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微生物产生的土腥味化合物及其清除方法

中国生物工程杂志 2005年第8期25卷 35-38页

作者：刘欣何进喻子牛华中农业大学农业微生物学国家重点实验室微生物农药国家工程研究中心武汉430070

自然界中存在许多具有土腥味的化合物,以Geosmin和MIB为代表,它们的嗅阈值极低,即便含量极微,也能嗅到浓烈的土腥味、土臭味、泥土味和霉味。这些土腥味挥发性物质主要是放线菌和藻类的次生代谢产物,不同生物具有不同的合成途径。它们... 详细信息

自然界中存在许多具有土腥味的化合物,以Geosmin和MIB为代表,它们的嗅阈值极低,即便含量极微,也能嗅到浓烈的土腥味、土臭味、泥土味和霉味。这些土腥味挥发性物质主要是放线菌和藻类的次生代谢产物,不同生物具有不同的合成途径。它们极易影响饮用水的品质,也给渔业和食品业带来极大危害。通过物理、化学和生物处理等方法,可以控制或清除土腥味化合物,其中微生物降解法是最有应用前景的净化方法。综述了土腥味化合物的来源、生物合成途径、分析检测技术及净化方法。

关键词：土腥味化合物放线菌蓝细菌藻类净化方法清除方法化合物微生物腥味生物合成途径

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苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析

华中农业大学学报 2008年第5期27卷 606-610页

作者：丁德武刘丽陈守文须文波江南大学信息工程学院无锡214036 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070 安徽省池州学院数学计算机科学系池州247000

代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参... 详细信息

代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和Zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正。然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线。随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体。最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义。

关键词：代谢网络结构分析蝴蝶结巨强连通体

不同地域豇豆(Vigna unguiculata)根瘤菌的表型和遗传多样性

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生态学报 2007年第9期27卷 3655-3662页

作者：徐莉杨江科张伟涛袁天英周俊初华中科技大学生命科学与技术学院武汉430074 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070

豇豆根瘤菌既是豆科植物根际微生物的主要类群,也是重要的根瘤菌资源之一。通过最适碳/氮源、内源抗生素抗性和NaCl耐受性等表型特征和16S-23S Intergenetic Region(IGS)RFLP特征分析对分离自8个不同地域的52株供试豇豆根瘤菌的进行了... 详细信息

豇豆根瘤菌既是豆科植物根际微生物的主要类群,也是重要的根瘤菌资源之一。通过最适碳/氮源、内源抗生素抗性和NaCl耐受性等表型特征和16S-23S Intergenetic Region(IGS)RFLP特征分析对分离自8个不同地域的52株供试豇豆根瘤菌的进行了表型和遗传多样性分析。供试菌株无论是在表型还是遗传型方面均具有丰富的多样性。根据IGS RFLP特征,供试豇豆慢生根瘤菌分为以下4个IGS类群:IGS-Ⅰ为豇豆根瘤菌的优势群体,在系统发育上相对独立;IGS-Ⅱ和IGS-Ⅲ的菌株分别属于Bradyrhizobium japonicum和Bradyrhizobium liaoningense;IGS-Ⅳ属于Bradyrhizobium elkanii。豇豆快生型菌株则分别归为IGS-Ⅴ和IGS-Ⅵ群,在分类地位上分别属于Sinorhizobium fredii和Rhizobium leguminosarum。不同地域的菌株在多样性方面具有明显的差异。分离自湖北红安的菌株仅与黑龙江德都具有一定的相似性,Jaccard系数为0.25,表现出地理隔离作用。来自黑龙江德都和广西武鸣的菌株的多样性最为丰富,其Simpson指数和Shannon-Wiener指数分别为0.667和1.243与0.593和0.961。

关键词：豇豆根瘤菌表型 IGS 多样性

2-甲基异茨醇降解菌阴沟肠杆菌Z5的分离鉴定及BAC文库的构建

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华中农业大学学报 2010年第1期29卷 55-58页

作者：么敬静赵有文邹霞崔翠何进喻子牛华中农业大学生命科学技术学院/农业微生物学国家重点实验室/微生物农药国家工程研究中心武汉430070

从采集到的污水样品中分离得到1株高效降解2-甲基异茨醇(2-methylisoborneol,2-MIB)的菌株Z5,通过16S rDNA序列分析,鉴定为阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)。该菌在以2-MIB为唯一碳源的培养基中能正常生长代谢。经气相色谱-质谱分析,... 详细信息

从采集到的污水样品中分离得到1株高效降解2-甲基异茨醇(2-methylisoborneol,2-MIB)的菌株Z5,通过16S rDNA序列分析,鉴定为阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)。该菌在以2-MIB为唯一碳源的培养基中能正常生长代谢。经气相色谱-质谱分析,发现该菌对2-MIB的降解率高达89.7%。同时,测定了Z5在不同质量浓度2-MIB中的生长情况,结果表明:当2-MIB质量浓度为16μg/L时,其生长状况与在LB中最为接近。为了克隆降解2-MIB关键酶的编码基因并进一步研究其降解途径,本研究构建了***5的全基因组BAC文库,该文库覆盖了大约8倍的基因组,共计810个转化子,外源片段平均大小为40 kb。

关键词： 2-甲基异茨醇(2-MIB) 阴沟肠杆菌生物降解 BAC文库气相色谱-质谱联用

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我国亚热带地区豌豆根瘤菌遗传多样性的研究

中国科学（C辑） 2008年第8期38卷 774-782页

作者：杨成运杨江科李友国周俊初华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070 华中科技大学生命科学技术学院武汉430074

利用16S rRNA PCR-RFLP,16S rRNA基因序列分析以及16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的42株豌豆根瘤菌(Rhizobium leguminosarum)进行了群体遗传多样性的研究.16S rRNA PCR-RFL... 详细信息

利用16S rRNA PCR-RFLP,16S rRNA基因序列分析以及16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的42株豌豆根瘤菌(Rhizobium leguminosarum)进行了群体遗传多样性的研究.16S rRNA PCR-RFLP分析以及16S rRNA基因序列分析结果表明:所有供试豌豆根瘤菌可分为两个类群,类群1包括XtP1在内的40株豌豆根瘤菌和*** USDA2370,为优势种群,占供试菌株的97%;类群2由WzP3和WzP15组成,与Rhizobium etli CFN42相近.16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP研究结果表明:所有供试菌株分为18个基因型,在91%的相似性上分为4个类群.其中群Ⅰ与*** USDA2370聚在一起.群Ⅱ仅包括菌株YcP2,YcP3和CqP7等3个菌株.群Ⅲ的菌株分布较广,占供试菌株的优势.群Ⅳ由WzP3和WzP15两个菌株及*** CFN42组成.RAPD将供试菌株分为9个群,其中类群Ⅳ仅包括菌株YcP2,群Ⅴ和Ⅸ分别来自温州和仙桃.该结果表明,供试菌株的分类具有明显的地域特征.

关键词：豌豆根瘤菌 16S rRNA PCR-RFLP IGS PCR—RFLP RAPD

我国亚热带地区快生型大豆根瘤菌遗传多样性研究

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河南农业科学 2011年第1期40卷 48-53页

作者：杨成运周俊初杨江科段广才郑州大学公共卫生学院河南郑州450001 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070 华中科技大学生命科学技术学院湖北武汉430074

利用16S rDNA PCR-RELP、16S rDNA基因序列分析以及16S-23S rDNA IGS PCR-RELP技术,对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的31株大豆快生型根瘤菌(fast-growing rhizobia)进行了群体遗传多样性研究。16S rDNA PC... 详细信息

利用16S rDNA PCR-RELP、16S rDNA基因序列分析以及16S-23S rDNA IGS PCR-RELP技术,对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的31株大豆快生型根瘤菌(fast-growing rhizobia)进行了群体遗传多样性研究。16S rDNA PCR-RELP分析结果表明,所有供试大豆根瘤菌都与费氏中华根瘤菌USDA205聚成一类。供试代表菌株YcS2的16SrDNA基因序列与费氏中华根瘤菌USDA205的该序列相似性超过99.5%。16S-23S rDNAIGSPCR-RFLP研究结果表明:所有供试菌株分为10个基因型,在87%的相似性上分为4个类群。在此基础上筛选出10个代表菌株进行16S-23S rDNA基因序列分析,结果表明,10个供试菌株分为2个群,群Ⅱ(YcS3、ZzS1、YcS14)与新疆中华根瘤菌CCBAU110聚在一起,群Ⅰ(其余7个菌株)与费氏中华根瘤菌USDA205聚在一起。中国亚热带地区的快生型大豆根瘤菌具有高度的相似性。

关键词：大豆根瘤菌多样性 16S rDNA 基因间区

用发光酶基因(luxAB)标记法研究慢生花生根瘤菌的竞争结瘤能力

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生态学报 2003年第2期23卷 278-283页

作者：罗明云张小平李登煜陈强周俊初四川农业大学华中农业大学武汉430000

lux AB基因标记是一种新型基因标记技术 ,在很多研究领域都有着良好的应用前景。研究通过三亲本杂交将 lux AB基因成功地向慢生型花生根瘤菌进行了转移 ,并获得了一株带 Lux AB基因标记的菌株Cspr7- 1。对 Cspr7- 1进行性状、标记基因... 详细信息

lux AB基因标记是一种新型基因标记技术 ,在很多研究领域都有着良好的应用前景。研究通过三亲本杂交将 lux AB基因成功地向慢生型花生根瘤菌进行了转移 ,并获得了一株带 Lux AB基因标记的菌株Cspr7- 1。对 Cspr7- 1进行性状、标记基因的遗传稳定性检测 ,结果表明 ,Lux AB基因不仅能有效表达 ,而且性状稳定。在无氮水培条件下进行标记菌株与土著根瘤菌的竞争结瘤试验。结果证实 ,Cspr7- 1在植物根系上的占瘤率平均达到 61 .3% ,比土著根瘤菌的竞争结瘤能力强 ,而且 Cspr7- 1在主根上的侵染能力远较侧根上的强 ,平均高出 2 2 .3%～ 39.6%。

关键词：发光酶基因竞争结瘤能力 luxAB基因标记慢生型花生根瘤菌

禽流感病毒H9N2亚型西藏分离株HA和NA基因的克隆与序列分析

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畜牧兽医学报 2010年第12期41卷 1659-1666页

作者：索朗斯珠邹威王灿陈焕春金梅林华中农业大学农业微生物国家重点实验室动物病毒分室武汉430070 西藏农牧学院动物科学技术学院高原动物疫病研究室林芝860000

为了从分子水平上掌握西藏各地区H9亚型禽流感病毒的遗传进化情况及其与国内外H9亚型禽流感病毒的变异情况和流行规律之间的关系,作者选择了2009年不同时间从西藏部分地市养殖场分离的3株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA... 详细信息

为了从分子水平上掌握西藏各地区H9亚型禽流感病毒的遗传进化情况及其与国内外H9亚型禽流感病毒的变异情况和流行规律之间的关系,作者选择了2009年不同时间从西藏部分地市养殖场分离的3株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,3株西藏分离病毒之间的HA和NA基因变异程度不大,同源性达到98%以上,在遗传进化中均属于欧亚分支中的类Bj/94亚分支,3株西藏分离毒的HA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为88.7%～88.8%,在氨基酸水平为93.4%～93.6%;NA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为92.7%～93.0%,在氨基酸水平为93.4%～94.0%;3株西藏分离毒株可能与Bj/94由同一毒株进化而来。由于基因突变使Tb/1毒株的HA基因在313位出现了1个新的糖基化位点,Tb/4毒株的NA基因缺失了146位的糖基化位点;唾液酸吸附位点上有明显的突变;HA的裂解位点附近和NA基因的受体结合位点区域内都有氨基酸突变。HA和NA基因的变异可能与适应高原缺氧、高海拔等特殊气候环境有关。

关键词：禽流感病毒 H9N2亚型 HA基因 NA基因遗传变异分析

流感病毒逃避宿主天然免疫抗病毒应答研究进展

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畜牧兽医学报 2015年第4期46卷 526-533页

作者：李永涛王川庆河南农业大学禽病研究所郑州450001 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070

流感病毒是一种重要的呼吸道疾病病原,在人群中每年都会造成地方性流行,因其抗原性易发生变异,多次引起世界性大流行。流感病毒也可在多种动物群体持续传播,偶尔可经动物感染人类并在人群中传播和适应,一定条件下给人类健康造成潜在的... 详细信息

流感病毒是一种重要的呼吸道疾病病原,在人群中每年都会造成地方性流行,因其抗原性易发生变异,多次引起世界性大流行。流感病毒也可在多种动物群体持续传播,偶尔可经动物感染人类并在人群中传播和适应,一定条件下给人类健康造成潜在的威胁。天然免疫应答,特别是干扰素应答是机体早期抵御病毒感染的关键屏障;病毒突破这道屏障,才能成功感染宿主。为对抗病毒感染,宿主细胞利用一系列精密的抗病毒策略:利用模式识别受体识别病毒表达的产物,激活一系列信号级联反应,并导致干扰素等细胞因子的产生;干扰素诱导下游效应分子的表达,进而抑制病毒复制,并辅助机体引发特异性免疫。在与宿主共进化过程中,流感病毒也形成一套完善的拮抗宿主干扰素通路的策略,使病毒能有效地在宿主细胞中感染和传播。最近几年,关于病毒诱导和调控宿主天然免疫应答的研究取得突飞猛进的发展,特别是大量研究发现病毒可以利用各种策略逃避宿主的抗病毒应答。因此,本综述主要介绍流感病毒如何拮抗宿主的干扰素产生而逃避细胞抗病毒应答,有助于揭示流感病毒的致病机制和发现新的抗病毒靶标,从而为防控流感病毒感染奠定基础。

关键词：流感病毒天然免疫干扰素免疫逃避