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MDA-TOEPGA:A novel method to identify miRNA-disease association based on two-objective evolutionary programming genetic algorithm

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BIOCELL 2022年第8期46卷 1925-1933页

作者： BUWEN CAO jiawei luo SAINAN XIAO XIANGJUN ZHOU College of Information and Electronic Engineering Hunan City UniversityYiyang413000China College of Computer Science and Electronic Engineering Hunan UniversityChangsha410082China

The association between miRNA and disease has attracted more and more *** now,existing methods for identifying miRNA related disease mainly rely on top-ranked association model,which may not provide a full landscape of association between miRNA and *** there is strong need of new computational method to identify the associations from miRNA group *** this paper,we proposed a framework,MDA-TOEPGA,to identify miRNAdisease association based on two-objective evolutionary programming genetic algorithm,which identifies latent miRNAdisease associations from the view of functional *** understand the miRNA functional module in diseases,the case study is *** have been compared MDA-TOEPGA with several state-of-the-art functional module *** results showed that our method cannot only outperform classical algorithms,such as K-means,IK-means,MCODE,HC-PIN,and ClusterONE,but can also achieve an ideal overall performance in terms of a composite score consisting of f1,Sensitivity,and ***,our study showed that MDA-TOEPGA is a promising method to investigate miRNA-disease association from the landscapes of functional module.

关键词： MiRNA functional module MiRNA-disease association Two-objective Evolutionary programming genetic algorithm

ACGLM: A Hybrid Approach to Select and Combine Gene Expression Regulation in Cancer Datasets

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ACGLM: A Hybrid Approach to Select and Combine Gene Expressi...

Maternal or post-weaning dietary fructo-oligosaccharide supplementation reduces stillbirth rate of sows and diarrhea of weaned piglets

第三届材料科学应用与能源材料国际研讨会

作者： Hesham Abdulatef Mohammed Al-bukhaiti jiawei luo College of Information Science and Engineering Hunan University

Cancer is one of the causes of death in the world and many genes are involved in it. Transcription factors（TFs） and microRNAs（miRNAs） are primary gene regulators and regulatory mechanisms for cells to define their targets. The study of the Regulatory mechanisms of the two main regulators is complex,but this lead to a deeper interpretation of biological processes. In order to avoid exhaustive search and unnecessary genes, firstly, m RNA expression and miRNA expression are clustered by K-means cluster, then, applied ANOVA test to select significant genes. We proposed a gene regulatory network（GRN） estimation method, using Directed networks with generalized linear regression to predict and explain the relationships between regulators and their targets. Where through GO TERM and KEGG PATHWAY for target genes we got many processes such as cell communication, regulation of the biologic process, biological regulation and cell cycle, DNA replication, and cell cycle, these processes are considered significant to the cancer diseases. by comparing with other methodologies Our approach was better, as well as the results were consistent with the medical literature, where the important regulators in our gene regulatory network have a major role in cancer this explains the efficiency of this approach.

关键词：

来源： cnki会议评论

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Animal Nutrition 2024年第2期17卷 155-164页

作者： Kaidi Ma Bin Su Fuyong Li Jinfeng Li jiawei Nie Wenyu Xiong Jinxi luo Shuangbo Huang Tong Zhou Xide Liang Facai Li Jinping Deng Chengquan Tan Guangdong Provincial Key Laboratory of Animal Nutrition Control National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry Institute of Subtropical Animal Nutrition and Feed College of Animal Science South China Agricultural University Guangzhou Pucheng Biological Technology Co. Baolingbao Biology Co. Ltd

Fructo-oligosaccharides(FOS) are well-known prebiotics that have the potential to improve sow reproductive performance and increase piglet growth. However, previous studies were observed in sole FOS-supplemented diets of sows or weaned piglets and did not consider the sow-to-piglet transfer effect on the performance and diarrhea rate of weaned piglets. This study explores the effects of dietary FOS supplementation on the reproductive performance of sows, and the effects of FOS supplementation at different stages on the growth performance and diarrhea rate of weaned piglets. A split-plot experimental design was used with sow diet effect in the whole plot and differing piglet diet effect in the subplot. Fifty-two multiparous sows(223.24 ± 14.77 kg) were randomly divided into 2 groups(0 or 0.2%FOS). The experiment lasted from day 85 of gestation to day 21 of lactation. Reproductive performance,glucose tolerance, placental angiogenesis, and intestinal flora of sows were assessed. At weaning, 192weaned piglets were grouped in 2 × 2 factorial designs, with the main effects of FOS supplemental level of sow diet(0 and 0.2%), and FOS supplemental level of weaned piglet diet(0 and 0.2%), respectively. The growth performance and diarrhea rate of the weaned piglets were analyzed during a 28-d *** dietary supplementation of FOS was shown to reduce the stillbirth and invalid piglet rates(P < 0.05), improve the insulin sensitivity(P < 0.05) and fecal scores(P < 0.05) of sows, increase the abundance of Akkermansia muciniphila(P = 0.016), decrease the abundance of Escherichia coli(P = 0.035),and increase the isovalerate content in feces(P = 0.086). Meanwhile, the placental angiogenesis marker CD31 expression was increased in sows fed FOS diet(P < 0.05). Moreover, maternal and post-weaning dietary FOS supplementation reduced the diarrhea rate of weaned piglets(P < 0.05) and increased the content of short-chain fatty acids in feces(P < 0.05). Furthermore, only post-wea

关键词： Stillbirth Diarrhea Fructo-oligosaccharide Sow Weaned piglet

利用基于Python/RGB模块的DNA电泳图像分析方法检测绵羊血浆中羊源性成分

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现代食品科技 2024年第6期40卷 252-259页

作者：曹诗林张春鸿赖昕珏袁志涛郝锦亨陈慧马俊炜李鑫尧余洁婷罗佳伟陈胤熹郑少鹏郑焜文林小茹陈宛涓佛山科学技术学院广东省食品智能制造重点实验室广东佛山528225 华南农业大学食品学院广东广州510641 佛山科学技术学院食品科学与工程学院广东佛山528000 佛山科学技术学院材料与氢能学院广东佛山528000

该文探究了运用Python处理食品中DNA分子量与含量测定的新方法,建立了DNA凝胶图像分析方法。将不同分子量的DNA Marker与DNA标准样品进行琼脂糖凝胶电泳并拍照,利用自行开发Python程序分析凝胶图,对图像进行灰度图转换、高斯模糊、图像... 详细信息

该文探究了运用Python处理食品中DNA分子量与含量测定的新方法,建立了DNA凝胶图像分析方法。将不同分子量的DNA Marker与DNA标准样品进行琼脂糖凝胶电泳并拍照,利用自行开发Python程序分析凝胶图,对图像进行灰度图转换、高斯模糊、图像阈值化、轮廓检测的图像优化步骤,探究了轮廓平均值法、轮廓中线法、全局数据平均法、全局数据积分法反映出DNA浓度与RGB数值间的线性关系,选取最优处理方法,通过读取像素迁移距离、RGB-灰度、RGB-向量、RGB-亮度进行DNA分子量与含量的测定实验,建立一种基于Python/RGB色彩体系的DNA凝胶电泳中分子量与含量的分析方法。检测结果误差较小,证明了Python/RGB的DNA分子量与含量分析方法的可行性,同时将该文所构建的凝胶图像分析方法应用于绵羊血浆中羊源性成分检测,结果显示所得目的蛋白为296 bp,而用DNA检测法得出样品中片段大小为294 bp,误差为0.99%,有望构建一种肉类源性成分检测的新方法。

关键词： DNA凝胶电泳 DNA分子量 DNA含量 Python

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可视化的煤灰高温流动特性试验研究

煤炭学报 2022年第S1期47卷 323-330页

作者：李辉罗佳伟季梦婷周昊浙江大学能源清洁利用国家重点实验室浙江杭州310027 华能国际电力股份有限公司北京100031

煤灰渣的流动特性是影响液态排渣的重要因素之一,为了确保液态排渣的顺利进行,充分了解相关灰渣在高温下的熔融及流动特性是很有必要的。本研究的主要目的是开发一种可以用于煤灰的高温流动特性的可视化测量方法,以便对试验煤灰的流动... 详细信息

煤灰渣的流动特性是影响液态排渣的重要因素之一,为了确保液态排渣的顺利进行,充分了解相关灰渣在高温下的熔融及流动特性是很有必要的。本研究的主要目的是开发一种可以用于煤灰的高温流动特性的可视化测量方法,以便对试验煤灰的流动特性进行更多的了解。提出的可视化测量方法中,采用CCD相机对将二煤灰、塔城煤灰以及准东煤灰的整个流动过程进行了实时监测,并结合了MATLAB等图像处理软件获得了各煤灰样品的流动长度、流动速度对温度的变化结果。在该可视化测量方法中,灰渣样品预先被热处理后粘附在刚玉片上,然后采用倒挂流动的形式进行试验。试验中灰渣样品的流动减少了基板的接触,流动阻力得到了优化。此外,可以通过图像处理得到灰渣的各种形态参数,结合多个参数进行高温流动特性的综合考量。为了验证试验结果的可靠性,还借助了FactSage软件计算了不同温度下煤灰的黏度,并将计算结果与试验结果进行了比对分析。研究结果表明,3种煤灰中将二煤的流动性能相对最差,其他2种煤灰的流动性则更为接近。获得了各个样品的黏度特征温度和流动特征温度,将二煤、塔城煤和准东煤样品的特征黏度温度T_(25)分别为1324,1302和1298℃,而3种煤的临界流动温度T_(C)分别为1299,1282和1279℃。上述的特征温度结果可为相关领域的工作人员提供一定的参考信息。矿物分析表明煤灰烧结过程形成了低熔点的蓝方石,蓝方石的熔融使得煤灰的流动性得到一定的促进,而形成的高熔点镁系矿物(镁黄长石、镁铁尖晶石等)则抑制了煤灰流动。总体而言,通过对流动试验与黏度计算结果的比对分析,该可视化测量方法的测量结果与黏度结果较为吻合,某种程度上证实了该方法的有效性。

关键词：煤灰熔融特性流动特性 FactSage 矿物分析

参数与时滞相关延迟振子的稳定性及Hopf分岔分析

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吉林大学学报（理学版） 2018年第6期56卷 1337-1344页

作者：罗佳伟徐旭辽宁大学数学院沈阳110036 吉林大学数学学院长春130012

首先,采用特征根法分析参数与时滞相关延迟振子的稳定性,并给出稳定性切换准则;其次,应用中心流形和规范型理论分析系统分岔周期解的稳定性和周期性.

关键词：惯性项时滞稳定性切换 Hopf分岔

赋权与增能:“互联网+政务服务”何以打造地方发展软环境

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中国行政管理 2021年第5期 47-52页

作者：李春根罗家为江西财经大学江西财经大学财税与公共管理学院南昌330013

随着新一轮信息技术革命的发展,网络空间时代的"互联网+政务服务"推动了政府治理的系统变革,全面塑造了地方发展软环境。在赋权-增能分析框架下,"互联网+政务服务"赋予了企业、社会组织和公众更加广泛、自主、充分的行动权,全面提升了... 详细信息

随着新一轮信息技术革命的发展,网络空间时代的"互联网+政务服务"推动了政府治理的系统变革,全面塑造了地方发展软环境。在赋权-增能分析框架下,"互联网+政务服务"赋予了企业、社会组织和公众更加广泛、自主、充分的行动权,全面提升了政府治理能力和服务功能,对软环境的改善具有显著影响。对浙江、江西、贵州三省的案例分析进一步从微观经验层面验证了"互联网+政务服务"有助于打造地方发展软环境。为此,要统筹做好信息网络技术与政府治理改革的融合,推动"互联网+政务服务"的赋权与增能持续深入,为经济社会高质量发展打造一流的发展软环境。

关键词： “互联网+政务服务” 软环境服务型政府高质量发展

从动员到统合:中国共产党百年基层治理的回顾与前瞻

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管理世界 2021年第10期37卷 13-25页

作者：李春根罗家为江西财经大学江西财经大学财税与公共管理学院

中国共产党建党100年来,始终坚持为人民谋幸福、为民族谋复兴的初心和使命,推动了基层治理制度的多次变革,呈现了从"动员"到"统合"的鲜明特征。从民主革命时期扎根基层社会、建立党政权力与基层社会的互动机制,到社会主义革命和建设时... 详细信息

中国共产党建党100年来,始终坚持为人民谋幸福、为民族谋复兴的初心和使命,推动了基层治理制度的多次变革,呈现了从"动员"到"统合"的鲜明特征。从民主革命时期扎根基层社会、建立党政权力与基层社会的互动机制,到社会主义革命和建设时期建设现代民族国家、构建以支配和管控为内核"城乡分治"的单位制和人民公社;从改革开放新时期探索开放流动的基层群众自治制度、塑造"城乡一体"的治理新格局,到新时代坚持和加强党对基层治理的全面领导、提升党的多维整合功能。中国共产党基于不同时期治理目标的转换和经济社会条件的变化,以非凡的治国谋略主动作为,推动了基层治理制度的有效变迁,超越了西方政党和治理现代化的预设理论。展望未来,中国共产党"统合型"治理模式正在悄然孕育,必将加快塑造具有中国特色的政党建设话语体系,彰显"中国之治"的强大魅力。

关键词：中国共产党建党一百年基层治理 “统合型”治理

十八大以来城乡基层治理的新方向、新格局与新路径

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社会主义研究 2016年第1期 8-17页

作者：袁方成罗家为华中师范大学中国农村综合改革协同创新中心华中师范大学湖北经济与社会发展研究院

十八大以来围绕着推进国家治理现代化的目标,各地城乡基层的实践创新迅速展开:以大部制和扁平化为方向的基层行政体制改革持续推进;政府主导与社会参与结合的公共服务供给机制不断完善;多元协同和开放流动的社会治理形态初步形成;城乡... 详细信息

十八大以来围绕着推进国家治理现代化的目标,各地城乡基层的实践创新迅速展开:以大部制和扁平化为方向的基层行政体制改革持续推进;政府主导与社会参与结合的公共服务供给机制不断完善;多元协同和开放流动的社会治理形态初步形成;城乡基层民主参与逐步常态化。在此基础上,党委领导、政府负责、社会协同、公众参与、法治保障的基层治理新格局不断建立健全,并呈现出政府与社会多元主体互动协同、社会治理与公共服务创新并举、城乡基层行政体制机制改革联动的发展特征。在"十三五"阶段,通过优化基层政府权力配置、培育基层社会自主性、创新社会治理方式以及促进城乡基层治理民主化和法治化,从而推动基层治理现代化和小康社会目标的实现。

关键词：十八大基层治理中国梦