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The RNA m^(6)A demethylase ALKBH5 drives emergency granulopoiesis and neutrophil mobilization by upregulating G-CSFR expression

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Cellular & Molecular Immunology 2024年第1期21卷 6-18页

作者： Yang Liu Renjie Song zhike lu lu Zhao Xinyi Zhan Yini Li Xuetao Cao Department of Immunology Center for ImmunotherapyInstitute of Basic Medical SciencesPeking Union Medical CollegeChinese Academy of Medical SciencesBeijingChina Suzhou Institute of Systems Medicine Chinese Academy of Medical SciencesSuzhouChina Frontier Research Center for Cell Response Institute of ImmunologyCollege of Life SciencesNankai UniversityTianjinChina School of Life Sciences Westlake UniversityHangzhouChina

Emergency granulopoiesis and neutrophil mobilization that can be triggered by granulocyte colony-stimulating factor(G-CSF)through its receptor G-CSFR are essential for antibacterial innate ***,the epigenetic modifiers crucial for intrinsically regulating G-CSFR expression and the antibacterial response of neutrophils remain largely unclear.N6-methyladenosine(m^(6)A)RNA modification and the related demethylase alkB homolog 5(ALKBH5)are key epigenetic regulators of immunity and inflammation,but their roles in neutrophil production and mobilization are still *** used cecal ligation and puncture(CLP)-induced polymicrobial sepsis to model systemic bacterial infection,and we report that ALKBH5 is required for emergency granulopoiesis and neutrophil ***5 depletion significantly impaired the production of immature neutrophils in the bone marrow of septic *** addition,Alkbh5-deficient septic mice exhibited higher retention of mature neutrophils in the bone marrow and defective neutrophil release into the circulation,which led to fewer neutrophils at the infection site than in their wild-type *** bacterial infection,ALKBH5 imprinted production-and mobilization-promoting transcriptome signatures in both mouse and human ***,ALKBH5 erased m^(6)A methylation on the CSF3R mRNA to increase the mRNA stability and protein expression of G-CSFR,consequently upregulating cell surface G-CSFR expression and downstream STAT3 signaling in *** RIP-qPCR results confirmed the direct binding of ALKBH5 to the CSF3R mRNA,and the binding strength declined upon bacterial infection,accounting for the decrease in G-CSFR expression on bacteria-infected *** these results collectively,we define a new role of ALKBH5 in intrinsically driving neutrophil production and mobilization through m^(6)A demethylation-dependent posttranscriptional regulation,indicating that m^(6)A RNA modification in neutrop

关键词： Emergency granulopoiesis Neutrophil mobilization ALKBH5 m^(6)A RNA modification G-CSF receptor

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m^(6)A demethylase ALKBH5 is required for antibacterial innate defense by intrinsic motivation of neutrophil migration

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Signal Transduction and Targeted Therapy 2022年第7期7卷 2608-2622页

作者： Yang Liu Renjie Song lu Zhao zhike lu Yini Li Xinyi Zhan Fengjiao lu Jiang Yang Yamei Niu Xuetao Cao Department of Immunology Institute of Basic Medical SciencesPeking Union Medical CollegeChinese Academy of Medical Sciences100005 BeijingChina Frontier Research Center for Cell Response Institute of ImmunologyCollege of Life SciencesNankai University300071 TianjinChina School of Life Sciences Westlake University310024 HangzhouChina Department of Pathology Institute of Basic Medical SciencesPeking Union Medical CollegeChinese Academy of Medical Sciences100005 BeijingChina.

Neutrophil migration into the site of infection is necessary for antibacterial innate defense,whereas impaired neutrophil migration may result in excessive inflammation and even *** neutrophil migration directed by extracellular signals such as chemokines has been extensively studied,yet the intrinsic mechanism for determining neutrophil ability to migrate needs further investigation.N6-methyladenosine(m^(6)A)RNA modification is important in immunity and inflammation,and our preliminary data indicate downregulation of RNA m^(6)A demethylase alkB homolog 5(ALKBH5)in neutrophils during bacterial *** m^(6)A modification and ALKBH5 might intrinsically modulate neutrophil innate response remain *** we report that ALKBH5 is required for antibacterial innate defense by enhancing intrinsic ability of neutrophil *** found that deficiency of ALKBH5 increased mortality of mice with polymicrobial sepsis induced by cecal ligation and puncture(CLP),and Alkbh5-deficient CLP mice exhibited higher bacterial burden and massive proinflammatory cytokine production in the peritoneal cavity and blood because of less neutrophil ***5-deficient neutrophils had lower CXCR2 expression,thus exhibiting impaired migration toward chemokine ***,ALKBH5-mediated m^(6)A demethylation empowered neutrophils with high migration capability through altering the RNA decay,consequently regulating protein expression of its targets,neutrophil migration-related molecules,including increased expression of neutrophil migration-promoting CXCR2 and NLRP12,but decreased expression of neutrophil migration-suppressive PTGER4,TNC,and *** findings reveal a previously unknown role of ALKBH5 in imprinting migrationpromoting transcriptome signatures in neutrophils and intrinsically promoting neutrophil migration for antibacterial defense,highlighting the potential application of targeting neutrophil m^(6)A modification in controlling bacterial infec

关键词： neutrophil impaired immunity

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Genome-wide mapping reveals that deoxyuridine is enriched in the human centromeric DNA

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第十届全国化学生物学学术会议

作者： Menghao Liu Xiaoting Shu zhike lu Chenxu Zhu Haowei Meng Sihao Huang Chengqi Yi State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research School of Life Sciencesand Peking-Tsinghua Center for Life SciencesPeking University Academy for Advanced Interdisciplinary Studies Peking University Department of Chemical Biology and Synthetic and Functional Biomolecules Center College of Chemistry and Molecular EngineeringPeking University

Uracil in DNA can be generated by cytosine deamination or dUMP misincorporation;however, its distribution in the human genome is poorly understood. Here we present a selective labeling and pull-down technology for genome-wide uracil profiling and identify thousands of uracil peaks in three different human cell lines. Surprisingly, uracil is highly enriched at the centromere of the human genome. Using mass spectrometry, we demonstrate that human centromeric DNA contains a higher level of uracil. We also directly verify the presence of uracil within two centromeric uracil peaks on chromosome 6 and 11. Moreover, centromeric uracil is preferentially localized within the binding regions of the centromere-specific histone CENP-A and can be excised by human uracil-DNA glycosylase UNG. Collectively, our approaches allow comprehensive analysis of uracil in the human genome and provide robust tools for mapping and future functional studies of uracil in DNA.

关键词： uracil centromere CENP-A UNG

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老年慢性心力衰竭患者血清可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体水平变化及临床意义

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临床心血管病杂志 2019年第3期35卷 263-267页

作者：鲁志科孙榕陈硕武汉科技大学附属孝感市中心医院心内科湖北孝感432000

目的:探讨可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体(suPAR)水平对老年慢性心力衰竭(CHF)患者的早期诊断及预后评估的价值。方法:筛选2016-01-2017-08本院收治的105例CHF患者(CHF组),心功能Ⅱ级28例,心功能Ⅲ级55例,心功能Ⅳ级22例。另设同期... 详细信息

目的:探讨可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体(suPAR)水平对老年慢性心力衰竭(CHF)患者的早期诊断及预后评估的价值。方法:筛选2016-01-2017-08本院收治的105例CHF患者(CHF组),心功能Ⅱ级28例,心功能Ⅲ级55例,心功能Ⅳ级22例。另设同期健康体检且结果为正常者50例为对照组。使用双抗体夹心酶联免疫吸附(Elisa)法检测2组研究对象血清suPAR水平。应用超声心动图测定心功能,并计算平均室壁应力(MWS)和左心室心肌质量指数(LVMI)。比较2组研究对象及不同心功能分级患者的血清suPAR水平及心功能LVMI、MWS水平。CHF老年患者血清suPAR水平经Pearson分析与LVMI、MWS呈明显相关性。出院后第12个月心脏彩超复查患者心功能,统计发生心脏事件的病例数,比较并发心脏事件与无心脏事件发生的患者入院时血清suPAR水平。多因素logistic回归分析血清suPAR水平与CHF患者心脏事件的相关性。结果:与对照组比较,CHF组患者血清suPAR水平及MWS、LVMI增高,且随心功能分级增大而显著增加,差异有统计学意义(P<0.01)。CHF老年患者血清suPAR水平经Pearson分析与MWS和LVMI呈正相关(r=0.609和0.644,P=0.000和0.000)。出院后第12个月发现,随访并发心脏事件的CHF老年患者入院时血清suPAR水平显著高于无心脏事件患者。CHF老年患者血清suPAR水平经多因素Logistic回归分析确定为发生12个月心脏事件的危险因素之一。结论:血清suPAR水平可能是CHF老年患者早期诊断及其预后判断的有效指标之一。

关键词：慢性心力衰竭老年可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体预后

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上荆江沙市河段河床横断面形态的调整规律

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河海大学学报（自然科学版） 2016年第6期44卷 544-549页

作者：余蕾王加虎邹志科卢金友李凌云河海大学水文水资源学院江苏南京210098 水利部江湖治理与防洪重点实验室湖北武汉430010

为研究冲积河流河床形态对水沙条件的响应调整规律,基于河床演变的滞后响应原理,对上荆江沙市河段河床横断面形态的调整过程进行研究。运用Morlet小波方法分析了沙市河段1956—2011年水沙序列的多时间尺度规律,采用滑动平均法拟合了流... 详细信息

为研究冲积河流河床形态对水沙条件的响应调整规律,基于河床演变的滞后响应原理,对上荆江沙市河段河床横断面形态的调整过程进行研究。运用Morlet小波方法分析了沙市河段1956—2011年水沙序列的多时间尺度规律,采用滑动平均法拟合了流量、含沙量与断面面积的单一幂指数函数关系。结果表明,上荆江沙市河段河床横断面形态对水沙条件的响应存在滞后性,其河床形态的调整受到包括当前时段在内的前期水沙条件的共同影响。建立了水沙序列分时段的断面面积计算模型,模拟结果显示,河床横断面面积的变化情况与实际情况较接近,断面面积计算值与实测值的相关系数R^2=0.85,模拟精度较好,分时段计算模型可以较好地模拟上荆江沙市河段河床横断面形态的调整规律。

关键词：冲积河流河床演变小波分析多时间尺度滞后响应断面面积上荆江沙市河段

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基于激光超声的玉米虫蚀粒检测研究

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中国粮油学报 2024年第6期39卷 166-170页

作者：卢涛赵中义吴才章赵志科河南工业大学电气工程学院郑州450001

虫蚀影响玉米的外观质量和营养价值,研究采用了一种基于激光超声的玉米虫蚀粒检测方法对玉米虫蚀粒进行检测。首先,利用脉冲激光照射完善粒和虫蚀粒玉米的表面产生激光超声信号。然后,提取了超声信号时域峰值因子和脉冲因子,频域重心频... 详细信息

虫蚀影响玉米的外观质量和营养价值,研究采用了一种基于激光超声的玉米虫蚀粒检测方法对玉米虫蚀粒进行检测。首先,利用脉冲激光照射完善粒和虫蚀粒玉米的表面产生激光超声信号。然后,提取了超声信号时域峰值因子和脉冲因子,频域重心频率和均方频率,Hilbert域高频能量作为特征参数。最后,将这5个特征分别作为BP神经网络和粒子群优化支持向量机(PSO-SVM)算法的输入对虫蚀粒和完善粒进行了分类识别。实验结果表明,PSO-SVM算法建立的分类模型对玉米完善粒和虫蚀粒的分类识别更准确,训练集和测试集准确率分别为99.72%和98.33%,所采用的方法是可行的。

关键词：超声玉米虫蚀超声信号特征提取粒子群优化支持向量机

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阿托伐他汀联合血浆置换治疗对重症肝炎患者血肿瘤坏死因子-α白细胞介素-1β白细胞介素-18 Toll样受体4的影响

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实用医技杂志 2016年第2期23卷 127-129页

作者：涂雪松胡利霞鲁志科李学军湖北省孝感市中心医院 432000

目的探讨阿托伐他汀联合血浆置换治疗重症肝炎,对其血肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1β、IL-18、Toll样受体(TLR)4的影响。方法回顾性分析2011年3月至2015年3月我院收治的150例重症肝炎患者的临床资料,其中75例患者在常规治疗... 详细信息

目的探讨阿托伐他汀联合血浆置换治疗重症肝炎,对其血肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1β、IL-18、Toll样受体(TLR)4的影响。方法回顾性分析2011年3月至2015年3月我院收治的150例重症肝炎患者的临床资料,其中75例患者在常规治疗基础上给予阿托伐他汀治疗,作为对照组;75例患者在常规治疗基础上给予阿托伐他汀联合血浆置换治疗,作为观察组,比较2组患者治疗前后TNF-α、IL-1β、IL-18、TLR4及肝功能水平。结果在治疗前,2组患者的TNF-α、IL-1β、IL-18、TLR4水平差异无统计学意义(P>0.05);在治疗后,2组患者的TNF-α、IL-1β、IL-18、TLR4水平均有不同程度的下降,其中观察组患者的下降程度明显高于对照组,差异有统计学意义(P0.05);在治疗后,对照组患者的ALT、AST水平较治疗前升高,而观察组患者的ALT、AST水平均较治疗前降低,且低于对照组的ALT、AST水平,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论给予重症肝炎患者阿托伐他汀联合血浆置换治疗,能够降低TNF-α、IL-1β、IL-18、TLR4的水平,减少因单一服用阿托伐他汀治疗引起的肝功能损害,有着重要的临床参考意义。

关键词：肝炎阿托伐他汀血浆置换肝功能

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基于深度学习的验证码识别Web应用平台

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软件工程 2020年第4期23卷 40-43页

作者：王昊康晓凤卢志科施润杰黄成鑫徐州工程学院信息工程学院江苏徐州221000

目前许多网站使用验证码阻止黑客进行暴力破解登录口令,但是随着技术的发展验证码识别的难度及成本日益提升,传统的OCR(OpticalCharacterRecognition)技术识别效率已不能满足需求。VcodeIdentify平台使用TensorFlow建立深度学习模型并结... 详细信息

目前许多网站使用验证码阻止黑客进行暴力破解登录口令,但是随着技术的发展验证码识别的难度及成本日益提升,传统的OCR(OpticalCharacterRecognition)技术识别效率已不能满足需求。VcodeIdentify平台使用TensorFlow建立深度学习模型并结合Web应用开发的一款验证码识别软件,使用该平台用户不仅可以通过调用接口或者上传文件的形式对验证码进行识别,而且还可以建立新模型并训练,进而可以识别新类型验证码,该软件使用简单、扩展性强。

关键词：深度学习 Python Web 验证码识别 Vcode Identify平台

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阿替普酶与尿激酶治疗急性心肌梗死的临床分析

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中国继续医学教育 2019年第8期11卷 152-153页

作者：张进锋何荣华卢宏琪王琼涛饶国涛邱俊英鲁志科李鹏飞孝感市中心医院心血管内科湖北孝感432100 孝感市孝南区第二人民医院心血管内科湖北孝感432113

目的探究阿替普酶与尿激酶在治疗急性心肌梗死中的有效性和安全性。方法选取我院于2016年2月—2018年5月收治的85例急性心肌梗死患者作为研究对象,将纳入样本随机分为对照组(43例)和观察组(42例)。对照组单独采用尿激酶治疗,观察组采用... 详细信息

目的探究阿替普酶与尿激酶在治疗急性心肌梗死中的有效性和安全性。方法选取我院于2016年2月—2018年5月收治的85例急性心肌梗死患者作为研究对象,将纳入样本随机分为对照组(43例)和观察组(42例)。对照组单独采用尿激酶治疗,观察组采用阿替普酶治疗,比较两组的临床治疗效果和安全性。结果观察组临床治疗总有效率为92.9%,心血管不良事件发生率为12.0%;对照组临床治疗总有效率为76.8%,心血管不良事件发生率为30.2%,观察组临床治疗总有效率高于对照组,心血管不良事件发生率低于对照组,组间比较,差异具有统计学意义(P <0.05)。结论急性心肌梗死治疗中,阿替普酶治疗的疗效显著,安全性高。

关键词：阿替普酶尿激酶治疗急性心肌梗死有效性安全性

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长春地区10年间儿童风湿病临床分析

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深圳中西医结合杂志 2004年第3期14卷 168-171页

作者：赵学良张小飞孙志克吕建莉吉林大学中日联谊医院儿科吉林长春130031 长春市第二医院吉林长春130000

目的了解长春地区儿童风湿病(JRD)的流行情况及临床特点,提高诊断水平。方法收集1992 年至2001 年10年间诊治的病历完整的 JRD临床资料,进行回顾分析。结果 10年间共诊治 JRD患者 806 例,以过敏性紫瘢(AP),幼年特发性关节炎(JIA)、儿... 详细信息

目的了解长春地区儿童风湿病(JRD)的流行情况及临床特点,提高诊断水平。方法收集1992 年至2001 年10年间诊治的病历完整的 JRD临床资料,进行回顾分析。结果 10年间共诊治 JRD患者 806 例,以过敏性紫瘢(AP),幼年特发性关节炎(JIA)、儿童系统性红斑狼疮(SLE)、风湿热(RF)、儿童强直性脊柱炎(JAS)和皮肤粘膜淋巴结综合征(MCLS)较为多见;AP、SLE、MCLS和JAS病例数有上升趋势,而RF呈明显下降趋势。抗核抗体(ANA)、抗双链DNA抗体(dsDNA)对SLE的诊断有较高特异性;而抗链球菌溶血素O抗体(ASO)、类风湿因子可在多种疾病出现。SLE、JIA和JAS确诊时平均病程8个月~5年。结论 AP、SLE、JIA、JAS和MCLS为长春地区常见JRD。10年来JRD病谱处于变化之中。JAS、JIA和SLE 诊断困难,应提高认识,加强早期诊断研究,减少致残和致死率。

关键词：儿童风湿病特点

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