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Robust Benchmark Structural Variant Calls of An Asian Using State-of-the-art Long-read Sequencing Technologies

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022年第1期20卷 192-204页

作者： Xiao Du Lili Li Fan Liang Sanyang Liu Wenxin zhang Shuai Sun Yuhui Sun Fei Fan Linying Wang Xinming Liang Weijin Qiu Guangyi Fan Ou Wang Weifei Yang jiezhong zhang Yuhui Xiao Yang Wang Depeng Wang Shoufang Qu Fang Chen Jie Huang National Institutes for food and drug Control(NIFDC) Beijing 10050China BGI-Qingdao BGI-ShenzhenQingdao 266555China GrandOmics Biosciences Beijing 102200China Annoroad Gene Technology(Beijing)Co. Ltd.Beijing 102200China BGI-Shenzhen Shenzhen 518083China MGI BGI-ShenzhenShenzhen 518083China State Key Laboratory of Agricultural Genomics BGI-ShenzhenShenzhen 518083China China National GeneBank BGI-ShenzhenShenzhen 518120China

The importance of structural variants(SVs)for human phenotypes and diseases is now *** a variety of SV detection platforms and strategies that vary in sensitivity and specificity have been developed,few benchmarking procedures are available to confidently assess their performances in biological and clinical *** facilitate the validation and application of these SV detection approaches,we established an Asian reference material by characterizing the genome of an Epstein-Barr virus(EBV)-immortalized B lymphocyte line along with identified benchmark regions and high-confidence SV *** established a high-confidence SV callset with 8938 SVs by integrating four alignment-based SV callers,including 109×Pacific Bio sciences(PacBio)continuous long reads(CLRs),22×PacBio circular consensus sequencing(CCS)reads,104×Oxford Nanopore Technologies(ONT)long reads,and 114×Bionano optical mapping platform,and one de novo assembly-based SV caller using CCS reads.A total of 544 randomly selected SVs were validated by PCR amplification and Sanger sequencing,demonstrating the robustness of our SV *** trio-binning-based haplotype assemblies,we established an SV benchmark for identifying false negatives and false positives by constructing the continuous high-confidence regions(CHCRs),which covered 1.46 gigabase pairs(Gb)and 6882 SVs supported by at least one diploid haplotype *** high-confidence SV calls for a benchmark sample that has been characterized by multiple technologies provides a valuable resource for investigating SVs in human biology,disease,and clinical research.

关键词： Asian benchmark Reference material Structural variation Haplotype-resolved Sanger validation

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DRP引入信息系统的方案设计

现代工业经济和信息化 2018年第14期8卷 30-32页

作者：张杰忠江苏苏钢集团有限公司江苏苏州215151

库存管理系统是生产、计划和控制的基础。减少库存积压,降低库存成本,防止资金僵化,为提高企业市场竞争力提供有力保障。通过对苏信特钢棒材库存报表的分析,剖析库存数量居高不下的原因,提出DRP1(分销资源计划)系统管理模式引入信息化... 详细信息

库存管理系统是生产、计划和控制的基础。减少库存积压,降低库存成本,防止资金僵化,为提高企业市场竞争力提供有力保障。通过对苏信特钢棒材库存报表的分析,剖析库存数量居高不下的原因,提出DRP1(分销资源计划)系统管理模式引入信息化系统的理念和方法。该系统具有库存周转加快、降低资金占用等优势,可以更好地服务客户,从而提高了企业市场综合竞争力。

关键词：苏信特钢库存报表 DRP模式竞争力

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某钢铁集团信息化成熟度评估研究

山西冶金 2018年第6期41卷 89-92页

作者：张杰忠孙燕娜江苏苏钢集团有限公司江苏苏州215153

阐述了通过引用国外某知名企业构建的企业信息化成熟度评估模型,对某钢铁集团信息化资料收集,梳理,结合该钢铁集团信息化面临的新环境及业务现状分析,建议重新定义该钢铁集团信息系统,制定信息化方案,提出了只有将信息化建设摆在战略高... 详细信息

阐述了通过引用国外某知名企业构建的企业信息化成熟度评估模型,对某钢铁集团信息化资料收集,梳理,结合该钢铁集团信息化面临的新环境及业务现状分析,建议重新定义该钢铁集团信息系统,制定信息化方案,提出了只有将信息化建设摆在战略高度进行规划,才能解决信息化建设和投资中的协同问题。

关键词：管理决策信息化程度模型信息系统

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不同型号柴油的空穴特性及燃油雾化的研究

小型内燃机与摩托车 2013年第6期42卷 25-28页

作者：郑清平张杰忠李博马春艳河北工业大学能源与环境工程学院天津300401

利用模拟的方法对不同型号类型柴油(-20#,-10#,0#,10#)的空穴特性做了研究,同时分析了空化特性对燃油雾化的影响,并且对计算模型做了验证。结果表明-20#,-10#,0#,10#柴油空穴程度依次增强。空穴大的燃油,喷孔出口空穴湍动能增强,流速较... 详细信息

利用模拟的方法对不同型号类型柴油(-20#,-10#,0#,10#)的空穴特性做了研究,同时分析了空化特性对燃油雾化的影响,并且对计算模型做了验证。结果表明-20#,-10#,0#,10#柴油空穴程度依次增强。空穴大的燃油,喷孔出口空穴湍动能增强,流速较大。10#柴油相对其他柴油容易产生空穴。空穴也会影响喷孔截面流场分布,油束会偏离喷孔轴线。

关键词：空穴燃油雾化烟度排放模拟

Investigation of non-uniform leading-edge tubercles in compressor cascade:Based on multi-objective optimization and data mining

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Chinese Journal of Aeronautics 2024年第7期37卷 134-152页

作者： jiezhong DONG Wuli CHU Haoguang zhang Bo LUO Tianyuan JI Ziyun zhang School of Power and Energy Northwestern Polytechnical UniversityXi’an 710129China

Corner stall receives noticeable attention in the aeroengine field as an important phenomenon in highly-load ***-uniform leading-edge tubercles,as an effective method to delay stall,are introduced into the *** this paper,the shape of leading-edge tubercles was controlled by a third-order Fourier *** judge corner stall,a more precise stall indicator for compressor cascade with flow control methods was ***,the total kinetic energy of the secondary flow at large incidence was adopted as a parameter for stall evaluation to save computing *** results of multiobjective optimization reveal that the loss coefficient exhibited negligible variation at design incidence,while the total kinetic energy of secondary flow showed a significant reduction at large incidence,resulting in a substantial increase in stall *** the optimal profiling cases,the stall incidencewas delayed from 7.9°to 11.6°.The major purpose of the research is to provide proper design guidelines for nonuniformleading-edge tubercles and uncover the flow controlmechanisms of leading-edge ***,the geometric features that meet different optimization objectives were extracted through geometric analysis near the Pareto Front and through Self-OrganizingMap(SOM)dataminingmethods in the optimization ***,flow field analysis reveals the flow control mechanism of leading-edge *** convex-concave-convex structure at the 0%-70%blade height region can form two branches of leading-edge vortex pairs that are opposite in the rotation direction to the passage *** two branches of leading-edge vortex pairs mixed with the leading-edge separation vortex to form two stronger mixed vortices,which can effectively suppress the development of passage vortex and delay stall incidence.

关键词： Corner stall Non-uniform leading-edge tubercles Stall indicator Stall evaluation parameter Mixed vortex

法舒地尔缓解β-淀粉样蛋白1-42诱导的SH-SY5Y细胞凋亡

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中国组织工程研究 2025年第23期29卷 4939-4946页

作者：郭敏芳张慧宇章培军苏琴贾思玮尉杰忠山西大同大学脑科学研究所/分子细胞免疫学大同市重点实验室山西省大同市037009 山西中医药大学神经生物学研究中心/国家中医药管理局益气活血法治疗多发性硬化重点研究室山西省晋中市030619 山西大同大学附属第一医院/大同市第五人民医院山西省大同市037009

背景:法舒地尔对阿尔茨海默病小鼠脑内的线粒体动力学有调节作用,并且可以抑制神经炎症,但能否调节线粒体自噬和NLRP3炎症小体进而减轻β-淀粉样蛋白毒性尚不清楚。目的:探究法舒地尔对β-淀粉样蛋白1-42诱导的人源神经母细胞瘤细胞株SH... 详细信息

背景:法舒地尔对阿尔茨海默病小鼠脑内的线粒体动力学有调节作用,并且可以抑制神经炎症,但能否调节线粒体自噬和NLRP3炎症小体进而减轻β-淀粉样蛋白毒性尚不清楚。目的:探究法舒地尔对β-淀粉样蛋白1-42诱导的人源神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y凋亡和线粒体自噬以及NLRP3炎症小体的调节作用。方法:将SH-SY5Y细胞接种于孔板内,细胞贴壁后分3组干预:对照组不加入任何药物,模型组加入20μmol/L β-淀粉样蛋白1-42,法舒地尔组同时加入20μmol/L β-淀粉样蛋白1-42与15 mg/L法舒地尔,干预24 h后,采用MTT法检测细胞活性,TUNEL染色检测细胞凋亡,qRT-PCR和Western blot检测凋亡相关蛋白表达,免疫荧光染色和Western blot检测线粒体自噬相关蛋白表达,免疫荧光染色和Western blot检测NLRP3炎症小体相关蛋白表达。结果与结论:(1)与对照组比较,模型组细胞活性降低、凋亡率升高(P<0.05);与模型组比较,法舒地尔组细胞活性升高、凋亡率降低(P<0.05);(2)qRT-PCR和Western blot检测结果显示,与对照组比较,模型组细胞Bax mRNA与蛋白表达升高(P<0.05),Bcl-2 mRNA与蛋白表达降低(P<0.05);与模型组比较,法舒地尔组细胞Bax mRNA与蛋白表达降低(P<0.05),Bcl-2 mRNA与蛋白表达升高(P<0.05);(3)免疫荧光染色和Western blot检测结果显示,与对照组相比,模型组细胞PINK1、帕金森病蛋白和LC3蛋白表达降低(P<0.05),p62蛋白表达升高(P<0.05);与模型组相比,法舒地尔组细胞PINK1、帕金森病蛋白和LC3蛋白表达升高(P<0.05),p62蛋白表达降低(P<0.05);(4)免疫荧光染色和Western blot检测结果显示,与对照组相比,模型组细胞NLRP3、ASC、Caspase-1和白细胞介素1β蛋白表达升高(P<0.05);与模型组相比,法舒地尔组细胞NLRP3、ASC、Caspase-1和白细胞介素1β蛋白表达降低(P<0.05);(5)结果表明,法舒地尔可以减轻β-淀粉样蛋白1-42诱导的SH-SY5Y细胞凋亡,其机制可能与激活线粒体自噬且抑制NLRP3炎症小体激活有关。

关键词：法舒地尔 β-淀粉样蛋白神经细胞细胞凋亡线粒体自噬炎症小体

乡村振兴战略下户外运动目的地演化路径与利益相关者行为分析——基于扎根理论的安吉县案例研究

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体育科学 2022年第9期42卷 36-44,89页

作者：徐杰忠张毅恒中国地质大学(武汉)体育学院湖北武汉430074

利用资源禀赋优势发展乡村户外运动,打造可以满足户外运动者消费需求的户外运动目的地,能够有效引导和推动资本、人才、信息、管理等生产要素向乡村流动,促进乡村产业要素融合和产业功能延展,对于发挥乡村地区的比较优势,实现乡村产业... 详细信息

利用资源禀赋优势发展乡村户外运动,打造可以满足户外运动者消费需求的户外运动目的地,能够有效引导和推动资本、人才、信息、管理等生产要素向乡村流动,促进乡村产业要素融合和产业功能延展,对于发挥乡村地区的比较优势,实现乡村产业振兴具有现实意义。以安吉县为案例,运用扎根理论研究了户外运动目的地的演化路径与利益相关者行为:1)户外运动目的地从萌芽到成熟的过程包括点散、线连、面聚3个阶段,呈现出“点—线—面”的空间演化特征;2)因户外运动者进入产生的生态红利不断增多,参与户外运动市场开发的利益群体也逐渐扩大,最终形成由户外运动者、本地民众、当地政府、外部投资商构筑的多元行为主体网络系统;3)伴随着户外运动目的地的演化,各利益主体的行为特征会不断变化,参与市场开发的程度也会逐步加深。基于此,乡村地区打造户外运动目的地应顺应产业发展规律,形成比较优势;引导社会资本参与,增加市场活力;重视本地民众参与,优化利益分配;创新政府治理方式,纾解开发困境。

关键词：乡村振兴户外运动户外运动目的地扎根理论安吉县

维普期刊数据库博看期刊

真实安装角偏差影响压气机性能的不确定性量化

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航空动力学报 2024年第10期39卷 404-417页

作者：姬田园楚武利张皓光董杰忠西北工业大学动力与能源学院西安710129

为研究叶片安装角偏差对压气机性能及稳定性的影响,以单级轴流亚声速压气机为研究对象,采用任意多项式混沌方法作为不确定性量化方法,量化研究了叶片安装角偏差对压气机气动性能和流场结构的不确定性影响。研究发现:性能参数与安装角偏... 详细信息

为研究叶片安装角偏差对压气机性能及稳定性的影响,以单级轴流亚声速压气机为研究对象,采用任意多项式混沌方法作为不确定性量化方法,量化研究了叶片安装角偏差对压气机气动性能和流场结构的不确定性影响。研究发现:性能参数与安装角偏差之间均为完全单调相关,且随着质量流量减小,压气机性能波动程度总体呈减小趋势。安装角偏差改变了气流攻角,在大流量工况下,由于叶根区域负攻角程度最为严重,因此该区域内流场波动程度最大;而在小流量工况下,叶顶间隙泄漏涡受安装角偏差影响明显,叶顶区域流动损失波动程度最大。同时,由于近失速工况下叶顶间隙泄漏涡的发展方向以及膨胀程度随安装角偏差发生变化,叶顶区域堵塞程度受到影响,最终导致压气机稳定性产生波动。

关键词：加工偏差压气机转子混沌多项式不确定性量化相关性分析

The Phenotypic Conversion of Macrophage Detected by FACS in EAE Mice Treated with or without Fasudil

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Engineering（科研） 2013年第10期5卷 491-495页

作者： Chunyun Liu Yong Xie Yanhua Li jiezhong Yu Ling Feng Shaowei Hou Haifei zhang Cungen Ma Baoguo Xiao Institute of Brain Science Department of Neurology Medical School Shanxi Datong University Datong China Institute of Neurology Huashan Hospital Fudan University Shanghai China

We studied the changes of macrophage populations in splenic mononuclear cells of experimental autoimmune ence-phalomyelitis (EAE) mice treated with or without Fasudil. Phenotypic analysis using flow cytometry showed that the levels of TLR4, CD11c and CD40 which represent the type 1 macrophage, were depressed in Fasudil-treated mice. Incontrast, it was observed the expressions of CD200 and CD14 which typify the type 2 macrophage were elevated in Fasudil-treated mice as compared to EAE mice. And we also found that Fasudil at dose of 40 mg/kg alleviated the se-verity of symptom in EAE mice. Based on the evidence that M1 macrophages are neurotoxic and M2 macrophages promote a regenerative growth, indicating that polarization and shifting of macrophages into M2 cells may also play key roles in treatment of EAE.

关键词： Experiment Autoimmune Excephomeylitis Fasudil Flow Cytometry Macrophage