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基于图游走和图注意力的点云分类与分割

郑州大学学报（工学版） 2024年第2期45卷 33-41页

作者：李文举姬倩倩沙利业储王慧崔柳上海应用技术大学计算机科学与信息工程学院上海201418 上海普利森配料系统有限公司上海201108

针对点云特征提取中远距离特征和局部几何结构信息欠缺的问题,提出了一种基于图游走和图注意力的点云分类与分割网络。首先,利用带有导向性的图游走算法,对点云全局特征补充额外的几何信息和远距离特征信息;其次,嵌入图注意力机制,使模... 详细信息

针对点云特征提取中远距离特征和局部几何结构信息欠缺的问题,提出了一种基于图游走和图注意力的点云分类与分割网络。首先,利用带有导向性的图游走算法,对点云全局特征补充额外的几何信息和远距离特征信息;其次,嵌入图注意力机制,使模型聚焦于点云的关键区域,提升网络的特征提取能力;最后,在初始点云中提取距离特征作为初始残差嵌入到网络中,避免网络过平滑。在ModelNet40数据集、ScanObjectNN数据集进行了点云分类实验,在ShapeNetPart数据集与Toronto-3D数据集上分别进行了点云部件分割与点云语义分割实验,实验结果表明:相较于基准网络DGCNN,分类精度分别提升了1.3百分点、5.6百分点;分割精度分别提升了1.2百分点、33.1百分点。通过在ModelNet40-C数据集上进行稳健性分析,验证了所提网络具有较强的鲁棒性。

关键词：点云分类点云分割图神经网络图游走图注意力机制

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度洛西汀在中国健康受试者中的群体药代动力学研究

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中国临床药理学杂志 2024年第4期40卷 598-602页

作者：黄志伟王蕊余一旻李妍沈一峰李华芳魏宇梅上海交通大学医学院附属精神卫生中心临床研究中心上海200000 江苏省中枢神经药物研究重点实验室江苏徐州221000

目的建立度洛西汀在中国受试者中的群体药代动力学模型。方法基于36例健康受试者单次/多次服用盐酸度洛西汀肠溶片后密集采样的数据,使用NONMEM软件建立度洛西汀的群体药代动力学模型,通过前进法和后退法考察性别、年龄、体质量、白... 详细信息

目的建立度洛西汀在中国受试者中的群体药代动力学模型。方法基于36例健康受试者单次/多次服用盐酸度洛西汀肠溶片后密集采样的数据,使用NONMEM软件建立度洛西汀的群体药代动力学模型,通过前进法和后退法考察性别、年龄、体质量、白蛋白、血肌酸酐、谷丙转氨酶和剂量对药代动力学参数的影响。模型验证包括拟合优度图、可视化检验和自举法。结果度洛西汀的群体药代动力学模型为一级消除的一房室模型,吸收特征由转移室模型描述,剂量为清除率的协变量。清除率、分布容积、平均转移时间和转移室个数的个体间变异分别为54.71%、56.86%、27.30%和87.71%。结论转移室模型更合理地描述度洛西汀在中国受试者中的吸收特征。

关键词：度洛西汀转移室模型群体药代动力学吸收

酸性预适应激活钠-氢交换体1调控细胞内pH稳态减轻肾缺血再灌注损伤的研究

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中国全科医学 2024年

作者：陈安南颜芷昕张健沈波丁小强宋娜娜复旦大学附属中山医院肾内科上海市肾脏疾病与血液净化重点实验室上海市复旦大学张江研究所

背景适宜的细胞内pH(pHi)是细胞发挥功能的基础。酸性预处理有利于诱导细胞内液酸适应，增强细胞应对损伤性应激的能力，被称为酸性预适应（AP）。钠-氢交换体1(NHE1)在肾小管上皮细胞广泛表达，也是细胞排H+的主要通道之一。然而，NHE... 详细信息

背景适宜的细胞内pH(pHi)是细胞发挥功能的基础。酸性预处理有利于诱导细胞内液酸适应，增强细胞应对损伤性应激的能力，被称为酸性预适应（AP）。钠-氢交换体1(NHE1)在肾小管上皮细胞广泛表达，也是细胞排H+的主要通道之一。然而，NHE1在肾脏酸性预适应中的作用及其机制仍不明确。目的本研究首先在人肾小管上皮细胞系（HK2）中建立可有效减轻缺氧/复氧（H/R）损伤的AP模型，围绕NHE1阐明AP调控细胞内pH稳态的作用机制，并在小鼠IPC模型中加以验证。方法实验于2023年6—12月在复旦大学附属中山医院肾内科实验室完成。在体外实验，采用缺氧24 h后复氧1 h建立HK2细胞的H/R模型。应用pH 6.6酸性培养基处理细胞，构建AP模型。根据不同实施方案分为3部分，（1）AP模型的建立：将AP过程分为pH 6.6酸性培养基处理阶段（A）和pH 7.4正常培养基恢复阶段（R）,HK2细胞先后经过不同时间的A和R处理后再进行H/R，探索最佳AP模型及其对NHE1和pHi的调控作用；（2）使用NHE1的小干扰RNA(siNHE1)敲低NHE1，观察AP保护效应的改变；（3）应用低氯离子培养基抑制pHi的波动，观察AP对NHE1调控作用和保护效应的改变。在体内实验，选取24只SPF级雄性野生型C57BL/6小鼠，分组为假手术组（Sham）、肾缺血再灌注组（I/R组）、肾缺血预适应组（IPC组）、肾缺血预适应+肾缺血再灌注组（IPC+I/R组），每组各6只。I/R模型采用夹闭双侧肾动静脉35 min后复灌流24 h。IPC模型采用夹闭双侧肾动静脉15 min后复灌流4 d。IPC+I/R组则是在IPC后进行I/R处理。使用CellTiterLumi II发光法检测细胞活力。使用Western Blotting法检测NHE1、cleaved caspase 3、KIM1和cleaved caspase 9表达水平；使用流式细胞仪和Tunel染色评估细胞凋亡水平；采用BCECF-AM探针和NH4Cl冲击法检测pHi和NHE1活力；采用pHe-pHi曲线评估pHi稳态维持能力；使用免疫荧光染色检测NHE1在HK2细胞和肾脏组织中的定位。结果酸性处理12 h，正常培养基恢复6 h可显著降低H/R处理后cleaved caspase 3和cleaved caspase 9表达水平，减少Annexin V和Tunel阳性细胞比例（P<0.05）。AP缓解H/R处理后的细胞内酸化（P<0.05），上调NHE1表达和活性，并上移pHe-pHi曲线；敲减NHE1表达下移AP后的pHe-pHi曲线。敲减NHE1减弱AP对H/R损伤的保护作用，表现为cleaved caspase 3和cleaved caspase 9表达水平升高（P<0.05）。低氯培养消除了AP早期pHi的波动，同时抑制了AP后NHE1表达上调和pHe-pHi曲线上移。IPC缓解I/R后的p Hi降低（P<0.05）并上移pHe-pHi曲线。IPC显著降低了I/R后KIM1和cleaved caspase 3表达水平，上调I/R后NHE1表达水平（P<0.05）。免疫荧光显示I/R后NHE1在近端肾小管上皮细胞表达增多。结论本研究首次在肾脏细胞H/R模型中证实AP的保护作用。AP通过诱导pHi的短暂波动上调NHE1表达和活性，进而诱导细胞内酸适应，最终减轻H/R损伤。

关键词：酸性预适应缺血预适应急性肾损伤钠-氢交换体1 细胞内pH

血管生成抑制因子SCAIF80及其抗肿瘤效应

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生物化学与生物物理学报 2001年第1期33卷 99-104页

作者：沈先荣吉冬梅胡幼卿贾福星王玲储智勇任大明邓新贤复旦大学遗传学研究所!遗传工程国家重点实验室上海200433 海军医学研究所海军医学研究所!上海200433

从鲨鱼软骨中提取、纯化出一种新的血管生成抑制因子———鲨鱼软骨血管生成抑制因子 80 (sharkcarti lage derivedangiogenesisinhibitoryfactor 80 ,SCAIF80 ) ,SDS PAGE银染分析显示一条带 ,分子量为 80kD。利用血管内皮细胞增殖、... 详细信息

从鲨鱼软骨中提取、纯化出一种新的血管生成抑制因子———鲨鱼软骨血管生成抑制因子 80 (sharkcarti lage derivedangiogenesisinhibitoryfactor 80 ,SCAIF80 ) ,SDS PAGE银染分析显示一条带 ,分子量为 80kD。利用血管内皮细胞增殖、迁移抑制实验 ,证明SCAIF80能显著抑制血管内皮细胞的增殖与迁移 ,均有剂量依赖性。采用鸡胚绒毛尿囊膜分析 ,证明SCAIF80能显著抑制新生血管生成。动物抑瘤实验结果表明SCAIF80显著抑制小鼠肿瘤生长 ,对Lewis肺癌的抑瘤率达 93 .83%。上述结果提示鲨鱼软骨含有一种新的蛋白质 ,可抑制新生血管生成 ,并因此抑制肿瘤生长

关键词： SCAIF80 血管生成鲨鱼软骨鸡胚绒毛尿囊膜肿瘤治疗

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表达谱基因芯片

生物化学与生物物理进展 2001年第6期28卷 822-826页

作者：徐伟文李文全毛裕民复旦大学遗传所遗传工程国家重点实验室上海200433 第一军医大学热带医学研究所广州510515

表达谱基因芯片具有高通量、缩微、多参数、平行化等优点 .在功能基因组学研究中正发挥越来越重要的作用 .就其原理、应用。

关键词：表达谱基因芯片基因表达谱应用

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搅拌式生物反应器中造血细胞的灌注培养

生物工程学报 2005年第4期21卷 622-627页

作者：迟占有姜华蔡海波谭文松戴干策华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海200237

为了消除造血细胞静态培养中存在的浓度梯度和搅拌悬浮培养时换液引起的波动,为造血细胞体外扩增提供更理想的培养环境和操作方式,利用自主开发的造血细胞重力沉降截留系统结合有溶氧和pH控制的生物反应器进行了脐血造血细胞的灌注培养... 详细信息

为了消除造血细胞静态培养中存在的浓度梯度和搅拌悬浮培养时换液引起的波动,为造血细胞体外扩增提供更理想的培养环境和操作方式,利用自主开发的造血细胞重力沉降截留系统结合有溶氧和pH控制的生物反应器进行了脐血造血细胞的灌注培养。两次灌注培养中总细胞分别扩增11·5和18·6倍,扩增倍数最大时,CFU_Mix分别扩增23·2倍和20·4倍、CFU_GM扩增13·9倍和21·5倍、BFU_E扩增8·0倍和6·9倍、CD34+细胞扩增17·1倍和15·4倍。培养到12d时,第一次实验由267×106单个核细胞扩增得到1082×106个总细胞,6·31×106个CFU_GM,6·2×106个CFU_Mix和23×106个CD34+细胞;第二次实验由180×106单个核细胞扩增得到1080×106个总细胞,4·65×106个CFU_GM,11·0×106个CFU_Mix和25·0×106个CD34+细胞,这达到了临床规模,由于控制了较低的溶氧和稳定的培养环境,细胞中干/祖细胞含量显著高于方瓶。但灌注培养到后期细胞密度达到较高后,细胞生长受到抑制,这应该是由细胞密度过高本身所引起。搅拌式反应器中进行灌注培养有利于造血干/祖细胞的进一步扩增,培养得到的细胞中干/祖细胞含量较高,培养规模达到了临床要求,但过高的细胞密度将对造血细胞的生长产生抑制。

关键词：脐血造血细胞生物反应器灌注培养

脐血单个核细胞和CD34^+细胞体外扩增造血干/祖细胞

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华东理工大学学报（自然科学版） 2002年第6期28卷 592-596页

作者：王斌康自珍迟占有谭文松华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海200237

考察了脐血单个核细胞 ( MNC)和 CD3 4 +富集细胞在 SCF+IL- 3 +IL- 6 +FL+Tpo细胞因子组合下的体外扩增特性。实验发现 :CD3 4 +富集细胞具有很高的扩增潜力 ,通过 3周培养总细胞扩增了 ( 883 .2± 3 2 2 .4)倍 ,而 MNC仅扩增了 ( 5 3... 详细信息

考察了脐血单个核细胞 ( MNC)和 CD3 4 +富集细胞在 SCF+IL- 3 +IL- 6 +FL+Tpo细胞因子组合下的体外扩增特性。实验发现 :CD3 4 +富集细胞具有很高的扩增潜力 ,通过 3周培养总细胞扩增了 ( 883 .2± 3 2 2 .4)倍 ,而 MNC仅扩增了 ( 5 3 .3± 6 .2 )倍。对比细胞集落生成和 CD3 4 +细胞的扩增发现 ,MNC的集落密度由最初的 ( 2 70 .9± 5 4 .9) CFCs/ 1 0 5cells上升至第 7天的( 1 496 .3± 41 7.7) CFCs/ 1 0 5cells,CD3 4 +细胞百分比则由最初的 ( 0 .99± 0 .1 8) %上升至第 7天的( 4.4± 1 .9) % ,而 CD3 4 +富集细胞在培养过程中 ,虽然集落总数和 CD3 4 +细胞总数始终呈上升趋势 ,但是其集落密度和 CD3 4 + 细胞百分比则始终呈下降趋势。在两种起始细胞培养中 ,CFU- GM(粒细胞 -巨噬细胞集落形成单位 )在集落中的含量逐渐增加 ,BFU- E(爆式红细胞集落形成单位 )含量则逐渐降低。在 3周的短期培养中 ,MNC可以得到更多的集落形成细胞 ( CFC)和 CD3 4

关键词：造血干/祖细胞脐血 MNC CD34^+细胞体外扩增

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脐血单个核细胞的搅拌悬浮培养

华东理工大学学报（自然科学版） 2004年第3期30卷 349-353页

作者：迟占有蔡海波夏泉鸣谭文松戴干策华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海200237

研究了悬浮培养中接种密度、换液和优化培养中所用细胞因子组合对造血细胞扩增的影响。结果表明,较高的接种密度(1.0×106cells/mL)比低接种密度(0.5×106cells/mL)更有利于总细胞、粒巨噬集落形成单位(CFU-GM)和巨核细胞集落形成单位(C... 详细信息

研究了悬浮培养中接种密度、换液和优化培养中所用细胞因子组合对造血细胞扩增的影响。结果表明,较高的接种密度(1.0×106cells/mL)比低接种密度(0.5×106cells/mL)更有利于总细胞、粒巨噬集落形成单位(CFU-GM)和巨核细胞集落形成单位(CFU-Mk)的扩增。换液能及时补充葡萄糖和移出培养中产生的乳酸,从而不对细胞生长造成影响,而且可以成功地控制pH不超出造血细胞正常生长所需pH范围。在SCF、IL-3和IL-6组合基础上添加Flt-3配体(FL)和促血小板生成素(TPO)能比原来的SCF、IL-3和IL-6组合更能促进总细胞、CFU-GM和CFU-Mk的扩增。

关键词：造血细胞体外培养培养条件脐血悬浮培养

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造血细胞体外悬浮培养和生物反应器开发

生物工程学报 2003年第5期19卷 587-592页

作者：迟占有夏泉鸣康自珍谭文松戴干策华东理工大学生物反应器国家重点实验室上海200237

为解决造血细胞的静态培养中由浓度梯度引起的培养不稳定、环境不均一、难放大等问题 ,首先采用转瓶对脐血单个核细胞进行了悬浮培养研究 ,结果表明 ,悬浮培养中总细胞、集落和CD34+ 细胞的扩增都高于静态的方瓶培养。在测试了所用材料... 详细信息

为解决造血细胞的静态培养中由浓度梯度引起的培养不稳定、环境不均一、难放大等问题 ,首先采用转瓶对脐血单个核细胞进行了悬浮培养研究 ,结果表明 ,悬浮培养中总细胞、集落和CD34+ 细胞的扩增都高于静态的方瓶培养。在测试了所用材料生物相容性的基础上 ,开发了可以控制溶氧和pH的生物反应器 ,并将其应用到造血细胞的批培养中 ,结果表明反应器的培养环境均一 ,可实现较高密度的培养 ,而且总细胞、集落和CD34+ 细胞的扩增都优于静态培养。大规模的反应器培养有利于解决临床应用中细胞数量不足的问题。

关键词：造血细胞悬浮培养生物反应器培养环境