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Comparative analysis of NovaSeq 6000 and MGISEQ 2000 single-cell RNA sequencing data

Quantitative Biology 2022年第4期10卷 333-340页

作者： weiran chen Md Wahiduzzaman Quan Li Yixue Li Guangyong Zheng Tao Huang Bio-Med Big Data Center Key Laboratory of Computational BiologyShanghai Institute of Nutrition and HealthChinese Academy of SciencesShanghai 200031China School of Life Science Hangzhou Institute for Advanced StudyUniversity of Chinese Academy of SciencesHangzhou 310024China

Background:Single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)technology is now becoming a widely applied method of transcriptome exploration that helps to reveal cell-type composition as well as cell-state heterogeneity for specific biological processes.Distinct sequencing platforms and processing pipelines may contribute to various results even for the same sequencing samples.Therefore,benchmarking sequencing platforms and processing pipelines was considered as a necessary step to interpret scRNA-seq data.However,recent comparing efforts were constrained in sequencing platforms or analyzing pipelines.There is still a lack of knowledge of analyzing pipelines matched with specific sequencing platforms in aspects of sensitivity,precision,and so on.Methods:We downloaded public scRNA-seq data that was generated by two distinct sequencers,NovaSeq 6000 and MGISEQ 2000.Then data was processed through the Drop-seq-tools,UMI-tools and Cell Ranger pipeline respectively.We calculated multiple measurements based on the expression profiles of the six platform-pipeline combinations.Results:We found that all three pipelines had comparable performance,the Cell Ranger pipeline achieved the best performance in precision while UMI-tools prevailed in terms of sensitivity and marker calling.Conclusions:Our work provided an insight into the selection of scRNA-seq data processing tools for two sequencing platforms as well as a framework to evaluate platform-pipeline combinations.

关键词： Single-cell RNA sequencing cell-type data processing pipeline platform

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老年脑卒中患者康复治疗后抑郁障碍的影响因素分析

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天津医药 2024年第6期52卷 639-642页

作者：韩琴韩秀丽陈伟然国家电网公司北京电力医院康复医学科 100073 北京市丰台中西医结合医院康复科北京市大兴中西医结合医院康复科

目的对老年脑卒中患者康复治疗后抑郁障碍进行调查并分析影响因素。方法选取3所医院(国家电网公司北京电力医院、北京市丰台中西医结合医院、北京市大兴中西医结合医院)1 100例接受康复治疗的老年脑卒中患者作为研究对象。收集患者一... 详细信息

目的对老年脑卒中患者康复治疗后抑郁障碍进行调查并分析影响因素。方法选取3所医院(国家电网公司北京电力医院、北京市丰台中西医结合医院、北京市大兴中西医结合医院)1 100例接受康复治疗的老年脑卒中患者作为研究对象。收集患者一般资料,采用日常生活能力量表(BI)、家庭关怀度量表、社会支持量表(SSRS)对患者开展调查;根据汉密尔顿抑郁量表(HAMD)判定患者是否发生抑郁障碍;多因素Logistic回归分析老年脑卒中患者康复治疗后抑郁障碍的影响因素。结果本研究共发出1 100份调查问券,收回1 073份,回收有效率为97.5%,其中386例(36.0%)被确诊抑郁障碍。不同年龄、是否有并发症、家庭人均收入、BI评分、家庭关怀度、SSRS评分患者间康复治疗后发生抑郁障碍的比例差异均有统计学意义(P<0.05);多因素Logistic回归分析显示,高龄(OR=1.337,95%CI:1.014~1.763)、有并发症(OR=3.214,95%CI:1.365~7.569)、家庭人均月收入低(OR=2.263,95%CI:1.137~4.503)、BI评分低(OR=1.872,95%CI:1.158~3.026)、家庭关怀度一般(OR=2.639,95%CI:1.200~5.802)、SSRS评分低(OR=1.557,95%CI:1.044~2.322)是老年脑卒中患者康复治疗后发生抑郁障碍的危险因素(P<0.05)。结论应给予老年脑卒中患者更多关注,提高家庭关怀度和社会支持度,从而减少康复治疗后发生抑郁障碍的风险。

关键词：卒中中风康复抑郁情绪障碍危险因素老年人

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Evaluation of the safety and efficiency of cytotoxic T cell therapy sensitized by tumor antigens original from T-ALL-iPSC in vivo

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Cancer Innovation 2024年第1期3卷 50-60页

作者： weiran Li Meiling Zhou Lu Wang Liying Huang Xuemei chen Xizhuo Sun Tao Liu Department of Tumor Immunotherapy Shenzhen Luohu People's HospitalThe Third Affiliated Hospital of Shenzhen UniversityShenzhenGuangdongChina Cell Quality Testing Laboratory of Shenzhen Luohu Hospital Group ShenzhenGuangdongChina

Background:Since RNA sequencing has shown that induced pluripotent stem cells(iPSCs)share a common antigen profile with tumor cells,cancer vaccines that focus on iPSCs have made promising progress in recent years.Previously,we showed that iPSCs derived from leukemic cells of patients with primary T cell acute lymphoblastic leukemia(T-ALL)have a gene expression profile similar to that of T-ALL cell lines.Methods:Mice with T-ALL were treated with dendritic and T(DC-T)cells loaded with intact and complete antigens from T-ALL-derived iPSCs(T-ALL-iPSCs).We evaluated the safety and antitumor efficiency of autologous tumor-derived iPSC antigens by flow cytometry,cytokine release assay,acute toxicity experiments,long-term toxicity experiments,and other methods.Results:Our results indicate that complete tumor antigens from T-ALL-iPSCs could inhibit the growth of inoculated tumors in immunocompromised mice without causing acute and long-term toxicity.Conclusion:T-ALL-iPSC-based treatment is safe and can be used as a potential strategy for leukemia immunotherapy.

关键词： adoptive cell therapy drug safety evaluation IPSCs T-ALL

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基于生物序列模式提取技术的邮件过滤算法

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清华大学学报（自然科学版） 2005年第S1期45卷 1734-1737页

作者：陈蔚然董守斌华南理工大学广东省计算机网络重点实验室广州510640

为了解决垃圾邮件过滤问题,考虑到中文垃圾邮件的特点和过滤系统的效率要求,应用生物信息化技术中模式提取算法TE IRES IA S的原理,设计了基于生物序列模式提取技术的垃圾邮件过滤算法B ioM atrix,并实现了基于此算法的中英文邮件过滤... 详细信息

为了解决垃圾邮件过滤问题,考虑到中文垃圾邮件的特点和过滤系统的效率要求,应用生物信息化技术中模式提取算法TE IRES IA S的原理,设计了基于生物序列模式提取技术的垃圾邮件过滤算法B ioM atrix,并实现了基于此算法的中英文邮件过滤系统。过滤系统由数量控制过滤提供垃圾邮件训练集,通过提取其中的特征模式对邮件进行分类,可以识别出约94.2%的垃圾邮件,误过滤率约0.04%。与B ayes过滤算法对比的实验结果表明,将生物序列模式提取技术应用于邮件过滤具有较好的研究和实用价值。

关键词：邮件过滤模式提取 TEIRESIAS算法

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基于分块延迟插入法的三相输电网络细粒度并行化电磁暂态仿真

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中国电机工程学报 2022年第7期42卷 2577-2587页

作者：陈蔚然徐晋汪可友李国杰王啟国电力传输与功率变换控制教育部重点实验室(上海交通大学) 上海市闵行区200240

随着电力系统规模增大,为了适应电力系统电磁暂态仿真对计算速度与准确性的要求,提出一种基于分块延迟插入法的输电网络细粒度并行化电磁暂态仿真方法。该算法充分考虑了输电网络中耦合器件的特性,并对节点电压,支路电流的更新操作采用... 详细信息

随着电力系统规模增大,为了适应电力系统电磁暂态仿真对计算速度与准确性的要求,提出一种基于分块延迟插入法的输电网络细粒度并行化电磁暂态仿真方法。该算法充分考虑了输电网络中耦合器件的特性,并对节点电压,支路电流的更新操作采用全盘细粒度并行化处理,使其单步循环的节点电压、支路电流更新的算法时间复杂度降为了常数级,从算法层面上大幅度提高了仿真速度,并结合其细粒度并行性在图形处理器上实现。该文通过与PSCAD在IEEE算例的仿真结果进行对比,验证了算法的准确性。此外,相比节点分析法,该算法有效提升了大规模系统的仿真效率。

关键词：分块延迟插入法电磁暂态仿真图形处理器全局细粒度并行

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稀土掺杂卤化铅钙钛矿的制备、性能与辐射探测器

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化学进展 2023年第12期35卷 1864-1880页

作者：陈威燃马林赵婷严铮洸肖家文王振中韩晓东北京工业大学固体微结构与性能北京市重点实验室北京100020

近年来卤化铅钙钛矿由于优异的半导体特性,在光伏器件、光电探测器等领域展现了优异的性能,成为材料科学的研究热点。稀土元素掺杂卤化铅钙钛矿是改善其性能的一种有效途径。本文从材料制备、掺杂结构与性能、辐射探测器等方面综述了稀... 详细信息

近年来卤化铅钙钛矿由于优异的半导体特性,在光伏器件、光电探测器等领域展现了优异的性能,成为材料科学的研究热点。稀土元素掺杂卤化铅钙钛矿是改善其性能的一种有效途径。本文从材料制备、掺杂结构与性能、辐射探测器等方面综述了稀土掺杂卤化铅钙钛矿的最新研究进展。稀土掺杂引入了新的发光中心和能级,产生新的发光特性、提高了钙钛矿晶体的结晶度和半导体性能。因此,稀土掺杂可以进一步提高卤化铅钙钛矿辐射探测器的性能。

关键词：卤化铅钙钛矿稀土掺杂光致发光辐射探测

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基于云平台的渔业养殖投喂与监测装置设计与实现

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科学技术创新 2022年第34期 109-112页

作者：陈蔚然张华珺潘博皖西学院电气与光电工程学院安徽六安237000

中国鱼类的销售主要来源于人工养殖,其次来源于人工捕获,当前鱼类的养殖,出现了养殖品种质量下降,养殖捕捞产量降低,养殖收益较低等问题。中国的水产品出口长期在国际贸易中处在重要地位,但目前市场上的渔业养殖以人工养殖为主,与自动... 详细信息

中国鱼类的销售主要来源于人工养殖,其次来源于人工捕获,当前鱼类的养殖,出现了养殖品种质量下降,养殖捕捞产量降低,养殖收益较低等问题。中国的水产品出口长期在国际贸易中处在重要地位,但目前市场上的渔业养殖以人工养殖为主,与自动化养殖相比有诸多缺点,为使养殖户的利益最大化,自动化养殖装置应运而生。利用本产品在渔业养殖中实现智能投喂与实时监测的目的,改变养鱼者现有的投喂、监测方式,以期达到一种事半功倍的效果,体会智能化在实际生活中的应用。

关键词：渔业养殖云平台传感装置实时监控智能投喂

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新型钢抛光液中磨料的种类及其性能研究进展

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表面技术 2024年第3期53卷 88-100,122页

作者：陈倚张偲淼屈蔚然郑书佳孙一嘉弓爱君北京科技大学化学与生物工程学院北京100083 北京科技大学功能分子与晶态材料科学与应用北京市重点实验室北京100083

磨料在抛光液中主要起机械作用,磨料的理化性质,如硬度、粒径、浓度等,是影响化学机械抛光(Chemical Mechanical Polishing,CMP)性能的重要因素,对抛光效率有较大影响。针对我国抛光液对外依赖、需求量大,但精度等指标达不到市场要求等... 详细信息

磨料在抛光液中主要起机械作用,磨料的理化性质,如硬度、粒径、浓度等,是影响化学机械抛光(Chemical Mechanical Polishing,CMP)性能的重要因素,对抛光效率有较大影响。针对我国抛光液对外依赖、需求量大,但精度等指标达不到市场要求等问题,同时由于磨料在抛光液的抛光性能中起着至关重要的作用,因此寻求效果更好的改性磨料或新型磨料材料,以促进化学机械抛光技术的发展势在必行。故此,归纳汇总近年来国内外研制出的新型钢抛光液,聚焦于抛光液磨料这一重要组分中不同物质的物化性质及其作用,对抛光性能(如材料去除率、表面粗糙度和光泽度等)的影响等,分类别阐述了不同物质的优劣势、复配协同作用以及在现有抛光液中的效果,为之后抛光液配方研究中磨料的选择提供参考。归纳总结发现,混合与复合磨料较单一磨料有较大的提升,稀土掺杂、核/壳结构等改进存在较大的研究价值,组分间的复配协同作用对抛光性能的提升有一定作用。最后,基于目前钢抛光液应用中存在的问题以及现有的具有前景的技术,对钢抛光液中磨料的发展进行了展望。

关键词：化学机械抛光抛光液钢磨料抛光机理

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开放式创新背景下新兴企业创新模式对创新绩效的影响

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科技进步与对策 2017年第2期34卷 80-86页

作者：汪涛王繁荣陈炜然武汉大学经济与管理学院湖北武汉430072

在回顾创新模式现有文献的基础上,以中国821家新兴企业为研究对象,就开放式创新背景下新兴企业创新模式对创新绩效的影响进行研究。得出以下结论:探索式创新和利用式创新均会对新兴企业创新绩效产生积极影响,但新兴企业同时进行探索式... 详细信息

在回顾创新模式现有文献的基础上,以中国821家新兴企业为研究对象,就开放式创新背景下新兴企业创新模式对创新绩效的影响进行研究。得出以下结论:探索式创新和利用式创新均会对新兴企业创新绩效产生积极影响,但新兴企业同时进行探索式创新和利用式创新会对创新绩效的提升产生负向影响;在开放式创新背景下,新兴企业与行业价值链伙伴的垂直联结关系会正向影响企业探索式创新对创新绩效的作用,而负向影响企业利用式创新对创新绩效的作用;市场多元化会正向影响企业探索式创新与创新绩效的关系,而对企业利用式创新与绩效的关系不会产生显著影响。

关键词：新兴企业探索式创新利用式创新开放式创新垂直联结关系市场多元化

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抗—HCV滴度与慢性肝病发展关系研究

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中华实验和临床病毒学杂志 1992年第2期6卷 164-167页

作者：陈伟然王豪北京医科大学肝病研究所，北京 100034

本文利用三种合成寡肽和抗-C100试剂盒，检测了中国慢性肝炎（CH）、肝硬化（LC）和肝细胞癌（HCC）患者中HCV感染相关抗体的滴度，发现随着慢性肝病的发展，各种抗体的滴度逐渐降低，同时HCV病毒颗粒逐渐从病人血清中清除。提示HCV基... 详细信息

本文利用三种合成寡肽和抗-C100试剂盒，检测了中国慢性肝炎（CH）、肝硬化（LC）和肝细胞癌（HCC）患者中HCV感染相关抗体的滴度，发现随着慢性肝病的发展，各种抗体的滴度逐渐降低，同时HCV病毒颗粒逐渐从病人血清中清除。提示HCV基因也可能整合入细胞基因组，同时表明对LC和HCC病人进行病因学诊断时，采用较敏感、较全面的检测方法的重要性。

关键词：慢性肝病丙型肝炎抗-HCV

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