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中华胃肠外科杂志 2013年第7期16卷 689-690页

作者： Farshid Araghizadeh ~ Robin Boushey Sridhar Chalasani George Chang robert cima Gary Dunn Daniel Feingold Philip Fleshner Daniel Geisler Jill Genua Sharon Gregorcyk Daniel Herzig Andreas Kaiser Ravin Kumar David Larson Steven Mills John Monson P. Terry Phang Feza Remzi David Rivadeneira Howard Ross Peter Senatore Elin Sigurdson Thomas Stahl Scott Steele Scott Strong Charles Tement Judith Trudel Madhulika Varnna Martin Weiser 丁义江(译) 皇甫少华(译) 丁曙晴(译) 美国结直肠外科医师协会不详

“美国结直肠外科医师协会（American Societyof ColonandRectal ***）”（协会）致力于推进结直肠和肛门疾病的相关理论以及预防和诊疗水平的提高，给患者提供优质的医疗服务。“标准委员会”由协会中在结直肠外科方面有显著专长的成... 详细信息

“美国结直肠外科医师协会（American Societyof ColonandRectal ***）”（协会）致力于推进结直肠和肛门疾病的相关理论以及预防和诊疗水平的提高，给患者提供优质的医疗服务。“标准委员会”由协会中在结直肠外科方面有显著专长的成员组成。该委员会的建立是为了引领国际结直肠和肛门疾病诊治的发展，以建立具有循证医学证据的临床诊疗指南。指南是涵盖性的，非指令性的，目的是为临床决策提供信息，而非具体的治疗方法。指南适用于所有相关的医护人员以及希望得到相应指南中疾病的相关诊治信息的患者。

关键词：诊治指南临床决策结直肠外科修订肛裂医师协会肛门疾病循证医学证据

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LIBRA:an adaptative integrative tool for paired single-cell multi-omics data

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Quantitative Biology 2023年第3期11卷 246-259页

作者： Xabier Martinez-de-Morentin Sumeer AKhan robert Lehmann Sisi Qu Alberto Maillo Narsis AKiani Felipe Prosper Jesper Tegner David Gomez-Cabrero Navarrabiomed Complejo Hospitalario de Navarra(CHN)Universidad Pública de Navarra(UPNA)IdiSNAPamplona 31001Spain Biological and Environmental Sciences and Engineering Division King Abdullah University of Science and TechnologyThuwal 23955Saudi Arabia Algorithmic Dynamic Lab Department of Oncology and PathologyCenter for Molecular MedicineKarolinska InstituteStockholm 17177Sweden Division of Hemato-Oncology Center for Applied Medical Research CIMACancer Center University of Navarra(CCUN)Navarra Institute for Health Research(IDISNA)CIBERONCPamplona 31008Spain Department of Hematology Clinica Universidad de NavarraCIBERONC Pamplona 31008Spain Computer Electrical and Mathematical Sciences and Engineering DivisionKing Abdullah University of Science and TechnologyThuwal 23955Saudi Arabia

Background:Single-cell multi-omics technologies allow a profound system-level biology understanding of cells and ***,an integrative and possibly systems-based analysis capturing the different modalities is *** response,bioinformatics and machine learning methodologies are being developed for multi-omics single-cell *** is unclear whether current tools can address the dual aspect of modality integration and prediction across modalities without requiring extensive parameter ***:We designed LIBRA,a neural network based framework,to learn translation between paired multi-omics profiles so that a shared latent space is ***,we implemented a variation,aLIBRA,that allows automatic fine-tuning by identifying parameter combinations that optimize both the integrative and predictive *** model parameters and evaluation metrics are made available to users with minimal user ***,aLIBRA allows experienced users to implement custom *** LIBRA toolbox is freely available as R and Python libraries at GitHub(TranslationalBioinformaticsUnit/LIBRA).Results:LIBRA was evaluated in eight multi-omic single-cell data-sets,including three combinations of *** observed that LIBRA is a state-of-the-art tool when evaluating the ability to increase cell-type(clustering)resolution in the integrated latent ***,when assessing the predictive power across data modalities,such as predictive chromatin accessibility from gene expression,LIBRA outperforms existing *** expected,adaptive parameter optimization(aLIBRA)significantly boosted the performance of learning predictive models from paired ***:LIBRA is a versatile tool that performs competitively in both“integration”and“prediction”tasks based on single-cell multi-omics *** is a data-driven robust platform that includes an adaptive learning scheme.

关键词： single-cell multi-omic Autoencoder auto-finetuning

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