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番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌组成结构与多样性及功能预测

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南方农业学报 2023年第1期54卷 139-149页

作者：常吕恕杨韵王文倩孙淦琳杨光源杨航杨进波杜广祖陈斌张立敏云南农业大学植物保护学院/云南生物资源保护与利用国家重点实验室云南昆明650201 云南格瑞生物科技有限公司云南大理675600

【目的】探究番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌组成结构与多样性及功能,为番茄潜叶蛾寄主适应性机制研究及综合防治提供理论依据。【方法】采用传统分离培养法和16S rDNA序列分析对取食马铃薯的番茄潜叶蛾肠道可培养细菌进行分离鉴定;... 详细信息

【目的】探究番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌组成结构与多样性及功能,为番茄潜叶蛾寄主适应性机制研究及综合防治提供理论依据。【方法】采用传统分离培养法和16S rDNA序列分析对取食马铃薯的番茄潜叶蛾肠道可培养细菌进行分离鉴定;采用单分子实时测序技术对其肠道细菌16S rDNA序列进行全长测序,分析肠道细菌的组成结构与多样性,并进行功能预测分析。【结果】番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌有5门13科13属15种,优势门、科、属、种分别为厚壁菌门(Firmicutes)、肠球菌科(Enterococcaceae)、肠球菌属(Enterococcus)和蒙氏肠球菌(***)。其中通过传统分离培养法共分离到可培养细菌2门5科5属6种,优势门、科、属、种分别是厚壁菌门(90.38%)、肠球菌科(83.71%)、肠球菌属(83.71%)和蒙氏肠球菌(83.71%),桑肠杆菌(Enterobacter mori)(6.56%)、松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)(5.98%)和粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)(2.30%)为细菌主要种类。通过单分子实时测序技术在番茄潜叶蛾肠道样品中共注释到5门6纲9目10科10属10种细菌,优势种是蒙氏肠球菌(70.71%),阴沟肠杆菌(***)(22.16%)为细菌主要种类。番茄潜叶蛾肠道细菌ACE、Shannon、Simpson和Chao1指数分别为7.22±1.91、0.69±0.43、0.28±0.19和6.33±0.94。通过KEGG代谢途径分析,发现番茄潜叶蛾马铃薯种群的肠道细菌主要参与碳水化合物、氨基酸、核苷酸和能量等的代谢,优势种蒙氏肠球菌在碳水化合物代谢和膜运输中的作用最强。【结论】番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌种类较丰富,优势种为蒙氏肠球菌,其肠道细菌可能参与碳水化合物、氨基酸和核苷酸等代谢。

关键词：番茄潜叶蛾马铃薯种群可培养细菌单分子实时测序技术

番茄潜叶蛾幼虫肠道可培养细菌结构组成及对大分子化合物的降解作用研究

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环境昆虫学报 2022年第5期44卷 1240-1251页

作者：常吕恕王文倩杨韵杨航杨进波杜广祖张庭发易小光肖关丽陈斌云南农业大学植物保护学院云南生物资源保护与利用国家重点实验室昆明650201 云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南格瑞生物科技有限公司云南弥渡675600

番茄潜叶蛾Tuta absoluta是一种世界毁灭性番茄害虫。为明确其幼虫肠道可培养细菌的多样性及功能,本研究采用LB和NA两种培养基分别对番茄潜叶蛾幼虫肠道细菌组成进行了分离培养,根据细菌菌落形态和16S rDNA序列分析对细菌进行种属鉴定,... 详细信息

番茄潜叶蛾Tuta absoluta是一种世界毁灭性番茄害虫。为明确其幼虫肠道可培养细菌的多样性及功能,本研究采用LB和NA两种培养基分别对番茄潜叶蛾幼虫肠道细菌组成进行了分离培养,根据细菌菌落形态和16S rDNA序列分析对细菌进行种属鉴定,采用比浊法测定了优势种的生长曲线,并采用透明圈法测定了肠道各可培养细菌对大分子化合物淀粉和纤维素的降解能力。结果表明,从番茄潜叶蛾3龄幼虫肠道中共分离到27株细菌,分属于3门10科17属24种,优势门、科、属、种分别是变形菌门Proteobacteria、欧文氏菌科Erwiniaceae、欧文氏菌属Erwinia、Erwinia iniecta,其相对多度分别达到90.68%、89.41%、89.41%和89.41%。优势种Erwinia iniecta在25℃,180 r/min的条件下培养无迟缓期,0~14 h为对数生长期,14~28 h为稳定期,28 h以后为衰亡期。Glutamicibacter属的L7和L9、考克氏菌属Kocuria的L14和短状杆菌属Brachybacterium的L20能同时降解淀粉和纤维素,考克氏菌属Kocuria的L15和L17只能降解淀粉,欧文氏菌属Erwinia的L、动性球菌属Planococcus的L11、微杆菌属Microbacterium的L18和Prolinoborus属的L22只能降解纤维素,其他菌株无淀粉和纤维素降解能力。综上所述,番茄潜叶蛾幼虫含有24种肠道可培养细菌,种类较为丰富,且部分细菌对淀粉和纤维素大分子化合物具有较强的降解作用,该结果将为番茄潜叶蛾肠道细菌多样性及其功能的深入研究提供依据,同时还为功能细菌的开发利用提供菌株。

关键词：番茄潜叶蛾肠道可培养细菌生长曲线降解能力

滇黄精叶绿体基因组密码子使用模式与偏好性分析

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分子植物育种 2022年

作者：刘嘉灏王婧关云会杨琬卿张海珠陈旭冰段宝忠夏从龙大理大学药学院云南省高校滇西道地药材资源开发重点实验室

为探究滇黄精叶绿体基因组中密码子的使用偏性与使用模式，本研究以滇黄精叶绿体基因组52个蛋白质编码序列（coding sequences， CDS）为对象，通过使用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其进行了分析。结果表... 详细信息

为探究滇黄精叶绿体基因组中密码子的使用偏性与使用模式，本研究以滇黄精叶绿体基因组52个蛋白质编码序列（coding sequences， CDS）为对象，通过使用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其进行了分析。结果表明，52条CDS的有效密码子数（effective number of codon， ENC）的平均值为48.13，偏性较弱。相对同义密码子使用度（relative synonymous codon usage， RSCU）>1的密码子有29个，均是以A/U结尾，表明其更偏向于使用以A/U结尾的密码子。GC;、GC;均与GC;存在显著差异性，表明第一、二位碱基与第三位碱基的组成存在一定区别；同时，GC;与ENC呈极显著相关性，表明它对密码子的使用偏性存在影响。通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot、对应性分析发现自然选择可能在滇黄精叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥重要作用，同时突变压力、碱基组成等其他因素对其也有一定影响。经过筛选得到11个最优密码子，包括UUU、CUU、UAU、CAU、CAA、UCA、CCA、ACA、AAU、GAU、GGA。本研究筛选了滇黄精的最优密码子，揭示了影响其偏好性的主要因素，为滇黄精叶绿体基因工程，改良外源基因提供了一定理论基础。

关键词：滇黄精叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道可培养细菌多样性研究

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南方农业学报 2023年第10期54卷 2927-2939页

作者：常吕恕罗忠荣杨光源杨韵孙淦琳杨航杨进波张庭发易小光陈斌云南农业大学植物保护学院/云南生物资源保护与利用国家重点实验室云南昆明650201 云南格瑞生物科技有限公司云南大理675600

【目的】明确番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道可培养细菌的组成结构及多样性,为番茄潜叶蛾肠道细菌多样性和功能的深入研究提供理论依据。【方法】采用传统分离培养法对番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道可培养细菌进行分离培养,并根据菌株的菌落形态和16S... 详细信息

【目的】明确番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道可培养细菌的组成结构及多样性,为番茄潜叶蛾肠道细菌多样性和功能的深入研究提供理论依据。【方法】采用传统分离培养法对番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道可培养细菌进行分离培养,并根据菌株的菌落形态和16S rDNA序列进行种属鉴定。【结果】从番茄潜叶蛾雌成虫肠道中分离得到16株细菌,分属于2门7科12属,优势门、科、属、种分别为变形菌门(Proteobacteria)(84.30%)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)(83.79%)、肠杆菌属(Enterobacter)(83.38%)和成都肠杆菌(***)(81.86%),Brachybacterium ginsengisoli(6.32%)、耐盐节杆菌(Arthrobacter pascens)(2.04%)和***(1.33%)为主要细菌种类;从番茄潜叶蛾雄成虫肠道中分离得到12株细菌,分属于2门3科6属,优势门、科、属、种分别是厚壁菌门(Firmicutes)(74.02%)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)(73.36%)、芽孢杆菌属(Bacillus)(67.12%)和蜡样芽孢杆菌(***)(25.91%),Atlantibacter subterranea(21.64%)、花域芽孢杆菌(***)(17.48%)和嗜气芽孢杆菌(***)(14.05%)为主要细菌种类。【结论】从番茄潜叶蛾雌雄成虫肠道中共分离到3门9科18属27种细菌,其中在雌成虫肠道中分离到2门7科12属16种细菌,以肠杆菌属为优势菌属,在雄成虫肠道中分离到2门3科6属11种细菌,以芽孢杆菌属为优势菌属;雌雄成虫肠道中未分离到同种细菌。

关键词：番茄潜叶蛾雌成虫雄成虫肠道可培养细菌多样性

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乌头叶绿体基因组密码子偏好性分析

分子植物育种 2022年

作者：杨琬卿刘嘉灏解秋风张凤琴夏从龙张海珠大理大学药学院大理大学药学院云南省高校滇西道地药材资源开发重点实验室大理大学药学院云南省滇西药食同源植物资源开发工程研究中心

为探究影响乌头叶绿体基因组中密码子使用偏好性的主要因素，本研究以乌头叶绿体基因组53个蛋白质编码序列为对象，采用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其碱基组成、GC含量、有效密码子数、相对同义密码子使...

为探究影响乌头叶绿体基因组中密码子使用偏好性的主要因素，本研究以乌头叶绿体基因组53个蛋白质编码序列为对象，采用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其碱基组成、GC含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度进行了统计分析。结果表明，乌头叶绿体基因组编码序列的密码子第3位碱大部分以A/T结尾，GC含量仅为29.20%，有效密码子数ENC介于40.77～58.98之间，该范围内的密码子距离标准曲线较远，其ENC值大，偏好性较弱。相对同义密码子使用度RSCU大于1的密码子有30个，其中29个以A/U结尾，占97%，说明乌头基因密码子偏好以A/U结尾，且偏好性较弱。结合ENC-plot分析、PR2-plot分析及中性绘图分析，推测自然选择在乌头叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥重要作用。对应性分析结果表明，编码光合系统蛋白基因的密码子具有相似的使用模式，编码其它类型基因的密码子则具有不同的使用模式。最终筛选出最优密码子11个。本研究为改良外源基因，提高其在叶绿体中的表达效率提供一定的参考。

关键词：

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南欧大戟叶绿体基因组特征及其系统发育分析

分子植物育种 2022年第6期20卷 1828-1837页

作者：余涛蒲芬管芹范敏大理大学药学院大理671000

为探究南欧大戟(Euphorbia peplus L.)叶绿体基因组序列特征及系统进化位置关系。本研究以南欧大戟总DNA为研究对象,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序仪测定南欧大戟的叶绿体基因组序列,采用GetOrganelle进行完整叶绿体基因组的组装,... 详细信息

为探究南欧大戟(Euphorbia peplus L.)叶绿体基因组序列特征及系统进化位置关系。本研究以南欧大戟总DNA为研究对象,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序仪测定南欧大戟的叶绿体基因组序列,采用GetOrganelle进行完整叶绿体基因组的组装,并借助生物信息学工具进行基因组的注释分析、图谱构建和系统发育分析。结果表明,南欧大戟叶绿体基因组全长159 466 bp,呈典型的四分体环状结构,包括一个大单拷贝区、一个小单拷贝区和两个反向互补重复区,其大小分别为89 398、17 802和26 133 bp,GC值为35.8%;共编码基因130个,其中包括8个rRNA基因、37个tRNA基因和85个蛋白编码基因。基于23种植物系统发育分析结果表明,南欧大戟与同亚科植物浆果乌桕的亲缘关系最近。本研究获取了南欧大戟的叶绿体基因组特征信息和系统发育位置,为该植物的资源开发、品种鉴定和遗传进化研究提供了新的材料基础。

关键词：南欧大戟叶绿体基因组序列特征系统发育分析