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基于网络药理学和分子对接技术探讨十九畏药对“郁金-丁香”抗肝纤维化作用机制

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安徽医药 2023年第6期27卷 1083-1087,F0002,I0001页

作者：汪居安王居义蔡叶李幸蓉吴凌伊艳敏檀啸王继洲中国科学技术大学附属第一医院肝胆外科安徽合肥241002 皖南医学院临床医学院安徽芜湖230001 安徽中医药大学中医学院安徽合肥230038 安徽理工大学医学院安徽淮南232001

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台(TCMSP)获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据... 详细信息

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台(TCMSP)获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据、OMIM数据库和genecards数据库获取;运用软件Venny 2.1绘制药物-疾病靶点韦恩图,得到药物抗肝纤维化的作用靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-靶点相互作用网络并分析其拓扑结构;运用String数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络图;利用david和Metascape数据库对关键靶点分别进行基因本体(gO)和京都基因与基因组百科全书(KEgg)富集分析;利用PubChem和RCSBPDB数据库对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到郁金-丁香药活性成分44个,对应作用靶点200个,肝纤维化候选靶点3 951个,药物与疾病交集靶点155个。药物-活性成分-靶点网络和PPI网络分析显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、β-谷甾醇等是药对治疗肝纤维化的关键成分,蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、牛胱天蛋白酶3(CASP3)等为治疗的核心靶点。155个潜在靶点经gO富集至1 889条生物学过程、44条细胞组分表达和94个分子功能相关的过程中。KEgg通路分析显示与133条通路有关,涉及癌症信号通路、乙型肝炎信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路等。分子对接表明关键成分与核心靶点结合良好。结论从网络药理学角度阐明了郁金-丁香药多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,初步揭示了其抗肝纤维化的作用机制,为后续研究提供思路与依据。

关键词：肝纤维化十九畏郁金丁香网络药理学分子对接蛋白质相互作用图谱

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血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎的整体调控作用研究

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上海中医药杂志 2020年第4期54卷 46-52页

作者：施烜魏娟刘美云金小红周焕平朱万莉冯迪杨浩吕欣同济大学附属上海市肺科医院麻醉科上海200433

目的探讨血必净注射液活性成分、靶标与新型冠状病毒肺炎之间存在的联系,为血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎以及后期的药物开发提供理论依据。方法从"中药系统药理学数据库与分析平台"和已发表的文献中整合血必净注射液的有效成分和... 详细信息

目的探讨血必净注射液活性成分、靶标与新型冠状病毒肺炎之间存在的联系,为血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎以及后期的药物开发提供理论依据。方法从"中药系统药理学数据库与分析平台"和已发表的文献中整合血必净注射液的有效成分和对应靶标,用Cytoscape软件构建网络并进行分析,使用david和STRINg数据库对得到的靶点进行通路富集分析。结果①通过数据库和文献检索,得到血必净注射液中的有效化合物成分共22个,共对应了504个潜在作用靶点。②与新型冠状病毒的受体血管紧张素转化酶2(ACE2)共表达的靶点进行交集,得到70个交集蛋白,提示血必净注射液可能通过这70个蛋白对新型冠状病毒肺炎起治疗作用。③靶点蛋白调控的通路主要集中在HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等一系列的通路中。结论血必净注射液对于新型冠状病毒肺炎的治疗体现了中药多成分、多靶点的整体调控作用,可能通过对70个能与ACE2互作的蛋白,调控与疾病发生发展相关联的通路,缓解炎症反应,抑制病毒复制,从而起到抗病毒的作用。

关键词：新型冠状病毒肺炎新型冠状病毒血必净注射液网络药理学血管紧张素转换酶2 抗病毒多靶点整体调控

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基于网络药理学的川芎作用机制研究

医药论坛杂志 2021年第7期42卷 1-6,11页

作者：邱建利张慧娟赵倩义孙晓旭袁业红郑海涛河南中医药大学第一附属医院儿科郑州450000

目的探讨中药川芎的可能药理作用机制,为进一步开发作用靶点明确的药物提供依据。方法利用中药系统药理学分析平台、Cytoscape 3.5.1软件、STRINg数据库以及david生物信息学资源数据库分别对川芎的有效化学成分以及靶标蛋白进行分析,并... 详细信息

目的探讨中药川芎的可能药理作用机制,为进一步开发作用靶点明确的药物提供依据。方法利用中药系统药理学分析平台、Cytoscape 3.5.1软件、STRINg数据库以及david生物信息学资源数据库分别对川芎的有效化学成分以及靶标蛋白进行分析,并通过化合物及其靶标蛋白的关系构建可视化的网络进行拓扑学分析,进一步分析蛋白质与蛋白质之间相互关系网络,最后将编码重要靶标蛋白的基因进行KEgg生物信息学富集分析。结果本研究共筛选到7个有效化合物,49个主要靶标蛋白以及20条KEgg信号富集通络。亚麻油酸乙酯、杨梅酮、川芎哚等是主要化合物;PTgS1、PTgS2、凝血酶、RXRA、是主要靶标蛋白;PTgS1、NCOA2、PTgS2、F2在网络中发挥了关键作用;主要化合物靶标蛋白的主要编码基因主要集中在TNF-α、HIF-1等信号通路。结论中药川芎中亚麻油酸乙酯、杨梅酮、川芎哚等可能通过TNF-α、HIF-1等信号通路作用于PTgS1、PTgS2、凝血酶、RXRA等起到活血化瘀、抗炎、抗菌的作用。

关键词：川芎网络药理学有效化合物靶标蛋白信号通路

基于网络药理学和分子对接技术研究四逆胃痛颗粒治疗萎缩性胃炎的作用机制

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特产研究 2022年第2期44卷 64-70页

作者：孙尧王艺璇张洪铭徐雅娟黄青姜彩霞解生旭姜英子延边大学药物分析教研室吉林延吉133000 长春中医药大学吉林长春130117 吉林省中医药科学院吉林省中药药效物质基础重点实验室吉林长春130012

本研究基于网络药理学和分子对接技术研究四逆胃痛颗粒治疗萎缩性胃炎的作用机制。通过TCMSP数据平台收集四逆胃痛颗粒中药材的主要活性成分,利用geneCards数据库收集疾病的靶点,使用String网站及Cytoscape3.8.0进行PPI网络分析使用DAVI... 详细信息

本研究基于网络药理学和分子对接技术研究四逆胃痛颗粒治疗萎缩性胃炎的作用机制。通过TCMSP数据平台收集四逆胃痛颗粒中药材的主要活性成分,利用geneCards数据库收集疾病的靶点,使用String网站及Cytoscape3.8.0进行PPI网络分析使用david平台进行gO生物学功能及KEgg通路分析,利用分子对接技术对核心靶点及关键活性成分进行对接验证。结果显示,筛选得到四逆胃痛颗粒活性成分135个,21个核心靶点,其中核心靶点排名靠前的有PTgS2、MAK1和AKT1等。gO及KEgg富集分析结果显示四逆胃痛颗粒可能通过TNF、PI3K/Akt等信号通路来治疗慢性萎缩性胃炎。分子对接结果显示核心靶点与关键成分有较好的结合性。通过网络药理学和分子对接从多个方面预测了四逆胃痛颗粒治疗萎缩性胃炎的作用机制,可为临床的合理应用提供理论依据。

关键词：网络药理学分子对接萎缩性胃炎四逆胃痛颗粒

基于随机森林算法的宫颈癌淋巴结转移相关基因的生物信息学筛选

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中国生化药物杂志 2016年第4期36卷 5-8页

作者：范淑英李春晓王婷周春霞钱海利王海娟詹启敏河北省唐山市开滦总医院妇产科河北唐山063000 国家癌症中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室北京100021

目的分析与淋巴结转移最相关的基因集和基因集中的关键节点性基因,为宫颈癌淋巴结转移预测潜在干预靶点。方法利用TCgA宫颈癌患者转录组数据集,使用随机森林算法对淋巴结转移最相关基因进行分析和排名,使用STRINg和Cytospace对这些相关... 详细信息

目的分析与淋巴结转移最相关的基因集和基因集中的关键节点性基因,为宫颈癌淋巴结转移预测潜在干预靶点。方法利用TCgA宫颈癌患者转录组数据集,使用随机森林算法对淋巴结转移最相关基因进行分析和排名,使用STRINg和Cytospace对这些相关基因进行互作网络分析,筛选对其他基因具有最广泛相互作用的基因节点,使用david对这些基因在整体上进行功能识别。结果获得淋巴结转移相关基因重要性排序(2784个),并获得其中的关键节点基因(前13位分别为EgFR,NOTCH1,RHOA),这些基因均与淋巴结转移显著相关(PgFR,NOTCH1,RHOA在临床水平均已发现与宫颈癌淋巴结转移显著相关。结论随机森林算法是一个有效的方法,采用此方法获得的宫颈癌转移相关的基因集有很大比例与淋巴结转移显著相关。

关键词：随机森林算法宫颈癌淋巴结转移生物信息学

Small P values may not yield robust findings:an example using REST-meta-PD

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Science Bulletin 2021年第21期66卷 2148-2152,M0003页

作者： Xi-Ze Jia Na Zhao Hao-Ming Dong Jia-Wei Sun Marek Barton Roxana Burciu Nicolas Carrière Antonio Cerasa Bo-Yu Chen Jun Chen Stephen Coombes Luc Defebvre Christine Delmaire Kathy Dujardin Fabrizio Esposito guo-guang Fan Federica Di Nardo Yi-Xuan Feng Brett W.Fling Saurabh garg Moran gilat Martin gorges Shu-Leong Ho Fay BHorak Xiao Hu Xiao-Fei Hu Biao Huang Pei-Yu Huang Ze-juan Jia Christina Jones Jan Kassubek Lenka Krajcovicova Ajay Kurani Jing Li Qing Li Ai-Ping Liu Bo Liu Hu Liu Wei-guo Liu Renaud Lopes Yu-Ting Lou Wei Luo Tara Madhyastha Ni-Ni Mao grainne McAlonan Martin J.McKeown Shirley Pang Andrea Quattrone Irena Rektorova Alessia Sarica Hui-Fang Shang James M.Shine Priyank Shukla Tomas Slavicek Xiao-Peng Song gioacchino Tedeschi Alessandro Tessitore david Vaillancourt Jian Wang Jue Wang Z.Jane Wang Lu-Qing Wei Xia Wu Xiao-Jun Xu Lei Yan Jing Yang Wan-Qun Yang Nai-Lin Yao De-Long Zhang Jiu-Quan Zhang Min-Ming Zhang Yan-Ling Zhang Cai-Hong Zhou Chao-gan Yan Xi-Nian Zuo Mark Hallett Tao Wu Yu-Feng Zang Center for Cognition and Brain Disorders the Affiliated HospitalHangzhou Normal UniversityHangzhou 310015China Zhejiang Key Laboratory for Research in Assessment of Cognitive Impairments Hangzhou 311121China National Basic Science Data Center Beijing 100190China State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning&Mcgovern Institute for Brain Research Beijing Normal UniversityBeijing 100875China School of Information and Electronics Technology Jiamusi UniversityJiamusi 154007China Neuroscience Program Central European Institute of TechnologyCEITECMasaryk UniversityBrno 62500Czech Republic Department of Applied Physiology and Kinesiology University of FloridaGainesville FL 32611USA Univ.Lille InsermCHU LilleU1172-LilNCog-Lille Neuroscience&CognitionLille F-59000France The Institute for Biomedical Research and Innovation National Research CouncilMangone CS 87050Italy Department of Radiology The First Affiliated Hospital of China Medical UniversityShenyang 110001China Department of Radiology Guangdong Provincial Hospital of Chinese MedicineGuangzhou 510120China Department of Medicine Surgery and DentistryScuola Medica SalernitanaUniversity of SalernoFiscianoSA 132-84084Italy Department of Advanced Medical and Surgery Sciences University of Campania“Luigi Vanvitelli”Caserta 81100Italy Eye Center of the 2nd Affiliated Hospital Medical College of Zhejiang UniversityHangzhou 310020China Zhejiang Provincial Key Lab of Ophthalmology Hangzhou 310020China Department of Health and Exercise Science Colorado State UniversityFort Collins CO 80523USA Pacific Parkinson’s Research Centre University of British ColumbiaVancouver BC V6E 2M6Canada Department of Medicine(Neurology)University of British Columbia Vancouver BC V6T 1B7Canada Brain and Mind Center The University of SydneySydney NSW 2006Australia Department of Neurology Ulm UniversityUlm 89081Germany Division of Neurology Department of MedicineQueen Mary HospitalUniversity of Hong KongHong Kong 999077China Department of

Thousands of resting state functional magnetic resonance imaging(RS-f MRI)articles have been published on brain *** precise localization of abnormal brain activity,a voxel-level comparison is *** of the large number of voxels in the brain,multiple comparison correction(MCC)must be performed to reduce false positive rates,and a smaller P value(usually including either liberal or stringent MCC)is widely recommended[1].

关键词：帕金森病 precise correction

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头颈部鳞癌中TP53基因的调控网络分析

局解手术学杂志 2016年第12期25卷 863-867页

作者：徐明义郑艳秋孙娟胡文良王亚平崔晓波李玲香内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科内蒙古呼和浩特010050

目的挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCgA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据,利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响,并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因... 详细信息

目的挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCgA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据,利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响,并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因。利用String和david数据库,建立TP53的共表达网络并分析网络功能,通过lncRNA2target和Star Base数据库,筛选出能够调控TP53的短链非编码RNA(microRNA),长链非编码RNA(lncRNA)和竞争性内源性RNA(ceRNA),利用Cytoscape软件建立TP53相关基因调控网络。结果 279例头颈部鳞癌样本中共有77%的样本出现TP53表达异常,且TP53表达异常患者的生存率显著低于TP53正常表达的患者。此外,筛选出TP53基因的共表达基因288个,(Spearman分数和Pearson分数>0.3)功能分析结果显示共表达基因的功能主要为转录调控、细胞凋亡、增殖过程和免疫应答等功能。TP53基因调控网络揭示has-miR-186-5p和has-miR-202-3p等43个microRNA能够靶向调控TP53基因;此外,MEg1、TUg1和MALAT1等6个lncRNA,PHC2、FZD4和TUB等56个mRNA能够通过ceRNA作用调控TP53。结论通过生物信息学方法和基因数据库建立的TP53相关基因调控网络揭示可能调控抑癌基因TP53的若干microRNA、lncRNA和ceRNA,可以为头颈部鳞癌中TP53的作用机制和以TP53为靶点的分子治疗提供新的切入点。

关键词：喉鳞状细胞癌 TP53 长链非编码RNA 竞争性内源性RNA

基于分子对接和网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎的可行性

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中国现代中药 2020年第4期22卷 512-521,563页

作者：许洪波刘妍如周瑞于金高杨宁娟王梅黄峰宋忠兴唐志书陕西中医药大学陕西省中药资源产业化省部共建协同创新中心/秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育)/陕西省创新药物研究中心陕西咸阳712083 陕西中医药大学附属医院国家中医临床研究基地陕西咸阳712000 陕西中医药大学制药厂陕西省博士后创新基地陕西咸阳712083

目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以... 详细信息

目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以银翘解毒合剂中成分为配体,利用分子对接技术探讨可能作用于人血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的活性成分,进而运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点(基因)网络,通过david数据库对活性成分靶点进行基因本体(gO)和京都基因与基因组百科全书(KEgg,Kyoto Encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果:获得银翘解毒合剂中化合物1060个,分子对接结果显示有301个化合物与ACE2具有较好的亲和作用(其中18个化合物优于参照药物洛匹那韦和瑞德西韦),进一步通过吸收、分布、代谢、排泄(ADME)参数从中优选出关键活性成分55个。关键成分靶点生物功能富集分析得到gO条目2080个(Pgg通路富集分析得到152条信号通路(P<0.05),主要涉及与COVID-19感染源类似(病毒感染)的疾病,以及与肺炎和免疫、炎症反应相关的信号通路。结论:银翘解毒合剂中具有潜在作用于ACE2蛋白的活性物质,其有可能通过多靶点、多通路发挥防治COVID-19的作用。

关键词：新型冠状病毒肺炎银翘解毒合剂分子对接网络药理学

基于网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的作用机制

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现代药物与临床 2023年第12期38卷 2945-2954页

作者：赵曼彤曹霞林佳子王晓杨梦茹梁蓝元岳义民钟璐阳杜杰勇余佳敏周彤李建华沈学娟王毅舒尊鹏广东药科大学中药学院广东广州510006

目的通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路,以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用... 详细信息

目的通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路,以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用靶点进行收集。从geneCards数据库中检索理气、代谢相关脂肪性肝病相关靶点,对理气靶点、代谢相关脂肪性肝病靶点与药效靶点进行映射,得出陈皮理气功效治疗非酒精性脂肪肝的功效靶点。将功效靶点输入STRINg数据库中得出蛋白相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化。通过david数据库进行基因本体(gO)与京都基因与基因组百科全书(KEgg)通路富集分析。筛选出陈皮关键活性化合物和靶基因后,进行分子对接,预测活性化合物与核心靶点的结合,得出其可能作用的分子机制并构建“化合物–靶点–通路”网络图。结果陈皮中共有63种活性成分和540个相应靶点,理气靶点580个,代谢相关脂肪性肝病靶点478个。最终筛选获得56个关键靶点和16个重要的信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B1(Akt)信号通路、Ras信号通路、胰岛素信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的主要成分为川陈皮素、柚皮素、橙皮苷等,关键靶点为Akt1、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)α、PPARγ、表皮生长因子受体(EgFR)等。分子对接显示柚皮素、川陈皮素、柚皮苷分别与Akt1、PPARγ、原癌基因c(JUN)、雌激素受体α(ESR1)、PPARα结合良好。结论陈皮中的柚皮素、川陈皮素、柚皮苷可能为其发挥理气功效的主要活性成分,能够多靶点、多途径地调控氧化应激、炎症反应、脂质代谢等生物效应过程治疗非酒精性脂肪肝,为陈皮在临床上治疗非酒精性脂肪肝的深入研究提供理论基础和科学依据。

关键词：陈皮理气非酒精性脂肪肝网络药理学分子对接柚皮素川陈皮素柚皮苷