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宏基因组学二代测序技术在海南省三亚市45例疑似肺部感染患者病原体检测中的应用

作者： (法)j.-c.·吕芬

来源：南通市图书馆图书评论

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疾病监测 2024年

作者：何吕芬赵光强林于金王彬李沙王立程钟山朱雄海南省三亚市人民医院检验科/中心实验室海南省三亚市人民医院呼吸内科

目的应用宏基因组学二代测序（mNGS）技术检测疑似肺部感染患者的病原体，评估mNGS筛查病原体的应用价值，提高临床对于肺部感染患者病原学特征的认识。方法收集2023年2月至2023年9月海南省三亚市人民医院收治的45例疑似肺部感染患者... 详细信息

目的应用宏基因组学二代测序（mNGS）技术检测疑似肺部感染患者的病原体，评估mNGS筛查病原体的应用价值，提高临床对于肺部感染患者病原学特征的认识。方法收集2023年2月至2023年9月海南省三亚市人民医院收治的45例疑似肺部感染患者的肺泡灌洗液，采用mNGS与常规微生物综合试验（c..）方法筛选病原体，回顾性分析患者的下呼吸道微生物特征。利用Spearman，分析病原体每百万序列数（RPM）与炎症因子的相关性。结果在45例患者中，利用mNGS技术，检出41例阳性，单一感染7例，混合感染34例，包括37例细菌、19例真菌、26例病毒、1例肺炎支原体和1例鹦鹉热衣原体；检出46种病原体，包括26种细菌、8种真菌、10种病毒、2种其他病原体。c..检出23例阳性，单一感染13例，混合感染10例，包括14例细菌、16例真菌、3例病毒。采用mNGS技术分离出的病原体中，细菌检出率居前5位的分别是铜绿假单胞菌（20.00%）、纹带棒杆菌（17.78%）、鲍曼不动杆菌（15.56%）、肺炎链球菌（13.33%）、肺炎克雷伯菌（11.11%），真菌和病毒检出率最高的分别是白色念珠菌（24.44%）和人类γ疱疹病毒4型(22.22%）。病原体RPM与炎症因子呈一定的相关性。结论mNGS可以初步筛选肺泡灌洗液的病原体，能提高病原体检出率，炎症因子可为评估病原体感染提供参考，但需进一步验证。

关键词：宏基因组二代测序技术支气管肺泡灌洗液肺部感染诊断价值

马腺疫链球菌马亚种新疆株Xj.5012的全基因组解析及其耐药性分析

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中国兽医学报 2024年第6期44卷 1175-1183+1193页

作者：张雨薇汪丽吕芬芬苏艳新疆农业大学动物医学学院

为了解新疆地区马腺疫链球菌(Streptoc..c.. equi ***,***)分离株Xj.5012的基因组特征，探究其毒力及进化、耐药表型及耐药基因型的相关性，为马腺疫的有效防控提供理论依据。本研究对*** Xj.5012进行了全基因组测序，对获得的测序序列... 详细信息

为了解新疆地区马腺疫链球菌(Streptoc..c.. equi ***,***)分离株Xj.5012的基因组特征，探究其毒力及进化、耐药表型及耐药基因型的相关性，为马腺疫的有效防控提供理论依据。本研究对*** Xj.5012进行了全基因组测序，对获得的测序序列进行16S rRNA进化、SeM基因分型、耐药基因及毒力基因的比较与分析，并对其进行了抗菌药物敏感性试验。药敏试验结果表明，该菌对阿莫西林、氨苄西林、头孢呋辛、头孢噻呋、头孢西丁、链霉素、红霉素、土霉素、左氧氟沙星、诺氟沙星、环丙沙星、利福平、克林霉素、磺胺嘧啶钠共14种抗菌药物敏感，对青霉素、庆大霉素、克拉霉素、多西环素、四环素、恩诺沙星共6种抗菌药物耐药。全基因组测序结果表明，*** Xj.5012基因组大小为2.21 Mb, Gc..为41.31%,含有2 264个编码基因。耐药基因数据库注释分析的结果显示，该菌株携带有135个耐药相关基因，且耐药基因主要分为大环内脂类、喹诺酮类、氨基糖苷类、多肽类、四环素和β-内酰胺类抗生素耐药基因，耐药基因的携带情况与药敏试验验结果具有明显的一致性。毒力基因数据库注释显示该菌株携带197个毒力相关基因，主要包括黏附、抗吞噬、胞外酶、分泌、铁摄取等毒力基因。基于16S rRNA基因构建系统发育树显示菌株Xj.5012与*** 4047亲缘关系最近；基于SeM基因分型分析结果显示*** Xj.5012为SeM-217,该基因型与新疆地区分离株的SeM-209、SeM-215及国外分离株的SeM-195和SeM-196亲缘关系较近。本研究利用第3代测序技术对Xj.5012基因组进行深度测序分析，为更全面深入地认识该菌的基因组、分子流行特征及耐药性提供了参考，并为今后***感染的防控及致病机制研究奠定试验基础。

关键词：马腺疫链球菌Xj.5012 全基因组测序 SeM基因分型耐药特性分析进化分析

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镇江推动信访工作法治化走深走实

镇江推动信访工作法治化走深走实

梓树成熟种子的胚性愈伤诱导及体细胞胚的发生

江苏法治报

作者：吕芬

今年来，镇江市紧紧围绕“五个法治化”建设，积极探索在法治轨道上预防和化解信访矛盾的有效机制，切实维护好群众合法权益，信访工作法治化水平不断提升。突出源头治理抓预防加大日常研判、专题研判、综合研判力度，市县信访部门及相... 详细信息

今年来，镇江市紧紧围绕“五个法治化”建设，积极探索在法治轨道上预防和化解信访矛盾的有效机制，切实维护好群众合法权益，信访工作法治化水平不断提升。突出源头治理抓预防加大日常研判、专题研判、综合研判力度，市县信访部门及相关职能单位每周四次开展联合研判，对......

关键词：信访部门信访工作法治化信访事项

来源： cnki报纸评论

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cnki报纸

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分子植物育种 2024年

作者：顾姣姣马玲玲姜聖姬高露璐吕芬妮王鹏南京林业大学林学院江苏省中国科学院植物研究所，南京中山植物园

梓树是中国重要的材用树种之一，具有较高的经济价值。本研究以梓树成熟种子为外植体，研究暗处理时间、激素种类、激素浓度等三个核心因素对胚性愈伤诱导及体细胞胚发生的影响。结果表明：梓树成熟种子的愈伤诱导率会随着暗培养时间的... 详细信息

梓树是中国重要的材用树种之一，具有较高的经济价值。本研究以梓树成熟种子为外植体，研究暗处理时间、激素种类、激素浓度等三个核心因素对胚性愈伤诱导及体细胞胚发生的影响。结果表明：梓树成熟种子的愈伤诱导率会随着暗培养时间的增加而逐渐提高，最高为78.13%；2，4-二氯苯氧乙酸(2，4-Dic..orophenoxyac..ic..c..)虽然能提高梓树种子愈伤诱导率，但是也提高了愈伤的褐化率。激动素(Kinetin)、噻重氮苯基脲(Thidiazuron)和玉米素(Zeatin)等三种细胞分裂素对梓树种子体细胞胚诱导率的影响存在差异。在三种激素中，KT对体细胞胚的诱导效果优于ZT和TDZ。此外，需要特别注意的是，低浓度的KT促进体细胞胚的发生，而高浓度的KT则抑制体细胞胚的诱导。总之，本研究发现的最适合梓树种子愈伤诱导的培养基为1/2MS+ZT0.3 mg/L+IAA0.7 mg/L，愈伤诱导率为90.00%，最适合诱导体细胞胚的培养基为MS+KT0.5 mg/L+IAA0.05 mg/L，体细胞胚诱导率为20.00%。

关键词：植物激素体细胞胚激动素胚性愈伤

三个金叶紫薇新品种‘金玫’、‘紫铜’和‘粉金’

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南京林业大学学报(自然科学版) 2024年

作者：王淑安杨如同李亚李林芳高露璐李素梅吕芬妮汪庆王鹏江苏省中国科学院植物研究所

紫薇（Lagerstroemia indic.. 是夏季重要的木本观花灌木或小乔木。紫薇育种集中在花色、株型和抗病性等性状上[1-3]，彩叶品种较少，随着紫薇栽培利用的推广，叶片作为园林植物重要

关键词：

铁线莲属萼片荧光定量Pc..参基因的筛选和评价

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分子植物育种 2024年第8期22卷 2575-2582页

作者：李桥王淑安王鹏吕芬妮汪庆李林芳李亚江苏省中国科学院植物研究所南京中山植物园南京210014

以不同花色的铁线莲属(c..matis L.)栽培品种‘恬美’(c..Sympatia’)、‘罗兰’(c..Rooran’)、‘仙女座’(c..Andromeda’)、‘阿拉贝拉’(c..Arabella’)、‘普鲁吐斯’(c..Proteus’)以及‘路易斯罗维’(c..Louise Rowe’)初... 详细信息

以不同花色的铁线莲属(c..matis L.)栽培品种‘恬美’(c..Sympatia’)、‘罗兰’(c..Rooran’)、‘仙女座’(c..Andromeda’)、‘阿拉贝拉’(c..Arabella’)、‘普鲁吐斯’(c..Proteus’)以及‘路易斯罗维’(c..Louise Rowe’)初花时期的萼片为研究材料,利用RT-qPc..术检测Atpb、Arp7、Ubc..、Wit1、c..p4、c..71a1和c..35a1等7个候选内参基因的mRNA表达情况,并利用软件geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对7个候选内参基因的稳定性进行综合评估。结果表明,内参基因表达差异显著;利用geNorm软件计算结果为基因Atpb与c..p4最稳定;利用NormFinder软件计算结果为基因c..p4最稳定;而BestKeeper软件计算出的最稳定的候选内参基因为Arp7,其次为Atpb;按这3个软件的计算结果,c..71a1与c..35a1的稳定性均最差,不适合作为内参基因;RefFinder软件分析的最佳的候选内参基因为Arp7。经综合分析,这几个铁线莲品种萼片基因表达的适宜内参基因是Arp7和Atpb。

关键词：铁线莲属实时荧光定量PcR 内参基因

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基于HS-Dnc..网络的地震数据随机噪声去除

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物探化探计算技术 2024年

作者：姜懿珈周怀来陈姝颖吕芬成都理工大学地球物理学院成都理工大学油气藏地质及开发工程国家重点实验室成都理工大学地球探测与信息技术教育部重点实验室

地震数据作为油气勘探与开发的重要支撑，在实际应用中往往受到各种噪声的干扰，影响了数据的质量和解释的准确性。本研究旨在改进现有噪声抑制网络Dnc..（Denoising c..volutional Neural Network，Dnc..），提升其在地震数据随机噪声... 详细信息

地震数据作为油气勘探与开发的重要支撑，在实际应用中往往受到各种噪声的干扰，影响了数据的质量和解释的准确性。本研究旨在改进现有噪声抑制网络Dnc..（Denoising c..volutional Neural Network，Dnc..），提升其在地震数据随机噪声去除中的能力。在去噪的实验中，我们深入研究了Dnc..的设计和性能影响。通过对比常用的激活函数，包括传统的ReLU和Hard-swish，系统性地评估了它们在地震数据去噪中的表现。实验结果表明，Hard-swish构建的HS-Dnc..网络在去除地震数据随机噪声方面优于原始Dnc..，并且相较于其他的去噪方法，更有效地抑制了随机噪声。随后，我们将HS-Dnc..应用于实际地震数据的去噪实验，验证了其在实际场景中同样具有良好的适用性。HS-Dnc..在保留并突出有效信号的同时，展现出较好的去噪效果。

关键词：地震数据去噪随机噪声 Hard-swish激活函数 Dnc..

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基于胚性愈伤诱变的楸树耐盐种质创制及评价

分子植物育种 2024年第13期22卷 4357-4363页

作者：高露璐王鹏顾姣姣姜聖姬李亚赵明杨吕芬妮江苏省中国科学院植物研究所南京210014 睢宁县自然资源和规划局徐州221200

楸树(c..alpa bungei)是中国特有的落叶硬木类珍贵树种,具有速生、耐盐碱、材质优良等优点,是沿海滩涂和内陆盐碱地土壤修复和防护的优良树种。创制新的耐盐种质,培育耐盐新品种,提高楸树耐盐能力,是目前急需解决的科学问题。本研究以... 详细信息

楸树(c..alpa bungei)是中国特有的落叶硬木类珍贵树种,具有速生、耐盐碱、材质优良等优点,是沿海滩涂和内陆盐碱地土壤修复和防护的优良树种。创制新的耐盐种质,培育耐盐新品种,提高楸树耐盐能力,是目前急需解决的科学问题。本研究以楸树品系‘钟山5号’胚性愈伤为材料,利用^(137)c..γ射线结合耐盐定向筛选创制新的耐盐种质。结果表明,随着辐射剂量、盐浓度的逐渐增加,胚性愈伤的褐化率均逐渐增加,增殖率降低,因此,定向诱变最适的辐射剂量为40 Gy,最适的盐浓度为300 mmol/L Nac..将用40 Gy处理后的愈伤放置在含300 mmol/L Nac..再生培养基中,获得65株楸树再生幼苗,又经过苗期二级耐盐性评价获得3份耐盐的楸树新种质。本研究不仅为楸树耐盐品种培育提供新的种质材料,也为楸树耐盐基因克隆及机理研究提供科学依据。

关键词：胚性愈伤 ^(137)c..γ射线种质创制耐盐评价

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烟草黑胫病对不同类型植烟土壤化学性状及细菌群落的影响

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江苏农业科学 2024年第15期52卷 255-261页

作者：高正锋宝童曦徐丝李先伟杨绍磊虞健姚俊杰毛璞麟叶鹏杨智斌吕芬云南农业大学烟草学院云南昆明650201

为探究不同土壤类型对烟草黑胫病发生的响应差异,明确与黑胫病发病程度相关的因素,通过田间调查,收集黄壤土、水稻土烟草黑胫病不发病、中度发病和重度发病烟株根际土壤,测定土壤化学指标,并采用高通量测序技术分析不同发病程度下烟株... 详细信息

为探究不同土壤类型对烟草黑胫病发生的响应差异,明确与黑胫病发病程度相关的因素,通过田间调查,收集黄壤土、水稻土烟草黑胫病不发病、中度发病和重度发病烟株根际土壤,测定土壤化学指标,并采用高通量测序技术分析不同发病程度下烟株根际土壤细菌群落结构。结果表明,黄壤土中随黑胫病发病程度增加SOM和NO_(3)^(-)-N含量逐渐增加,AP含量中度发病最高。而在水稻土中,土壤NO_(3)^(-)-N和AP含量升高,SOM和AN含量呈先减后增的变化趋势。黄壤土中c..o1、Ac..数随发病程度增加呈增加趋势且显著高于不发病和中度发病土壤,水稻土中细菌Shannon和Simpson指数随发病程度增加呈下降趋势。芽孢杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、芽单胞菌属和苔藓杆菌属在中度发病土壤中富集。2种土壤类型下有机质含量和硝态氮含量对土壤细菌群落变化的贡献率较大,是影响土壤细菌群落结构发生变化的重要非生物因素。综上所述,不同土壤类型细菌群落α多样性变化不一致,芽孢杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、芽单胞菌属、苔藓杆菌属相对丰度随病害加重而增加;有机质和硝态氮含量是影响黑胫病发生和细菌群落结构改变的重要非生物因素。

关键词：烟草黑胫病发病程度细菌群落结构化学性状

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