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Dominance of transposable element‑related satDNAs results in great complexity of“satDNA library”and invokes the extension towards“repetitive DNA library”

引用

Marine Life Science & Technology 2024年第2期6卷 236-251页

作者： Monika Tunjić‑Cvitanić Daniel García‑Souto juan j.pasantes EvaŠatović‑Vukšić Division of Molecular Biology Ruđer BoškovićInstitute10000 ZagrebCroatia Genomes and Disease Centre for Research in Molecular Medicine and Chronic Diseases(CIMUS)Universidade de Santiago de Compostela15706 Santiago de CompostelaSpain Department of Zoology Genetics and Physical AnthropologyUniversidade de Santiago de Compostela15706 Santiago de CompostelaSpain Centro de Investigación Mariña Dpto de BioquímicaXenética e InmunoloxíaUniversidade de Vigo36310 VigoSpain

Research on bivalves is fast-growing,including genome-wide analyses and genome *** characteristics qualify oysters as a valuable model to explore repetitive DNA sequences and their genome *** we char-acterize the satellitomes of five species in the family Ostreidae(Crassostrea angulata,***,***,***,Ostrea edulis),revealing a substantial number of satellite DNAs(satDNAs)per genome(ranging between 33 and 61)and peculiarities in the composition of their *** satDNAs were either associated to or derived from transposable elements,displaying a scarcity of transposable element-unrelated satDNAs in these *** to the non-conventional satellitome constitution and dominance of Helitron-associated satDNAs,comparative satellitomics demanded more in-depth analyses than standardly *** analyses(including ***,the first bivalve species with a defined satellitome)revealed that 13 satDNAs occur in all six oyster genomes,with Cg170/HindIII satDNA being the most abundant in all of *** the“satDNA library model”highlighted the necessity to adjust this term when studying tandem repeat evolution in organisms with such *** repetitive sequences with potential variation in the organizational form and repeat-type affiliation are examined across related species,the introduction of the terms“TE library”and“repetitive DNA library”becomes essential.

关键词： Satellitome Comparative satellitomics Helitron Bivalves “Dark matter of the genome”

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