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Hi-Tag:a simple and efficient method for identifying protein-mediated long-range chromatin interactions with low cell numbers

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Science China(Life Sciences) 2024年第5期67卷 1027-1034页

作者： xiaolong qi Lu Zhang qiulin Zhao Peng Zhou Sai Xian Zhang Jingjin Li Zhuqing Zheng Yue Xiang Xueting Dai Zhe Jin Yaobang Jian Xinyun Li Liangliang Fu Shuhong Zhao Key Lab of Agricultural Animal Genetics Breeding and Reproduction of Ministry of Education and Key Laboratory of Swine Genetics and Breeding of Ministry of AgricultureCollege of Animal Science and TechnologyHuazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China The Cooperative Innovation Center for Sustainable Pig Production Wuhan 430070China Hubei Hongshan Laboratory Frontiers Science Center for Animal Breeding and Sustainable ProductionWuhan 430070China

Protein-mediated chromatin interactions can be revealed by coupling proximity-based ligation with chromatin ***,these techniques require complex experimental procedures and millions of cells per experiment,which limits their widespread application in life science ***,we develop a novel method,Hi-Tag,that identifies high-resolution,long-range chromatin interactions through transposase tagmentation and chromatin proximity ligation(with a phosphorothioate-modified linker).Hi-Tag can be implemented using as few as 100,000 cells,involving simple experimental procedures that can be completed within 1.5 ***,Hi-Tag is capable of using its own data to identify the binding sites of specific proteins,based on which,it can acquire accurate interaction *** results suggest that Hi-Tag has great potential for advancing chromatin interaction studies,particularly in the context of limited cell availability.

关键词： Hi-Tag chromatin interactions transposase tagmentation chromatin proximity ligation low cell numbers

膀胱癌术后输尿管肠吻合口狭窄的微创治疗:机器人手术的优势和技术要点

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现代泌尿外科杂志 2024年第7期29卷 573-575页

作者：祁小龙浙江省人民医院泌尿外科浙江杭州310000

输尿管肠吻合口狭窄是膀胱癌根治尿流改道术后较为严重且棘手的并发症,目前治疗该并发症的手术方式并未统一,常见的有传统手术、腔内手术及腹腔镜/机器人腹腔镜手术等,传统的手术方法分为开放手术和肾造瘘术。目前腔内手术治疗主要适用... 详细信息

输尿管肠吻合口狭窄是膀胱癌根治尿流改道术后较为严重且棘手的并发症,目前治疗该并发症的手术方式并未统一,常见的有传统手术、腔内手术及腹腔镜/机器人腹腔镜手术等,传统的手术方法分为开放手术和肾造瘘术。目前腔内手术治疗主要适用于输尿管狭窄长度较短的良性输尿管狭窄患者。研究表明无论经膀胱还是膀胱外,腹腔镜输尿管再植术都安全可行,机器人手术的优势已经日益凸显。本中心近8年来采用机器人辅助腹腔镜下输尿管膀胱再植术(RAUR)治疗该并发症效果良好,本文总结了该术式应遵循的合理步骤。另外,Bricker膀胱术和原位膀胱回肠术后的输尿管再植手术各有其自身的技术要点。

关键词：达芬奇机器人腹腔镜输尿管肠吻合口狭窄膀胱癌根治术微创治疗尿流改道机器人辅助腹腔镜下输尿管膀胱再植术

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跨站脚本攻击检测与防御技术综述

计算机应用研究 2024年第3期41卷 652-662页

作者：王铃铜王慧玲徐苗綦小龙伊犁师范大学网络安全与信息技术学院新疆伊宁835000 伊犁师范大学伊犁河谷智能计算研究与应用重点实验室新疆伊宁835000

跨站脚本(cross site scripting,XSS)攻击是Web安全中最严重的风险之一。随着Web服务、API等Web技术的广泛使用,以及AJAX、CSS和HTML5等新编程风格的出现,XSS攻击的威胁变得更加严重,因此如何处理XSS攻击安全风险已成为Web安全研究的重... 详细信息

跨站脚本(cross site scripting,XSS)攻击是Web安全中最严重的风险之一。随着Web服务、API等Web技术的广泛使用,以及AJAX、CSS和HTML5等新编程风格的出现,XSS攻击的威胁变得更加严重,因此如何处理XSS攻击安全风险已成为Web安全研究的重要关注点。通过对近年来XSS攻击检测和防御技术的调研,根据XSS攻击是否具有隐蔽性,首次从非对抗和对抗两个角度综述了XSS攻击检测和防御的最新技术。首先,从非对抗攻击检测和对抗攻击检测两个方面探讨分析了基于机器学习从数据中学习攻击特征、预测攻击的方法,以及基于强化学习识别或生成对抗样本策略来优化检测模型的方法;其次,阐述了非对抗攻击防御基于规则过滤XSS攻击、基于移动目标防御(MTD)随机性降低攻击成功率和基于隔离沙箱防止XSS攻击传播的方法;最后,分别从样本特征、模型特点和CSP的局限性、上传功能的广泛性等方面提出了XSS攻击检测和防御未来需要考虑的问题并作出展望。

关键词： XSS攻击机器学习非对抗攻击检测对抗攻击检测非对抗攻击防御

腹腔镜同期双侧肾上腺切除术治疗甲状腺髓样癌致异位ACTH综合征1例报告并文献复习

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中华泌尿外科杂志 2024年第4期45卷 299-305页

作者：沃奇军赵瑜杨伟段婷寿佳沣杨云开祁小龙张大宏浙江省人民医院、杭州医学院附属人民医院泌尿外科、浙江省内分泌腺体疾病诊治研究重点实验室杭州310014 浙江省人民医院、杭州医学院附属人民医院老年医学中心内分泌科杭州310014 浙江省人民医院、杭州医学院附属人民医院检验中心杭州310014 浙江省人民医院、杭州医学院附属人民医院病理科杭州310014

目的按探讨腹腔镜同期双侧肾上腺切除术(BA)治疗甲状腺髓样癌(MTC)致异位促肾上腺皮质激素综合征(EAS)的安全性和疗效。方法患者男,56岁,2023年10月5日因MTC术后15个月,全身乏力7个月入院。既往因MTC行两次甲状腺开放手术。病理诊断:甲... 详细信息

目的按探讨腹腔镜同期双侧肾上腺切除术(BA)治疗甲状腺髓样癌(MTC)致异位促肾上腺皮质激素综合征(EAS)的安全性和疗效。方法患者男,56岁,2023年10月5日因MTC术后15个月,全身乏力7个月入院。既往因MTC行两次甲状腺开放手术。病理诊断:甲状腺髓样癌合并上纵隔、纵隔等处淋巴结转移,CRH(-)、ACTH(胞质弱+)。患者术后出现糖尿病、高血压、低钾血症。入院查体:血压200/95mmHg(1mmHg=0.133kPa),体质量61.5kg,身高160cm,体质量指数24.02kg/cm^(2),腰围83cm,多血质外貌,皮肤变薄。实验室检查:血钾2.71mmol/L,血钙1.47mmol/L,甲状旁腺素6.0pg/ml,空腹血糖10.51mmol/L,糖化血红蛋白8.2%,血降钙素>2000pg/ml,癌胚抗原70.8μg/L。内分泌激素检查:8:00、16:00、24:00时血浆ACTH分别为189.0、125.0、65.0pg/ml;8:00、16:20、24:00时血清皮质醇分别为429.30、408.14、446.61μg/L;24h尿游离皮质醇1200μg/24h;1mg过夜地塞米松抑制试验后8:00时ACTH183.0pg/ml、皮质醇538.27μg/L;非卧位2h醛固酮8.2pg/ml;血、尿儿茶酚胺和甲状腺功能均未见明显异常。^(18)F-FDG-PET/CT检查示颈部等多发淋巴结转移。腹部CT检查示双侧肾上腺增生。垂体增强MR检查示垂体变薄。肺CT、痰培养检查示双肺散在多发感染。经全院多学科讨论,诊断为EAS、MTC术后转移、糖尿病、高血压病、低钾血症、肺部感染、轻度贫血、肝功能不全、甲状旁腺功能减退症、低钙血症。全麻下行经腹腔入路腹腔镜BA。术中先切除左侧肾上腺,翻转体位,再切除右侧肾上腺。结果本例手术顺利。手术时间约60min。术中出血量约20ml。围术期未发生并发症。病理检查:(双侧)肾上腺皮质结节性增生;(双侧)肾上腺髓质增生,ACTH(-)。术后随访3个月,血降钙素仍>2000pg/ml。术后1周,以及1、3个月血ACTH分别为183.0、220.0、731.0pg/ml。但高血压、糖尿病、低钾血症等均迅速缓解。术后1个月血压100/80mmHg,空腹血糖4.4mmol/L,血钾3.87mmol/L;肺部感染好转。未发生肾上腺危像。糖皮质激素替代治疗方案:氢化可的松晨起20mg、午后10mg。甲状腺激素替代治疗方案:左甲状腺素100μg每日1次。基因检测示Ret基因杂合突变,患者应用Ret抑制剂临床试验性治疗。结论对于无法根治的MTC转移病灶导致的EAS,采取腹腔镜同期BA是安全、有效的,可纠正高血压、糖尿病和低钾血症,增加了MTC的治疗机会。

关键词：异位促肾上腺皮质激素综合征甲状腺髓样癌库欣综合征双侧肾上腺切除术

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表观基因组学在猪遗传育种中的研究进展

中国畜牧杂志 2024年第3期60卷 26-32页

作者：简耀邦李京津李新云齐晓龙付亮亮华中农业大学动物科学技术学院湖北武汉430070 农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

生猪产业是我国畜牧业的支柱产业,我国的生猪养殖和猪肉消费量均占全球50%以上,但种猪性能与国外差距较大。因此,培育拥有自主知识产权、性状优良的种猪是保障我国生猪养殖业可持续健康发展的关键,而揭示重要经济性状的遗传机制是猪遗... 详细信息

生猪产业是我国畜牧业的支柱产业,我国的生猪养殖和猪肉消费量均占全球50%以上,但种猪性能与国外差距较大。因此,培育拥有自主知识产权、性状优良的种猪是保障我国生猪养殖业可持续健康发展的关键,而揭示重要经济性状的遗传机制是猪遗传改良的基础。表观基因组学是在核苷酸序列不发生改变的情况下,研究基因组上的化学修饰和空间结构变化影响基因表达调控和功能的一门学科,近年来在猪遗传育种领域逐步得到广泛应用。表观基因组学在解释分子功能机制、挖掘功能靶点、探究进化过程方面有着突出优势,为研究猪复杂性状和环境适应的生物分子调控机制提供新思路。本文分析和总结了表观基因组学在猪遗传育种领域的研究现状和发展趋势,为阐明猪重要经济性状形成机制提供参考。

关键词：猪表观基因组学基因表达调控遗传育种

机器人辅助腹腔镜在输尿管肠吻合口狭窄治疗中的优势:与内镜球囊扩张的比较分析

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临床泌尿外科杂志 2024年第6期39卷 531-533,538页

作者：许晓波吕佳毛祖杰刘锋王帅祁小龙浙江省人民医院(杭州医学院附属人民医院)泌尿外科杭州310014

目的:比较机器人辅助腹腔镜输尿管膀胱再植术(robot-assisted laparoscopic ureteral reimplantation,RAUR)与内镜球囊扩张治疗根治性膀胱切除术后输尿管肠吻合口狭窄(ureteroenteric stricture,UES)的疗效。方法:回顾性分析2015年1月—2022年12月在浙江省人民医院行RAUR或内镜球囊扩张治疗UES的患者临床资料,共纳入RAUR组28例,球囊组16例;另有9例患者球囊扩张治疗失败,Ⅱ期行RAUR,单独成组为球囊后RAUR组。比较3组患者的手术时间、出血量、并发症发生率等围手术期指标及治疗成功率等。结果:3组患者的性别、年龄、狭窄长度、术前肾功能等一般资料比较差异无统计学意义(P>0.05),具有可比性。RAUR组和球囊后RAUR组较球囊组手术时间延长(均P<0.001),出血量增多(P<0.001,P=0.020)。RAUR组、球囊后RAUR组和球囊组的治疗成功率分别为92.86%、88.89%和62.50%,差异有统计学意义(P=0.031)。合并RAUR组的总成功率为91.89%,明显高于球囊组的62.50%(P=0.027)。3组术后Ⅱ级并发症发生率分别为10.71%、11.11%和6.25%,差异无统计学意义(P=0.872)。未发生Ⅲ级及以上并发症。结论:对于根治性膀胱切除术后UES,RAUR疗效确切,并发症可控。

关键词：机器人手术腹腔镜输尿管肠吻合口狭窄内镜治疗球囊扩张根治性膀胱切除术

Ten important original articles in the field of cirrhosis and portal hypertension from China

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Portal Hypertension & Cirrhosis 2023年第4期2卷 194-196页

作者： xiaolong qi Department of Radiology Center of Portal HypertensionZhongda HospitalMedical SchoolSoutheast UniversityNanjingChina

To the Editor,The number of patients with liver disease exceeds 400 million in China.1 All types of hepatitis can progress to cirrhosis,and the severity of portal hypertension is a crucial factor affecting patients'clinical prognosis.2 In 2022,Chinese scientific researchers have made progress in the field of cirrhosis and portal ***,the“Top 10 Original Research in Cirrhosis and Portal Hypertension from China in 2022”project was initiated by the Chinese Portal Hypertension Alliance(CHESS).

关键词： hypertension cirrhosis patients

The short and long-term effect of polystyrene nanoplastics on nitrifying sludge at high nitrite concentrations

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Journal of Environmental Sciences 2024年第1期135卷 222-231页

作者： xiaolong Wang Jialu Huang Zhiqiang qi Ruiqin Kang Chao Du Da Li School of Chemical and Environmental Engineering Anyang Institute of TechnologyAnyang 455000China Henan Licheng Environmental Technology Co. Ltd.Anyang 455000China State Key Laboratory of Urban Water Resource and Environment School of EnvironmentHarbin Institute of TechnologyHarbin 150090China

The effect of nanoplastics(NPs)on nitrite oxidation bacteria(NOB)community in treating high-strength wastewater remains unclear,which seriously affects the stability of nitrogen removal *** this study,highly active nitrifying sludge was enriched and exposed to 50nm polystyrene NPs(PS-NPs)for short-term(1,100,500,and 1000 mg/L,1.5 hr)and long-term(1,10,100 mg/L,40 days)at high nitrite *** contrast to previous studies,our results showed that the exposures to PS-NPs had little effect on nitrifying *** long-term exposure,the protein/polysaccharide ratios in extracellular polymeric substances(EPS)were positively correlated with PS-NPs concentrations(0.78–0.99).The produced reactive oxygen species(ROS)were gradually removed,and PS-NPs higher than 10 mg/L caused damage to membrane ***-term exposure for 40 days increased the community diversity and caused significant differences between the control and exposed *** control group were dominated by Nitrobacter and Exiguobacterium,while the exposure group was dominated by Bacillus,Mycobacterium,and Nitrospira.A noticeable shift in the NOB community from Nitrobacter(26.5%to 3.4%)to Nitrospira(1.61%to 14.27%)was observed.A KEGG analysis indicated a decrease in cell growth and death,cell motility and energy *** appeared that NOB could adapt to PS-NPs stress through enhanced secretion and removal of oxidative ***,this study provided new insights into the response mechanism of NOB to PS-NPs exposure.

关键词： Nanoplastics Nitrifying activity Extracellular polymeric substance(EPS) Exposure Community analysis

Establishment of a dmp based maternal haploid induction system for polyploid Brassica napus and Nicotiana tabacum

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Journal of Integrative Plant Biology 2022年第6期64卷 1281-1294页

作者： Yu Zhong Yuwen Wang Baojian Chen Jinchu Liu Dong Wang Mengran Li xiaolong qi Chenxu Liu Kim Boutilier Shaojiang Chen National Maize Improvement Center of China Key Laboratory of Crop Heterosis and Utilization/Engineering Research Center for Maize BreedingMinistry of Educati onCollege of Agronomy and Biotech no logyChina Agricultural Un iversityBeijing 100193China Bioscienee Wageningen University and Research6700 AAWageningenThe Netherlands

Doubled haploid(DH) technology is used to obtain homozygous lines in a single generation, a technique that significantly accelerates the crop breeding trajectory. Traditionally, in vitro culture is used to generate DHs, but this technique is limited by species and genotype recalcitrance. In vivo haploid induction(HI) through seed is widely and efficiently used in maize and was recently extended to several other crops. Here we show that in vivo HI can be triggered by mutation of DMP maternal haploid inducer genes in allopolyploid(allotetraploid) Brassica napus and Nicotiana tabacum. We developed a pipeline for selection of DMP orthologs for clustered regularly interspaced palindromic repeats mutagenesis and demonstrated average amphihaploid induction rates of2.4% and 1.2% in multiple B. napus and N. tabacum genotypes, respectively. These results further confirmed the HI ability of DMP gene in polyploid dicot crops. The DMP-HI system offers a novel DH technology to facilitate breeding in these crops. The success of this approach and the conservation of DMP genes in dicots suggest the broad applicability of this technique in other dicot crops.

关键词： amphihaploid Brassica napus dicot crops doubled haploid tech no logy maternal haploid in ducti on Nicotiana tabacum polyploid