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偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白基因克隆及与WDEIA相关的IgE结合抗原表位分析

第一届全国玉米生物学学术研讨会

作者：刘磊 Yanfang Du dongao huo Man Wang Xiaomeng Shen Bing Yue Fazhan Qiu Yonglian Zheng Jianbing Yan Zuxin Zhang National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement Huazhong Agricultural University

The kernel row number(KRN)is an important yield component in maize and directly affects the grain *** this study,we combined linkage and association mapping to uncover the genetic architecture of maize KRN and to eval...

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来源： cnki会议评论

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河南农业科学 2019年第4期48卷 9-13,81页

作者：霍冬敖杜旭烨朱斌杨凡郭娟贵州师范大学河南省农业科学院园艺研究所

克隆偏凸山羊草中的fastω-醇溶蛋白基因,并对其序列和IgE结合抗原表位进行分析,以期了解IgE结合抗原表位在D^v和M^v基因组中的分布,并为制备单克隆抗体进行IgE结合抗原表位的定量分析奠定基础。结果表明,从偏凸山羊草中克隆获得8个fast... 详细信息

克隆偏凸山羊草中的fastω-醇溶蛋白基因,并对其序列和IgE结合抗原表位进行分析,以期了解IgE结合抗原表位在D^v和M^v基因组中的分布,并为制备单克隆抗体进行IgE结合抗原表位的定量分析奠定基础。结果表明,从偏凸山羊草中克隆获得8个fastω-醇溶蛋白基因(KY368672—KY368679),其中,3个fastω-醇溶蛋白(KY368672—KY368674)由D^v基因组编码,其余5个(KY368675—KY368679)由M^v基因组编码。序列分析发现,获得的fastω-醇溶蛋白与已发表的fastω-醇溶蛋白具有相似的序列结构,KY368672为SRQ型ω-醇溶蛋白,KY368673和KY368674为TRQ型ω-醇溶蛋白,KY368675—KY368679均为SRL型ω-醇溶蛋白。另外,在M^v基因组编码的fastω-醇溶蛋白中,发现了与α-醇溶蛋白相似的多聚谷氨酰胺序列。IgE结合抗原表位分析表明,M^v基因组编码的fastω-醇溶蛋白比D^v基因组编码的fastω-醇溶蛋含有更多的IgE结合抗原表位。

关键词：偏凸山羊草 fastω-醇溶蛋白 IgE结合抗原决定簇小麦依赖-运动诱导过敏反应

甜荞柠檬酸转运蛋白基因FeFRD3的克隆及表达分析

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西北植物学报 2018年第3期38卷 409-415页

作者：李洪有钟长春蔡芳霍冬敖张晓娜陈庆富贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵阳550001 四川农业大学农学院成都611130

该研究采用同源克隆策略,从甜荞中克隆到1个柠檬酸转运蛋白基因FeFRD3(GenBank登录号为MG462907)。FeFRD3基因含一个1 554bp开放阅读框,编码517个氨基酸,预测蛋白分子量为55.83kD,等电点为8.48。生物信息学分析显示,FeFRD3蛋白含有8个... 详细信息

该研究采用同源克隆策略,从甜荞中克隆到1个柠檬酸转运蛋白基因FeFRD3(GenBank登录号为MG462907)。FeFRD3基因含一个1 554bp开放阅读框,编码517个氨基酸,预测蛋白分子量为55.83kD,等电点为8.48。生物信息学分析显示,FeFRD3蛋白含有8个跨膜区,定位于质膜和液泡膜上。蛋白序列分析结果表明,FeFRD3与拟南芥、大豆和水稻的FRD3同源蛋白有较高的序列一致性。系统进化树分析表明,FeFRD3属于具有将铁由根向地上部位长距离转运功能的柠檬酸转运蛋白,且与拟南芥AtFRD3亲缘关系最近。qRT-PCR分析结果表明,FeFRD3基因在甜荞根、茎、叶和种子中均有表达,但在根中的表达量最高,在种子中的表达量最低;缺铁胁迫没有影响FeFRD3基因在根中的表达,但高铁胁迫明显诱导了该基因在根中的表达。研究结果为进一步深入研究FeFRD3基因在甜荞铁长距离转运中的功能奠定了基础。

关键词：甜荞柠檬酸转运蛋白 FeFRD3基因缺铁胁迫表达分析

甜荞热激转录因子基因家族的鉴定及生物信息学分析

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湖南农业大学学报（自然科学版） 2018年第4期44卷 369-375页

作者：李洪有梁成刚杨丽娟蔡芳霍冬敖陈庆富贵州师范大学甜荞产业技术研究中心贵州贵阳550001

利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA... 详细信息

利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA–binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD)。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。

关键词：甜荞热激转录因子生物信息学分析保守基序系统发育分析

赫章县多星韭染色体倍性鉴定及基因组大小估测

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分子植物育种 2023年第9期21卷 2964-2970页

作者：田瑞丰任永权霍冬敖段星宇洪登峰汪波华中农业大学植物科学技术学院武汉430070 贵州民族大学生态环境工程学院贵阳550000

多星韭(Allium wallichii Kunth)为百合科葱属多年生草本植物,集观赏、食用、药用价值于一体,有着广阔的开发前景。为更好地研究和利用多星韭,本研究以赫章县韭菜坪收集的多星韭嫩叶为材料,利用流式细胞仪检测多星韭染色体倍性、核DNA含... 详细信息

多星韭(Allium wallichii Kunth)为百合科葱属多年生草本植物,集观赏、食用、药用价值于一体,有着广阔的开发前景。为更好地研究和利用多星韭,本研究以赫章县韭菜坪收集的多星韭嫩叶为材料,利用流式细胞仪检测多星韭染色体倍性、核DNA含量,并用根尖染色体压片法验证结果,用已知基因组大小的二水早紫皮蒜(Allium sativum L.)为内标,采用外标法估测多星韭的基因组大小。结果表明,赫章县韭菜坪地区多星韭为四倍体,基因组大小约33.02 Gb,经根尖染色体制片法验证,四倍体多星韭染色体数为4n=4x=28。流式细胞仪检测结果与根尖压片法的鉴定结果完全一致。研究结果为野生多星韭资源的遗传学评价以及全基因组测序提供参考。

关键词：多星韭(Allium wallichii Kunth) 流式细胞术染色体倍性基因组大小

基于UPLC-MS/MS技术的野生及栽培韭菜籽的代谢组学研究

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广西植物 2022年第12期42卷 1995-2006页

作者：霍冬敖田瑞丰任永权段星宇洪登峰汪波贵州师范大学求是学院贵阳550000 华中农业大学植物科学技术学院武汉430070 贵州民族大学生态环境工程学院贵阳550000

多星韭为贵州省赫章县喀斯特地貌区重要的野生植物资源之一,具有较高的开发利用价值。为分析野生多星韭(Allium wallichii)籽与栽培韭菜(***)籽代谢产物差异及其通路,该研究利用UPLC-MS/MS物质分离鉴定技术,对2种韭籽化学成分进行广泛... 详细信息

多星韭为贵州省赫章县喀斯特地貌区重要的野生植物资源之一,具有较高的开发利用价值。为分析野生多星韭(Allium wallichii)籽与栽培韭菜(***)籽代谢产物差异及其通路,该研究利用UPLC-MS/MS物质分离鉴定技术,对2种韭籽化学成分进行广泛靶向代谢组学分析。结果表明:(1)共检测到782种代谢产物。(2)主成分分析(PCA)显示样本间存在差异,正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)共筛选出12类显著变化(P<0.05,VIP≥1)的差异代谢物,涉及492种,其中上调和下调幅度在前20的代谢物包括黄酮、甾体皂苷、黄酮醇、酚酸类、异黄酮、游离脂肪酸、三萜皂苷、生物碱、吲哚类生物碱、氨基酸及其衍生物等。(3)KEGG注释到84条差异代谢通路,其中差异代谢物显著富集(P<0.01)通路4条,此外还构建了未注释到的显著差异代谢物甾体皂苷的生物合成通路。该研究结果为韭籽有效成分代谢途径解析及药理活性物质研究提供了参考,也为赫章县野生多星韭的开发保护与多元化利用提供了新思路。

关键词：多星韭代谢组 UPLC-MS/MS 代谢通路甾体皂苷

苦荞重组自交系群体F_5代SSR遗传图谱的构建

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贵州师范大学学报（自然科学版） 2017年第4期35卷 31-45页

作者：黎瑞源梁龙兵石桃雄霍冬敖陈庆富贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变... 详细信息

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变异位点;来自小米荞和晋荞2号等位基因分别占群体总基因型的51.5%和48.5%;采用作图Jionmap4.0软件构建的遗传连锁图总长度为1 106.74cm,含11个连锁群,80个分子标记,其中偏分离标记27个,相邻标记的平均间距为13.83cm。结论:该图谱可为苦荞遗传图谱构建、重要性状QTL的定位和基因组学研究隆奠定基础。

关键词：苦荞重组自交系 SSR标记遗传图谱

荞麦属植物RLKs基因序列分析与亲缘关系研究

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贵州师范大学学报（自然科学版） 2018年第4期36卷 30-35页

作者：汪燕喻武鹃廖凯黄娟邓娇石桃雄霍冬敖李洪有梁成刚贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

从8个荞麦野生种中选取23份荞麦种质资源提取DNA,并根据类蛋白激酶基因(RLKs unigene)序列设计特征引物,进行PCR扩增,对获得的扩增片段进行基因测序与序列分析。结果发现:23份荞麦种质间RLKs基因片段的多态位点数占21.53%,11份野苦荞间R... 详细信息

从8个荞麦野生种中选取23份荞麦种质资源提取DNA,并根据类蛋白激酶基因(RLKs unigene)序列设计特征引物,进行PCR扩增,对获得的扩增片段进行基因测序与序列分析。结果发现:23份荞麦种质间RLKs基因片段的多态位点数占21.53%,11份野苦荞间RLKs基因片段多态位点数占3.42%,4份野甜荞间多态位点数占1.66%,说明荞麦属植物种内RLKs基因序列高度保守;对扩增序列进行遗传距离分析发现,左贡野甜荞与野甜荞种间遗传距离最小,野甜荞与金荞麦种间遗传距离最大;聚类分析发现,野甜荞与左贡野荞亲缘关系近,与毛野荞和大野荞次之,野苦荞与金荞麦、硬枝野荞和细柄野荞亲缘关系较近。

关键词：荞麦类蛋白激酶基因序列分析亲缘关系