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A next-generation marker genotyping platform(AmpSeq)in heterozygous crops:a case study for marker-assisted selection in grapevine

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Horticulture Research 2016年第1期3卷 302-313页

作者： Shanshan Yang jonathan Fresnedo-Ramíre Minghui Wang Linda Cote Peter Schweitzer Paola Barba Elizabeth M Takacs Matthew clark James Luby David C Manns Gavin Sacks Anna Katharine Mansfield Jason Londo Anne Fennell David Gadoury Bruce Reisch Lance Cadle-Davidson Qi Sun Horticulture Section School of Integrative Plant ScienceCornell UniversityGenevaNY 14456USA Bioinformatics Facility Cornell UniversityIthacaNY 14853USA Institute of Biotechnology Cornell UniversityIthacaNY 14853USA Plant Breeding and Genetics Section School of Integrative Plant ScienceCornell UniversityIthacaNY 14853USA Department of Horticultural Science University of MinnesotaSt PaulMN 55108USA Department of Food Science Cornell UniversityGenevaNY 14456USA Department of Food Science Cornell UniversityIthacaNY 14853USA USDA-ARS Grape Genetics Research Unit GenevaNY 14456USA Plant Science Department South Dakota State UniversityBrookingsSD 57007USA Plant Pathology and Plant-Microbe Biology Section School of Integrative Plant ScienceCornell UniversityGenevaNY 14456USA

Marker-assisted selection(MAS)is often employed in crop breeding programs to accelerate and enhance cultivar development,via selection during the juvenile phase and parental selection prior to ***-generation sequencing and its derivative technologies have been used for genome-wide molecular marker *** bridge the gap between marker development and MAS implementation,this study developed a novel practical strategy with a semi-automated pipeline that incorporates trait-associated single nucleotide polymorphism marker discovery,low-cost genotyping through amplicon sequencing(AmpSeq)and decision *** results document the development of a MAS package derived from genotyping-by-sequencing using three traits(flower sex,disease resistance and acylated anthocyanins)in grapevine *** vast majority of sequence reads(⩾99%)were from the targeted *** 380 individuals and up to 31 amplicons sequenced in each lane of MiSeq data,most amplicons(83 to 87%)had<10%missing data,and read depth had a median of 220–244×.Several strengths of the AmpSeq platform that make this approach of broad interest in diverse crop species include accuracy,flexibility,speed,high-throughput,low-cost and easily automated analysis.

关键词： crops breeding cultivar

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美国合作联邦制下的流域治理机制

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中国检察官 2019年第15期 3-8页

作者：杰弗里·波什特·克拉克乔纳森D.布莱特比尔美国司法部环境与自然资源局

本文从美国司法部环境与自然资源局的职责与功能的角度,阐述美国司法部在流域治理过程中的作用,并从联邦与州法律两个层面,介绍美国联邦层面流域治理机制,重点介绍《清洁水法》的主要内容和民事、刑事法律实施与执法措施.

关键词：流域治理合作联邦制清洁水法执法措施

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