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Novel strategy for disease risk prediction incorporating predicted gene expression and DNA methylation data:a multi-phased study of prostate cancer

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Cancer Communications 2021年第12期41卷 1387-1397页

作者： Chong Wu Jingjing Zhu Austin King xiaoran tong Qing Lu Jong Y.Park Liang Wang Guimin Gao Hong-Wen Deng Yaohua Yang Karen E.Knudsen Timothy R.Rebbeck Jirong Long Wei Zheng Wei Pan David V.Conti Christopher A Haiman Lang Wu Department of Statistics Florida State UniversityTallahasseeFL 32304USA Cancer Epidemiology Division Population Sciences in the Pacific ProgramUniversity of Hawaii Cancer CenterUniversity of Hawaii at ManoaHonoluluHI 96813USA Department of Epidemiology and Biostatistics Michigan State UniversityEast LansingMI 48824USA Department of Biostatistics University of FloridaGainesvilleFL 32603USA Department of Cancer Epidemiology H.Lee Moffitt Cancer Center and Research InstituteTampaFL 33612USA Department of Tumor Biology H.Lee Moffitt Cancer Center and Research InstituteTampaFL 33612USA Department of Public Health Sciences University of ChicagoChicagoIL 60637USA Center of Bioinformatics and Genomics Department of Global Biostatistics and Data ScienceTulane UniversityNew OrleansLA 70112USA Division of Epidemiology Department of MedicineVanderbilt Epidemiology CenterVanderbilt-Ingram Cancer CenterVanderbilt University Medical CenterNashvilleTN 37203USA Department of Cancer Biology Sidney Kimmel Cancer CenterThomas Jefferson UniversityPhiladelphiaPA 19107USA Department of Medical Oncology Dana-Farber Cancer InstituteBostonMA 02215USA Department of Epidemiology Harvard TH Chan School of Public HealthBostonMA 02115USA Division of Biostatistics University of MinnesotaMinneapolisMN 55455USA Department of Preventive Medicine Keck School of MedicineUniversity of Southern California/Norris Comprehensive Cancer CenterLos AngelesCA 90033USA

Background:DNA methylation and gene expression are known to play important roles in the etiology of human diseases such as prostate cancer(PCa).However,it has not yet been possible to incorporate information of DNA methylation and gene expression into polygenic risk scores(PRSs).Here,we aimed to develop and validate an improved PRS for PCa risk by incorporating genetically predicted gene expression and DNA methylation,and other genomic information using an integrative ***:Using data from the PRACTICAL consortium,we derived multiple sets of genetic scores,including those based on available single-nucleotide polymorphisms through widely used methods of pruning and thresholding,LDpred,LDpred-funt,AnnoPred,and EBPRS,as well as PRS constructed using the genetically predicted gene expression and DNA methylation through a revised pruning and thresholding *** the tuning step,using the UK Biobank data(1458 prevalent cases and 1467 controls),we selected PRSs with the best *** an independent set of data from the UK Biobank,we developed an integrative PRS combining information from individual ***,in the testing step,we tested the performance of the integrative PRS in another independent set of UK Biobank data of incident cases and ***:Our constructed PRS had improved performance(C statistics:76.1%)over PRSs constructed by individual benchmark methods(from 69.6%to 74.7%).Furthermore,our new PRS had much higher risk assessment power than family *** overall net reclassification improvement was 69.0%by adding PRS to the baseline model compared with 12.5%by adding family ***:We developed and validated a new PRS which may improve the utility in predicting the risk of developing *** innovative method can also be applied to other human diseases to improve risk prediction across multiple outcomes.

关键词： risk prediction polygenic risk scores predicted gene expression predicted DNA methylation integrative models prostate cancer

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用DirectX实现地图3D展示及模拟行走

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科技广场 2007年第1期 117-119页

作者：童晓然吴晟昆明理工大学信息工程与自动化学院昆明650051

本文研究目的是为了找出从传统地图中获取三维信息并将其展现为真实三维立体图形的方法。研究运用了几何向量计算以及微软的Direct3D技术。本文主要阐述了用机器从地图采样三维信息,结合Direct3D及向量几何计算,构造出三维空间地形,然... 详细信息

本文研究目的是为了找出从传统地图中获取三维信息并将其展现为真实三维立体图形的方法。研究运用了几何向量计算以及微软的Direct3D技术。本文主要阐述了用机器从地图采样三维信息,结合Direct3D及向量几何计算,构造出三维空间地形,然后实现模拟行走的技术,并提出优化方法。该研究取得成功,制作出了实现上述功能的软件。研究表明,采用现有地图作为信息源,运用了低价的硬件(扫描仪)和流行软件(Direct3D)技术制作出的三维展示工具,可节省地理研究成本。

关键词： DirectX Direct3D 三维地图模拟行走

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脑型疟炎症微环境诱导星形胶质细胞活化及对神经元损伤的研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 160-168页

作者：仝国栋朱卿昊王军刘晓冉沈燕梁姣李英辉黄豫晓王一赵亚西北大学生命科学学院陕西西安710127 空军军医大学基础医学院微生物与病原生物学教研室陕西西安710032 空军军医大学基础医学院陕西西安710032

目的探索脑型疟发病过程中,星形胶质细胞被脑血管周炎性微环境诱导活化及其机制,及其对神经元损伤的影响。方法4~5周C57BL/6雄性小鼠经腹腔接种5×10^(6)个感染伯氏疟原虫ANKA株的红细胞,7~10 d后死亡,作为实验型脑型疟模型。新生3~5 d... 详细信息

目的探索脑型疟发病过程中,星形胶质细胞被脑血管周炎性微环境诱导活化及其机制,及其对神经元损伤的影响。方法4~5周C57BL/6雄性小鼠经腹腔接种5×10^(6)个感染伯氏疟原虫ANKA株的红细胞,7~10 d后死亡,作为实验型脑型疟模型。新生3~5 d的乳鼠,安乐死后分离脑皮层原代星形胶质细胞;24 h内的乳鼠,安乐死后分离脑皮层原代神经元。以20 ng/mlγ干扰素(IFN-γ)、1 ng/ml肿瘤坏死因子α(TNF-α)和感染疟原虫的小鼠红细胞(pRBC)诱导星形胶质细胞活化,作为活化组,同时设置未处理静息态细胞作为对照组。24 h后用细胞裂解提取液提取总RNA测序,聚类分析生成热图,选取代表性的数个基因绘制小提琴图。ELISA测定细胞培养上清中CXCL10表达水平。分离脑型疟小鼠脾脏CD8^(+)T细胞,与活化的星形胶质细胞共孵育,荧光显微镜下观察免疫突触及与CXCL10抗体共孵育后的CXCL10水平,流式细胞仪检测CD80等分子表达水平。原代神经元加入两组星形胶质细胞培养上清,在MAP2抗体中孵育,设置空白培养基作为空白组,乳酸脱氢酶(LDH)检测试剂盒检测神经元损伤程度,CCK-8试剂盒检测神经元活力。Western blotting检测STAT1、STAT3及其磷酸化分子水平,活化组加入STAT1通路抑制剂氟达拉滨,免疫荧光染色观察神经元形态。采用PRISM Graph Pad 8.0软件进行统计学分析,两两比较采用t检验。结果活化组星形胶质细胞形态由扁平星状变为长梭形,胶质纤维酸性蛋白(GFAP)相对含量为(1.36±0.03),高于对照组的(1.00±0.00)(t=13.33,P0.05)。Western blotting结果显示,活化组胞浆中STAT1、p-STAT1蛋白相对表达量分别为3.40±1.08、4.00±0.82,均高于对照组(1)(t=3.13、5.13,均P0.05)。在活化组胞核中p-STAT1蛋白相对表达量为1.78±0.21,高于对照组(1)(t=5.081,P0.05)。对MAP2免疫荧光染色结果显示,活化组上清可造成明显的神经元损伤,经STAT1抑制剂处理后损伤得到缓解。结论脑型疟发病过程中血管周炎性微环境可通过STAT1分子诱导神经毒性星形胶质细胞产生,可导致神经元死亡。活化星形胶质细胞与活化的CD8^(+)T细胞相互作用,进一步加重中枢神经系统损伤。

关键词：脑型疟星形胶质细胞 CD8^(+)T细胞神经元炎性微环境

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Atomic scale visualizations of low-angle grain boundary mediated plasticity by coupled dislocation climb and glide in nanoporous gold

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Nano Research 2023年第2期16卷 2622-2629页

作者： Shufen Chu Junnan Jiang xiaoran Zhao Baode Sun Pan Liu Shanghai Key Laboratory of Advanced High-temperature Materials and Precision Forming State Key Laboratory of Metal Matrix CompositesSchool of Materials Science and EngineeringShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China

Grain boundaries(GBs),as a prevalent structural characteristic,play a crucial role in the deformation of nanoporous metals with nanosized grains and ***,the fundamental understanding of GB-mediated deformation is still lacking because the plastic behavior of discrete ligaments involving GBs remains to be ***,we report atomic scale visualizations of coupled GB dislocation climb and glide in nanoporous gold ligaments with low-angle GBs via in situ tensile straining inside a Cs-corrected transmission electron *** zig-zag motion paths of GB dislocations are precisely determined by real-time tracking of the movements of dislocation *** concurrent climb and glide of the dislocation arrays are confined to a narrow GB region,greatly enhancing GB diffusion in the bicrystal *** findings of coupled dislocation climb and glide shine a light on the room-temperature deformation of nanoporous metals and provide a time-dependent atomic-level physical image for GB engineering.

关键词： nanoporous gold dislocation climb dislocation glide low-angle grain boundaries

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The role of astrocyte VRAC in the rebound excitation of vasopressin neurons evoked by acute hyponatremic stimulation in rats and the underlying mechanisms

The role of astrocyte VRAC in the rebound excitation of vaso...

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2019中国生理学会学术年会暨张锡钧基金第十五届全国青年优秀生理学学术论文交流会及第十三届全国青年生理学工作者学术会议

作者：刘阳 tong Li Dan Cui Jia-Wei Yu xiaoran Wang Yu-Feng Wang Department of Physiology Basic Medical SchoolHarbin Medical University

Objective Acute hyponatremia is one of the common complications of water retention *** development is often accompanied increased secretion of vasopressin(VP), which further aggravates brain *** reported, VP secretion from VP neurons is under close regulation of their adjacent astrocytes, and the activity of volume-regulated anion channel(VRAC)is one key factor that determines the regulatory volume decrease(RVD)/retraction of astrocyte processes around VP neurons following their initial extension in response to hyposmotic *** this study, we report the role of astrocyte VRAC in the rebound excitation of VP neurons evoked by hyposmotic stimulation in brain slices of *** addition, we also analyzed the association between VRAC activity and other volume-regulating proteins, such as aquaporin-4(AQP4) and glial fibrillary acidic protein(GFAP).Methods Adult male rats were used in this study in brain slices containing the supraoptic nucleus(SON).Path-clamp recordings were used for evaluating the effect of blocking VRAC on the electrical activities of VP *** blots and fluorescent immunohistochemistry were used for analyzing the expression of astrocytic volume-associated *** Hyposmotic stimulation caused a rebound excitation in VP neurons following a short period of *** rebound excitation was blocked by pre-application of specific VRAC blockers DIDS(200 nm) or phloretin(30μM).Moreover, blocking the VRAC with phloretin also changed phloretin-modulated pattern of AQP4 and GFAP expressions following hyposmotic ***: These results indicate that activation of astrocytic VRAC is responsible for the rebound excitation in VP neurons in acute hyponatremic stimulation, which is correlated with the activity of AQP4 and GFAP.

关键词： astrocyte supraoptic nucleus vasopressin VRAC volume

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革命类博物馆、纪念馆文物预防保护建设与服务方案设计

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仪器仪表标准化与计量 2022年第2期 5-8页

作者：马笑然李桐郑州枫华实业股份有限公司郑州市450000

革命文物记载着所处革命事件或革命人物对中国革命进程的影响,是中国革命伟大历程和感人事迹的物质见证,是党和国家的宝贵财富。随着馆藏可移动革命文物的使用量不断增加,及其自身特点,制定馆藏可移动革命文物保护和利用的科学发展规划... 详细信息

革命文物记载着所处革命事件或革命人物对中国革命进程的影响,是中国革命伟大历程和感人事迹的物质见证,是党和国家的宝贵财富。随着馆藏可移动革命文物的使用量不断增加,及其自身特点,制定馆藏可移动革命文物保护和利用的科学发展规划,探索专业的革命文物保护技术及应用,达到革命文物保存条件和环境标准,是拓展革命文物保护管理运用的前提。

关键词：革命文物预防性保护文物保护革命纪念馆博物馆研究

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大概念统领下的大单元教学设计与实践——以“分子结构与性质”为例

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化学教学 2022年第6期 53-59页

作者：王晓军郑华赵晓冉佟文丰北京教育学院石景山分院北京100043 北京市第九中学北京100041 北京市景山学校远洋分校北京100040 北京市古城中学北京100043

大概念是引领单元教学变革的核心理念,基于大概念的学习单元重构,有利于教师把握教学内容的本质和落实学生核心素养的培养目标。从大概念的确定与解构、教学目标的确定、学习活动的设计与评价等方面设计与实施“分子结构与性质”章节的... 详细信息

大概念是引领单元教学变革的核心理念,基于大概念的学习单元重构,有利于教师把握教学内容的本质和落实学生核心素养的培养目标。从大概念的确定与解构、教学目标的确定、学习活动的设计与评价等方面设计与实施“分子结构与性质”章节的教学,尝试抽提大概念统领下大单元教学的设计策略和一般方法。

关键词：大概念大单元教学 “教、学、评”一体化分子结构与性质

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中国采取史无前例举措控制2019冠状病毒病流行

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中南大学学报（医学版） 2020年第3期45卷 334-337页

作者：吴桐胡尔雅曾雯辉张涵琪薛晓然马健中南大学基础医学院肿瘤研究所国家卫生健康委癌变原理重点实验室教育部癌变与侵袭原理重点实验室长沙410078

2019年12月下旬在中国武汉暴发的2019冠状病毒病给中国人民,乃至全球人类的健康带来严重威胁。目前感染病例数仍在不断上升,截至2020年2月20日,确诊病例已经达到74 576人,死亡病例达到2 118人。面对这一严重疫情,中国采取了史无前例的... 详细信息

2019年12月下旬在中国武汉暴发的2019冠状病毒病给中国人民,乃至全球人类的健康带来严重威胁。目前感染病例数仍在不断上升,截至2020年2月20日,确诊病例已经达到74 576人,死亡病例达到2 118人。面对这一严重疫情,中国采取了史无前例的举措来控制疾病流行,如对武汉采取"封城"措施,调派全国多支医疗队,超过3万余名医务工作者支援湖北,临时建立两家医院治疗重症患者,建设15家方舱医院收治轻症患者。在病原体鉴定、流行病学、临床诊疗等多个领域进行研究,取得显著成绩,有效控制了疫情蔓延。

关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒2 2019冠状病毒病流行病学中国武汉

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抽油杆钢材的发展和抽油杆的服役失效

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材料导报 2021年第19期35卷 19161-19169页

作者：董振东童志周洪宇王慧敏郑文跃孙晓冉丁辉北京科技大学国家材料服役安全科学中心北京100083 河钢集团石钢公司石家庄050031

抽油杆可以把地面抽油机动能传递给抽油泵,是石油生产中重要的工件之一。随着采油工程向腐蚀井、深井、超深井发展,普通抽油杆的耐蚀性、抗拉强度和疲劳强度等性能已不能满足生产要求。本文综述了C级、D级、KD级和H级抽油杆的分类标准... 详细信息

抽油杆可以把地面抽油机动能传递给抽油泵,是石油生产中重要的工件之一。随着采油工程向腐蚀井、深井、超深井发展,普通抽油杆的耐蚀性、抗拉强度和疲劳强度等性能已不能满足生产要求。本文综述了C级、D级、KD级和H级抽油杆的分类标准、制备方法、应用环境及面临的挑战。抽油杆钢服役失效包括腐蚀、疲劳、机械磨损等。分析发现,抽油杆的失效主要是疲劳断裂或腐蚀疲劳断裂。在腐蚀性环境条件下,抽油杆会发生表面电化学腐蚀,形成腐蚀坑,而腐蚀坑是疲劳裂纹的主要萌生源。在拉-拉或拉-压载荷的作用下,抽油杆发生疲劳断裂。本文简单介绍了抽油杆在各油田中的服役环境及抽油杆的发展史,通过对比抽油杆不同热处理工艺所产生的微观组织,探索其防腐蚀、防氢脆、防疲劳的机理,同时分析了抽油杆在使用过程中常见的腐蚀、疲劳、磨损等失效原因和机制,最后对未来开发高性能抽油杆的可行途径进行了探讨。

关键词：抽油杆钢热处理工艺失效疲劳氢脆

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紫翅猪毛菜、钠猪毛菜不同个体大小繁殖分配差异及随海拔的变化

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生态学报 2015年第18期35卷 5957-5965页

作者：刘尊驰刘华峰赵丹罗宁孙园园郝晓冉刘彤石河子大学生命科学学院石河子832003

以新疆准噶尔盆地藜科猪毛菜属植物紫翅猪毛菜(Salsola affinis ***)、钠猪毛菜(Salsola nitraria Pall)为研究对象,用繁殖分配比例的方法对比分析了两种猪毛菜不同海拔同一种群内不同个体大小繁殖分配的特点,并用异速生长模型分析了不... 详细信息

以新疆准噶尔盆地藜科猪毛菜属植物紫翅猪毛菜(Salsola affinis ***)、钠猪毛菜(Salsola nitraria Pall)为研究对象,用繁殖分配比例的方法对比分析了两种猪毛菜不同海拔同一种群内不同个体大小繁殖分配的特点,并用异速生长模型分析了不同海拔繁殖生物量与营养生物量之间分配与个体大小的依赖关系。结果发现:1)不同海拔繁殖生物量(R)与营养生物量(V)呈不同程度的异速生长。紫翅猪毛菜随海拔的升高R-V的异速生长斜率显著升高,截距随海拔的升高没有显著增加;而钠猪毛菜的斜率随海拔升高显著降低,截距则显著升高。2)紫翅猪毛菜在较低海拔个体大小与繁殖分配呈负相关,在较高海拔呈正相关;钠猪毛菜在较低海拔个体大小与繁殖分配呈正相关,在较高海拔呈负相关;两种猪毛菜繁殖分配的适应对策相反。3)将同一种群个体大小分成大、中、小3种类型,多重比较发现紫翅猪毛菜在较低海拔,中小个体的繁殖分配显著高于大个体的繁殖分配;在较高海拔,大个体的繁殖分配显著高于中小个体的繁殖分配。钠猪毛菜在较低海拔,大个体的繁殖分配显著高于中、小个体的繁殖分配;在较高海拔,小个体的繁殖分配显著高于大、中个体的繁殖分配。综合分析认为:两个物种随海拔变化产生不同的繁殖分配策略,除遗传效应外,环境和个体大小对钠猪毛菜繁殖分配的变化均产生重要影响,而紫翅猪毛菜繁殖分配的变化主要由海拔差异导致。由于微生境对同一种群的个体大小产生影响,进而产生不同的繁殖分配模式,所以在干旱区更应重视个体大小对繁殖分配的影响。

关键词：准噶尔盆地海拔猪毛菜繁殖分配异速生长

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