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基于单细胞转录组测序的细粒棘球蚴感染小鼠肝T细胞异质性分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第3期42卷 286-294页

作者：江楠苏雅馨蒋小凤沈玉娟曹建平中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的从单细胞水平探究细粒棘球蚴感染小鼠不同时期肝组织微环境细胞中T细胞亚型组成及其转录谱特征。方法从课题组前期细粒棘球蚴感染后1个月(1只)、3个月(1只)和6个月(2只)的BALB/c小鼠和健康小鼠(1只,对照组)肝组织的单细胞转录组... 详细信息

目的从单细胞水平探究细粒棘球蚴感染小鼠不同时期肝组织微环境细胞中T细胞亚型组成及其转录谱特征。方法从课题组前期细粒棘球蚴感染后1个月(1只)、3个月(1只)和6个月(2只)的BALB/c小鼠和健康小鼠(1只,对照组)肝组织的单细胞转录组测序数据集(中国国家生物信息中心组学原始数据归档库:CRA008416)(https://***/gsa)中提取测序数据进行质控。采用统一流形逼近与投影(UMAP)算法对单细胞群聚类进行可视化作图,采用共享最近邻相似度(SNN)聚类算法分析最优细胞分群。采用SingleR软件包基于immgen参考数据集对细胞亚群进行细胞类型注释。使用Seurat软件包的FindMarkers函数分析不同时期感染小鼠和对照组小鼠的调节性T细胞(Treg)和CD8+T细胞的差异表达基因(DEG)。利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分别对DEG进行功能富集分析和通路富集分析。结果质控后获得37 760个细胞,人工优化后分为8种类型细胞。对T细胞重聚类后获得12个细胞群。注释后鉴定获得7种T细胞,包括CD4+初始T细胞、CD4+效应T细胞、Treg、CD8+初始T细胞、CD8+T细胞、增殖性T细胞、γδ T细胞。在细粒棘球蚴感染1个月后T细胞各亚群占比无明显变化,感染后3个月增殖性T细胞(11.91%,56/470)和Treg (13.40%,63/470)占比均高于对照组(3.51%, 38/1 082;4.34%, 47/1 082),感染后6个月CD8+T细胞占比(30.20%,1 145/3 791)高于对照组(15.43%, 167/1 082)。Treg在感染后3个月高表达肿瘤坏死因子-α诱导蛋白8(Tnfaip8)、Maf、伊卡洛斯家族锌指3 (Ikzf3)等维持Treg的基因;CD8+T细胞在感染后6个月高表达白细胞表面分化抗原40配体(Cd40lg)、类几丁质酶3 (Chil3)、分泌型磷蛋白1 (Spp1)等耗竭性基因。GO分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要富集于转化生长因子β受体复合物组装、正调节T细胞活化、环磷酸腺苷介导的信号传导等通路;感染后6个月CD8+T细胞的DEG主要富集调节血管内皮生长因子受体、色氨酸分解代谢过程、细胞外基质细胞信号等通路。KEGG分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要参与原发性免疫缺陷和Ras信号传导途径等通路;感染后6个月CD8+T细胞DEG主要参与脂肪酸代谢、谷胱甘肽代谢、叶酸代谢等通路。结论细粒棘球蚴感染后3个月、6个月小鼠的肝组织T细胞亚型存在差异,感染后3个月Treg占比增加,感染后6个月CD8+T细胞占比增加,Treg、CD8+T细胞的DEG及其主要富集的通路存在差异。

关键词：细粒棘球绦虫单细胞转录组测序 T细胞免疫微环境

上海市宠物犬和猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特性研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第1期42卷 63-68页

作者：秦源刘华王雅雪张璟苏雅馨曹建平沈玉娟中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解上海市宠物犬、猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特征,评估人兽共患传播风险。方法2021年11月—2022年6月,采集上海市某宠物医院犬和猫的新鲜粪样,提取粪样基因组DNA,巢式PCR扩增毕氏肠微孢子虫核糖体内转录间隔... 详细信息

目的了解上海市宠物犬、猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特征,评估人兽共患传播风险。方法2021年11月—2022年6月,采集上海市某宠物医院犬和猫的新鲜粪样,提取粪样基因组DNA,巢式PCR扩增毕氏肠微孢子虫核糖体内转录间隔区(ITS)和卡耶塔环孢子虫小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)序列,阳性产物经双向测序后在GenBank数据库中进行BLAST比对。使用MEGA 11.0软件基于邻接法构建系统进化树。结果本研究共采集145份粪样(犬粪样99份、猫粪样46份),毕氏肠微孢子虫总阳性率为4.1%(6/145),卡耶塔环孢子虫总阳性率为4.8%(7/145);犬的毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫阳性率分别为3.0%(3/99)和6.1%(6/99),猫的毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫阳性率分别为6.5%(3/46)和2.2%(1/46)。6条毕氏肠微孢子虫ITS序列与人源基因型A(GenBank登录号:MK982500)的序列一致性均为100%,归在组1;7条卡耶塔环孢子虫SSU rRNA序列与人源卡耶塔环孢子虫(GenBank登录号:KJ569533)的序列一致性均为100%。系统进化树分析结果显示,毕氏肠微孢子虫分离株与已报道的人源毕氏肠微孢子虫基因型A分离株归为同一分支,卡耶塔环孢子虫的分离株与已报道的人源卡耶塔环孢子虫分离株归为同一分支。结论上海市宠物犬、猫中存在毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染,均为人兽共感染型虫株。

关键词：毕氏肠微孢子虫卡耶塔环孢子虫宠物人兽共患病

云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及其分子特征

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 242-250页

作者：王雅雪简金花刘华秦源彭晓雪苏雅馨沈玉娟中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫健委寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心国家级热带病国际联合中心上海200025 杭州医学院浙江杭州310000 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的感染情况及其分子特征,为寄生虫病防治工作提供参考。方法2022年7—8月在云南省洱源县5个村庄采用简单随机抽样法抽取1岁以上的常住居民作为调查对象,采集调查对象新鲜粪样,收集其... 详细信息

目的了解云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的感染情况及其分子特征,为寄生虫病防治工作提供参考。方法2022年7—8月在云南省洱源县5个村庄采用简单随机抽样法抽取1岁以上的常住居民作为调查对象,采集调查对象新鲜粪样,收集其社会人口学信息。提取粪样DNA,使用普通PCR和巢式PCR分别扩增芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的核糖体小亚基RNA(SSU rRNA)基因,分析人群感染情况。对阳性PCR扩增产物进行双向测序,在NCBI进行BLAST比对分析,鉴定虫种和基因亚型,采用MEGA 11.0软件以邻接法构建系统进化树。用SPSS 21.0软件进行统计学分析,感染率的比较采用χ2检验或Fisher确切概率法。结果共采集100份居民粪样。芽囊原虫感染率为14.0%(14/100)。其中,男性、女性芽囊原虫感染率分别为14.6%(6/41)和13.6%(8/59);60岁以上的居民和家庭人口数为6人及以上的感染率最高,分别为18.5%(5/27)、3/15;未接受过教育和小学文化者感染率较高,分别为2/11和17.0%(8/47);感染者均为农民。不同性别、年龄、家庭人口数、教育水平和职业等人群的芽囊原虫感染率差异均无统计学意义(χ2=0.023、2.730、2.235、1.404、1.668,均P>0.05)。卡耶塔环孢子虫感染率为2.0%(2/100),感染者均为女性农民。未查见芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的混合感染。14份芽囊原虫阳性样本中扩增出ST1和ST3亚型序列各7条,其中7条ST1序列有25个核苷酸差异,5条与芽囊原虫(GenBank:ON932511、KU147348、MK801408、MW728079、OR754904)的序列一致性分别为100%,2条为新序列(GenBank:PP439288、PP439289),与芽囊原虫(GenBank:OP725964、KU147333)一致性为99.8%;7条ST3序列有1个核苷酸差异,与芽囊原虫(GenBank:KU147372、MK801366)的序列一致性分别为100%。扩增获得的2条卡耶塔环孢子虫序列相同,与卡耶塔环孢子虫(GenBank:KY770755)的序列一致性为100%。系统进化树显示,本研究中芽囊原虫分别与ST1和ST3亚型聚在一大分支上,卡耶塔环孢子与人源卡耶塔环孢子虫聚在同一分支上。结论云南省洱源县人群存在芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫感染。芽囊原虫感染率较高,感染亚型为ST1和ST3亚型,ST1的遗传变异程度较高。

关键词：芽囊原虫卡耶塔环孢子虫感染分子特征洱源县

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Enhancing thermostability and activity of sucrose phosphorylase for high-level production of 2-O-α-d-glucosylglycerol

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Systems Microbiology and Biomanufacturing 2022年第4期2卷 643-652页

作者： Linli Yang Lukasz Peplowski yujuan shen Haiquan Yang Xianzhong Chen Wei shen Yuanyuan Xia Key Laboratory of Industrial Biotechnology Ministry of EducationSchool of BiotechnologyJiangnan University1800 Lihu AvenueWuxi 214122JiangsuChina Institute of Physics Faculty of PhysicsAstronomy and InformaticsNicolaus Copernicus University in TorunGrudziadzka 587-100 TorunPoland

Sucrose phosphorylase(SPase)can transfer the glucosyl group of sucrose to different compounds and has been widely used in *** overcome the low thermostability of the sucrose phosphorylase from Leuconostoc mesenteroides ATCC 12291(LmSP),a method named PROSS was used to construct mutants with increased *** variants were screened by measuring their residual activities after heating at 50℃.Then,a single point mutant and a combined mutant with improved thermostability and activity were *** half-lives of mutants at 50℃ were approximately twice as high as those of the wild *** addition,2-O-α-d-glucosylglycerol(αGG)was synthesized by the wild type and the two improved variants,and the reaction conditions were *** the conditions of glycerol concentration of 3.2 mol/L,sucrose concentration of 1.2 mol/L,and enzyme concentration of 40 U/mL at 37℃ for 60 h,the yield ofαGG reached the maximum,and the sucrose conversion rate of the wild type,the mutant V23L and the combined mutant V23L/S424R were 62.3%,70.7%and 76.3%,*** this study,SPase mutants with higher activity and stability were obtained,and achieved high-level production ofαGG.

关键词： Sucrose phosphorylase PROSS Thermostability 2-O-α-d-Glucosylglycerol

多房棘球蚴感染小鼠外周血中髓源抑制性细胞比例动态变化及细胞因子表达研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 211-216页

作者：苏雅馨江楠章孝成王莹蒋小凤霍乐乐王雅雪曹建平沈玉娟中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的分析多房棘球蚴原头节感染小鼠外周血白细胞中髓源抑制性细胞(MDSC)及其亚型的比例动态变化,以及感染晚期小鼠血清中与MDSC增殖相关细胞因子的表达情况。方法将24只BALB/c小鼠随机分为感染组和对照组,每组12只。感染组小鼠经腹腔注... 详细信息

目的分析多房棘球蚴原头节感染小鼠外周血白细胞中髓源抑制性细胞(MDSC)及其亚型的比例动态变化,以及感染晚期小鼠血清中与MDSC增殖相关细胞因子的表达情况。方法将24只BALB/c小鼠随机分为感染组和对照组,每组12只。感染组小鼠经腹腔注射1200个原头节,对照组小鼠注射等量生理盐水。每组小鼠分别于感染后30、90和180 d随机各取3只,观察肝、脾组织形态学变化,并采集眼眶静脉丛外周血制备白细胞。外周血白细胞用外标抗体CD11b、Gr-1、Ly6G和Ly6C孵育后,流式细胞仪检测MDSC及其亚型多核MDSC(PMN-MDSC)和单核MDSC(M-MDSC)的占比。感染后180 d,采集感染组和对照组小鼠血清,ELISA检测白细胞介素6(IL-6)、IL-13、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)的浓度。使用GraphPad Prism 9.0软件进行制图与统计学分析,两组间比较采用独立样本t检验。结果感染多房棘球蚴原头节后30 d,感染组小鼠肝组织出现囊泡,囊泡的体积随感染时间延长而增加;脾组织随感染时间延长逐渐肿大。流式细胞分析结果显示,感染后30、90和180 d,感染组小鼠外周血白细胞中MDSC占比分别为(13.2±2.4)%、(15.7±2.3)%和(41.3±4.0)%,对照组小鼠的占比分别为(12.4±3.2)%、(6.0±0.9)%和(22.3±1.1)%,感染后90和180 d感染组均高于对照组(t=3.949、4.682,P<0.05、0.01);感染后30、90和180 d,感染组小鼠外周血白细胞中PMN-MDSC占比分别为(10.9±2.1)%、(12.5±2.4)%和(35.8±3.6)%,对照组小鼠的占比分别为(9.6±3.1)%、(4.5±0.6)%和(18.5±0.6)%,感染后90和180 d感染组均高于对照组(t=3.237、4.788,P<0.05、0.01);感染后30、90和180 d,感染组小鼠外周血白细胞中M-MDSC占比分别为(1.8±0.3)%、(1.1±0.1)%和(4.6±1.1)%,对照组小鼠的占比分别为(2.3±0.2)%、(0.5±0.1)%和(3.4±0.9)%,感染后90 d感染组高于对照组(t=3.246,P<0.05)。感染后180 d,感染组小鼠血清中IL-6、IL-13、TNF-α和GM-CSF的浓度分别为(315.39±13.58)、(339.41±13.35)、(223.53±27.49)和(262.31±2.36)pg/ml,均高于对照组的(14.93±0.55)、(50.74±0.88)、(50.64±1.64)和(115.28±0.58)pg/ml(t=22.100、21.580、6.277、60.460,P<0.01或0.05)。结论感染多房棘球蚴原头节后,小鼠外周血白细胞中MDSC比例随时间延长而增加,以PMN-MDSC增加为主。感染晚期小鼠血清中IL-6、IL-13、TNF-α和GM-CSF浓度升高,可能促进MDSC的增殖与活化。

关键词：多房棘球蚴原头节髓源抑制性细胞细胞因子

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Scandium and phosphorus co-doped perovskite oxides as high-performance electrocatalysts for the oxygen reduction reaction in an alkaline solution

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Journal of Materials Science & Technology 2020年第4期39卷 22-27页

作者： Meigui Xu Hainan Sun Wei Wang yujuan shen Wei Zhou Jun Wang Zhi-Gang Chen Zongping Shao State Key Laboratory of Materials-Oriented Chemical Engineering College of Chemical EngineeringNanjing Tech UniversityNanjing210009China Centre for Future Materials University of Southern QueenslandSpringfield CentralQLD4300Australia Materials Engineering The University of QueenslandBrisbaneQLD4072Australia WA School of Mines:Minerals Energy and Chemical Engineering(WASM-MECE)Curtin UniversityPerthWA6845Australia

The requirement for a sustainable and renewable energy has inspired substantial interests in designing and developing earth-abundant and high-effectiveness electrocatalysts/electrodes for fuel cells and metal-air batteries,in which oxygen reduction reaction(ORR)plays a crucial *** oxides have acquired rapid attention as ORR electrocatalysts to replace noble-metal-based catalysts owing to their intrinsic electrocatalytic activity,compositional and structural ***,we report a new Sc and P co-doped perovskite oxide(La0.8Sr0.2Mn0.95Sc0.025P0.025O3-δ,LSMSP)as an active and robust electrocatalyst for the ORR in an alkaline *** electrocatalyst shows superior ORR activity and stability than those of pristine La0.8Sr0.2MnO3-δ(LSM),Sc-doped LSM and P-doped LSM due to the optimized average valence of Mn ions,the large surface area,the smaller particle size and the synergetic effect introduced by the ***,compared to the benchmark Pt/C electrocatalyst,LSMSP electrocatalyst displays comparable ORR activity and superior *** above results suggest that the co-doping strategy of Sc and P into perovskites is a useful method to design high-performance electrocatalysts for the ORR,which can be used in other electrocatalysis-based applications.

关键词： Oxygen reduction reaction Perovskite oxide Co-doping Electrocatalyst Synergetic effect

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棘球绦虫和棘球蚴病的简明认知历史

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第3期42卷 372-383页

作者：王旭王莹刘白雪张凯歌邓雪莹沈玉娟王正寰曹建平韩帅中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 华东师范大学生命科学学院上海200062

棘球蚴病是一类严重危害人群健康和经济发展的人兽共患寄生虫病,主要由棘球绦虫的幼虫在中间宿主体内寄生和发育所导致。目前的研究进展显示,全球范围内被认定的棘球绦虫包含9个有效自然种,可导致4种类型的棘球蚴病。这种共识的认知过... 详细信息

棘球蚴病是一类严重危害人群健康和经济发展的人兽共患寄生虫病,主要由棘球绦虫的幼虫在中间宿主体内寄生和发育所导致。目前的研究进展显示,全球范围内被认定的棘球绦虫包含9个有效自然种,可导致4种类型的棘球蚴病。这种共识的认知过程伴随着研究方法和科学技术的发展,持续了超过两千年的时间。本文通过汇总和梳理参考资料,介绍了人类对于棘球绦虫和棘球蚴病的探索、识别和认知的整个过程,其中几个标志性事件是:1801年Rudolphi建立了棘球绦虫属,之后在全球范围内陆续发现了多个棘球绦虫物种;1953年Rausch基于生物学特征对棘球绦虫属进行重新分类,逐渐演变出棘球绦虫的亚种概念及其分类法;1967年Rausch提出棘球绦虫的株系概念,并在20世纪90年代被Bowles通过分子生物学方法加以证实;2013年Nakao提出系统发育物种的概念,棘球绦虫被修订为9个有效自然种,并沿用至今。此外,自1908年开始,我国先后报道了5种棘球绦虫,其中包括青藏高原地区特有的石渠棘球绦虫。本文系统性地回顾了棘球绦虫和棘球蚴病的认知历史全貌,为进一步了解棘球绦虫分类学研究进展提供了丰富的历史资料。

关键词：棘球绦虫棘球蚴病包虫病历史分类

Cyclospora cayetanensis infections among diarrheal outpatients in Shanghai： a retrospective case study

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Frontiers of Medicine 2018年第1期12卷 98-103页

作者： Yanyan Jiang Zhongying Yuan Guoqing Zang Dan Li Ying Wang Yi Zhang Hua Liu Jianping Cao yujuan shen National Institute of Parasitic Diseases Chinese Center for Disease Control and Prevention Key Laboratory of Parasite and VectorBiology Ministry of Health China WHO Collaborating Center for Tropical Diseases Shanghai 200025 China Shanghai Jiao Tong University Affiliated Sixth People's Hospital Shanghai 200233 China

Cyclospora cayetanensis is a foodborne and waterborne pathogen that causes endemic and epidemic human diarrhea worldwide. A few epidemiological studies regarding C. cayetanensis infections in China have been conducted. During 2013, a total of 291 stool specimens were collected from patients with diarrhea at a hospital in urban Shanghai. C. cayetanensis was not detected in any of the stool specimens by traditional microscopy, whereas five stool specimens （1.72%, 5/291） were positive by PCR. These positive cases confirmed by molecular technology were all in the adult group （mean age 27.8 years; 2.94%, 5/170） with watery diarrhea. Marked infection occurred in the rainy season of May and July. Sequence and phylogenetic analyses of the partial 18S rRNA genes of C. cayetanensis isolated showed intra-species diversity of this parasite. This study showed, for the first time, that C. cayetanensis is a pathogen in outpatients with diarrhea in Shanghai, albeit at a low level. However, the transmission dynamics of this parasite in these patients remain uncertain.

关键词： Cyclospora cayetanensis outpatients with diarrhea stool specimens 18S rRNA gene

Intestinal Protozoan Infections in Patients with Diarrhea—Shanghai Municipality,Zhenjiang City,and Danyang City,China,2011–2015 and 2019–2021

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China CDC weekly 2022年第8期4卷 143-147页

作者： Yanyan Jiang Zhongying Yuan Hua Liu Jianhai Yin Yuan Qin Xiaofeng Jiang Jie Xu Jianping Cao yujuan shen National Institute of Parasitic Diseases Chinese Center for Disease Control and Prevention(Chinese Center for Tropical Diseases Research)Key Laboratory of Parasite and Vector BiologyNational Health Commission of the People’s Republic of ChinaWorld Health Organization Collaborating Centre for Tropical DiseasesShanghaiChina School of Global Health Chinese Center for Tropical Diseases ResearchShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghaiChina

Summary What is already known about this topic?Intestinal protozoa are common pathogens of diarrhea ***,the etiology of diarrhea due to intestinal protozoan infections in China is not *** is added by this report?Based on active syndromic surveillance in Shanghai,Zhenjiang,and Danyang during 2011–2015 and 2019–2021,89(1.67%)patients were infected with intestinal protozoa(Cryptosporidium spp.,Giardia duodenalis,Enterocytozoon bieneusi,and Cyclospora cayetanensis),and positivity rates statistically differed by region and *** are the implications for public health practice?This was the most comprehensive data collection in investigating parasitic diarrheal diseases in *** of these protozoa in diarrhea will provide new perspectives for detecting hidden etiological agents of diarrhea as early as possible.

关键词： globally ang detecting