二萜贝壳杉烯合成关键基因HMGR和DXS在花瓣和雄蕊的表达量均高于雌蕊。从98个差异表达基因中随机选取了6个基因进行q RT-PCR验证,基因表达变化趋势与转录组测序一致。研究结果为热带睡莲萜类香气物质生物合成分子机制研究提供了科学参考。

关键词：睡莲花器官转录组荧光定量PCR

内质网应激蛋白激酶RNA样ER激酶(PERK)通路对肝星状细胞激活及Ⅰ型胶原蛋白表达的影响

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临床肝胆病杂志 2024年第5期40卷 968-974页

作者：黎凤炎刘泽峰夏雨艳王文娟李琪唐利瑕张国右江民族医学院研究生院广西百色533000 广西壮族自治区人民医院消化内科南宁530021 中山大学附属第一医院广西医院消化内科南宁530022

目的探讨内质网应激蛋白激酶RNA样ER激酶(PERK)/真核生物翻译起始因子2α(eIF2α)信号通路对肝星状细胞(HSC)活化的影响。方法收集11例肝穿刺病理提示S1~S4肝纤维化患者和9例肝血管瘤、肝腺瘤患者术后周围正常肝组织病理切片,进一步行... 详细信息

目的探讨内质网应激蛋白激酶RNA样ER激酶(PERK)/真核生物翻译起始因子2α(eIF2α)信号通路对肝星状细胞(HSC)活化的影响。方法收集11例肝穿刺病理提示S1~S4肝纤维化患者和9例肝血管瘤、肝腺瘤患者术后周围正常肝组织病理切片,进一步行组织免疫组化检测PERK、eIF2α、C/EBP环磷酸腺苷反应元件结合转录因子同源蛋白(CHOP)表达情况;使用不同浓度的内质网应激诱导剂毒胡萝卜素(0、125、250、500、1000 nmol/L)作用于人HSC-LX2,使用qRT-PCR检测PERK mRNA及Western Blot检测PERK、肌醇需要酶1(IRE1)、激活转录因子6(ATF6)、CHOP及α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达水平。使用慢病毒转染构建PERK稳定过表达LX-2组及对照组,并通过qRT-PCR检测PERK、eIF2α、α-SMA mRNA,Western Blot检测PERK、p-eIF2α、α-SMA蛋白表达,免疫荧光检测胶Ⅰ型原蛋白(COL1A1)表达。符合正态分布的计量资料两组间比较采用成组t检验,多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用LSD-t检验;不符合正态分布的计数资料,两组间比较采用Mann-Whitney U秩和检验。结果与正常肝组织相比,肝纤维化患者肝组织中PERK、eIF2α及CHOP表达升高,差异均有统计学意义(Z=−3.56、t=−5.75、Z=−3.52,P值均<0.001)。不同浓度毒胡萝卜素作用后,与溶媒组相比,内质网相关蛋白PERK、CHOP、IRE1、ATF6及α-SMA蛋白表达显著升高(P值均<0.05)。与对照空载慢病毒组相比,PERK稳定过表达组PERK mRNA、eIF2αmRNA、α-SMA mRNA表达及PERK、p-eIF2α、α-SMA蛋白表达明显升高(P值均<0.05)。细胞免疫荧光结果提示,PERK过表达组COL1A1表达升高(P<0.05)。结论PERK过表达可诱导LX-2细胞α-SMA、胶原蛋白COL1A1表达,提示PERK信号通路可能是HSC活化的重要机制之一。

关键词：内质网应激真核细胞起始因子2 肝星状细胞胶原Ⅰ型

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1062-1075页

作者：黎金连黄岚珍黄希仕李康智蒋佳丽张苗苗吴群英桂林医学院智能医学与生物技术学院细胞与遗传学教研室广西桂林541004 南宁中心血站输血传播疾病联合实验室广西南宁530007 桂林医学院科学实验中心广西桂林541004 桂林医学院全科医学院广西桂林541004

目的:利用生物信息学分析方法筛选与肝细胞癌(HCC)患者预后、诊断和免疫细胞浸润相关的关键基因,并分析其潜在治疗药物。方法:从基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC基因表达谱数据及相应的HCC患者临床信息。采... 详细信息

目的:利用生物信息学分析方法筛选与肝细胞癌(HCC)患者预后、诊断和免疫细胞浸润相关的关键基因,并分析其潜在治疗药物。方法:从基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC基因表达谱数据及相应的HCC患者临床信息。采用R软件limma包筛选HCC差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,使用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并筛选关键基因。通过Kaplan-Meier生存曲线和LASSO回归算法鉴定HCC预后相关关键基因,并利用外部数据集对其表达进行验证和诊断效能分析。采用CIBERSORT算法评估预后相关的关键基因表达与HCC免疫细胞浸润的关系。利用MiRNet和Network Analyst数据库分别构建微小RNA(miRNA)-关键基因mRNA和转录因子(TFs)-关键基因mRNA分子调控网络。利用CMap数据库筛选潜在治疗HCC的小分子药物。结果:共筛选出146个DEGs,其中表达上调基因30个,表达下调基因116个。GO功能和KEGG信号通路富集分析,DEGs明显富集在类固醇、烯化合物和激素代谢等生物过程(BP)及视黄醇代谢、药物代谢-细胞色素P450(CYP450)、补体和凝血级联反应等信号通路。PPI网络分析筛选得到14个关键基因,其中甲酰氨基转移酶环化脱氨酶(FTCD)、分泌型磷蛋白2(SPP2)、凝血酶-抗凝血酶复合物(TAT)、补体C6(C6)和CYP450家族成员2C9(CYP2C9)与HCC患者预后、临床病理分期和组织学分级有明显相关性,在HCC诊断中具有较高的诊断效能,与HCC的免疫细胞浸润有密切关联。Hsa-mir-182-5p、同源框CUT样蛋白1(CUX1)、早期生长反应1(EGR1)、SMAD家族成员4(SMAD4)和肿瘤蛋白P53(TP53)是靶向上述预后相关关键基因的重要调控因子。DL-硫沙芬(DL-thiorphan)、异丙嗪(promethazine)和芹菜素(apigenin)可能对HCC有治疗作用。结论:FTCD、SPP2、TAT、C6和CYP2C9可能是HCC诊断、预后判断和治疗的潜在靶点,预测得到的3种小分子药物DL-thiorphan,promethazine和apigenin可为HCC治疗药物的研发提供参考。

关键词：肝细胞癌生物标志物小分子药物生物信息学

基于CLIP和交叉注意力的多模态情感分析模型

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郑州大学学报（工学版） 2024年第2期45卷 42-50页

作者：陈燕赖宇斌肖澳廖宇翔陈宁江广西大学计算机与电子信息学院广西南宁530000 广西大学广西多媒体通信与网络技术重点实验室广西南宁530000

针对多模态情感分析中存在的标注数据量少、模态间融合不充分以及信息冗余等问题,提出了一种基于对比语言-图片训练(CLIP)和交叉注意力(CA)的多模态情感分析(MSA)模型CLIP-CA-MSA。首先,该模型使用CLIP预训练的BERT模型、PIFT模型来提... 详细信息

针对多模态情感分析中存在的标注数据量少、模态间融合不充分以及信息冗余等问题,提出了一种基于对比语言-图片训练(CLIP)和交叉注意力(CA)的多模态情感分析(MSA)模型CLIP-CA-MSA。首先,该模型使用CLIP预训练的BERT模型、PIFT模型来提取视频特征向量与文本特征;其次,使用交叉注意力机制将图像特征向量和文本特征向量进行交互,以加强不同模态之间的信息传递;最后,利用不确定性损失特征融合后计算输出最终的情感分类结果。实验结果表明:该模型比其他多模态模型准确率提高5百分点至14百分点,F1值提高3百分点至12百分点,验证了该模型的优越性,并使用消融实验验证该模型各模块的有效性。该模型能够有效地利用多模态数据的互补性和相关性,同时利用不确定性损失来提高模型的鲁棒性和泛化能力。

关键词：情感分析多模态学习交叉注意力 CLIP模型 Transformer 特征融合

妊娠合并糖尿病并发产褥期感染临床特征和病原菌及其耐药性

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中华医院感染学杂志 2024年第13期34卷 2037-2040页

作者：张云燕卢冠名周艳春王宗杰南宁市妇幼保健院产科广西南宁530011 南宁市妇幼保健院检验科广西南宁530011

目的探讨妊娠合并糖尿病(GMD)并发产褥期感染临床特征、病原菌特点及耐药性。方法回顾性选取2020年1月-2022年12月南宁市妇幼保健院收治的154例GMD并发产褥期感染患者为研究组,同期160例非糖尿病产褥期感染患者为对照组。比较不同感染... 详细信息

目的探讨妊娠合并糖尿病(GMD)并发产褥期感染临床特征、病原菌特点及耐药性。方法回顾性选取2020年1月-2022年12月南宁市妇幼保健院收治的154例GMD并发产褥期感染患者为研究组,同期160例非糖尿病产褥期感染患者为对照组。比较不同感染部位病原菌分布情况;比较两组产褥期感染病原菌分布及耐药性情况。结果两组临床特征及病原菌感染部位比较,均无统计学差异。314例产褥期感染患者共分离出病原菌322株,两组革兰阳性菌、真菌比较,无统计学差异,而研究组革兰阴性菌较对照组多,且研究组大肠埃希菌较对照组多(P50%,两组产褥期感染的大肠埃希菌对青霉素、头孢他啶、诺氟沙星、左氧氟沙星、阿米卡星、哌拉西林的耐药性均50%。结论GMD患者并发产褥期感染与患者一般资料以及病原菌感染部位等因素无关,GMD可影响产褥期感染患者病原菌特点及耐药性,可增加革兰阴性菌感染率,也可提高金黄色葡萄球菌耐药性。

关键词：妊娠合并糖尿病产褥期感染流行病学病原菌耐药性金黄色葡萄球菌表皮葡萄球菌大肠埃希菌

丙泊酚与瑞马唑仑对经无痛纤维支气管镜活检术患者的临床研究

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中国临床药理学杂志 2024年第12期40卷 1699-1703页

作者：黄志华王艳芳秦朝生蒋奕红桂林医学院附属医院麻醉科广西壮族自治区桂林541001 桂林医学院附属医院护理部广西壮族自治区桂林541001

目的观察丙泊酚与瑞马唑仑用于行无痛纤维支气管镜活检术患者的临床效果。方法选取2022年3月~2023年4月在我院行无痛纤维支气管镜活检术的患者为研究对象,随机分为2组。对照组用1 mg·kg^(-1)丙泊酚、3μg·kg^(-1)芬太尼、0.1 mg·kg^(... 详细信息

目的观察丙泊酚与瑞马唑仑用于行无痛纤维支气管镜活检术患者的临床效果。方法选取2022年3月~2023年4月在我院行无痛纤维支气管镜活检术的患者为研究对象,随机分为2组。对照组用1 mg·kg^(-1)丙泊酚、3μg·kg^(-1)芬太尼、0.1 mg·kg^(-1)顺式阿曲库铵进行麻醉诱导,并以4~6 mg·kg^(-1)·h^(-1)丙泊酚进行麻醉维持。试验组用0.2 mg·kg^(-1)瑞马唑仑、3μg·kg^(-1)芬太尼、0.1 mg·kg^(-1)顺式阿曲库铵进行麻醉诱导,并以0.2~0.4 mg·kg^(-1)·h^(-1)瑞马唑仑进行麻醉维持。比较2组患者的苏醒时间、拔喉罩时间、镜检时间、追加麻醉药物比例,检测2组患者的术前、术后24 h的S100β、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,统计2组患者药物不良反应发生情况。结果试验组与对照组均入组80例患者。试验组拔喉罩时间显著低于对照组,而镜检时间、苏醒时间、追加麻醉药物比例与对照组比较,在统计学上差异均无统计学意义(均P>0.05)。试验组整体麻醉效果分级与对照组比较,在统计学上差异无统计学意义(P>0.05)。试验组和对照组术后24 h时S100β分别为(0.66±0.17)和(0.78±0.21)μg·L^(-1);NSE分别为(8.47±1.78)和(11.47±2.06)μg·L^(-1);IL-6分别为(8.64±1.21)和(12.89±1.47)pg·mL^(-1);TNF-α分别为(6.27±1.07)和(9.13±1.41)pg·mL^(-1),组间比较在统计学上差异均有统计学意义(均P0.05)。结论瑞马唑仑应用于无痛纤维支气管镜活检术对神经系统损伤较小,可稳定血流动力学。

关键词：瑞马唑仑丙泊酚无痛纤维支气管镜血流动力学药物不良反应

3个地区可口革囊星虫营养成分及重金属含量的分析与评价

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热带海洋学报 2024年第2期43卷 92-107页

作者：吴雪萍叶红霞姚又菊刘浩翔李瑞华童潼广西民族大学海洋与生物技术学院广西南宁530008 四川水利职业技术学院生物工程系四川成都611244

通过对广西北海、广东湛江和福建宁德3个地区可口革囊星虫的脂肪酸、水解氨基酸、游离氨基酸和重金属含量等进行测定,了解可口革囊星虫的肌肉品质、呈味特征并进行食用健康风险评价。在脂肪酸组成方面,在3个地区的可口革囊星虫中均检测... 详细信息

通过对广西北海、广东湛江和福建宁德3个地区可口革囊星虫的脂肪酸、水解氨基酸、游离氨基酸和重金属含量等进行测定,了解可口革囊星虫的肌肉品质、呈味特征并进行食用健康风险评价。在脂肪酸组成方面,在3个地区的可口革囊星虫中均检测出22种脂肪酸,其高胆固醇血症指数(hypercholesterolemia index,HI)分别为北海13.11、湛江14.09、宁德16.64;致动脉粥样硬化指数(atherogenic index,AI)分别为0.49、0.49、0.56;致血栓形成指数(thrombosis index,TI)分别为0.62、0.75、0.81。在水解氨基酸组成方面,在3个地区的可口革囊星虫中均含有17种水解氨基酸,总氨基酸含量(total amino acids,TAA)分别为北海159.70mg·g^(−1)、湛江155.97mg·g^(−1)、宁德161.49mg·g^(−1),且无显著性差异;根据联合国粮农组织/世界卫生组织(Food and Agriculture Organization of the United Nations/Word Health Organization,FAO/WHO)评分模式,以氨基酸评分(amino acid score,AAS)和化学评分(chemical score,CS)为标准时,3个地区的可口革囊星虫的第一、第二限制性氨基酸均分别为蛋氨酸+胱氨酸、缬氨酸;另外,必需氨基酸指数(essential amino acid index,EAAI)分别为11.14、10.62、11.37,说明3个地区可口革囊星虫均可作为理想的蛋白源。在游离氨基酸组成方面,北海可口革囊星虫含15种游离氨基酸,湛江和宁德可口革囊星虫均含16种游离氨基酸,游离氨基酸总含量差异显著(p区游离氨基酸中谷氨酸、甘氨酸和丙氨酸的TAV值均大于1,说明这3种氨基酸对呈味贡献最大。在重金属含量方面,北海、湛江的可口革囊星虫体内各重金属元素含量大体呈现出Zn>Pb>Cu>As>Cd>Hg的规律,而宁德地区的重金属含量规律为Zn>Cu>Pb>As>Cd>Hg,3个地区的可口革囊星虫都受到重金属Pb的重度污染,其中宁德地区的最为严重;综合污染指数(P)表明,北海地区的可口革囊星虫的重金属污染接近轻度污染的警戒水平,综合污染指数为0.96;宁德和湛江两地的可口革囊星虫受到重金属的轻度污染,综合污染指数1区可口革囊星虫的单一重金属危害系数(target hazard quotient,THQ)及复合重金属危害系数(compound target hazard quotient,TTHQ)均小于1,说明成人和儿童食用这些可口革囊星虫不存在健康风险。

关键词：可口革囊星虫脂肪酸氨基酸重金属含量

保罗蓝睡莲花器官转录组SSR的分布及其序列特征分析

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福建农业学报 2024年第7期39卷 775-784页

作者：毛立彦黄秋伟於艳萍丁丽琼蔡元保黄歆怡覃茜苏群农晓慧朱天龙龙凌云广西壮族自治区亚热带作物研究所/广西亚热带特色水果质量安全控制重点实验室广西南宁530001 广西壮族自治区农业科学院花卉研究所广西南宁530007 广西平果华莲科技研究所广西平果531400 海南佛渡莲源生态农业有限公司海南海口570100

【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息,开发新的与表型相关的SSR标记,为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位(雌蕊、雄蕊、花瓣)的转录组数据为背景材料,用MISA软... 详细信息

【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息,开发新的与表型相关的SSR标记,为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位(雌蕊、雄蕊、花瓣)的转录组数据为背景材料,用MISA软件检索序列的SSR位点,采用Excel对位点特征进行分析作图,Primer 3.0软件设计引物,TP-M13-SSR PCR筛选引物。【结果】在花器官转录组的39079条Unigenes中共检测到12365个SSR位点,位点发生频率为31.64%,平均每5.79 kb出现1个SSR位点。SSR位点的重复类型主要为二核苷酸重复碱基,占SSR位点总数的71.85%,优势重复类型为AG/CT,占碱基总数的61.34%;其次为三核苷酸重复碱基,为26.10%,优势重复类型是AAG/CTT,占比8.30%。SSR碱基重复次数在5~20次,序列长度为12~30 bp,平均长度18.38 bp。引物设计获得9212对引物,从中随机挑选100对进行PCR扩增验证,筛选出9对多态性好的引物,可将12份睡莲种质在遗传相似系数为0.735时聚为3支。【结论】热带睡莲保罗蓝花器官转录组中的SSR位点分布频率高、类型丰富,多态性较高,具较大的应用潜力。开发的9对SSR引物可将12份种质有效分开,进一步丰富了睡莲现有SSR标记,可为睡莲属植物的遗传多样性分析和分子辅助育种提供科学参考。

关键词：热带睡莲转录组 SSR 序列特征

老面中玉米赤霉烯酮消减乳酸菌的筛选、鉴定及机理解析

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微生物学通报 2024年第7期51卷 2521-2533页

作者：贺子元秦菲郭宝元玉万国汪洋广西科技大学生物与化学工程学院、广西糖资源绿色加工重点实验室广西柳州545006 国家粮食和物资储备局科学研究院北京100037 北京联合大学生物与化学工程学院北京100023

【背景】玉米赤霉烯酮(zearalenone,ZEN)是一种由镰刀菌属真菌产生的具有雌激素效应的真菌毒素,是世界范围内严重危害人类健康和农业安全的污染物之一。乳酸菌作为一类被公认安全(generally recognized as safe,GRAS)的食品级非致病微生... 详细信息

【背景】玉米赤霉烯酮(zearalenone,ZEN)是一种由镰刀菌属真菌产生的具有雌激素效应的真菌毒素,是世界范围内严重危害人类健康和农业安全的污染物之一。乳酸菌作为一类被公认安全(generally recognized as safe,GRAS)的食品级非致病微生物,近年研究显示其具有良好的真菌毒素消减能力,为其在保障食品安全方面带来潜在应用前景。【目的】以来自山东、河南和甘肃等7份老面样品作为研究对象,从中筛选具有消减ZEN活性的乳酸菌,探究该菌对ZEN的吸附机理。【方法】利用稀释平板涂布法获得菌株;超高效液相色谱检测具有消减ZEN活性的菌株,质谱(mass spectrometry)确定代谢产物;16S r RNA基因序列分析比对确定菌株属种,透射电镜(transmission electron microscopy,SEM)观察菌株形态;分析不同初始毒素浓度及菌体浓度下的吸附效果,对其进行动力学模型拟合;定位吸附位点并通过傅里叶变换红外光谱(Fourier transform infrared spectroscopy,FTIR)分析确定菌株中参与吸附ZEN的官能团,阐明对ZEN的吸附机理。【结果】初步筛选获得63株乳酸菌,从中复筛获得3株具有消减ZEN活性的乳酸菌,经鉴定:菌株6-8和菌株18-2为短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis),菌株12-6为热带醋杆菌(Acetobacter tropicalis)。两株短促生乳杆菌具有降解效果,在ZEN浓度为10 mg/L的条件下,48 h内降解率分别达到85.5%和87.3%,质谱结果显示降解产物为α-ZEL;另一株具有吸附效果,在菌株浓度为4.26×10^(10)CFU/m L、ZEN浓度为10 mg/L条件下,20 min内吸附率达到62.9%,灭活后吸附率上升20%。吸附过程同时符合准一级(pseudo-first-order)动力学及准二级(pseudo-second-order)动力学模型。傅里叶变换红外光谱结果显示菌株12-6的主要吸附位点为细胞壁上的肽聚糖与磷壁酸分子,羟基、次甲基、羧基和酰胺基等作为主要官能团参与吸附。【结论】菌株6-8和菌株18-2对ZEN有较强的降解能力;菌株12-6对ZEN有较强的吸附能力。其吸附动力学符合准一级及准二级动力学模型,吸附位点为细胞壁上的磷壁酸及肽聚糖分子。本研究为乳酸菌清除食品和饲料中有害物质的应用提供了理论基础。

关键词：玉米赤霉烯酮乳酸菌吸附官能团