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基于网络药理学及体外实验探究温下方正丁醇部位联合吉非替尼治疗非小细胞肺癌的作用机制

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中国中药杂志 2024年第2期49卷 471-486页

作者：陈瑞杰毕倩宇施杰民钟婧韩晋涛季旭明湖州市中心医院浙江湖州313000 浙江中医药大学基础医学院浙江杭州310053 浙江省神经药理学与转化研究重点实验室浙江杭州310053 浙江中医药大学中医药科学院浙江杭州310053

运用网络药理学、分子对接和体外实验探究温下方正丁醇部位(n-butanol fraction of Wenxia Formula,NWXF)联合吉非替尼(gefitinib,GEF)治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的潜在作用机制。超高效液相色谱-四极杆-静电... 详细信息

运用网络药理学、分子对接和体外实验探究温下方正丁醇部位(n-butanol fraction of Wenxia Formula,NWXF)联合吉非替尼(gefitinib,GEF)治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的潜在作用机制。超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap MS)检测NWXF的主要化学成分,利用SwissADME数据库筛选NWXF的活性成分,SwissTargetPrediction数据库获取NWXF活性成分的潜在作用靶点,OMIM和GeneCards数据库搜集NSCLC相关疾病靶点。运用Cytoscape 3.9.0软件和STRING数据库对共同靶点进行蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建和关键靶点筛选,利用david数据库进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,预测其可能的作用机制。运用SYBYL-X 2.0软件对核心成分与关键靶点进行分子对接验证。MTT法检测NWXF和GEF单用及联用对人非小细胞肺癌细胞(A549、PC-9)增殖的抑制作用以及NWXF对人胚肺成纤维细胞MRC-5的作用,运用Q值评价两药联用的效果,TUNEL法检测NWXF和GEF单用及联用对A549、PC-9细胞凋亡的影响,实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)法检测NWXF和GEF单用及联用对A549、PC-9细胞EGFR、JNK、Bax mRNA表达的影响,蛋白印迹(Western blot,WB)法检测NWXF和GEF单用及联用对A549和PC-9细胞EGFR、p-EGFR、JNK、p-JNK、Bax蛋白表达的影响。结果共获取NWXF治疗NSCLC的77种活性成分、488个潜在靶点及49个关键靶点。GO富集分析结果显示,NWXF干预NSCLC可能与调控细胞增殖、凋亡过程及蛋白质磷酸化等生物学过程相关,KEGG富集分析结果显示,NWXF干预NSCLC可能与调控MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路及肿瘤中的microRNA等信号通路相关。NWXF中核心成分与关键靶点分子对接结果显示,91.9%的对接分值>5,表明核心成分与关键靶点有较好的结合能力。体外实验表明NWXF和GEF联用可协同抑制A549、PC-9细胞增殖,提高细胞凋亡率,抑制p-EGFR/EGFR、p-JNK/JNK蛋白表达水平和EGFR、JNK mRNA的表达水平,增加Bax mRNA和蛋白表达水平。综上,该研究利用网络药理学、分子对接和体外实验阐明NWXF联合GEF可协同治疗NSCLC,其作用机制与调控EGFR/JNK通路进而促进细胞凋亡相关。

关键词：温下方正丁醇部位吉非替尼非小细胞肺癌凋亡网络药理学分子对接机制

胰高血糖素样肽1受体激动剂治疗阿尔茨海默病的潜在靶点预测及验证

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中国组织工程研究 2024年第16期28卷 2568-2573页

作者：韩维娜徐晓庆史晋宁李欣儒蔡红艳邵阳学院普爱医学院(医学部)生理学教研室湖南省邵阳市422000 山西医科大学生理学系山西省太原市030000 山西医科大学基础医学院微生物与免疫教研室山西省太原市030000

背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默... 详细信息

背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的作用靶点。方法:利用DisGeNET数据库及SEA数据库获取阿尔茨海默病和利拉鲁肽作用的共同基因;利用david在线数据库对共同靶点进行GO/KEGG富集分析;使用STRING数据库构建蛋白互作网络;使用CCK-8判断利拉鲁肽的最佳使用剂量;使用免疫荧光和免疫印迹技术对关键蛋白的表达情况进行分析。采用小鼠海马神经元HT22细胞系进行体外实验,细胞被随机分为3组:HT22组、HT22+Aβ组和HT22+Aβ+Lir组。HT22组不做特殊处理,HT22+Aβ组使用Aβ1-42干预HT22细胞系24 h构建Aβ损伤细胞模型,HT22+Aβ+Lir组在HT22+Aβ组的基础上添加利拉鲁肽12 h。结果与结论:①从DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病相关联的基因,共得到3333个关联基因。再从SEA数据库中,得到利拉鲁肽的潜在作用靶点147个。最后使用R包筛选出阿尔茨海默病与利拉鲁肽共同靶点64个。②用david数据库进行共同靶点的GO/KEGG分析,结果提示共同靶点主要富集在:神经活性配体-受体相互作用、肾素-血管紧张素系统、膀胱癌、内肽酶活性、肽受体活性、G蛋白偶联肽受体活性和转运囊泡等生物进程。③将已经得到的64个共同靶点蛋白导入至SRTING在线数据库进行蛋白互作网络构建,得到排名前3位的基因为基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β。④采用CCK-8试剂盒检测了培养细胞的活性,确定利拉鲁肽拮抗Aβ1-42的最佳浓度为100 nmol/L。⑤在免疫印迹实验与免疫荧光实验中,较HT22组相比,在HT22+Aβ组内基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β表达量明显上升(P<0.05);HT22+Aβ+Lir组较HT22+Aβ组相比基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β的表达量显著下降(P<0.05)。⑥结合上述生物信息学数据及在GEO数据库的差异基因二次验证结果提示,基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β均可作为利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点。

关键词：阿尔茨海默病利拉鲁肽胰高血糖素样肽1受体生物信息学 DisGeNET数据库 SEA数据库 GEO数据库 MMP9 MMP2 白细胞介素1β

Characteristics, Treatment, and Outcomes Associated with <i>Clostridium difficile</i>Associated Diarrhea in a Veterans Affairs Medical Center

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Advances in Infectious Diseases 2014年第1期4卷 1-7页

作者： david B. Huang han Lee Tom Chiang Department of Internal Medicine Yale University School of Medicine New Haven USA Division of Infectious Diseases Department of Medicine Rutgers New Jersey Medical School Newark USA

We conducted a study to assess the characteristics, treatment and outcomes associated with Clostridium difficile associated diarrhea in a Veterans Affairs Medical Center. Fifty-eight consecutive individual cases of C. difficile infection in 2013 were observed within the Veterans Affairs New Jersey Health Care System (VA NJHCS). We molecularly typed all 58 individual strains and identified the associated characteristics, treatment and outcomes. Forty-four out of 58 specimens (76%) which were probed had characteristics of the epidemic strain BI/NAP1/027 making this virulent strain to be the predominate strain at the VA NJHCS. All C. difficile BI/NAP1/027 strains were resistant to fluoroquinolones and sensitive to fidaxomicin, metronidazole and vancomycin. Fidaxomicin had the most potent in vitro activity (MIC90 = 0.5 μg/ml) against the BI/NAP1/027 strain. Twenty-six of 44 patients (59%) with the virulent strain were from a long-term care facility (LTCF). Patients possessing the virulent strain from the LTCF had a mean APACHE II score of 14.1 and a predicted death rate of 21.9%. Two-third of patients were treated with metronidazole alone (mean APACHE II scores 9.6), and one-third required oral vancomycin and metronidazole (mean APACHE II scores 14.1). There were no C. difficile infection related deaths. C. difficile BI/NAP1/027, an epidemic strain, is the endemic strain at the VA NJHCS, but no increased mortality was seen with infection with this strain.

关键词： Clostridium difficile BI/NAP1/027 Treatment Outcomes

An investigation of the L-shell x-ray conversion efficiency for laser-irradiated tin foils

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Plasma Science and Technology 2020年第4期22卷 48-54页

作者： david BAILIE Cormac HYLAND Raj L SINGH Steven WHITE Gianluca SARRI Francis P KEENAN david RILEY Steven J ROSE Edward G HILL Feilu WANG Dawei YUAN Gang ZHAO Huigang WEI Bo han Baoqiang ZHU Jianqiang ZHU Pengqian YANG Centre for Plasma Physics School of Mathematics and PhysicsQueen's University BelfastBelfastBT7 INNUnited Kingdom Astrophysics Research Centre School of Mathematics and PhysicsQueen's University BelfastBelfastBT7 INNUnited Kingdom Plasma Physics Group Blackett LaboratoryPrince Consort RoadLondonSW72AZUnited Kingdom Key Laboratory of Optical Astronomy National Astronomical ObservatoriesChinese Academy of SciencesBeijing 100012People's Republic of China Department of Astronomy Beijing Normal UniversityBeijing 100875People's Republic of China Shanghai Institute of Optics and Fine Mechanics Chinese Academy of Sciences.Shanghai 201800People's Republic of China

We have used the ShenguangⅡlaser in third harmonic(351 nm)to investigate the emission of L-shell radiation in the 3.3–4.4 ke V range generated using thin foils of Sn coated onto a parylene substrate with irradiation of order 1015 W cm-2 and nanosecond pulse *** our experiment,we have concentrated on assessing the emission on the non-laser irradiated side as this allows an experimental geometry relevant to experiments on photo-ionised plasmas where a secondary target must be placed close to the source,to achieve x-ray fluxes appropriate to astrophysical *** L-shell conversion efficiencies are estimated to be of order 1%,with little dependence on Sn thickness between 400 and 800 nm.

关键词： conversion efficiency laser plasma x-ray sources laboratory astrophysics

基于偏好统计数据表征的鲁棒几何模型拟合方法

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计算机学报 2020年第7期43卷 1199-1214页

作者：郭翰林肖国宝严严林舒源 SUTER david 王菡子厦门大学信息学院福建省智慧城市感知与计算重点实验室福建厦门361005 闽江学院计算机与控制工程学院福建省信息处理与智能控制实验室福州350108 埃迪斯科文大学科学学院珀斯6027澳大利亚

鲁棒几何模型拟合是计算机视觉的一个基础性研究问题,广泛应用于各类计算机视觉任务,如单应性矩阵或基础矩阵估计、图像匹配、医学图像分析等.它的主要任务是:在包含噪声点和离群点的数据集中估计模型实例的参数和个数.针对该任务,本文... 详细信息

鲁棒几何模型拟合是计算机视觉的一个基础性研究问题,广泛应用于各类计算机视觉任务,如单应性矩阵或基础矩阵估计、图像匹配、医学图像分析等.它的主要任务是:在包含噪声点和离群点的数据集中估计模型实例的参数和个数.针对该任务,本文提出一种基于新型数据表征(称之为偏好统计数据表征)的模型拟合方法.该新型数据表征算法将残差值进行排序然后映射到不同的区间以构建残差直方图数据表征,来描述数据分布的特征.该算法充分利用传统模型拟合方法中偏好分析和一致性统计分析的优点,更加有效地对数据分布特征进行描述,从而有效地提高数据表征的准确性和鲁棒性.为了进一步有效地利用该数据表征中的统计信息(内点和离群点显示出显著的信息熵值差异),本文利用直方图中不同区间段所映射的残差值的出现频次,以分析直方图的特性.并且采用一种简单的自适应熵阈值算法,来区分内点与离群点以进行离群点检测.最后,为了能够更好地处理分布在交叉模型实例附近的数据点,本文引入一种基于相似矩阵学习的图聚类技术,提出一个有效的模型实例估计算法.该算法先是用聚类技术以实现数据的分割,进而估计模型实例的参数.同时,该模型实例估计算法结合拉普拉斯矩阵特征值的分析以及最小子集数目的约束,使其能够自适应地估计模型实例的个数.在合成数据集和真实数据集上的实验结果表明,本文提出的偏好统计数据表征算法能够有效提高模型拟合方法的准确性和鲁棒性.同时,与当前一些流行的模型拟合方法相比,本文基于偏好统计数据表征的鲁棒几何模型拟合方法取得了更好的拟合精度,并且在速度方面要比大部分拟合方法更加高效.

关键词：鲁棒模型拟合多结构数据偏好统计数据表征离群点检测模型参数估计

Automated Linac QA Using Scripting and Varian Developer Mode

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International Journal of Medical Physics, Clinical Engineering and Radiation Oncology 2021年第4期10卷 149-168页

作者： Keith Pearman Nicholas Koch david Wiant han Liu Benjamin Sintay Department of Radiation Oncology Cone Health Cancer Center North Carolina USA

Purpose: Linac quality assurance (QA) can be time consuming involving set up, execution, analysis and subject to user variability. The purpose of this study is to develop qualitative automation tools for mechanical and imaging QA to improve efficiency, consistency, and accuracy. Methods and Materials: Traditionally QA has been performed with graph paper, film, and multiple phantoms. Analysis consists of ruler and vendor provided software. We have developed a single four-phantom method for QA procedures including light-radiation coincidence, imaging quality, table motion and Isocentricity and separately cone beam computed tomography. XML scripts were developed to execute a series of tasks using Varian’s Truebeam Developer Mode. Non-phantom QA procedures have also been developed including field size, dose rate, MLC position, MLC and gantry speed, star shot, Winston-Lutz and Half Beam Block. All analysis is performed using inhouse MATLAB codes. Results: Overall time savings were 2.2 hours per Linac per month. Consistency improvements (standard deviation, STD) were observed for some tests. For example: field size improved from 0.11 mm to 0.04 mm and table motion improved from 0.17

关键词： Varian Developer Mode Scripting Automation

A new epoch of quantum manipulation

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National Science Review 2014年第1期1卷 91-100页

作者： Yongjian han Zhen Wang Guang-Can Guo Key Laboratory of Quantum Information University of Science and Technology of China Chinese Academy of Sciences

he behavior of individual microscopic particles,such as an atom(or a photon),predicted using quantum mechanics,is dramatically diferent from the behavior of classical particles,such as a planet,determined using classical *** can the counter-intuitive behavior of the microscopic particle be veriied and manipulated experimentally?david Wineland and Serge Haroche,who were awarded the Nobel Priz in physics in 2012,developed a set of methods to isolate the ions and photons from their environment to create a genuine quantum ***,they also developed methods to measure and manipulate these quantum systems,which open a path not only to explore the fundamental principles of quantum mechanics,but also to develop a much faster computer:a quantum computer.

关键词： quantum manipulation quantum computation optical clock ion trap cavity QED

A NOTE ON TB THEOREM OF david-JOURNE-SEMMES

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Analysis in Theory and Applications 1993年第2期9卷 1-8页

作者： Y.S.han University of Windsor Canada

david, Journe and Semmes proved the Tb theorem for para-accreclive funclions and showed this theo- rem is optimal in certain sense. In this note, we give a technical proof of Tb theorem for pseado-accretive functions.... 详细信息

关键词： Besov Space Singular Integral Operator Continuous Linear Operator Accretive Function Schwartz Distribution

黄芪建中汤干预胃溃疡的药理实验及分子生物学作用机制

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世界中医药 2024年第9期19卷 1230-1237,1245页

作者：刘琴宋厚盼罗倩陈思清韩运宗周姝周赛男湖南中医药大学长沙410208 湖南中医药大学第一附属医院长沙410007

目的:基于生物信息学分析黄芪建中汤治疗胃溃疡(GU)的作用机制,并结合动物实验进一步验证。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、成分靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)中收集黄芪建中汤的活性成分和作用靶点;利用基... 详细信息

目的:基于生物信息学分析黄芪建中汤治疗胃溃疡(GU)的作用机制,并结合动物实验进一步验证。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、成分靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)中收集黄芪建中汤的活性成分和作用靶点;利用基因数据库(GeneCards)、药物数据库(Drug Bank)等提取GU疾病靶点;在Cytoscape 3.7.2软件中获取黄芪建中汤防治GU的“活性成分-潜在治疗靶点”图,借助STRING和david数据库依次获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)富集分析;并通过分子对接和动物实验验证黄芪建中汤防治GU的可能机制。结果:黄芪建中汤治疗GU有131个潜在靶点,其中核心靶点为磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、蛋白激酶B1(AKT1)等,KEGG分析提示磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)等信号通路发挥着重要作用。分子对接提示核心靶点与核心成分对接良好。动物实验显示,与正常组比较,模型组溃疡指数增高、胃组织出现炎性浸润,白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)表达显著升高(P<0.01),胃组织PI3K、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)蛋白表达显著降低(P<0.01);与模型组比较,给药组大鼠胃损伤明显减轻,IL-6、IL-β、TNF-α表达显著下调(P<0.01),PI3K、p-AKT蛋白表达显著上调(P<0.01)。结论:黄芪建中汤对GU的干预作用具有多途径、多靶点的特性,可能是通过激活PI3K/AKT信号通路来加速胃黏膜修复,并降低炎症而减轻胃损伤。

关键词：黄芪建中汤胃溃疡分子生物学网络药理学磷脂酰肌醇3-激酶蛋白激酶B Wistar大鼠