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相似性算法在药物-靶点预测研究中的应用

中国新药杂志 2024年第9期33卷 885-894页

作者：章新友王芝张春强陈豪李雪梅张亚明周小玲江西中医药大学计算机学院南昌330004

药物从研发到临床应用是漫长而昂贵的过程,通过相似性算法和机器学习算法准确预测药物-靶点相互作用(drug-target interactions, DTI)辅助药物研发可以提升效率、降低成本。本文对相似性算法在DTI预测研究中的应用进行全面分析,旨在为... 详细信息

药物从研发到临床应用是漫长而昂贵的过程,通过相似性算法和机器学习算法准确预测药物-靶点相互作用(drug-target interactions, DTI)辅助药物研发可以提升效率、降低成本。本文对相似性算法在DTI预测研究中的应用进行全面分析,旨在为进一步运用相似性算法对DTI预测研究有所借鉴。利用中国知网、PubMed、万方数据和维普网等作为主要文献检索平台,整理近10年基于相似性的DTI预测研究文献并建立研究对象文献数据库,在DTI预测问题中对数据来源、药物和靶点的相似性构建算法、DTI预测算法模型进行归纳总结。整理得到55篇质量较高相关文献,显示药物相似性主要由化学结构、不良反应、解剖-治疗-化学代码(anatomical therapeutic chemical, ATC)和DTI关系的数据来构建;靶点相似性主要由蛋白质序列和基因本体(gene ontology, GO)注释的数据来构建。不同的数据可用不同的相似性算法度量其相似,整合多源相似性数据可以进一步提高模型的质量。DTI预测算法模型主要有基于分类、基于网络和基于矩阵分解的预测模型,不同的预测模型各有其优缺点。利用算法辅助DTI预测研究具有极大发展潜力,它缩小了候选药物及靶点分子的范围,但仍有部分亟待解决的难题,未来可以从优化数据和改进算法模型两方面对该问题进一步研究。

关键词：相似性算法药物-靶点预测研究文献分析法

基于HPLC指纹图谱结合化学计量学及多成分定量测定的腰痹通胶囊质量评价研究

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中草药 2024年第8期55卷 2579-2588页

作者：廖嘉穗付娟张日美柳芊如胡军华王振中肖伟南京中医药大学江苏南京210000 中药制药过程控制与智能制造技术全国重点实验室江苏连云港222001 江苏康缘药业股份有限公司江苏连云港222001

目的建立腰痹通胶囊(Yaobitong Capsules,YC)的HPLC指纹图谱及多成分定量测定方法,并结合相关化学计量学评价多批次制剂的质量。方法建立YC的指纹图谱,采用层次聚类分析(hierarchical cluster analysis,HCA)、主成分分析(principal comp... 详细信息

目的建立腰痹通胶囊(Yaobitong Capsules,YC)的HPLC指纹图谱及多成分定量测定方法,并结合相关化学计量学评价多批次制剂的质量。方法建立YC的指纹图谱,采用层次聚类分析(hierarchical cluster analysis,HCA)、主成分分析(principal component analysis,PCA)评价多批次制剂质量,同时采用Hotelling’s T^(2)和DMod X方法对不同批次制剂的质量设定控制范围;HPLC法测定多批次YC中绿原酸、芍药内酯苷、芍药苷、阿魏酸4种有效成分的含量,并结合聚类热图分析进行质量评价。结果YC指纹图谱方法学考察结果符合测定要求,标记17个共有峰,并对共有峰进行归属,通过对照品比对指认出8个色谱峰,14批样品相似度大于0.90;HCA和PCA中未见异常批次,表明批间一致性较好,Hotelling’s T^(2)和DMod X控制上限为15.077和1.653;14批YC样品中芍药内酯苷、芍药苷、绿原酸、阿魏酸的质量分数分别为1.733~2.853、4.674~8.127、1.128~2.417、0.586~1.232 mg/g,线性关系良好(r≥0.9993);聚类热图分析结果表明,14批样品可聚为3类。结论建立的HPLC指纹图谱方法和多成分含量测定方法准确可靠,可用于YC的质量评价。多批次制剂数据结合化学计量学评价方法,表明YC多批次制剂之间一致性较好。

关键词：腰痹通胶囊 HPLC 指纹图谱化学计量学质量评价层次聚类分析主成分分析绿原酸芍药内酯苷芍药苷阿魏酸聚类热图分析

脑泰方对脑小血管病模型大鼠脑白质病变及胼胝体Wnt/β-catenin通路的影响

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中医杂志 2024年第20期 2135-2144页

作者：王香元梅志刚葛金文湖南中医药大学中西医结合学院三峡大学健康医学院湖南省中医药研究院

目的从无翅型MMTV整合位点家族成员（Wnt）/β连环蛋白（β-catenin）通路探讨脑泰方对脑小血管病白质病变的作用及其机制。方法将10只WKY大鼠作为假手术组，30只自发性高血压大鼠（SHR）随机分为模型组、脑泰方低剂量组、脑泰方高剂... 详细信息

目的从无翅型MMTV整合位点家族成员（Wnt）/β连环蛋白（β-catenin）通路探讨脑泰方对脑小血管病白质病变的作用及其机制。方法将10只WKY大鼠作为假手术组，30只自发性高血压大鼠（SHR）随机分为模型组、脑泰方低剂量组、脑泰方高剂量组，每组10只。除假手术组外，其余各组大鼠采用D-半乳糖背部皮下注射56天造模，并在造模第29天进行双侧颈总动脉狭窄术低灌注28天构建复合危险因素脑小血管病大鼠模型。脑泰方低、高剂量组大鼠手术当天分别给予脑泰方9、27 g/（kg·d）灌胃，假手术组和模型组给予10 ml/（kg·d）纯水灌胃，各组大鼠灌胃4周。给药前及给药后每周监测大鼠的血压；造模第50天开始连续6天进行水迷宫实验；术前及术后、给药后激光散斑检测脑血流量变化。最后一次灌胃次日取材，卢卡斯快蓝（LFB）和透射电镜观察大鼠胼胝体髓鞘损伤程度，ELISA法检测大鼠胼胝体白细胞介素1β (IL-1β)、肿瘤坏死因子α (TNF-α)、白细胞介素10 (IL-10)、肿瘤坏死因子β (TNF-β)水平，免疫荧光法检测大鼠胼胝体中髓鞘碱性蛋白（MBP）表达水平和离子化钙结合适配分子1 (IBA1)、神经胶质抗原2 (NG2)、细胞增殖标志物Ki67抗原（Ki67）/NG2、2',3'-环核苷酸3'-磷酸二酯酶（CNPase）表达；Western Blot法检测胼胝体中MBP、无翅型MMTV整合位点家族成员3a (Wnt3a)、磷酸化糖原合成酶激酶3β (p-GSK-3β)、糖原合成酶激酶3β (GSK-3β)、磷酸化β连环蛋白（p-β-catenin）、β-catenin表达，RT-qPCR法检测胼胝体中GSK-3β、β-catenin mRNA表达。结果与假手术组比较，模型组大鼠各时间点收缩压升高，水迷宫实验中穿越平台次数、目标象限停留时间百分比减少，第4天和第5天逃避潜伏期明显延长，术后及给药后大鼠脑血流量下降（P<0.05或P<0.01）;LFB染色及透射电镜观察可见胼胝体髓鞘损伤明显；胼胝体中TNF-α和IL-1β含量增加，TNF-β含量降低，MBP荧光强度和蛋白表达降低，IBA1阳性细胞数增加，Wnt3a和p-GSK-3β/GSK-3β升高，p-β-catenin/β-catenin降低，GSK-3β mRNA表达降低，β-catenin mRNA表达升高（P<0.05或P<0.01）。与模型组比较，脑泰方高剂量组大鼠胼胝体髓鞘损伤明显改善，上述各指标均显著改善（P<0.05或P<0.01）。与脑泰方低剂量组比较，脑泰方高剂量组胼胝体髓鞘损伤改善，收缩压降低，脑血流量及胼胝体中MBP荧光强度及蛋白表达，NG2、CNPase阳性细胞数，p-β-catenin/β-catenin、GSK-3β mRNA表达均升高，Wnt3a表达、p-GSK-3β/GSK-3β及β-catenin mRNA表达降低（P<0.05或P<0.01）。结论高剂量脑泰方可显著改善脑小血管病白质病变，其机制可能与抑制Wnt/β-catenin信号通路，减轻脑内炎性微环境，促进少突胶质前体细胞分化成为少突胶质细胞有关。

关键词：脑小血管病脑白质病变髓鞘损伤脑泰方少突胶质细胞 Wnt/β-catenin通路

艾儒棣从“皮积”论治原发性皮肤淀粉样变经验

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中医杂志 2024年第13期65卷 1323-1327页

作者：宋玮陈明岭肖敏艾儒棣(指导) 成都中医药大学附属医院四川省成都市610072

总结艾儒棣教授从“皮积”论治原发性皮肤淀粉样变(PCA)的临证经验。PCA的皮损形态、病理特点与中医积病具有相似性,据此提出“皮积”的概念,认为正虚邪犯、痰瘀锢表为PCA的核心病机,多属本虚标实证,其中正气虚馁、腠理空疏为发病之本,... 详细信息

总结艾儒棣教授从“皮积”论治原发性皮肤淀粉样变(PCA)的临证经验。PCA的皮损形态、病理特点与中医积病具有相似性,据此提出“皮积”的概念,认为正虚邪犯、痰瘀锢表为PCA的核心病机,多属本虚标实证,其中正气虚馁、腠理空疏为发病之本,邪留肌表、津血失布、痰瘀胶结为致病之标。治疗上以固本清源为核心,内治以健脾补肾、祛痰化瘀、软坚散结为法,自拟二仙四参汤、桂枝茯苓丸合化坚二陈丸、加味消瘰丸加减治疗;外治以驱邪消积、疏通津血为要,予自拟润肌膏热烘促进皮损软化剥脱、猪胆汁药浴开腠驱邪、牛脊髓封包濡养肌肤。

关键词：原发性皮肤淀粉样变皮积内外合治名医经验艾儒棣

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机器学习算法在药物毒性预测中的应用评价

中国新药杂志 2024年第2期33卷 110-117页

作者：章新友陈豪王芝李雪梅徐华康张亚明周小玲吴地尧江西中医药大学计算机学院南昌330004

目的:基于文献计量法评价机器学习算法在药物毒性预测中的应用现状,为相关研究和应用提供参考借鉴,以促进“医药+信息”学科的交叉发展。方法:以“毒性预测”、“定量构效关系(QSAR)”、“计算毒理学”、“机器学习”等为主题词,组合查... 详细信息

目的:基于文献计量法评价机器学习算法在药物毒性预测中的应用现状,为相关研究和应用提供参考借鉴,以促进“医药+信息”学科的交叉发展。方法:以“毒性预测”、“定量构效关系(QSAR)”、“计算毒理学”、“机器学习”等为主题词,组合查询发表于中国知网、万方等数据库的相关文献,然后依据“所用算法种类”、“所应用的毒性预测环节”进行归类整理,对机器学习算法在药物毒性预测领域的应用现状进行综述。结果:共检索到相关有效文献122篇。机器学习已用于药物毒性预测的毒性数据集处理、药物信息表征筛选、预测模型训练等,其中应用于模型训练任务的算法次数与种类相较更多;虽然各种算法在药物毒性预测领域都有研究应用,而以支持向量机算法、随机森林算法与深度学习算法的应用较多;另外,文献多数认为基于深度学习或集成学习的模型预测性能较高。结论:机器学习算法在毒性预测领域中应用种类较多,而选择算法时需考虑的主要问题是数据集规模大小和算法运算速度,对异常数据、冗余数据、噪声数据的适应性以及算法的实现难度等;计算机辅助毒性预测相较传统的体内体外实验有着较多的优势,但仍有部分亟待解决的难题,包括医药数据相关板块的不少空缺、现有数据质量的亟待提升和药物信息表征如何选择等。

关键词：机器学习药物毒性预测计算毒理学定量构效关系

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《伤寒论》或然证的证治规律探析

时珍国医国药 2024年第7期35卷 1700-1702页

作者：余建军程绍民江西中医药大学江西南昌330004

《伤寒论》中关乎或然证方剂者有五,即太阳病篇之小青龙汤(40),少阳病篇之小柴胡汤(96),少阴病篇之真武汤(316)、通脉四逆汤(317)与四逆散(318)。然六经之中,唯有三经所见或然证,其内在之联系如何?文章旨在探寻仲景辨证之法,如何兼顾疾... 详细信息

《伤寒论》中关乎或然证方剂者有五,即太阳病篇之小青龙汤(40),少阳病篇之小柴胡汤(96),少阴病篇之真武汤(316)、通脉四逆汤(317)与四逆散(318)。然六经之中,唯有三经所见或然证,其内在之联系如何?文章旨在探寻仲景辨证之法,如何兼顾疾病的多变性,且探究异证间的相通关联。藉由探讨方剂应用之实际,揭示其内含的治法思维,以窥《伤寒论》理论之系统性和完整性。

关键词：或然证伤寒论枢机三焦

二陈汤加减治疗非酒精性脂肪性肝病的临床疗效及作用机制研究

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中华中医药学刊 2024年

作者：陈锡培周正广州中医药大学东莞医院

目的：观察二陈汤加减治疗非酒精性脂肪性肝病的临床疗效，并分析该治法对患者肝功能、血脂等指标的影响。方法：收集2022年1月—2023年6月广州中医药大学东莞医院收治的80例非酒精性脂肪性肝病患者的临床资料，按照自愿原则分为对照组... 详细信息

目的：观察二陈汤加减治疗非酒精性脂肪性肝病的临床疗效，并分析该治法对患者肝功能、血脂等指标的影响。方法：收集2022年1月—2023年6月广州中医药大学东莞医院收治的80例非酒精性脂肪性肝病患者的临床资料，按照自愿原则分为对照组和观察组，各40例，对照组患者予以阿托伐他汀钙片口服治疗；观察组患者在对照组的基础上予以二陈汤加减治疗。观察并比较两组患者的临床疗效、肝功能、血脂水平以及炎症指标水平变化。结果：对照组的有效率为75.00%，观察组的有效率为92.50%，相较于对照组，观察组患者的有效率明显上升，差异具有统计学意义（P＜0.05）。治疗完成后，观察组患者的AST、ALT以及TBIL水平相较于对照组显著下降（P＜0.01）。给药前两组患者的CAP值和BMI水平无明显差异（P＞0.05）。干预完成后，观察组患者的CAP值和BMI水平相较于对照组均明显下降（P＜0.01）。给药前2组患者的血脂水平无明显差异（P>0.05）。干预完成后，相较于对照组，观察组患者的TG、LDL-C以及TC水平显著下调，而HDL-C水平则显著上调，差异具有统计学意义（P＜0.05，P＜0.01）。给药前2组患者的炎症指标水平无明显差异（P>0.05）。干预完成后，相较于对照组，观察组患者的IL-6、TNF-α以及hs-CRP水平均明显下降（P<0.05）。对照组患者中有4例出现不良反应，发生率为10.00%，观察组有3例不良反应，发生率为7.50%，两组患者的不良反应发生率无明显差异（P＞0.05）。结论：二陈汤加减联合常规西医治疗不仅能够提高NAFLD的临床疗效，改善患者肝功能、降低血脂水平，还可以延缓肝脏纤维化进程，抑制机体炎症水平，从而改善患者病情，且无不良反应增加。

关键词：二陈汤非酒精性脂肪性肝病肝功能血脂炎症临床疗效

椎间盘源性睾丸疼痛的中西医发病机制与治疗进展

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中华男科学杂志 2024年第7期30卷 653-657页

作者：郑义李焱风云南中医药大学第一附属医院/云南省中医医院/云南中医药大学第一临床医学院云南昆明650021

睾丸疼痛的原因复杂,椎间盘退变是导致睾丸疼痛的一个不可忽视的原因。在临床实践中,椎间盘源性睾丸疼痛往往未能获得医生的充分关注,从而导致误诊或漏诊。为了提高临床医生对此问题的认识,并为寻找不明原因睾丸疼痛的诊治策略提供参考... 详细信息

睾丸疼痛的原因复杂,椎间盘退变是导致睾丸疼痛的一个不可忽视的原因。在临床实践中,椎间盘源性睾丸疼痛往往未能获得医生的充分关注,从而导致误诊或漏诊。为了提高临床医生对此问题的认识,并为寻找不明原因睾丸疼痛的诊治策略提供参考,本文综述了椎间盘源性睾丸疼痛的中西医发病机制及治疗进展。中医认为,椎间盘源性睾丸疼痛的病机可能与外感寒湿、湿热侵犯阴器、气血凝滞等有关,且与肝、肾、督脉密切相关;西医则认为其发病机制可能与神经根刺激、神经根嵌压症、沃勒变性、牵涉痛和神经高敏感性等因素有关。

关键词：椎间盘源性睾丸疼痛发病机制治疗

浊毒证诊断量表的研制与权重赋值——基于德尔菲法及层次分析法

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中医杂志 2024年第7期65卷 684-690页

作者：刘晓雨刘志华李京璠李润泽王玉曼薛滨清张心千杨倩杜艳茹河北中医药大学河北省石家庄市050020 河北省中医院河北省浊毒证重点实验室河北省中西医结合胃肠病研究重点实验室

目的初步构建浊毒证诊断量表,为中医证候标准化、规范化研究提供参考。方法检索《中华医典》及中国知网(CNKI)、万方数据知识服务平台(WF)、维普数据库(VIP)各数据库建库之日至2022年9月1日浊毒证古籍条文及现代文献,初步筛选浊毒证四... 详细信息

目的初步构建浊毒证诊断量表,为中医证候标准化、规范化研究提供参考。方法检索《中华医典》及中国知网(CNKI)、万方数据知识服务平台(WF)、维普数据库(VIP)各数据库建库之日至2022年9月1日浊毒证古籍条文及现代文献,初步筛选浊毒证四诊信息,建立条目池,开展横断面临床调查。运用离散趋势法、相关系数法、克朗巴赫系数法、因子分析法对条目进行客观筛选,通过三轮德尔菲法专家调查确定量表条目,采用层次分析法得到各条目判断矩阵分值及相对比重,一致性检验通过后等比扩大相对比重得到各条目权重并赋值,最终构建浊毒证诊断量表。结果共纳入35篇文献,初筛后得到45个条目。经临床调查,离散趋势法中有12个条目不符合,相关系数法中有23个条目不符合,从内部一致性筛选有13个条目去掉后克朗巴赫α系数上升,因子分析法中有10个条目不符合,综合运用四种统计学方法客观筛选后保留22个条目。三轮德尔菲法专家咨询中专家积极系数均为96.67%,专家权威系数分别为0.834、0.856、0.867,协调系数为0.126、0.326、0.312,经咨询临床专家、三轮德尔菲法调查及层次分析法权重赋值后,最终确立浊毒证诊断量表条目,主症:舌质暗红或紫暗,苔黄腻或燥(10分);大便黏腻不爽(8分);口味不和(包括口臭、口黏腻、口干、口苦)(6分);小便不利或小便黄/赤(5分);面色晦暗(4分)。次症:身体困重(3分);头昏蒙不清(3分);分泌物多、黏腻、臭秽(2分);脉弦滑,或滑或滑数(2分);腹部板硬感(1分)。结论采用德尔菲法联合层次分析法,定性与定量有机结合,初步研制出了浊毒证诊断量表。

关键词：浊毒证诊断量表德尔菲法层次分析法