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Systematic Cross-biospecimen Evaluation of DNA Extraction Kits for Long-and Short-read multi-metagenomic Sequencing Studies

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022年第2期20卷 405-417页

作者： Jacqueline Rehner Georges Pierre Schmartz Laura Groeger Jan Dastbaz Nicole Ludwig m.tthias hannig Stefan Rupf Berthold Seitz Elias Flockerzi Tim Berger m.tthias Christian Reichert marcin Krawczyk Eckart meese Christian Herr Robert Bals Soren L.Becker Andreas Keller Rolf muller The ImAGINE Consortium Institute of medical microbiology and Hygiene Saarland UniversityD-66421 HomburgGermany Clinical Bioinformatics Saarland UniversityD-66123 SaarbruckenGermany Department of Human Genetics Saarland UniversityD-66421 HomburgGermany Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland D-66123 SaarbruckenGermany Clinic of Operative Dentistry Periodontology and Preventive DentistrySaarland UniversityD-66421 HomburgGermany Department of Ophthalmology Saarland University Medical CenterD-66421 HomburgGermany Department of medicine Ⅱ Saarland University Medical CenterD-66421 HomburgGermany Department of Internal medicine V–Pulmonology AllergologyIntensive Care MedicineSaarland UniversityD-66421 HomburgGermany

High-quality DNA extraction is a crucial step in metagenomic *** by different isolation kits impairs the comparison across datasets.A trending topic is,however,the analysis of multiple metagenomes from the same patients to draw a holistic picture of microbiota associated with *** thus collected bile,stool,saliva,plaque,sputum,and conjunctival swab samples and performed DNA extraction with three commercial *** each combination of the specimen type and DNA extraction kit,20-gigabase(Gb)metagenomic data were generated using short-read *** profiles of the specimen types showed close proximity to each other,we observed notable differences in the alpha diversity and composition of the microbiota depending on the DNA extraction *** kit outperformed all selected kits on every *** reached consistently good results using the Qiagen QiAamp DNA microbiome *** on the specimen,our data indicate that over 10 Gb of sequencing data are required to achieve sufficient resolution,but DNA-based identification is superior to identification by mass ***,longread nanopore sequencing confirmed the results(correlation coefficient>0.98).Our results thus suggest using a strategy with only one kit for studies aiming for a direct comparison of multiple microbiotas from the same patients.

关键词： Whole-genome analysis Comparative genomics Short-read sequencing Long-read sequencing DNA extraction metagenomics

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Covariance estimation via fiducial inference

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Statistical Theory and Related Fields 2021年第4期5卷 316-331页

作者： W.Jenny Shi Jan hannig Randy C.S.Lai Thomas C.m.Lee Financial Planning&Analysis MassMutualBostonMAUSA Department of Statistics&Operations Research University of North CarolinaChapel HillNCUSA Department of Statistics University of CaliforniaDavisCAUSA

As a classical problem,covariance estimation has drawn much attention from the statistical com-munity for *** work has been done under the frequentist and Bayesian *** to quantify the uncertainty of the estimators without having to choose a prior,we have developed a fiducial approach to the estimation of covariance *** upon the Fiducial Berstein-von mises Theorem,we show that the fiducial distribution of the covariate matrix is consistent under our ***,the samples generated from this fiducial distri-bution are good estimators to the true covariance matrix,which enable us to define a meaningful confidence region for the covariance ***,we also show that the fiducial approach can be a powerful tool for identifying clique structures in covariance matrices.

关键词： covariance estimation sparsity fiducial inference cliques

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壁处与龈壁处的微渗漏的比较——湿润粘接技术修复V类洞洞型

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口腔医学 1999年第2期19卷 65-66页

作者：傅柏平 hannig,m 浙江医科大学附属第一医院口腔科

目的：实验研究湿润粘接技术修复Ｖ类洞洞型时，壁处与龈壁处的微渗漏的比较．方法：４８颗人离体磨牙根据颊、近中和远中面分别分成Ａ、Ｂ、Ｃ三组，每组又随机分成４小组（ｎ＝１２），洞型位于釉牙本质交界处．Ａ１和Ａ２组常规制... 详细信息

目的：实验研究湿润粘接技术修复Ｖ类洞洞型时，壁处与龈壁处的微渗漏的比较．方法：４８颗人离体磨牙根据颊、近中和远中面分别分成Ａ、Ｂ、Ｃ三组，每组又随机分成４小组（ｎ＝１２），洞型位于釉牙本质交界处．Ａ１和Ａ２组常规制备Ｖ类洞洞型；但Ａ２制备洞缘斜面；Ａ３、Ａ４用空气喷磨技术制备Ｖ类洞洞型，但分别使用方法５０μｍ和２７μｍ氧化铝微粒．Ｂ、Ｃ各小组处理与相应Ａ组相同．所有牙齿用０．５％亚甲基蓝着色．结果：所有标本在龈壁处存在严重的微渗漏（ｐ＜０．００１）．

关键词： V类洞湿润粘接剂微渗漏 He壁

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Hepatitis C virus-associated pruritus: Etiopathogenesis and therapeutic strategies

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World Journal of Gastroenterology 2017年第5期23卷 743-750页

作者： Youssef Alhmada Denis Selimovic Fadi murad Sarah-Lilly Hassan Youssef Haikel mossaad megahed m.tthias hannig mohamed Hassan Department of Pathology University of Mississippi Medical Center Graduate School of Dental medicine Depart-ment of Restorative DentistryDivision of Oral Health ScienceHokkaido University Clinic of Operative Dentistry Periodontology and Preventive DentistrySaarland University Department of Surgery Tulane University School of Medicine Clinic of Dermatology University Hospital of Aachen Institut National de la Santéet de la Recherchémédicale Department of Operative Dentistry and Endodontics Dental FacultyUniversity of Strasbourg

In addition to its contributing role in the development of chronic liver diseases, chronic hepatitis C virus(HCV) infection is associated with extrahepatic manifestations, particularly, cutaneous-based disorders including those with pruritus as a symptom. Pruritus is frequently associated with the development of chronic liver diseases such as cholestasis and chronic viral infection, and the accumulation of bile acids in patients' sera and tissues as a consequence of liver damage is considered the main cause of pruritus. In addition to their role in dietary lipid absorption, bile acids can trigger the activation of specific receptors, such as the G protein-coupled bile acid receptor(GPBA/ TGR5). These types of receptors are known to play a crucial role in the modulation of the systemic actions of bile acids. TGR5 expression in primary sensory neurons triggers the activation of the transient receptor potential vanilloid 1(TRPV1) leading to the induction of pruritus by an unknown mechanism. Although the pathologic phenomenon of pruritus is common, there is no uniformly effective therapy available. Understanding the mechanisms regulating the occurrence of pruritus together with the conduction of large-scale clinical and evidence-based studies, may help to create a standard treatment protocol. This review focuses on the etiopathogenesis and treatment strategies of pruritus associated with chronic HCV infection.

关键词：丙肝病毒瘙痒 Cholestasis 自体毒素 Lysophosphatidic 酸 PI3 kinase

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高频X线电影摄影在诊断咽、食管疾病中的价值

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放射学实践 1989年第3期4卷 89-96页

作者： Chr.hannig A.Wuttge-hannig 高起学王虹余力生 Institut für Rntgendiagnostik des Klinikums rechts der Isar cier Technischen Universitt münchen 同济医科大学附属同济医院

本文综述高频X线电影摄影,介绍其所需仪器设备及诊断方法,重点介绍电影摄影诊断咽、食管疾病的适应证及其诊断价值。为了便于更好地理解,还要阐述解剖生理学基础。

关键词：高频X线摄影电影摄影诊断咽

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硫酸钡凝胶球诊断咽食管疾病的价值

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放射学实践 1991年第2期6卷 47-50页

作者： Chr.hannig A.Wuttge-hannig H.Daschner St.Baum St.Gütner 王天才 Institut fr Rntgendiagnostik des Klinikums rechts der Isar der Technischen Universitt mnchen Apotheke des Klinikums rechts der Isar der Technischen Universitt mnchen 同济医科大学附属同济医院

对固体物咽下困难的诊断,若各种原因所致食管狭窄很不明显时,会遇到较大困难。采用以下所述凝胶球检查可明显改善本病的诊断。

关键词：硫酸钡凝胶球食管痉挛

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空气喷磨和酸蚀与树脂突超微结构的关系

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现代口腔医学杂志 2000年第1期14卷 12-13页

作者：傅柏平 hannig m 吴求亮 Albers HK 浙江大学医学院附属第一医院口腔科 310003 德国基尔大学口腔内科

目的　体外评价 5种处理方法对树脂突超微结构的影响。方法　对照组 :对 1颗离体磨牙常规预防性树脂充填。其余 4颗磨牙用空气喷磨处理 ,分别用 5 0 μ和 2 7μ氧化铝微粒 ,酸处理其中 2颗磨牙。窝洞用复合树脂充填后 ,用 10 %盐酸溶解... 详细信息

目的　体外评价 5种处理方法对树脂突超微结构的影响。方法　对照组 :对 1颗离体磨牙常规预防性树脂充填。其余 4颗磨牙用空气喷磨处理 ,分别用 5 0 μ和 2 7μ氧化铝微粒 ,酸处理其中 2颗磨牙。窝洞用复合树脂充填后 ,用 10 %盐酸溶解牙釉质 ,扫描电镜观测树脂突超微结构。结果　对照组呈典型蜂窝状结构。空气喷磨的树脂突呈不规则结构 ,结合酸蚀的树脂突表面更加粗糙。

关键词：空气喷磨树脂突酸蚀超微结构磨牙

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大剂量皮质类固醇治疗时多发性骨坏死——病例报道

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放射学实践 1987年第4期 146-149页

作者： Von Chr.hannig m.Reiser W.Hawe 漆剑频同济医科大学附属同济医院

CT使骨坏死的影象诊断得到明显的改善。利用磁共振则可以更清楚的区分骨坏死和活的骨髓。在有临床症状而普通X线断层摄影无阳性发现时,使用CT或mR是有效的。

关键词：骨坏死骨髓 CT 可的松造血系统股骨头软骨板胫骨平台断层摄影松质骨骨松质 mR 大剂量骨质溶解皮质类固醇软骨下骨

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空气喷磨对预防性树脂充填微渗漏的影响

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口腔医学 2000年第4期20卷 176-177页

作者：傅柏平林军吴求亮 hannigm 郭琦 AlbersHK 浙江大学医学院附属第一医院口腔科 310003 德国基尔大学口腔内科

目的 :体外评价空气喷磨、酸蚀和两者结合对预防性树脂充填微渗漏的影响。方法 :对照组 (I,n =12 )对人离体磨牙常规预防性树脂充填。其余组分别用 5 0 μ(Ⅱ,Ⅲ)和 2 7μ(Ⅳ ,Ⅴ)氧化铝喷磨 ,其中两组 (Ⅳ ,Ⅴ)酸蚀 30s。每组一半牙齿... 详细信息

目的 :体外评价空气喷磨、酸蚀和两者结合对预防性树脂充填微渗漏的影响。方法 :对照组 (I,n =12 )对人离体磨牙常规预防性树脂充填。其余组分别用 5 0 μ(Ⅱ,Ⅲ)和 2 7μ(Ⅳ ,Ⅴ)氧化铝喷磨 ,其中两组 (Ⅳ ,Ⅴ)酸蚀 30s。每组一半牙齿进行热循环处理 (5～ 5 5℃ ,2 5 0 0周 )后 ,用亚甲基蓝溶液着色。结果 :不论结合酸蚀与否 ,用 5 0 μ氧化铝喷磨 ,均与对照组不存在显著性差异 (p >0 0 5 )。但喷磨后酸蚀比单纯喷磨能显著地减少微渗漏 (p<0 0 5 )。 5 0 μ较 2 7μ氧化铝微粒显著地减少微渗漏(p <0 0 5 )。结论

关键词：空气喷磨微渗漏预防性树脂充填牙充填材料

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天然气厂公寓大楼（贮气罐B）

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城市环境设计 2020年第4期 106-119页

作者：沃尔夫·狄·普瑞克斯海默特·斯维茨斯基 Rainer Enk Stefan Fussenegger Friedrich H?hle Isabelle hannig Stefan Hochstrasser Ronald Kesmann Georg Kolmayr martin mostb?ck markus Pillhofer Karolin Schmidbaur Duccio malagamba Gerald Zugmann Toni Rappersberger Alexander Koller Peter Korrak markus Pillhofer COOP HImmELB(L)AU

项目大事记/CHRONOLOGY规划设计/Start of Planning:02/1995动工/Start of Construction:12/1998竣工/Completion:09/2001项目参数/PROJECT DATA建筑面积/Floor Area:35 000m2建成区面积/Built-up Area:5 200m2公寓数量/Number of Apartments:254套居住公寓76套学生公寓/254 living units&76 student apartments层数/Number of Storeys:22购物中心/Shopping mall:2 000m2活动大厅/Event Hall:可容纳3 000人,位于地下1～2层/3 000 persons, on the 1st and 2nd basement实用面积/marketable Areas:26 941 m2（包含公寓、通廊、商铺、办公、餐饮、学生公寓/apartments, loggias, shops, offices, restaurant, student apartments）实用面积/marketable Areas:5 637 m2（包含活动大厅、前厅、其他用房/event hall, lobby, extra rooms）公寓总面积（包括通廊）/Apartment incl. Loggias:17 730m2公寓平均面积/Average Size of Apartments:77m2

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