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Characterization and validation of somatic mutation spectrum to reveal heterogeneity in gastric cancer by single cell sequencing

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Science Bulletin 2019年第4期64卷 236-244页

作者： Lihua Peng Rui Xing Dongbing Liu Li Bao Wenxiang Cheng Hongyi Wang Yuan Yu Xiaofeng Liu Lu Jiang Yan Wu Zhongxue An Qiaoyi Liang Ryong Nam Kim Young Kee Shin Huanming Yang Jian Wang Jun Yu Xiuqing zhang Xun Xu Jiaan Yang Kui Wu shida Zhu Youyong Lu BGI-Shenzhen China National GeneBank-Shenzhen BGI-Shenzhen Laboratory of Molecular Oncology Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education) Peking University Cancer Hospital & Institute Department of Drug Design and Pharmacology University of Copenhagen Shenzhen Institute of Advanced Technology Chinese Academy of Sciences Department of Histology and Embryology Inner Mongolia Medical University Department of Medicine and Therapeutics State Key Laboratory of Digestive Disease Institute of Digestive Disease and Li Ka Shing Institute of Health Sciences The Chinese University of Hong Kong Department of Pharmacy College of Pharmacy Seoul National University James D. Watson Institute of Genome Sciences Micro Pharmatech Ltd Department of Biology University of Copenhagen

Gastric cancer(GC) is a highly heterogeneous disease with multiple cellular types and poor ***, the cellular evolution and molecular basis of GC at the individual intra-tumor level has not been well demonstrated. We performed single-cell whole exome sequencing to detect somatic singlenucleotide variants(SNVs) and significantly mutated genes(SMGs) among 34 tumor cells and 9 normal cells from a patient with GC. The Complete Prediction for Protein Conformation(CPPC) approach directly predicting the folding conformation of the protein 3D structure with Protein Folding Shape Code, combined with functional experiments were used to confirm the characterization of mutated SMGs in GC cells. We identified 201 somatic SNVs, including 117 non-synonymous mutations in GC cells. Further analysis identified 24 significant mutated genes(SMGs) in single cells, for which a single amino acid change might affect protein conformation. Among them, two genes(CDC27 and FLG) that were mutated only in single cells but not in the corresponding tumor tissue, were recurrently present in another GC tissue cohort, and may play a potential role to promote carcinogenesis, as confirmed by functional characterization. Our findings showed a mutational landscape of GC at intra-tumor level for the first time and provided opportunities for understanding the heterogeneity and individualized target therapy for this disease.

关键词： Gastric cancer Single-cell whole exome sequencing SNV Signi-cell mutated gene Heterogeneity

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Homocysteine promotes intestinal epithelial barrier dysfunction by DNA hypermethylation in stress-induced irritable bowel syndrome rats

Homocysteine promotes intestinal epithelial barrier dysfunct...

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2019中国生理学会学术年会暨张锡钧基金第十五届全国青年优秀生理学学术论文交流会及第十三届全国青年生理学工作者学术会议

作者：赵云 Liang zhang Fang Xie Xue Wang shida Wang Lingjia Qian Department of Military Cognitive and Stress Medicine Institute of Military Cognitive and Brain SciencesAcademy of Military Medical Sciences

Objective: Stress, which is defined as an acute threat to homeostasis, shows both short-and longterm effects on the functions of the gastrointestinal *** previous data demonstrated that plasma homocysteine(Hcy) was significantly elevated in diarrhea-predominant irritable bowel syndrome(IBS) rats, and it was related to breakdown of epithelial tight junction and increased intestinal paracellular *** present study was to explore the molecular mechanism by which intestinal barrier dysfunction was regulated by Hcy dependent aberrant of DNA methylation in IBS caused by early life ***: Neonatal maternal separation(MS), is a preclinical model of early life stress, which rodent pups were separated from the dam(3 hours/day) as a litter during postnatal days 2-21, the rat model of IBS caused by MS was *** ratio of Sadenosylmethionine(SAM) and S-adenosylhomocysteine(SAH) in plasma, global DNA methylation level and DNA methyltransferase(DNMTs) activity in colon tissue was assessed by *** expression of Claudin-1 were measured using q-PCR and Western blot, and DNA methylation of claudin-1 promoter was analyzed using ***: The SAM/SAH ratio, global DNA methylation level and DNMTs activity all were significantly increased in ***,Claudin-1 mRNA and protein expression were decreased in IBS, accompanied by the increases of DNMT 3 b expression and DNA methylation in claudin-1 promoter *** above damaging effects could be alleviated by folate, Vitamin B6 and B12 supplementation, which is a clinical therapeutic strategy for hyperhomocysteinemia(HHcy).Decitabine, an epigenetic modifier that inhibits DNMTs activity, was used to verify further the involvement of Hcy and DNA methylation in Claudin-1 expression regulation and intestinal barrier dysfunction caused by *** data revealed that it reversed the decrease of Claudin-1 transcription induced by Hcy in IBS rats after Decitabine treatment with intraperitoneal inje

关键词： Homocysteine DNA methylation Claudin-1 Irritable bowel syndrome Early life stress

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运城市夏季O_(3)污染天及清洁天VOCs特征差异及来源解析

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环境科学学报 2024年第3期44卷 247-259页

作者：翟瑞晓李晓航张思青张晨闫风雨刘新罡刘腾飞李斌运城市生态环境局运城044000 北京师范大学环境学院北京100875 北京师达擎天环保科技有限公司北京101300

利用2021年6月1日—8月31日运城市水厂站点提供的主要大气污染物数据(O_(3)、PM_(2.5)、PM_(10)、NO、NO_(2)、CO、SO_(2))、气象参数及TVOCs和VOCs各物种浓度值,对运城市夏季空气质量整体情况进行了分析,并重点分析了O_(3)污染天和清洁... 详细信息

利用2021年6月1日—8月31日运城市水厂站点提供的主要大气污染物数据(O_(3)、PM_(2.5)、PM_(10)、NO、NO_(2)、CO、SO_(2))、气象参数及TVOCs和VOCs各物种浓度值,对运城市夏季空气质量整体情况进行了分析,并重点分析了O_(3)污染天和清洁天VOCs的特征及来源差异.结果表明,运城市夏季O_(3)、TVOCs和NO_(x)的月均浓度最高值出现在6月,且其污染天的日浓度变化规律与清洁天一致,但污染天的日变化峰谷值差距明显更大,O_(3)与NO_(x)、TVOCs、CO和相对湿度呈负相关,与温度呈正相关,其浓度高低主要受前体物及气象要素的影响;夏季各种类VOCs混合比为OVOCs>烷烃>卤代烃>烯烃>乙炔>芳香烃,日变化峰谷值差距为烷烃>OVOCs>烯烃>乙炔>芳香烃>卤代烃,在二次转化过程中贡献较高的种类为烷烃、OVOCs和烯烃;运城市夏季整体污染源呈现机动车排放源>工业源>二次转化源>LPG/NG使用源>燃烧源>自然源的特征,机动车源对VOCs的贡献显著,且机动车源对污染天的影响小于清洁天,污染天工业源对VOCs的贡献大于清洁天;OVOCs对二次转化过程贡献占比最大(57.19%~65.00%),其次为烯烃(15.39%~29.59%),污染天OVOCs和芳香烃的贡献均大于清洁天;运城市夏季主要处于VOCs和NO_(x)协同控制区及NO_(x)控制区.

关键词：臭氧污染 VOCs 二次转化来源解析运城市

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Identification, Characterization and Functional Investigation of Circular RNAs in SVZ of Adult Rat Brain

Identification, Characterization and Functional Investigatio...

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第八届泛环渤海生物化学与分子生物学会2018年学术交流会

作者： Xue Wang Fang Xie Yun Zhao Jing Ma shida Wang Liang zhang Lingjia Qian Institute of Military Cognitive and Brain Sciences Academy of Military Medical Sciences

Adult neural stem cells(NSCs) are able to self-renew and generate new neural cells that are capable of functional integration into existing neural circuits. Identifying regulators that control NSCs self-renewal and differentiation is significant for the development of NSC-based cell replacement therapies for neurodegenerativediseases and brain injuries. Recently, circular RNAs(circ RNAs) have been characterized in several celllines and brain tissue and found to participate in multiple biological processes, while the expression of circR NAs in adult NSCs is still unknown. In this study, we isolated the subventricular zone(SVZ) region which is the niche of NSCs in adult rat brain, and performed RNA sequence. As a result, we revealed the expression profile of circ RNAs in adult rat SVZ and the characteristics ofthe circ RNAs, including chromosome location and sequence feature. Besides, the expression pattern and characteristics of circ RNAs in cortex which is abundant with neurons were also studied. A total of 29049 and31975 circ RNAs were identified in SVZ and cortex, respectively. Then we compared the expression levels of circ RNAs derived from SVZ with that of cortex, and found out 979 circR NAs were differentially expressed(change greater than 4 fold in each paired-sample & p<0.01). Among them, 41 are uniquely expressed, 467 are up-regulated and 423 are down-regulated in SVZ and 48 are uniquely expressed in cortex. Furthermore, Gene ontology(GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) analyses revealed that the circ RNAs uniquely expressed in SVZ may take part in the regulation of NSC expansion. The up and down regulated circ RNAs showed closely relationship with neural cellular construction andnerves system function. Moreover, the interaction between circ RNAs and micro RNAs were analyzed. One uniquely expressed circ RNA was predicted to bind miR-138-5 p which is described as a negative regulator of NSCs proliferation. Hence, our work has laid the founda

关键词： circular RNA neural stem cell subventricular zone microRNA

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Comparison Study on Anode Materials of Lithium-Ion Battery Applied in Tibet

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Journal of Power and Energy Engineering 2019年第12期7卷 42-50页

作者： Guangzhou zhang Heming Deng Buqiong Xiao Tianyu Hou Yue Song Nima shida Hang Qi Anat Deepatana Shun Tang State Grid Electric Power Research Institute Wuhan China 430074 Electric Power Research Institute of Xizang Electric Power Co. Ltd. Lhasa China Faculty of Engineering Burapha University Chon Buri Thailand State Key Laboratory of Advanced Electromagnetic Engineering and Technology School of Electrical and Electronic Engineering Huazhong University of Science and Technology Wuhan China

Lithium-ion battery is facing the capacity fade in cold area. It reports in this paper to improve the temperature-tolerance using the novel materials in the battery design. Mesophase carbon microspheres (MG11) composed of 2H + 3R graphite phase with more uniform size were used as anode material and a new binder (WRA268) was used. The tests results show that at 0°C, MG11 using conventional binder (styrene butadiene rubber, SBR) attains 66% of reversible capacity retention rate, and synthetic graphite (FSN-1) using WRA268 as binder attains 76.9% of reversible capacity retention rate, but it attains 34% for the FSN-1 using SBR as the binder. These results show that MG11-WRA268 is promising materials using for battery in cold areas such as Tibet.

关键词： Lithium-Ion Battery Anode Cold Area Energy Storage

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高密度煤油基磁性液体的制备及其性能表征

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稀有金属材料与工程 2023年第3期52卷 1113-1119页

作者：韩世达崔红超张佳佳李振坤北京交通大学机械与电子控制工程学院北京100044

采用化学共沉淀法,通过改变Fe_(3)O_(4)纳米颗粒的生长温度、包覆环境pH、清洗、分散方式等工艺参数进行对比试验,得出Fe_(3)O_(4)纳米颗粒在生长阶段、包覆阶段、分散阶段的最佳参数条件,优化以往的制备工艺,使油酸包覆的磁性颗粒在煤... 详细信息

采用化学共沉淀法,通过改变Fe_(3)O_(4)纳米颗粒的生长温度、包覆环境pH、清洗、分散方式等工艺参数进行对比试验,得出Fe_(3)O_(4)纳米颗粒在生长阶段、包覆阶段、分散阶段的最佳参数条件,优化以往的制备工艺,使油酸包覆的磁性颗粒在煤油中的分散稳定性得到提高。通过XRD、TEM、VSM等对样品进行表征,并使用旋转流变仪对所制煤油基磁性液体的流变性能进行分析。结果表明,改性后的Fe_(3)O_(4)纳米颗粒平均粒径约为14nm,呈现较为规则的球形,饱和磁化强度为60(A·m^(2))·kg^(-1),可制备出质量分数可达60%的高密度煤油基磁性液体,与普通磁液相比,以此制备工艺得的高密度煤油基磁性液体在饱和磁化强度、抗氧化性等方面皆有较大提升,拥有更高的应用价值。

关键词：磁性液体 Fe_(3)O_(4)纳米颗粒制备方法磁饱和强度

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富脯氨酸胶原蛋白的重组表达及热稳定性研究

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食品与发酵工业 2022年第5期48卷 15-22页

作者：胡金远乔士达张萌许菲江南大学生物工程学院江苏无锡214122

细菌胶原蛋白制备工艺简单、成本低,在食品、医药材料等领域有着广泛的应用前景,但细菌胶原蛋白的热稳定性低,限制了其应用。该文以截短的酿脓链球菌胶原蛋白Scl2序列为研究对象,通过嵌合富脯氨酸序列,构建了表达高热稳定性重组胶原蛋... 详细信息

细菌胶原蛋白制备工艺简单、成本低,在食品、医药材料等领域有着广泛的应用前景,但细菌胶原蛋白的热稳定性低,限制了其应用。该文以截短的酿脓链球菌胶原蛋白Scl2序列为研究对象,通过嵌合富脯氨酸序列,构建了表达高热稳定性重组胶原蛋白的大肠杆菌基因工程菌,并对重组菌株的发酵条件进行优化。结果表明,在诱导菌体浓度为OD_(600)值为2.5,发酵时间为24 h、诱导剂终浓度为1.0 mmol/L、诱导温度为35℃时,富脯氨酸胶原蛋白产量最高。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE)和质谱鉴定,亲和纯化后获得高纯度胶原蛋白,圆二色谱实验证明所制备的胶原蛋白能正确折叠形成三股螺旋结构。在N端和C端同时嵌合富脯氨酸序列(Pro-Pro-Gly);的胶原蛋白的热稳定性提高最大,T;值与原始胶原蛋白Sp2B相比提高了23℃,为设计高热稳定性的重组胶原蛋白材料提供了基础。

关键词：胶原蛋白异源表达发酵优化热稳定性富脯氨酸

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基于云计算和Android的地震应急信息获取系统

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计算机应用 2014年第A1期34卷 298-300,305页

作者：赵士达张楠杨爽天津市地震局天津市地震应急保障中心天津300201

针对地震应急信息获取系统的应用需求,提出了Android移动终端地震应急信息获取设计方案,并结合云计算技术的特点,探讨Android在地震应急信息获取系统中的开发方法。首先介绍系统的整体框架以及Android的架构,然后详细分析了百度云推送... 详细信息

针对地震应急信息获取系统的应用需求,提出了Android移动终端地震应急信息获取设计方案,并结合云计算技术的特点,探讨Android在地震应急信息获取系统中的开发方法。首先介绍系统的整体框架以及Android的架构,然后详细分析了百度云推送、百度LBS(定位服务)云和百度地图API(应用程序编程接口)等开源服务在Android系统上的开发方法,及其在地震应急信息数据获取中的应用。实现了Android终端获取云推送消息、云检索应急避难场所位置和查询地震应急防护知识等功能。结果表明该系统能及时有效获取地震应急信息。

关键词：安卓应急避难场所云存储云检索云推送百度地图应用程序编程接口

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建筑物出口的人员疏散研究

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震灾防御技术 2015年第3期10卷 639-645页

作者：赵士达张楠赵颖天津市地震局天津300201

根据建筑物出口疏散的特点,提出了一种改进型的元胞自动机模型。研究了影响人员疏散速度的两个因素:人员之间的相互拥挤产生的冲突和人员移动到出口时由于转弯导致的移动速度减慢。使用数学方法推导得出了摩擦冲突函数和转弯函数。通过... 详细信息

根据建筑物出口疏散的特点,提出了一种改进型的元胞自动机模型。研究了影响人员疏散速度的两个因素:人员之间的相互拥挤产生的冲突和人员移动到出口时由于转弯导致的移动速度减慢。使用数学方法推导得出了摩擦冲突函数和转弯函数。通过计算机仿真与实际疏散实验对比发现,在不考虑转弯因素的情况下,仿真结果与实验结果偏差较大,而在同时考虑相互冲突和转弯因素时的仿真结果与实验结果偏差很小,验证了这两个因素是疏散仿真不可忽略的因素。通过分析仿真结果,验证了本文所采用的模型和函数能够准确地反映实际疏散过程,具有较高的实用价值。

关键词：元胞自动机人群疏散摩擦函数转弯函数疏散仿真

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基于Android系统的避难场所查询软件开发

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电子技术应用 2014年第3期40卷 133-136页

作者：赵士达张楠杨爽天津市地震局天津300201

介绍了一种基于Android操作系统的应急避难场所查询软件。应急避难场所的位置信息存储在百度云端,软件通过云检索获得相应的信息。软件将检索到的信息以列表和地图的形式展现出来,并提供条件筛选、周边检索和定位等功能。通过Android SD... 详细信息

介绍了一种基于Android操作系统的应急避难场所查询软件。应急避难场所的位置信息存储在百度云端,软件通过云检索获得相应的信息。软件将检索到的信息以列表和地图的形式展现出来,并提供条件筛选、周边检索和定位等功能。通过Android SDK模拟器仿真和手机终端测试,验证了该软件的各项功能全部达到预期目标。

关键词：安卓应急避难场所云存储云检索百度地图API 百度定位

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