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Improving Plant Genome Editing with High-Fidelity xCas9 and Non-canonical PAM-Targeting Cas9-NG

Molecular Plant 2019年第7期12卷 1027-1036页

作者： Zhaohui Zhong Simon Sretenovic Qiurong Ren Lijia Yang Yu Bao Caiyan Qi Mingzhu Yuan Yao He Shishi liu xiaopei liu Jiaheng Wang Lan Huang Yan Wang Dibin Baby David Wang Tao Zhang Yiping Qi Yong Zhang Department of Biotechnology School of Life Sciences and Technology Center for Informational Biology University of 曰ectronic Science and Technology of China Room 216 Main Building No. 4 Section 2 North Jianshe Road Chengdu 610054 China Department of Plant Science and Landscape Architecture University of Maryland College Park MD 20742 USA Jiangsu Key Laboratory of Crop Genetics and Physiology Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops Key Laboratory of Plant Functional Genomics of the Ministry of Education Yangzhou University Yangzhou 225009 China Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety of Ministry of Education of China Yangzhou University Yangzhou 225009 China Indian Institute of Science Education and Research Timpati Andhra Pradesh 517507 India Seven Lakes High School Katy TX 77494 USA Institute for Bioscience and Biotechnology Research University of Maryland Rockville MD 20850 USA

Two recently engineered SpCas9 variants, namely xCas9 and Cas9-NG, show promising potential in improving targeting specificity and broadening the targeting range. In this study, we evaluated these Cas9 variants in the model and crop plant, rice. We first tested xCas9-3.7, the most effective xCas9 variant in mammalian cells, for targeted mutagenesis at 16 possible NGN PAM (protospacer adjacent motif) combinations in duplicates. xCas9 exhibited nearly equivalent editing efficiency to wild-type Cas9 (Cas9-WT) at most canonical NGG PAM sites tested, whereas it showed limited activity at non-canonical NGH (H = A, C, T) PAM sites. High editing efficiency of xCas9 at NGG PAMs was further demonstrated with C to T base editing by both rAPOBECI and PmCDAI cytidine deaminases. With mismatched sgRNAs, we found that xCas9 had improved targeting specificity over the Cas9-WT. Furthermore, we tested two Cas9-NG variants, Cas9-NGv1 and Cas9-NG, for targeting NGN PAMs. Both Cas9-NG variants showed higher editing efficiency at most non-canonical NG PAM sites tested, and enabled much more efficient editing than xCas9 at AT-rich PAM sites such as GAT, GAA, and CAA. Nevertheless, we found that Cas9-NG variants showed significant reduced activity at the canonical NGG PAM sites. In stable transgenic rice lines, we demonstrated that Cas9-NG had much higher editing efficiency than Cas9-NGv1 and xCas9 at NG PAM sites. To expand the base-editing scope, we developed an efficient C to T base-editing system by making fusion of Cas9-NG nickase (D10A version), PmCDAI, and UGI. Taken together, our work benchmarked xCas9 as a high-fidelity nuclease for targeting canonical NGG PAMs and Cas9-NG as a preferred variant for targeting relaxed PAMs for plant genome editing.

关键词： xCas9 Cas9-NG high fidelity non-canonical PAM base editing

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基于NVivo分析新冠肺炎疫情对纺织产业的影响及应对举措

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丝绸 2021年第8期58卷 1-6页

作者：邵鹏刘筱珮西安工程大学管理学院西安710048

文章采集中国纺织报微信公众号发表的相关新冠肺炎疫情文章,运用扎根理论方法,从市场困境、生产困境、复工复产、转型升级四个层次对疫情期间纺织业发展情况与应对进行分析,并结合典型企业案例讨论了纺织企业的疫情应对措施。研究发现:... 详细信息

文章采集中国纺织报微信公众号发表的相关新冠肺炎疫情文章,运用扎根理论方法,从市场困境、生产困境、复工复产、转型升级四个层次对疫情期间纺织业发展情况与应对进行分析,并结合典型企业案例讨论了纺织企业的疫情应对措施。研究发现:疫情期间纺织企业线下渠道、出口市场、产业链受到影响,消费者需求发生改变;纺织企业面临供应链、资金链、成本增加及人力资源管理等方面的困境;纺织业通过加强人力资源管理、积极防疫、依托政府支持等方式促进复工复产;纺织企业还通过市场开拓、柔性制造、加大技术升级及线上销售等方式进行转型升级。

关键词：新冠肺炎纺织产业扎根理论复工复产应对举措

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结合WTLBP特征和SVM的复杂场景文本定位方法

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西安电子科技大学学报 2012年第4期39卷 103-108页

作者：刘晓佩卢朝阳李静西安电子科技大学综合业务网理论及关键技术国家重点实验室陕西西安710071

针对自然环境中文字结构差异性大,文字和非文字难以有效区分而造成定位虚警率较高的问题,提出利用小波变换(WT)和多尺度LBP算子相结合的方法(WTLBP)提取文字特征,并将其用于对候选文字区域的分类确认,以降低文本定位虚警率.算法首先利... 详细信息

针对自然环境中文字结构差异性大,文字和非文字难以有效区分而造成定位虚警率较高的问题,提出利用小波变换(WT)和多尺度LBP算子相结合的方法(WTLBP)提取文字特征,并将其用于对候选文字区域的分类确认,以降低文本定位虚警率.算法首先利用文字笔画边缘实现快速的文本区域检测,获得候选的文字区域;然后,提取候选文字区域的WTLBP纹理特征,结合支持向量机(SVM)分类器对候选文字区域进行分类确认.实验结果表明,WTLBP文字特征具有较高的区分度,能够有效区分文字和非文字区域,将其用于对候选区域的分类确认可大大降低复杂场景中文本定位虚警率.

关键词：文本定位复杂场景 WTLBP 支持向量机

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补中益气汤加味治疗低血压眩晕30例

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陕西中医 2008年第2期29卷 162-163页

作者：刘小沛刘丹陕西省黄陵县中医医院 727300 陕西省地矿医院 710014

目的:观察补中益气汤加味治疗低血压眩晕的疗效。方法:治疗组采用补中益气汤(党参、黄芪、炙甘草、当归、陈皮、升麻等)治疗本病例30例,结果:总有效率96.6%。提示:本方对本病具有补养气血,健脾益胃,升举清阳的功效。

关键词：低血压/中医药疗法眩晕/中医药疗法补中益气汤/治疗应用

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字典神经网络方法快速湍流烟雾合成

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中国图象图形学报 2020年第6期25卷 1235-1244页

作者：柏凯李伟刘晓培上海科技大学信息科学与技术学院上海201210 中国科学院大学北京100049 中国科学院上海微系统与信息技术研究所上海200050

目的基于物理的烟雾模拟是计算机图形学的重要组成部分,渲染具有细小结构的高分辨率烟雾,需要大量的计算资源和高精度的数值求解方法。针对目前高精度湍流烟雾模拟速度慢,仿真困难的现状,提出了基于字典神经网络的方法,能够快速合成湍... 详细信息

目的基于物理的烟雾模拟是计算机图形学的重要组成部分,渲染具有细小结构的高分辨率烟雾,需要大量的计算资源和高精度的数值求解方法。针对目前高精度湍流烟雾模拟速度慢,仿真困难的现状,提出了基于字典神经网络的方法,能够快速合成湍流烟雾,使得合成的结果增加细节的同时,保持高分辨率烟雾结果的重要结构信息。方法使用高精度的数值仿真求解方法获得高分辨率和低分辨率的湍流烟雾数据,通过采集速度场局部块及相应的空间位置信息和时间特征生成数据集,设计字典神经网络的网络架构,训练烟雾高频成分字典预测器,在GPU(graphic processing unit)上实现并行化,快速合成高分辨率的湍流烟雾结果。结果实验表明,基于字典神经网络的方法能够在非常低分辨率的烟雾数据下合成空间和时间上连续的高分辨率湍流烟雾结果,效率比通过在GPU平台上直接仿真得到高分辨率湍流烟雾的结果快了一个数量级,且合成的烟雾结果与数值仿真方法得到的高分辨率湍流烟雾结果足够接近。结论本文方法解决了烟雾的上采样问题,能够从非常低分辨率的烟雾仿真结果,通过设计基于字典神经网络结构以及特征描述符编码烟雾速度场的局部和全局信息,快速合成高分辨率湍流烟雾结果,且保持高精度烟雾的细节,与数值仿真方法的对比表明了本文方法的有效性。

关键词：烟雾模拟神经网络粒子系统计算机动画字典学习

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产业集聚与分散状态决定因素的比较研究——基于制造业典型行业的实证分析

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产业经济研究 2011年第6期 1-10页

作者：臧新刘晓沛张昕东南大学经济管理学院江苏南京210018

本文通过制造业2000～2007年面板数据模型以及2006年横截面数据回归模型的计算,对制造业4个高度集聚和3个低度集聚典型行业进行了实证研究,以集聚行业和分散行业的比较分析探讨了政策、开放性等相关因素在产业集聚中的影响程度。研究表... 详细信息

本文通过制造业2000～2007年面板数据模型以及2006年横截面数据回归模型的计算,对制造业4个高度集聚和3个低度集聚典型行业进行了实证研究,以集聚行业和分散行业的比较分析探讨了政策、开放性等相关因素在产业集聚中的影响程度。研究表明,地区的开放性特性与劳动力要素特征是高度集聚行业区别于低度集聚行业的显著地区特性;各个影响层面对产业集聚的解释力度的排序显示:政策和政府因素、开放性因素和人力资源素质因素是影响制造业各行业集聚的关键因素。本文的研究结果支持了"政策租"高于"集聚租"的观点,说明制度性软件环境对产业集聚的影响重于基础设施等硬件环境,对地区促进产业集聚的发展具有有益的启示。

关键词：高度集聚低度集聚政府开放性政策租制造业

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论环境心理学与现代室内设计

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工业建筑 2007年第S1期37卷 1-3页

作者：欧潮海刘晓培解放军后勤工程学院重庆科技学院

环境心理学在室内设计中的应用在我国是最近几年才发展起来的。环境心理学是新兴的综合性学科;与心理学、环境保护学、人体工程学、人类学、生态学以及室内环境学、室内装修等学科和技术关系密切,主要研究物质环境(建筑内部环境和车、... 详细信息

环境心理学在室内设计中的应用在我国是最近几年才发展起来的。环境心理学是新兴的综合性学科;与心理学、环境保护学、人体工程学、人类学、生态学以及室内环境学、室内装修等学科和技术关系密切,主要研究物质环境(建筑内部环境和车、船等内部环境)与人的行为关系。而现代室内设计的本质是对人所需要的环境(物理环境、物质环境、心理环境、视觉环境)等进行设计。本文在阐述环境心理学的同时结合当代室内设计的实际,分析探讨了环境心理学已经成为当代室内设计的重要理论依据。

关键词：环境心理学心理行为室内环境理论依据

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基于稀疏贝叶斯-RNAMBO算法的低剂量CT盲复原方法

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天津大学学报（自然科学与工程技术版） 2021年第10期54卷 1076-1085页

作者：刘晓培滕建辅费腾孙云山天津大学电气自动化与信息工程学院天津300072 天津商业大学信息工程学院天津300134 天津大学微电子学院天津300072

本文提出了一种基于稀疏贝叶斯智能优化(SBL-RNAMBO)算法的低剂量医学CT图像的盲复原重建方法.首先,利用群智能算法的全局搜索能力,同时引入稀疏贝叶斯方法进行训练,将大量全剂量CT图像作为先验信息,改善图像重建过程中的欠定问题.其次... 详细信息

本文提出了一种基于稀疏贝叶斯智能优化(SBL-RNAMBO)算法的低剂量医学CT图像的盲复原重建方法.首先,利用群智能算法的全局搜索能力,同时引入稀疏贝叶斯方法进行训练,将大量全剂量CT图像作为先验信息,改善图像重建过程中的欠定问题.其次,加入二次惩罚项约束解空间,构造了参数未知的后验概率目标函数,采用RNAMBO算法优化稀疏贝叶斯超参数,建立优化后的稀疏贝叶斯模型.最后,用SBL-RNAMBO方法对所有盲复原未知量进行估计并求解后验概率目标函数.将SBL-RNAMBO算法与其他5种对比算法进行Shepp-Logan体膜、临床盆腔CT、临床脑部CT的定性及定量实验,实验结果表明,在定性实验中该方法可以获得良好的CT重建图像,保留清晰的纹理细节和结构特征;在145/20 mA及90/20 mA定量实验中峰值信噪比(PSNR)、通用图像质量指数(UIQI)、结构相似性指数(SSIM)、误差方差和(SSDE)指标均优于对比算法,算法复杂度最大减少854.6 s,通过不同初始值PSNR实验,验证了该算法的稳定性及有效性.

关键词：低剂量CT图像图像盲复原重建群智能优化稀疏贝叶斯算法

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船员英语学习需求与教学措施

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青岛远洋船员学院学报 2000年第3期21卷 83-87页

作者：刘肖沛青岛远洋船员学院外语部

航海是一种国际性的职业，船员的特殊的职业决定着他不可能像普通学生一样拿出数年的时间来进行学习和研究，之后又每天按部就班地学习和复习。因此，本文拟从船员的需求、阻碍学习的因素、对待语言的态度以及应采取的措施等方面分析船... 详细信息

航海是一种国际性的职业，船员的特殊的职业决定着他不可能像普通学生一样拿出数年的时间来进行学习和研究，之后又每天按部就班地学习和复习。因此，本文拟从船员的需求、阻碍学习的因素、对待语言的态度以及应采取的措施等方面分析船员英语教学的所需和对策。

关键词：教学措施英语学习英语教学复习国际性普通学生阻碍需求职业对策

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语言测试的类型与原则

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青岛远洋船员学院学报 2001年第1期22卷 64-67页

作者：刘肖沛青岛远洋船员学院外语部

语言测试是任何语言习得过程中所必须面临的内容,因此,它要求设计者能够在拟题过程中掌握一定的原则,使测试能够真实地反映受测试者的能力和水准,它的用途在于:(1)综合地评判前一阶段学生语言学习的情况,供教师总结、分析,以便掌握每一... 详细信息

语言测试是任何语言习得过程中所必须面临的内容,因此,它要求设计者能够在拟题过程中掌握一定的原则,使测试能够真实地反映受测试者的能力和水准,它的用途在于:(1)综合地评判前一阶段学生语言学习的情况,供教师总结、分析,以便掌握每一个学生的学习进步情况;(2)为下一阶段的教学过程提供一条重要的信息,从而正确地指导新内容的教学和习得。语言教学的成功与否应在语言测试中得到明确的体现,因此。

关键词：语言测试类型原则

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