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Molecular cytogenetic map visualizes the heterozygotic genome and identifies translocation chromosomes in Citrus sinensis

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Journal of Genetics and Genomics 2023年第6期50卷 410-421页

作者： Shipeng Song Hui Liu Luke Miao Li He Wenzhao Xie Hong Lan Changxiu Yu wenkai yan Yufeng Wu Xiao-peng Wen Qiang Xu Xiuxin Deng Chunli Chen National Key Laboratory for Germplasm Innovation and Utilization for Fruit and Vegetable Horticultural Crops Hubei Hongshan LaboratoryWuhanHubei 430070China College of Life Science and Technology Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China National-local Joint Engineering Laboratory of Citrus Breeding and Cultivation/Horticulture Institute Sichuan Academy of Agricultural SciencesChengduSichuan 610066China National Key Laboratory of Crop Genetics and Improvement Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China Hubei Province Engineering Research Center of Legume Plants College of Life ScienceJianghan UniversityWuhanHubei 430056China State Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement Bioinformatics CenterAcademy for Advanced Interdisciplinary StudiesNanjing Agricultural UniversityNanjingJiangsu 210095China Key Laboratory of Plant Resource Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region(Ministry of Education) Institute of AgrobioengineeringCollege of Life ScienceGuizhou UniversityGuiyangGuizhou 550025China

Citrus sinensis is the most cultivated and economically valuable Citrus species in the world,whose genome has been assembled by three generation sequencings.However,chromosome recognition remains a problem due to the small size of chromosomes,and difficulty in differentiating between pseudo and real chromosomes because of a highly heterozygous genome.Here,we employ fluorescence in situ hybridization(FISH)with 9 chromosome painting probes,30 oligo pools,and 8 repetitive sequences to visualize 18 chromosomes.Then,we develop an approach to identify each chromosome in one cell through single experiment of oligo-FISH and Chromoycin A3(CMA)staining.By this approach,we construct a high-resolution molecular cytogenetic map containing the physical positions of CMA banding and 38 sequences of FISH including centromere regions,which enables us to visualize significant differences between homologous chromosomes.Based on the map,we locate several highly repetitive sequences on chromosomes and estimate sizes and copy numbers of each site.In particular,we discover the translocation regions of chromosomes 4 and 9 in C.sinensis“Valencia.”The high-resolution molecular cytogenetic map will help improve understanding of sweet orange genome assembly and also provide a fundamental reference for investigating chromosome evolution and chromosome engineering for genetic improvement in Citrus.

关键词： Chromosomalmarker FISH CMA banding Genomic heterozygosity Chromosomal translocation Sweet orange

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自体富白细胞-血小板纤维蛋白凝胶与腘绳肌腱修复创伤性髌骨脱位

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中国组织工程研究 2024年第3期28卷 404-410页

作者：王新民闫文凯宋亚辉刘飞秦皇岛市第一医院骨科二病区河北省秦皇岛市066000

背景:临床上创伤性髌骨脱位合并内侧髌股韧带股骨止点或体部撕裂多采用内侧髌股韧带重建手术,为促进内侧髌股韧带重建术后的腱骨愈合,研究者采用了包括生长因子、干细胞、富血小板血浆在内的多种生物治疗技术。目的:探讨自体富白细胞-... 详细信息

背景:临床上创伤性髌骨脱位合并内侧髌股韧带股骨止点或体部撕裂多采用内侧髌股韧带重建手术,为促进内侧髌股韧带重建术后的腱骨愈合,研究者采用了包括生长因子、干细胞、富血小板血浆在内的多种生物治疗技术。目的:探讨自体富白细胞-血小板纤维蛋白凝胶联合腘绳肌腱重建内侧髌股韧带修复创伤性髌骨脱位的临床疗效。方法:选择2019年2月至2021年2月秦皇岛市第一医院诊治的创伤性髌骨脱位患者37例,采用随机数字表法分为试验组(n=18)与对照组(n=19),试验组接受自体富白细胞-血小板纤维蛋白凝胶联合自体腘绳肌腱重建内侧髌股韧带手术,对照组接受单纯自体绳肌腱重建内侧髌股韧带手术。两组患者术后随访12个月,通过目测类比评分、Lysholm评分、Kujala髌股关节评分及膝关节活动度评估患者膝关节疼痛及功能状态,通过MRI及CT片测量髌股关节髌骨倾斜角、髌骨适合角及髌骨外移率,评估髌股关节的稳定性及改善情况。结果与结论:①两组术后6,12个月的目测类比评分均低于术前(P0.05);②两组术后12个月的髌股关节髌骨倾斜角、髌骨适合角、髌骨外移率及关节活动度测量值均较术前明显改善(P0.05);③结果表明,自体富白细胞-血小板纤维蛋白凝胶联合腘绳肌腱重建内侧髌股韧带能有效治疗创伤性髌骨脱位,改善膝关节功能,恢复髌骨的运动轨迹。

关键词：富白细胞-血小板纤维蛋白凝胶腘绳肌腱创伤性髌骨脱位内侧髌股韧带组织工程

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Melon short internode(CmSi)encodes an ERECTA-like receptor kinase regulating stem elongation through auxin signaling

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Horticulture Research 2020年第1期7卷 269-282页

作者： Sen yang Kaige Zhang Huayu Zhu Xiaojing Zhang wenkai yan Nana Xu Dongming Liu Jianbin Hu Yufeng Wu Yiqun Weng Luming yang College of Horticulture Henan Agricultural University63 Nongye Road450002 ZhengzhouChina State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement Bioinformatics CenterNanjing Agricultural University210095 NanjingChina USDA-ARS Vegetable Crops Research UnitHorticulture DepartmentUniversity of Wisconsin–MadisonMadisonWI 53706USA

Plant height is one of the most important agronomic traits that directly determines plant architecture,and compact or dwarf plants can allow for increased planting density and land utilization as well as increased lodging resistance and economic yield.At least four dwarf/semidwarf genes have been identified in different melon varieties,but none of them have been cloned,and little is known about the molecular mechanisms underlying internode elongation in melon.Here,we report map-based cloning and functional characterization of the first semidwarf gene short internode(Cmsi)in melon,which encodes an ERECTA-like receptor kinase regulating internode elongation.Spatial-temporal expression analyses revealed that CmSI exhibited high expression in the vascular bundle of the main stem during internode elongation.The expression level of CmSI was positively correlated with stem length in the different melon varieties examined.Ectopic expression of CmSI in Arabidopsis and cucumber suggested CmSI as a positive regulator of internode elongation in both species.Phytohormone quantitation and transcriptome analysis showed that the auxin content and the expression levels of a number of genes involved in the auxin signaling pathway were altered in the semidwarf mutant,including several well-known auxin transporters,such as members of the ABCB family and PINFORMED genes.A melon polar auxin transport protein CmPIN2 was identified by protein–protein interaction assay as physically interacting with CmSI to modulate auxin signaling.Thus,CmSI functions in an auxin-dependent regulatory pathway to control internode elongation in melon.Our findings revealed that the ERECTA family gene CmSI regulates stem elongation in melon through auxin signaling,which can directly affect polar auxin transport.

关键词： species dwarf traits

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Upregulation of circ0000381 atienuates microglial/macrophage pyroptosis after spinal cord injury

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Neural Regeneration Research 2024年第6期19卷 1360-1366页

作者： yan Zhang wenkai Zhang Tao Liu Ziqian Ma Wenxiu Zhang Yun Guan Xueming Chen Central Laboratory Beijing Luhe Hospital Capital Medical University Department of Orthopedics Beijing Luhe Hospital Capital Medical University Department of Emergency Medicine Aerospace Center Hospital Department of Anesthesiology and Critical Care Medicine Johns Hopkins University School of Medicine Department of Neurological Surgery Johns Hopkins University School of Medicine

Neuroinflammation exacerbates secondary damage after spinal cord injury, while microglia/macrophage pyroptosis is important to neuroinflammation. Circular RNAs(circRNAs) play a role in the central nervous system. However, the functional role and mechanism of circRNAs in regulating microglia/macrophage pyroptosis after spinal cord injury are still poorly studied. In the present study, we detected microglia/macrophage pyroptosis in a female rat model of spinal cord injury, along with upregulated levels of circ0000381 in the spinal cord. Our further experimental results suggest that circ0000381 may function as a sponge to sequester endogenous microRNA423-3p(miR-423-3p), which can increase the expression of NOD-like receptor 3(NLRP3), a pyroptosis marker. Therefore, upregulation of circ0000381 may be a compensatory change after spinal cord injury to attenuate microglia/macrophage pyroptosis. Indeed, knockdown of circ0000381 expression exacerbated microglia/macrophage pyroptosis. Collectively, our findings provide novel evidence for the upregulation of circ0000381, which may serve as a neuroprotective mechanism to attenuate microglia/macrophage pyroptosis after spinal cord injury. Accordingly, circ0000381 may be a novel therapeutic target for the treatment of spinal cord injury.

关键词： circ0000381 inflammasome macrophage microglia miR-423-3p neuroinflammation neuroprotection NLRP3 pyroptosis RNA-Seq spinal cord injury

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站立式下肢康复机器人关节间隙误差分析

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机械设计与研究 2022年第4期38卷 22-25页

作者：王志军闫文凯石岩华北理工大学机械工程学院河北唐山063210 河北省工业机器人产业技术研究院河北唐山063210 河北水利电力学院机械工程系河北沧州061001 河北省工业机械手控制与可靠性技术创新中心河北沧州061001

站立式下肢康复机器人是用于辅助患者进行康复运动训练的康复设备。由于下肢康复机器人进行康复运动时,关键连杆的变形、各关节误差会对下肢康复机器人足部末端位置产生影响,通过分析得到主要影响末端位姿的因素,进而达到减小误差的目... 详细信息

站立式下肢康复机器人是用于辅助患者进行康复运动训练的康复设备。由于下肢康复机器人进行康复运动时,关键连杆的变形、各关节误差会对下肢康复机器人足部末端位置产生影响,通过分析得到主要影响末端位姿的因素,进而达到减小误差的目的。通过对下肢康复机器人理论模型和间隙模型进行运动学分析,得到间隙角与末端位置误差的关系。利用MATLAB对运动模型的末端误差进行求解,最后确定下肢康复机器人间隙误差的主要影响因素。

关键词：站立式康复机器人关节间隙末端位置间隙模型

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Research on Soil Conservation and Improvement Technology in Zhaoyang District

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Agricultural Biotechnology 2024年第1期13卷 20-23页

作者： Jing yanG Shifu ZHONG Liting FANG Wei yan Shixian PU Dianli MA wenkai XIA Haohan GONG Mengsheng ZHANG Yeming FU Xia NI Zhaotong County Branch of Yunnan Tobacco Company Zhaotong 657000China

The environment of tobacco-growing soil directly affects the yield and quality of tobacco leaves.In order to solve problems of tobacco-growing soil degradation,low organic matter content and unbalanced soil nutrient supply and promote sustainable and healthy development of tobacco production,this paper comprehensively discussed conservation and improvement techniques of tobacco-growing soil based on existing problems in Zhaoyang District,aiming to provide reference for tobacco-growing soil conservation.

关键词： Tobacco-growing soil Conservation Flue-cured tobacco Fertilization Improvement

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卧式捏合反应器及其在聚合工业中的研究进展

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化工学报 2024年第3期75卷 768-781页

作者：成文凯颜金钰王嘉骏冯连芳江苏瑞亚搅拌科技有限公司江苏宜兴214261 浙江大学化学工程与生物工程学院化学工程联合国家重点实验室浙江杭州310058 浙江大学衢州研究院浙江衢州324000

卧式捏合反应器具有大的反应体积,优异的混合性能、表面更新性能、传热性能和自清洁性能,因而在本体聚合、缩合聚合和聚合物脱挥等领域具有广阔的应用前景。综述了几种捏合反应器及其搅拌特性研究,以及在聚合工业中的应用研究,指出捏合... 详细信息

卧式捏合反应器具有大的反应体积,优异的混合性能、表面更新性能、传热性能和自清洁性能,因而在本体聚合、缩合聚合和聚合物脱挥等领域具有广阔的应用前景。综述了几种捏合反应器及其搅拌特性研究,以及在聚合工业中的应用研究,指出捏合反应器具有非常复杂的几何结构,实验测量技术具有很大的局限性,计算流体力学(CFD)模拟为主要的研究方法;进一步指出具有自清洁特性的捏合反应器是聚合物搅拌设备开发的主要方向,高效、集约化、绿色、环保的先进工艺与装置是促进我国聚合工业发展的关键。

关键词：捏合反应器搅拌特性计算流体力学过程强化本体聚合缩合聚合聚合物脱挥

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契约环境影响企业的投资行为吗--来自中国上市公司的经验证据

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金融研究 2014年第11期 79-93页

作者：杨畅刘斌闫文凯南开大学经济学院天津300071 对外经济贸易大学中国WTO研究院北京100029

本文从资产专用性以及债务融资约束的角度考察了契约环境对企业投资行为的影响,运用我国上市公司相关数据进行实证分析发现:相对于短期投资,契约环境的改善会加速推动企业扩大长期投资规模,并且这种作用会随着行业契约密集度的提高变得... 详细信息

本文从资产专用性以及债务融资约束的角度考察了契约环境对企业投资行为的影响,运用我国上市公司相关数据进行实证分析发现:相对于短期投资,契约环境的改善会加速推动企业扩大长期投资规模,并且这种作用会随着行业契约密集度的提高变得更为显著。进一步研究表明:良好的契约环境可以促进企业(尤其是契约密集型企业)通过债务融资扩大投资规模。上述结论为理解我国地区经济与投资差距提供了新的视角,对促进金融市场改革、保证经济长期稳定增长具有重要的启示意义。

关键词：契约环境企业投资行为资产专用性融资约束

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中国新兴产业产能过剩的形成机理及疏解策略——基于光伏行业的案例分析

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南开学报（哲学社会科学版） 2017年第1期 133-142页

作者：白雪洁闫文凯南开大学经济与社会发展研究院中国科学院科技政策与管理科学研究所

中国新兴产业的产能过剩是阶段性、结构性与区域性过剩交织的结果,资源禀赋、价格扭曲、地方政府的冲动竞争和国外政府的贸易保护共同导致了该过剩。光伏行业作为中国新兴产业的典型代表,面临资源禀赋决定的结构性过剩、国际贸易摩擦引... 详细信息

中国新兴产业的产能过剩是阶段性、结构性与区域性过剩交织的结果,资源禀赋、价格扭曲、地方政府的冲动竞争和国外政府的贸易保护共同导致了该过剩。光伏行业作为中国新兴产业的典型代表,面临资源禀赋决定的结构性过剩、国际贸易摩擦引致的阶段性过剩、区域竞争加剧引发的区域性过剩和投资主导的产业政策带来潮涌型投资过剩的四重过剩叠加。为疏解该行业的产能过剩,需要重塑中央政府-地方政府-企业间关系、合理选择原始创新与集成创新的创新模式、以贸易多元化策略缓释来自欧美市场的贸易争端压力、以并购重组挤压落后产能等多层面的策略组合。

关键词：新兴产业产能过剩光伏行业

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经鼻高流量氧疗治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者的临床效果

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医疗装备 2023年第3期36卷 67-69,73页

作者：向茜邓超张强敏颜文凯中江县人民医院呼吸与危重症医学科四川德阳618100 南方医科大学广东广州510000

目的探讨经鼻高流量氧疗治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者的临床效果。方法选取2020年11月至2021年10月于中江县人民医院治疗的AECOPD合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者40例作为研究对象,随机分为两组,每组2... 详细信息

目的探讨经鼻高流量氧疗治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者的临床效果。方法选取2020年11月至2021年10月于中江县人民医院治疗的AECOPD合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者40例作为研究对象,随机分为两组,每组20例。对照组行无创正压机械通气治疗,试验组行经鼻高流量氧疗,比较两组治疗前和治疗2、24、72 h后的动脉血气指标[包括pH、动脉血氧分压(PaO_(2))、动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))],以及住院时间和治疗有效率。结果治疗前和治疗2、24、72 h后,两组动脉血气指标比较,差异均无统计学意义(P>0.05);两组组内不同时间点动脉血气指标比较,差异有统计学意义(P0.05)。结论经鼻高流量氧疗有助于改善AECOPD合并轻中度Ⅱ型呼吸衰竭患者的动脉血气指标,其有效性与无创机械正压通气相当,不增加治疗失败风险,且具有患者耐受度好、医护操作简便的优势。

关键词：经鼻高流量氧疗无创正压机械通气慢性阻塞性肺疾病急性加重期 Ⅱ型呼吸衰竭动脉血气

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