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Beyond microbial diversity for predicting soil functions: A mini review

Pedosphere 2020年第1期30卷 5-17页

作者： Paolo NANNIPIERI Judith ASCHER-JENULL Maria Teresa CECCHERINI giacomo pietramellara Giancarlo RENELLA Michael SCHLOTER Department of Agriculture FoodEnvironment and ForestryUniversity of FirenzeP.le delle Cascine 28Firenze 50144(Italy) Department of Microbiology University of InnsbruckTechnikerstrasse 25 dInnsbruck 6020(Austria) Research Unit for Comparative Microbiome Analysis Helmholtz Zentrum MünchenIngolstadter Landstrasse 1Neuherberg 85764(Germany)

Since the advent of sequencing technologies,the determination of microbial diversity to predict microbial functions,which are the major determinants of soil functions,has become a major topic of interest,as evidenced by the 900 publications dealing with soil metagenome published up to ***,the detection of a gene in soil does not mean that the relative function is expressed,and the presence of a particular taxon does not mean that the relative functions determined in pure culture also occur in the studied *** critical step is to link microbial community composition or function to the product analyzed to determine flux ***,flux rates might not only be highly dynamic,but several metabolites can depend on different reactions,which makes the link to one process of interest difficult or even *** review also discusses biases caused by sampling,storage of samples,DNA extraction and purification,sequencing(*** sequencing),and bioinformatic data *** and the limits of predicting microbial interactions by network inference methods are critically discussed,and finally,future directions for a better understanding of soil functions by using measurements of microbial diversity are presented.

关键词： cultivation-based approach DNA-based approach flux rate network inference method omics technology rare biosphere soil metagenome

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