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InterStoreDB:A Generic.Integration Resourc. for Genetic.and Genomic.Data

Journal of Integrative Plant Biology 2012年第5期54卷 345-355页

作者： c.ristopher G. Love Ambrose E. Andongabo Jun w.ng pierre w. c. carion c.ristopher J.Raw.ings Graham J. King Ludw.g Institute for c.nc.r Researc. Centre for Medical Research Royal Melbourne Hospital Royal Parade Parkville Victoria 3050 Australia Department of Biomathematic. and Bioinformatic. Rothamsted Research Harpenden Herts AL5 2JQ UK Queen Mary University of London Charterhouse Square London EC1M 6BQ UK Southern c.oss Plant Sc.enc. Southern Cross University P.O. Box 157 Lismore NSW 2480 Australia

Assoc.ating phenotypic.traits and quantitative trait loc. （QTL） to c.usative regions of the underlying genome is a key goal in agric.ltural researc.. InterStoreDB is a suite of integrated databases designed to assist in this proc.ss. The individual databases are spec.es independent and generic.in design, providing ac.ess to c.rated datasets relating to plant populations, phenotypic.traits, genetic.maps, marker loc. and QTL, w.th links to func.ional gene annotation and genomic.sequenc. data. Eac. c.mponent database provides ac.ess to assoc.ated metadata, inc.uding data provenanc. and parameters used in analyses, thus providing users w.th information to evaluate the relative w.rth of any assoc.ations identified. The databases inc.ude c.opStoreDB, for management of population, genetic.map, QTL and trait measurement data, SeqStoreDB for sequenc.-related data and AlignStoreDB, w.ic. stores sequenc. alignment information, and allow. navigation betw.en genetic.and genomic.datasets. Genetic.maps are visualized and c.mpared using the c.AP tool, and func.ional annotation from sequenc.d genomes is provided via an EnsEMBL-based genome brow.er. This framew.rk fac.litates navigation of the multiple biologic.l domains involved in genetic. and genomic. researc. in a transparent manner w.thin a single portal. w. demonstrate the value of InterStoreDB as a tool for Brassic. researc.. InterStoreDB is available from： http：//***

关键词： QTL bioinformatic. databases.

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