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FluxExplorer: A general platform for modeling and analyses of metabolic net-works based on stoichiometry

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Chinese Science Bulletin 2006年第6期51卷 689-696页

作者： luo ruoyu LIAO Sha ZENG Shaoqun LI Yixue luo Qingming Hubei Bioinformatics and Molecular Imaging Key Laboratory Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430074China Shanghai Center for Bioinformation Technology Shanghai 200233China These authors contributed equally to this work

Stoichiometry-based analyses of meta- bolic networks have aroused significant interest of systems biology researchers in recent years. It is necessary to develop a more convenient modeling platform on which users can reconstruct their network models using completely graphical operations, and explore them with powerful analyzing modules to get a better understanding of the properties of metabolic systems. Herein, an in silico platform, FluxExplorer, for metabolic modeling and analyses based on stoichiometry has been developed as a publicly available tool for systems biology research. This platform integrates various analytic approaches, in- cluding flux balance analysis, minimization of meta- bolic adjustment, extreme pathways analysis, shadow prices analysis, and singular value decom- position, providing a thorough characterization of the metabolic system. Using a graphic modeling process, metabolic networks can be reconstructed and modi- fied intuitively and conveniently. The inconsistencies of a model with respect to the FBA principles can be proved automatically. In addition, this platform sup- ports systems biology markup language (SBML). FluxExplorer has been applied to rebuild a metabolic network in mammalian mitochondria, producing meaningful results. Generally, it is a powerful and very convenient tool for metabolic network modeling and analysis.

关键词：新陈代谢化学计量学系统生物学流量平衡分析计算模型

Effect of Quercetin on Breeding and Apoptosis of Cervical Cancer HeLa Cell and on Growth of Transplanted Tumor in Nude Mice

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Wuhan University Journal of Natural Sciences 2007年第3期12卷 569-576页

作者： ZHANG Wei XU Xiaoxia CHEN Hong ZHANG Jie ZHANG Xiaobing luo ruoyu FANG Furong Renmin Hospital Wuhan University Wuhan 430060 Hubei China Department of Obstetrics and Gynecology Zhongnan Hospital Wuhan University Wuhan 430071 Hubei China

Effect of quercetin on HeLa cell system of cervical cancer was studied by methods of MTT and Annexin V-FITC/PI. The results show that quercetin has functions of inhibiting breeding of HeLa cells and inducing apoptosis of the cells. The total apoptosis rate is positively proportional to reaction duration and concentration of quercetin used. The maximum apoptosis rate being （88.76±2.35）% was obtained when the concentration was 50.0 μmol/L and the cells were treated with quercetin for 72 hours. Based on establishing a model of tumor of cervical cancer transplanted into nude mice, quercetin of different concentrations was injected into abdominal cavity of nude mice and situation of tumor growth was reviewed. The result showed that with quercetin concent＇ration increasing from 0 to 100.0 μmol/L, the transplantation volume and weight of the tumors decreased from （279.59±70.58） mm^3 and （0.145±0.019） g to （128.72±36.12） mm^3 and （0.089± 0.019） g respectively, while apoptosis rate of the transplanted tumor increased from （9.63±1.85）% to （34,98±0.47）%, which proved that quercetin inhibited increment of volume and weight of transplanted tumor in nude mice bodies.

关键词： quercetin HeLa cells nude mice

CB1R-stabilized NLRP3 inflammasome drives antipsychotics cardiotoxicity

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Signal Transduction and Targeted Therapy 2022年第7期7卷 2593-2607页

作者： Liliang Li Pan Gao Xinru Tang Zheng Liu Mengying Cao ruoyu luo Xiaoqing Li Jing Wang Xinyi Lin Chao Peng Zhihong Li Jianhua Zhang Xian Zhang Zhonglian Cao Yunzeng Zou Li Jin Department of Forensic Medicine School of Basic Medical SciencesFudan UniversityShanghai 200032China State Key Laboratory of Genetic Engineering Collaborative Innovation Center for Genetics and DevelopmentSchool of Life Sciences&Human Phenome InstituteFudan UniversityShanghai 200438China Shanghai Institute of Cardiovascular Diseases Zhongshan Hospital and Institutes of Biomedical SciencesFudan UniversityShanghai 200032China National Facility for Protein Science in Shanghai Zhangjiang LabShanghai Advanced Research InstituteChinese Academy of ScienceShanghai 201210China Academy of Forensic Science Ministry of Justiceand Shanghai Key Laboratory of Forensic MedicineShanghai 200063China Department of Cardiology Kunshan Hospital of Integrated Traditional Chinese and Western MedicineKunshanJiangsu 215301China School of Pharmacy Fudan UniversityShanghai 201203China Shanghai Medical College Fudan UniversityShanghai 200032China

Long-term use of antipsychotics is a common cause of myocardial injury and even sudden cardiac deaths that often lead to drug withdrawn or *** underlying antipsychotics cardiotoxicity remain largely *** we performed RNA sequencing and found that NLRP3 inflammasome-mediated pyroptosis contributed predominantly to multiple antipsychotics ***-based small-molecule compound screen identified cannabinoid receptor 1(CB1R)as an upstream regulator of the NLRP3 ***,antipsychotics competitively bond to the CB1R and led to CB1R translocation to the cytoplasm,where CB1R directly interacted with NLRP3 inflammasome via amino acid residues 177–209,rendering stabilization of the *** of Cb1r significantly alleviated antipsychotic-induced cardiomyocyte pyroptosis and ***-organ-based investigation revealed no additional toxicity of newer CB1R *** authentic human cases,the expression of CB1R and NLRP3 inflammasome positively correlated with antipsychotics-induced *** results suggest that CB1R is a potent regulator of the NLRP3 inflammsome-mediated pyroptosis and smallmolecule inhibitors targeting the CB1R/NLRP3 signaling represent attractive approaches to rescue cardiac side effects of antipsychotics.

关键词： NLRP3 inflam rendering

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成渝地区产业结构趋同探析与政策选择

地域研究与开发 2013年第5期32卷 41-45页

作者：罗若愚赵洁电子科技大学政治与公共管理学院成都611731

运用产业结构相似性系数这一指标分析成渝地区产业结构问题,用区位熵方差测度区域内工业行业的区际分工程度。分析表明:该区域产业结构存在相当程度的趋同现象,虽然趋同程度存在递减趋势,但区域竞争格局下的相关政策仍为未来的产业过度... 详细信息

运用产业结构相似性系数这一指标分析成渝地区产业结构问题,用区位熵方差测度区域内工业行业的区际分工程度。分析表明:该区域产业结构存在相当程度的趋同现象,虽然趋同程度存在递减趋势,但区域竞争格局下的相关政策仍为未来的产业过度竞争埋下隐患。从3个不同层面对成渝地区产业同构问题给予正确的认识,在此基础上从"市场拓展型"政府角色定位,加强内生性战略和内生性市场机制的培育、由产业合作向外溢性公共政策合作转变、构建区域合作发展机制实现由行政区经济向城市群带动型区域经济转变以及加强产业集群建设等角度出发,给出相关政策选择。

关键词：产业同构产业协作政策选择成渝地区

长效醋酸甲孕酮降低大鼠子宫内膜异位症模型中内膜RANTES的表达

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武汉大学学报（医学版） 2006年第1期27卷 51-53,65,i0003页

作者：杜娟洛若愚武汉大学人民医院妇产科武汉430060

目的：探讨长效醋酸甲孕酮(DMPA)对大鼠实验性子宫内膜异位症模型中正常T细胞表达和分泌的受激活调节因子RANTES表达的影响。方法：参照Jones方法建立大鼠子宫内膜异位症动物模型,将建模成功的大鼠随机分为对照组和DMPA治疗组,采用***... 详细信息

目的：探讨长效醋酸甲孕酮(DMPA)对大鼠实验性子宫内膜异位症模型中正常T细胞表达和分泌的受激活调节因子RANTES表达的影响。方法：参照Jones方法建立大鼠子宫内膜异位症动物模型,将建模成功的大鼠随机分为对照组和DMPA治疗组,采用***法检测两组子宫在位内膜、异位内膜和血清中RANTES的水平。结果：DMPA治疗组在位、异位内膜和血清中RANTES水平(中位数)分别为89．2,199．4,6 871．5 ng／L;对照组在位、异位内膜和血清中RANTES水平(中位数)分别为141．8,401．8,7 523．3 ng／L。DMPA治疗组在位内膜RAN—TES的水平与对照组比较,差异有显著性(P％0．05)；其异位内膜RANTES的水平与对照组比较,差异有极显著性(P0．05)。结论：DMPA能有效降低子宫内膜异位症模型中内膜RANTES的表达。DMPA可能通过下调内膜RANTES的表达,抑制盆腔的炎性反应,从而缓解子宫内膜异位症患者的盆腔疼痛。

关键词：子宫内膜异位症动物模型醋酸甲孕酮 RANTES 细胞因子

检测子宫内膜异位症sICAM-1的临床意义

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武汉大学学报（医学版） 2006年第1期27卷 97-99页

作者：张荣洛若愚武汉大学人民医院妇产科武汉430060

目的:研究子宫内膜异位症(简称内异症)患者血清和腹腔液中sICAM-1的水平,分析在这两种体液中sICAM-1水平的相关性以及sICAM-1与疾病期别的关系,探讨血清sICAM-1诊断内异症的临床价值。方法:采用酶联免疫吸附法检测30例内异症和30例非内... 详细信息

目的:研究子宫内膜异位症(简称内异症)患者血清和腹腔液中sICAM-1的水平,分析在这两种体液中sICAM-1水平的相关性以及sICAM-1与疾病期别的关系,探讨血清sICAM-1诊断内异症的临床价值。方法:采用酶联免疫吸附法检测30例内异症和30例非内异症患者血清和腹腔液中sICAM-1的水平。结果:①内异症组sI-CAM-1水平明显高于对照组(P<0.05);②内异症早期sICAM-1水平较晚期高(P<0.05);③血清和腹腔液中sICAM-1水平正相关(r=0.662,P<0.05);④血清sICAM-1检测内异症的敏感性和特异性分别是0.6和0.867。结论:sICAM-1可能参与了内异症的炎症过程,血清sICAM-1水平可作为内异症的早期诊断标志之一。

关键词：子宫内膜异位症可溶性细胞间粘附分子-1 酶联免疫吸附法血清腹腔液

子宫内膜异位症相关性卵巢癌临床病理特征及预后分析

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实用妇产科杂志 2020年第9期36卷 705-709页

作者：包媛媛洛若愚武汉大学人民医院妇科湖北武汉430060

目的:探讨子宫内膜异位症相关性卵巢癌(EAOC)患者的临床资料及预后特点。方法:选择2011年1月至2014年1月于武汉大学人民医院妇科手术确诊为卵巢透明细胞癌(OCCC)及卵巢子宫内膜样腺癌(OEC)患者共181例,依据卵巢癌与卵巢子宫内膜异位症(... 详细信息

目的:探讨子宫内膜异位症相关性卵巢癌(EAOC)患者的临床资料及预后特点。方法:选择2011年1月至2014年1月于武汉大学人民医院妇科手术确诊为卵巢透明细胞癌(OCCC)及卵巢子宫内膜样腺癌(OEC)患者共181例,依据卵巢癌与卵巢子宫内膜异位症(卵巢EMT)间的关系分为卵巢EMT恶变组(EAOC组,35例)、合并卵巢EMT组(31例)、未合并卵巢EMT组(115例)。回顾性分析3组在临床、病理特征以及化疗、预后方面的异同点。结果:(1)3组患者在发病年龄、产次、合并不孕症、CA125值升高比例、病理分期、淋巴结转移方面差异有统计学意义(P0.05)。5年累积生存率分别为74.3%(EAOC组)、48.4%(合并卵巢EMT组)、47.8%(未合并卵巢EMT组),差异有统计学意义(P0.05)。(3)预后影响因素分析:在EAOC组与合并卵巢EMT组中,EMT恶变是唯一影响因素(P<0.05);EAOC组与未合并卵巢EMT组中,病理分期、EMT恶变是影响预后的独立重要因素(P<0.05)。结论:EAOC患者具有一些特有的临床病理特征,病理分期、EMT恶变是影响卵巢癌预后的重要因素,与EMT相关的卵巢癌预后相对较好。

关键词：卵巢子宫内膜异位症恶变卵巢癌临床病理特征预后

承接产业转移中我国西部地方政府竞争与经济增长绩效

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中国行政管理 2013年第7期 112-116页

作者：罗若愚张龙鹏电子科技大学政治与公共管理学院

地方政府竞争的根本动力来自于地区经济增长、权力中心认可和官员自身利益(政治晋升机会)强化,而西部地区微观主体"经济增长需求偏好"的助推则加剧了承接产业转移中西部地方政府间的竞争。博弈模型分析表明地方官员的政治晋升激励制度... 详细信息

地方政府竞争的根本动力来自于地区经济增长、权力中心认可和官员自身利益(政治晋升机会)强化,而西部地区微观主体"经济增长需求偏好"的助推则加剧了承接产业转移中西部地方政府间的竞争。博弈模型分析表明地方官员的政治晋升激励制度使得承接产业转移中的地方政府竞争过度,不仅降低了产业转移的经济增长绩效,而且导致了区域间经济差异的持续扩大。基于西部承接地面临的困境,提出通过制度框架规范政府竞争行为,构建西部承接地政府行为模式的导向认知系统,建立政府间合作机制,实现西部区域合作治理、协调发展。

关键词：产业转移地方政府竞争经济增长效应合作治理

2006—2014年我国创新政策制定主体协同问题研究

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中州学刊 2016年第12期 28-32页

作者：罗若愚范利君电子科技大学政治与公共管理学院

创新政策主体是创新政策系统的核心部分,包括政策制定主体和执行参与主体。对创新政策制定主体间协同关系的研究对于完善我国创新政策系统具有重要意义。基于2006—2014年我国中央部级及以上部门制定颁布的创新政策文本的统计,以部门联... 详细信息

创新政策主体是创新政策系统的核心部分,包括政策制定主体和执行参与主体。对创新政策制定主体间协同关系的研究对于完善我国创新政策系统具有重要意义。基于2006—2014年我国中央部级及以上部门制定颁布的创新政策文本的统计,以部门联合发文状况体现创新政策主体间的协同关系。研究发现,政策主体协同成为创新政策制定与颁布的趋势,并且协同程度不断加强。但同时各创新政策制定主体的作用发挥不平衡,不同政策主体间协同度差异过大的问题也日益凸显。在创新政策制定过程中,应通过重构跨部门协调体系来进一步完善我国创新政策主体协同机制,进而推动国家创新体系整体层面的深化改革。

关键词：创新政策制定主体协同演变跨部门协调