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以ETV6/RUNX1探针为例探讨FISH性能验证方法

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中华血液学杂志 2024年第1期45卷 48-53页

作者：肖静郑迎春赵佳炜崔成华王慧君孙琦马娇马跃申宋振肖志坚李承文中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) 血液与健康全国重点实验室国家血液系统疾病临床医学研究中心细胞生态海河实验室天津300020 天津医学健康研究院天津301600

目的探讨FISH探针应用于临床检测前的规范化性能验证。方法选取20名正常供者检测后剩余的骨髓样本进行间期细胞和中期分裂象FISH杂交,分析ETV6/RUNX1探针的灵敏度和特异性。采用反β函数建立该探针的阈值体系,并制定判读标准。最后以PC... 详细信息

目的探讨FISH探针应用于临床检测前的规范化性能验证。方法选取20名正常供者检测后剩余的骨髓样本进行间期细胞和中期分裂象FISH杂交,分析ETV6/RUNX1探针的灵敏度和特异性。采用反β函数建立该探针的阈值体系,并制定判读标准。最后以PCR检测为对照组,对286例中国医学科学院血液病医院患者骨髓样本进行平行对照研究,分析ETV6/RUNX1探针FISH检测的临床敏感性、特异性、诊断符合率,并采用Kappa检验分析两种方法诊断一致性。结果ETV6/RUNX1探针灵敏度为98.47%,特异性为100%。计数50、100和200个细胞时经典阳性信号阈值分别为5.81%、2.95%和1.49%,非经典阳性信号阈值分别为13.98%、9.75%和6.26%。FISH检测临床敏感性为96.1%,特异性为99.6%,诊断符合率为99.00%,诊断一致性检验Kappa值为0.964,P值<0.001。结论不具备国家医疗器械注册证的商品化FISH探针,可通过实验室自建方法验证标准进行探针的规范化性能验证和方法学性能确认,以保证为临床诊疗提供可靠、精准的参考依据。

关键词：荧光原位杂交灵敏度特异性诊断符合率实验室自建方法

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多来源机构规范文档的融合研究

数据分析与知识发现 2024年第5期8卷 29-37页

作者：范云满陈颖唐小利中国医学科学院医学信息研究所北京100020

【目的】有效利用现有机构规范文档,解决多来源机构规范文档的遴选、评价以及文档间缺少映射、关系冗余等问题。【方法】以调研、梳理已有机构规范文档及相关研究为基础,构建包含元数据收集及分析、元数据框架融合、关系融合、别名融合... 详细信息

【目的】有效利用现有机构规范文档,解决多来源机构规范文档的遴选、评价以及文档间缺少映射、关系冗余等问题。【方法】以调研、梳理已有机构规范文档及相关研究为基础,构建包含元数据收集及分析、元数据框架融合、关系融合、别名融合、构建机构规范文档数据模型、融合结果验证6个步骤的融合模型,对多来源机构规范文档实现融合,并利用Dimensions、Scopus、Web of Science的部分机构数据进行验证。【结果】利用多种指标评估模型的融合效果,在一、二、三级机构中F1值达到0.97以上且Dimensions的融合贡献度最大;构建了包含5128个机构的规范文档。【局限】机构关系只考虑上下级关系,关系之间循环引用以及机构规范名如何选取等问题尚未深入研究;只选取三个来源的部分机构进行验证,在更大数据集上的泛化性能有待进一步验证。【结论】本模型对多来源数据库的机构规范文档的融合是有效的。

关键词：机构规范文档融合元数据框架融合多来源规范文档科研实体规范

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乳腺癌骨健康全周期管理规范

中华医学杂志 2024年第2期104卷 107-124页

作者：国家肿瘤质控中心乳腺癌专家委员会马飞施秀青不详国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院肿瘤内科北京100021 中国医学科学院肿瘤医院廊坊院区内科

乳腺癌骨健康管理贯穿患者治疗的全周期。早期乳腺癌在辅助治疗过程中需要注意预防治疗引起的骨丢失,辅助应用骨改良药物则有助于改善部分患者的预后,而晚期骨转移患者应给予多学科综合治疗,并应用骨改良药物帮助预防骨相关不良事件。因... 详细信息

乳腺癌骨健康管理贯穿患者治疗的全周期。早期乳腺癌在辅助治疗过程中需要注意预防治疗引起的骨丢失,辅助应用骨改良药物则有助于改善部分患者的预后,而晚期骨转移患者应给予多学科综合治疗,并应用骨改良药物帮助预防骨相关不良事件。因此,无论早期还是晚期患者的治疗,都需要对骨健康给予重视,制定恰当的治疗策略,并处理好药物不良反应。良好的骨健康管理,将有助于改善患者的生活质量和生存。国家肿瘤质控中心乳腺癌专家委员会组织相关专家,基于循证医学证据,深入探讨乳腺癌骨健康的全周期管理,详细阐述了早期乳腺癌肿瘤治疗所致骨丢失的风险分级和治疗策略、辅助应用骨改良药物的适用人群和获益、晚期乳腺癌骨转移的诊疗以及骨改良药物不良反应的处理方法,为临床提供合理建议,以指导临床医师更好地应对临床中的骨健康问题。

关键词：乳腺肿瘤骨健康骨改良药物

正常小鼠血清通过抑制focal adhesion信号通路减轻小鼠放射性肺炎

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南方医科大学学报 2024年第5期44卷 801-809页

作者：苑通郭玉莹张俊伶樊赛军中国医学科学院//北京协和医学院放射医学研究所天津市放射医学与分子核医学重点实验室天津300192

目的探讨正常小鼠血清(NMS)对放射性肺炎的治疗作用及可能机制。方法建立胸腔照射诱导的放射性肺炎模型,将小鼠分为对照组、静脉注射血清组、照射组和照射后静脉注射血清组。注射血清组小鼠在照射后立即静脉注射正常小鼠血清100μL,对... 详细信息

目的探讨正常小鼠血清(NMS)对放射性肺炎的治疗作用及可能机制。方法建立胸腔照射诱导的放射性肺炎模型,将小鼠分为对照组、静脉注射血清组、照射组和照射后静脉注射血清组。注射血清组小鼠在照射后立即静脉注射正常小鼠血清100μL,对照组小鼠注射100μL生理盐水,隔天注射1次,共注射8次。照射后15 d取材,HE染色检测肺组织形态学变化,ELISA检测小鼠肺组织和血清中炎症因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、转化生长因子-β(TGF-β)、白细胞介素-1α(IL-1α)、白细胞介素-6(IL-6)水平;流式细胞术检测肺组织内淋巴细胞比例变化。外泌体miRNA高通量测序探索处理后小鼠的信号通路变化,qRT-PCR检测免疫相关基因的表达水平,使用Western blotting检测黏着斑通路talin-1、tensin 2、FAK、vinculin、α-actinin和paxillin蛋白的表达。结果与照射组相比,照射后注射血清组小鼠肺脏器系数、血清及肺组织上清液中炎症因子TNF-α、TGF-β、IL-1α、IL-6水平显著降低(P<0.05),CD45^(+)、CD4^(+)、T_(reg)淋巴细胞在小鼠肺组织中的浸润程度显著下降(P<0.05);肺中Egfr和Pik3cd的mRNA和蛋白表达水平显著下调,talin-1、tensin 2、FAK、vinculin、α-actinin和paxillin蛋白的表达水平也显著降低(P<0.05)。结论正常小鼠血清通过抑制focal adhesion信号通路关键蛋白的表达减轻电离辐射诱发的小鼠放射性肺炎。

关键词：正常小鼠血清放射性肺炎外泌体粘着斑途径

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基于细胞的TMPRSS2抑制剂高通量筛选模型建立与应用

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药学学报 2024年

作者：尤宝庆周雯雯李妍张晶司书毅中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所

跨膜丝氨酸蛋白酶2 (transmembrane serine protease 2， TMPRSS2) 是人体中广泛存在的细胞表面蛋白，参与严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2， SARS-CoV-2) 等多种病毒的感染和前列腺癌... 详细信息

跨膜丝氨酸蛋白酶2 (transmembrane serine protease 2， TMPRSS2) 是人体中广泛存在的细胞表面蛋白，参与严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2， SARS-CoV-2) 等多种病毒的感染和前列腺癌细胞侵袭、肿瘤生长和转移过程等。本研究使用Boc-Gln-Ala-Arg-AMC作为表征TMPRSS2切割活性的底物，在过表达TMPRSS2的Vero E6细胞 (Vero E6/TMPRSS2) 中建立了TMPRSS2抑制剂细胞筛选模型，通过对国家新药 (微生物) 筛选实验室天然与合成化合物纯品库进行高通量筛选得到了7个具有TMPRSS2抑制活性的低毒化合物。表面等离子共振 (surface plasmon resonance， SPR) 检测证明所得抑制剂均可与TMPRSS2发生中等强度的结合，且呈现浓度依赖性; 细胞-细胞融合实验表明，所得抑制剂可通过抑制TMPRSS2切割SARS-CoV-2 S蛋白，抑制SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞-细胞融合的发生，呈现浓度依赖性; 假病毒活性评价结果显示，小分子抑制剂对野生型SARS-CoV-2假病毒感染Opti-HEK-293T-ACE2受体细胞表现出不同程度的抑制活性。本研究成功建立了细胞模型用于TMPRSS2抑制剂的高通量筛选，并初步证实筛选所得的抑制剂具有体外抗TMPRSS2活性的作用，为抗SARS-CoV-2的新药研发提供了新结构骨架。

关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒2 跨膜丝氨酸蛋白酶2 高通量筛选模型表面等离子共振细胞-细胞融合

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基于文本卷积神经网络模型的抗菌药物发现

中国药学杂志 2024年第3期59卷 249-255页

作者：姚明丽高丁佳张洁李珊吴松司鑫鑫夏杰江苏海洋大学药学院江苏连云港222005 南京航空航天大学经济与管理学院南京210016 中国医学科学院北京协和医学院药物研究所北京100050

目的基于文本卷积神经网络(Text-Convolutional Neural Network, Text-CNN)算法,构建抗金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)活性的预测模型,通过虚拟筛选发现具有抑制***活性的苗头化合物。方法从ChEMBL数据库中收集并整理了26327... 详细信息

目的基于文本卷积神经网络(Text-Convolutional Neural Network, Text-CNN)算法,构建抗金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)活性的预测模型,通过虚拟筛选发现具有抑制***活性的苗头化合物。方法从ChEMBL数据库中收集并整理了26327个标注有***活性数据的化合物,通过随机采样建立10组训练集和测试集,采用Text-CNN算法建立10个模型,通过模型评估选择性能最佳的模型,对该模型进行Y-随机化检验和应用域分析。使用该模型虚拟筛选内部化合物库,确定潜在的抗菌化合物,并采用微量肉汤稀释法测定化合物的抗***活性。结果名为Text-CNN3的机器学习模型具有良好的分类性能,该模型对于测试集的马修斯相关系数为0.573,ROC曲线下面积为0.881。基于该模型的虚拟筛选和抗菌活性测试,发现了两个抗菌活性化合物Y5和Y7,其对***的最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC)分别为8和4μg·mL^(-1)。结论本研究建立的Text-CNN3模型可有效发现抗***化合物,所发现的苗头化合物Y5和Y7有进一步研究的意义和价值。

关键词：金黄色葡萄球菌文本卷积神经网络活性预测最低抑菌浓度

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“食药同源”的生物学原理

药学学报 2024年第6期59卷 1509-1518页

作者：丁劲文迟湘胤张玉王璐璐蒋建东林媛中国医学科学院、北京协和医学院药物研究所天然药物活性物质与功能国家重点实验室北京100050 中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

随着社会快速发展以及“健康中国”战略的提出,人民群众对生活质量和健康水平的需求日益增长,“食药同源”的理念也逐渐受到人们重视。“食药同源”概念在我国历史悠久,是我国传统医学中食疗、药膳、养生及治未病等多种思想的凝练。“... 详细信息

随着社会快速发展以及“健康中国”战略的提出,人民群众对生活质量和健康水平的需求日益增长,“食药同源”的理念也逐渐受到人们重视。“食药同源”概念在我国历史悠久,是我国传统医学中食疗、药膳、养生及治未病等多种思想的凝练。“食药同源”具有坚实的科学基础,其活性物质成分具有多种类、多机制和多靶点等特点,经过口服吸收及代谢转化后,发挥其生物学效应,而且安全性好。本文从化合物、生物大分子及肠道菌群与肠道这三方面解析多种“食药同源”物质发挥药理活性的化学基础及生物学原理;并以肠道菌群为主要研究内容,重点分析了几个经典“食药同源”物质的生物学原理;论述了研究“食药同源”的科学意义。本文旨在从现代医药学的角度来理解和探索“食药同源”这一传统理念的科学内涵,为新药研发及人类健康发展提供理论参考。

关键词：食药同源治未病肠道菌群化学基础药理作用标本兼治

不同种桑黄子实体醇提物化学组成及抗氧化活性比较

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菌物学报 2024年第4期43卷 69-80页

作者：张莹璐夏伯阳陈天娇陈晶晶杨金玲巩婷朱平中国医学科学院北京协和医学院药物研究所、天然药物活性物质与功能国家重点实验室、国家卫生健康委员会天然药物生物合成重点实验室、中国医学科学院酶与天然药物生物催化重点实验室北京100050 聊城伯阳药食真菌研究所山东聊城252000

本研究以产自安徽的鲍姆桑黄、产自浙江和吉林的瓦尼桑黄、产自山东的粗毛纤孔菌以及采自山西的野生桑树桑黄为研究对象,检测桑黄子实体乙醇提取物中的总多酚、三萜及麦角甾醇含量。结果表明:不同物种和不同来源的桑黄子实体中总多酚、... 详细信息

本研究以产自安徽的鲍姆桑黄、产自浙江和吉林的瓦尼桑黄、产自山东的粗毛纤孔菌以及采自山西的野生桑树桑黄为研究对象,检测桑黄子实体乙醇提取物中的总多酚、三萜及麦角甾醇含量。结果表明:不同物种和不同来源的桑黄子实体中总多酚、三萜、麦角甾醇含量存在差异,其中总多酚含量最高的是产自浙江的瓦尼桑黄(1.99%),三萜含量最高的是产自山东的粗毛纤孔菌(产孢前,1.32%),麦角甾醇含量最高的是产自吉林的瓦尼桑黄(0.19%)。以丙二醛(MDA)为指标比较不同来源桑黄子实体乙醇提取物的抗氧化活性。结果表明,4种桑黄子实体提取物对大鼠肝微粒体脂质过氧化酶MDA的产生均表现出良好的抑制能力,其中浙江桑黄抗氧化活性最佳,MDA抑制率达到96.53%。应用液相色谱-离子阱-飞行时间质谱联用(LC-IT-TOF-MS)技术从桑黄子实体的乙醇提取物中鉴定了19种化合物,其中浙江的瓦尼桑黄、吉林的瓦尼桑黄和安徽的鲍姆桑黄子实体的化合物组成较为相似,主要为hispidin的衍生物;野生的桑树桑黄子实体主要产物也为hispidin衍生物,但结构类型不同于上述3种桑黄;山东的粗毛纤孔菌子实体中则含有大量的hispidin单体,hispidin衍生物含量很少。综上所述,不同来源桑黄的化合物组成、活性产物含量和抗氧化活性存在较大差异,特别是不同种属桑黄样品所含活性产物的种类以及含量差异较大。本研究为桑黄抗氧化产品的开发提供了科学参考。

关键词：瓦尼桑黄鲍姆桑黄桑树桑黄粗毛纤孔菌抗氧化活性活性成分液相色谱-离子阱-飞行时间质谱技术

机器学习模型在非比例风险生存资料中的应用及案例实践

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中国循证医学杂志 2024年第9期24卷 1108-1116页

作者：陈浩然刘夏阳王敏杨林王嘉阳孙海霞段永恒吴旭生尚丽钱庆和晓峰李姣中国医学科学院/北京协和医学院医学信息研究所北京100020 深圳市卫生健康发展研究中心和数据管理中心深圳518028 中国医学科学院国家人口健康科学数据中心北京100730

目的总结并探索机器学习模型在不满足等比例风险假设生存资料中的应用,为大样本、高维度的非比例风险(non-proportional hazards,NPH)生存资料分析方法提供参考。方法首先概述了NPH的概念和相关检验方法;然后根据相关文献重点总结归纳... 详细信息

目的总结并探索机器学习模型在不满足等比例风险假设生存资料中的应用,为大样本、高维度的非比例风险(non-proportional hazards,NPH)生存资料分析方法提供参考。方法首先概述了NPH的概念和相关检验方法;然后根据相关文献重点总结归纳了基于机器学习模型的非比例风险生存分析方法的优缺点;最后利用可公开获取的真实世界临床数据,对重症监护室内脑卒中患者30天内的死亡风险进行了关于两种集成机器学习模型和两种深度学习模型在非比例风险生存资料中的案例研究。结果归纳总结了8种使用普遍的基于机器学习模型的非比例风险生存分析方法,分别包括随机生存森林等5种一般的机器学习模型和3种基于人工神经网络的深度学习模型(如DeepHit);案例研究结果显示随机生存森林模型的表现最好(C-index=0.773,IBS=0.151),基于排列重要性算法发现年龄是影响脑卒中患者死亡风险最重要的特征。结论精准医学时代的生存大数据呈现NPH的现象十分普遍,面对更加复杂的生存分析资料和更高的生存分析需求时,可以使用基于机器学习模型的生存分析方法。

关键词：生存分析非比例风险机器学习统计方法