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Genome-wide association with transcriptomics reveals a shade-tolerance gene network in soybean

The Crop Journal 2024年第1期12卷 232-243页

作者： Yanzhu Su Xiaoshuai Hao Weiying Zeng Zhenguang Lai Yongpeng Pan Can Wang Pengfei Guo Zhipeng zhang Jianbo He Guangnan Xing Wubin Wang jiaoping zhang Zudong Sun Junyi Gai Soybean Research Institute/MARA National Center for Soybean Improvement MARA Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Soybean/State Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement/State Innovation Platform for Integrated Production and Education in Soybean Bio-breeding/Jiangsu Collaborative Innovation Center for Modern Crop Production Nanjing Agricultural UniversityNanjing 210095JiangsuChina Guangxi Academy of Agricultural Sciences Nanning 530007GuangxiChina

Shade tolerance is essential for soybeans in inter/relay cropping systems.A genome-wide association study(GWAS)integrated with transcriptome sequencing was performed to identify genes and construct a genetic network governing the trait in a set of recombinant inbred lines derived from two soybean parents with contrasting shade *** improved GWAS procedure,restricted two-stage multi-locus genome-wide association study based on gene/allele sequence markers(GASM-RTM-GWAS),identified 140 genes and their alleles associated with shade-tolerance index(STI),146 with relative pith cell length(RCL),and nine with *** of these genes by biological categories allowed the construction of a protein–protein interaction network by 187 genes,of which half were differentially expressed under shading and non-shading conditions as well as at different growth *** the identified genes,three ones jointly identified for both traits by both GWAS and transcriptome and two genes with maximum links were chosen as beginners for entrance into the ***,both STI and RCL gene systems worked for shade-tolerance with genes interacted each other,this confirmed that shadetolerance is regulated by more than single group of interacted genes,involving multiple biological functions as a gene network.

关键词： Soybean(Glycine max(L.)Merr.) Shade-tolerance Restricted two-stage multi-locus genomewide association study based on gene/allele sequence markers(GASM-RTM-GWAS) Shade-tolerance index(STI) Relative cell length(RCL) Transcriptome

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口腔癌患者术后创伤后成长水平及其与心理弹性和应对方式的关系

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健康研究 2024年第4期44卷 406-411页

作者：林羽孙莉张姣苹杭州市第一人民医院口腔科浙江杭州310003

目的了解口腔癌患者术后创伤后成长状况及其影响因素,探讨其与心理弹性、应对方式的相关性,为临床构建积极心理干预方案提供依据。方法回顾性收集304例口腔癌手术患者的病历资料,采用创伤后成长量表(PTGI)、心理弹性量表(CD-RISC)、简... 详细信息

目的了解口腔癌患者术后创伤后成长状况及其影响因素,探讨其与心理弹性、应对方式的相关性,为临床构建积极心理干预方案提供依据。方法回顾性收集304例口腔癌手术患者的病历资料,采用创伤后成长量表(PTGI)、心理弹性量表(CD-RISC)、简易应对方式问卷(SCSQ)对患者进行调查,分析口腔癌患者术后创伤后成长的影响因素,及其与心理弹性、应对方式的相关性。结果完成调查的患者300例,PTGI总分为(60.40±14.33)分;其中PTGI得分≥57分(阳性组)共186例(62.0%),<57分(阴性组)共114例(38.0%)。阴性组未婚或离异、月收入≤4000元、手术结合放化疗的患者占比高于阳性组,CD-RISC评分、SCSQ积极应对得分低于阳性组,SCSQ消极应对得分高于阳性组,差异均有统计学意义(P<0.05)。Logistic回归分析结果显示,婚姻状况、月收入、治疗方式、CD-RISC评分、SCSQ评分均为口腔癌患者术后创伤后成长的影响因素(P<0.05)。Spearman相关性分析结果显示,PTGI总分及各维度得分与CD-RISC评分、SCSQ积极应对评分呈正相关,与SCSQ消极应对评分呈负相关(均P<0.05)。结论超过1/3的口腔癌患者术后创伤后成长水平低,建议重点关注未婚或离异、收入低、手术结合放化疗、心理弹性水平低及消极应对的患者群体,以改善预后。

关键词：口腔癌创伤后成长心理弹性应对方式相关性

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口腔癌患者的癌症复发恐惧与其术后焦虑抑郁和希望水平的关系

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健康研究 2024年第1期44卷 42-46页

作者：孙昭张姣苹孙莉杭州市第一人民医院口腔科浙江杭州310003

目的了解口腔癌患者的癌症复发恐惧(fear of cancer recurrence, FCR)情况,探讨其与术后焦虑抑郁和希望水平的关系,为改善预后提供参考。方法收集100例口腔癌患者的临床资料,应用癌症患者恐惧疾病进展简化量表(FoP-Q-SF)调查患者的FC... 详细信息

目的了解口腔癌患者的癌症复发恐惧(fear of cancer recurrence, FCR)情况,探讨其与术后焦虑抑郁和希望水平的关系,为改善预后提供参考。方法收集100例口腔癌患者的临床资料,应用癌症患者恐惧疾病进展简化量表(FoP-Q-SF)调查患者的FCR发生情况;采用焦虑自评量表(SAS)、抑郁自评量表(SDS)、Herth希望量表(HHI)调查患者的焦虑、抑郁和希望水平,并分析其与FCR的关系。结果本组患者中72例(72.0%)有FCR,FCR组患者SAS评分和SDS评分分别为(53.11±5.45)分、(51.76±6.21)分,均高于无FCR组;HHI评分为(27.53±3.47)分,低于无FCR组;差异均有统计学意义(均P<0.05)。单因素和Logstic回归分析结果显示,临床分期为Ⅲ/Ⅳ期、有焦虑、抑郁和低希望水平是口腔癌患者术后发生FCR的独立危险因素(均P<0.05)。结论口腔癌患者术后大部分存在FCR,且与焦虑、抑郁和希望水平有关。

关键词：口腔癌焦虑抑郁希望癌症复发恐惧

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信息系统助力下医院静脉血栓栓塞症预警防治体系的构建与应用

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中国基层医药 2024年第8期31卷 1245-1248页

作者：丁锦珍张皎平王燕周超蚌埠市第一人民医院医务科蚌埠233000 蚌埠市第一人民医院护理部蚌埠233000

该研究借助信息系统构建医院静脉血栓栓塞症(venous thromboembolism,VTE)预警防治体系,提高医务人员VTE风险评估率,以期降低VTE发生率。研究构建医院VTE预警防治体系,逐步在全院推广使用,并对应用效果进行评价。通过分析实施结果,该研... 详细信息

该研究借助信息系统构建医院静脉血栓栓塞症(venous thromboembolism,VTE)预警防治体系,提高医务人员VTE风险评估率,以期降低VTE发生率。研究构建医院VTE预警防治体系,逐步在全院推广使用,并对应用效果进行评价。通过分析实施结果,该研究发现实施信息化VTE预警防治体系后与实施前相比,VTE风险评估率明显提高。基于对结果的分析,该研究认为借助信息系统构建院内VTE预警防治体系,有利于提升医院VTE防治水平,提高医疗服务质量,保障患者安全。

关键词：医院信息系统静脉血栓栓塞风险调节病人安全质量控制

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蚌埠市结直肠癌社会性筛查结肠镜检查顺应性及影响因素分析

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实用预防医学 2024年第3期31卷 330-333页

作者：王井曹大龙施恒远朱润泽王燕芈静张皎平蚌埠市第一人民医院安徽蚌埠233000 蚌埠医学院公共卫生学院安徽蚌埠233000

目的了解蚌埠市结直肠癌早诊早治项目高危人群结肠镜检查顺应性及影响因素分析。方法选取2021年10—12月在蚌埠市定点筛查医院进行筛查的4805名40~74岁的常住居民。采用χ^(2)检验比较不同特征人群的结肠镜检查顺应性;采用多因素logisti... 详细信息

目的了解蚌埠市结直肠癌早诊早治项目高危人群结肠镜检查顺应性及影响因素分析。方法选取2021年10—12月在蚌埠市定点筛查医院进行筛查的4805名40~74岁的常住居民。采用χ^(2)检验比较不同特征人群的结肠镜检查顺应性;采用多因素logistic回归分析评估影响结肠镜检查的危险因素。结果4805名调查对象中结直肠癌高危人群共计1327人,结直肠癌高危人群中接受结肠镜检查共计376人,结肠镜检查顺应性为28.33%(376/1327)。logistic回归结果显示:男性(OR=1.374,95%CI:1.095~1.724)、50~59岁(OR=2.286,95%CI:1.656~3.154)和60~74岁(OR=1.667,95%CI:1.180~2.357)、中专/中学(OR=2.960,95%CI:2.127~4.118)和大学/大专及以上文化(OR=3.640,95%CI:2.483~5.337)、有慢性便秘史人群(OR=2.530,95%CI:1.989~3.219)、有结直肠癌家族史人群(OR=3.712,95%CI:2.945~4.679)、有溃疡性结肠炎人群(OR=2.562,95%CI:1.543~4.254)更易接受结肠镜检查。结论蚌埠市结直肠癌早诊早治项目高危人群结肠镜检查的顺应性不高,需加大落实结直肠癌筛查力度并精准施策。

关键词：结直肠癌结肠镜筛查顺应性

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Genome-wide Scan for Seed Composition Provides Insights into Soybean Quality Improvement and the Impacts of Domestication and Breeding

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Molecular Plant 2018年第3期11卷 460-472页

作者： jiaoping zhang Xianzhi Wang Yaming Lu Siddhi J. Bhusal Qijian Song Perry B. Cregan Yang Yen Michael Brown Guo-Liang Jiang Plant Science Department South Dakota State University Brookings SD 57006 USA Soybean Genomics and Improvement Laboratory US Department of Agriculture Agricultural Research Services (USDA-ARS) 10300 Baltimore Avenue BeltsvilleMD 20705 USA Department of Biology and Microbiology South Dakota State University Brookings SD 57006 USA Department of Natural Resource Management South Dakota State University Brookings SD 57006 USA Agricultural Research Station Virginia State University PO Box 9061 Petersburg VA 23806 USA Present address: School of Agriculture Yunnan University Kunming Yunnan Province China These authors contributed equally to this article.

The complex genetic architecture of quality traits has hindered efforts to modify seed nutrients in soybean. Genome-wide association studies were conducted for seed composition, including protein, oil, fatty acids, and amino acids, using 313 diverse soybean germplasm accessions genotyped with a high-density SNP array. A total of 87 chromosomal regions were identified to be associated with seed composition, explain- ing 8%-89% of genetic variances. The candidate genes GmSAT1, AK-HSDH, SACPD-C, and FAD3A of known function, and putative MtN21 nodulin, FATB, and steroid-5-^-reductase involved in N2 fixation, amino acid biosynthesis, and fatty acid metabolism were found at the major-effect loci. Further analysis of additional germplasm accessions indicated that these major-effect loci had been subjected to domes- tication or modern breeding selection, and the allelic variants and distributions were relevant to geographic regions. We also revealed that amino acid concentrations related to seed weight and to total protein had a different genetic basis. This helps uncover the in-depth genetic mechanism of the intricate relationships among the seed compounds. Thus, our study not only provides valuable genes and markers for soybean nutrient improvement, both quantitatively and qualitatively, but also offers insights into the alteration of soybean quality during domestication and breeding.

关键词： genome-wide association study GWAS soybean seed composition candidate genes quality improvement domestication and breeding

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对农民素质与农民增收的一点思考

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生产力研究 2006年第12期 41-42页

作者：王虎浩张娇萍浙江大学建筑工程学院嘉兴学院经济学院浙江嘉兴314001

文章通过分析农民素质现状及其对农民增收的影响,指出提高农民素质是促进农民增收的根本途径,而发展农村教育是提高农民素质的根本方法。

关键词：农民素质农民增收教育

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Proximal and remote sensing in plant phenomics: 20 years of progress, challenges, and perspectives

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Plant Communications 2022年第6期3卷 135-173页

作者： Haiyu Tao Shan Xu Yongchao Tian Zhaofeng Li Yan Ge jiaoping zhang Yu Wang Guodong Zhou Xiong Deng Ze zhang Yanfeng Ding Dong Jiang Qinghua Guo Shichao Jin Plant Phenomics Research Centre Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesNational Engineering and Technology Center for Information AgricultureCollaborative Innovation Centre for Modern Crop Production co-sponsored by Province and MinistryNanjing Agricultural UniversityAddress:No.1 WeigangXuanwu DistrictNanjing 210095China The Key Laboratory of Oasis Eco-agriculture Xinjiang Production and Construction CorpsAgriculture CollegeShihezi UniversityShihezi 832003China Hainan Yazhou Bay Seed Laboratory Sanya 572025China State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement National Center for Soybean ImprovementKey Laboratory for Biology and Genetic Improvement of Soybean(GeneralMinistry of Agriculture)Nanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China Sanya Research Institute of Nanjing Agriculture University Sanya 572024China Key Laboratory of Plant Molecular Physiology Institute of BotanyChinese Academy of SciencesBeijing 100093China Institute of Ecology College of Urban and Environmental SciencePeking UniversityBeijing 100871China Jiangsu Provincial Key Laboratory of Geographic Information Science and Technology International Institute for Earth System SciencesNanjing UniversityNanjingJiangsu 210023China

Plant phenomics(PP)has been recognized as a bottleneck in studying the interactions of genomics and environment on plants,limiting the progress of smart breeding and precise ***-throughput plant phenotyping is challenging owing to the spatio-temporal dynamics of *** and remote sensing(PRS)techniques are increasingly used for plant phenotyping because of their advantages in multi-dimensional data acquisition and *** progress of PRS applications in PP has been observed over the last two decades and is analyzed here from an interdisciplinary perspective based on 2972 *** progress covers most aspects of PRS application in PP,including patterns of global spatial distribution and temporal dynamics,specific PRS technologies,phenotypic research fields,working environments,species,and ***,we demonstrate how to link PRS to multi-omics studies,including how to achieve multi-dimensional PRS data acquisition and processing,how to systematically integrate all kinds of phenotypic information and derive phenotypic knowledge with biological significance,and how to link PP to multi-omics association ***,we identify three future perspectives for PRS-based PP:(1)strengthening the spatial and temporal consistency of PRS data,(2)exploring novel phenotypic traits,and(3)facilitating multi-omics communication.

关键词： plant phenomics remote sensing phenotyping phenotypic traits multi-omics breeding precision cultivation

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天门市健康人群乙型肝炎血清流行病学调查分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2017年第5期31卷 438-440页

作者：韦黎明陶家春张娇萍天门市疾病预防控制中心 431700

目的了解天门市健康人群乙型肝炎感染状况,评价实施乙肝疫苗接种效果,指导乙肝防控工作.方法采用多阶段随机抽样方法对天门市27个乡镇中的5个乡镇,于2006年和2012年分别抽取1～59岁人群398人和1 756人进行乙型肝炎流行病学调查,并采... 详细信息

目的了解天门市健康人群乙型肝炎感染状况,评价实施乙肝疫苗接种效果,指导乙肝防控工作.方法采用多阶段随机抽样方法对天门市27个乡镇中的5个乡镇,于2006年和2012年分别抽取1～59岁人群398人和1 756人进行乙型肝炎流行病学调查,并采集血液标本,ELISA法检测HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb、HBcAb.用Epidata 3.1建立数据库,SPSS13.0软件进行数据统计.结果 2006年和2012年天门市1～59岁健康人群乙肝感染率分别为38.44％和19.25％,差异有统计学意义,（x2=67.92,P=0.000）.HBsAg携带率分别为8.04％和6.09％,差别无统计学意义,（X2=2.04,P=0.15）.但同一年份调查结果中1～8岁、9～19岁、20 ～ 59岁年龄组间HBsAg阳性率差异有统计学意义,（2006年x2=24.56,P=0.000;2012年x2=78.29,P=0.000）.HBsAb阳性率分别为72.86％和57.23％,差异有统计学意义（x2=26.96,P=0.000）.HBeAg阳性率分别为1.76％和0.63％,HBeAb阳性率分别为6.03％和4.61％,HBcAb的阳性率分别为38.44％和19.02％.结论 2012年天门市健康人群乙肝感染状况及具有传染性的乙肝感染人群均较2006年既有明显下降,国家实施新生儿HepB接种,保护易感人群为主的乙肝防控策略取得了显著成效.

关键词：肝炎乙型血清学流行病学调查

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谈怎样做好“蚕药放心店”的管理与服务工作

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蚕学通讯 2002年第3期22卷 52-53页

作者：张姣萍陈康伟浙江省淳安县茧丝绸总公司 311700

淳安县茧丝绸总公司自从实行贸工农一体化,产供销一条龙的经营管理体制后,科技体系更完善,服务网络更健全、经营管理也更严格.针对目前市场上蚕用物资供应渠道混乱、销售管理松懈、蚕农购药盲目,假冒伪劣蚕药坑农害农事件不断发生的不... 详细信息

淳安县茧丝绸总公司自从实行贸工农一体化,产供销一条龙的经营管理体制后,科技体系更完善,服务网络更健全、经营管理也更严格.针对目前市场上蚕用物资供应渠道混乱、销售管理松懈、蚕农购药盲目,假冒伪劣蚕药坑农害农事件不断发生的不良现状,我公司为了切实保护蚕农的合法权益,促进蚕桑生产协调、健康、稳步的发展,积极果断采取了有效措施.在姜家、威坪、汾口3个主产区、9个产茧量大的乡镇范围内成立了'蚕药放心店'服务部十余家,为我县广大蚕农用上安全放心蚕药奠定了良好的基础.根据笔者近几年在蚕桑服务部的工作经验,现将怎样进一步做好'蚕药放心店'的管理与服务工作向同行们作一介绍,共同探讨.

关键词：蚕用药品管理工作服务工作

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