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基于SSR的陕西糜子种质资源的分子鉴定

作物学报 2024年第10期50卷 2643-2653页

作者：郭娟辛旭霞冯智尊曹越王晓丹曹晓宁 santra d.pak k.陈凌乔治军王瑞云山西农业大学农学院山西太谷030801 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031 内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心美国内布拉斯加州斯克茨布拉夫69361

为构建糜子(Panicum miliaceum L.)dNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定... 详细信息

为构建糜子(Panicum miliaceum L.)dNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用Id Analysis4.0进行区分,十进制(0~9)统计扩增片段大小构建材料字符串,用Pop Gene、Power Mark.r、MEGA、Structure和NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW37、RYW40、RYW43、RYW125和RYW146)组合可区分181份材料,不均匀的分布在5条染色体上,共检测出77个等位变异,平均为11;检出Shannon多样性指数(I)为0.8145(RYW146)~7.8254(RYW125),平均5.9076;观测杂合度(Ho)为0.2627(RYW146)~0.9506(RYW3);期望观测杂合度(He)为0.3329(RYW146)~0.8747(RYW125);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.3315(RYW146)~0.8722(RYW125);多态性信息含量(PIC)为0.5923(RYW146)~0.9445(RYW125),平均为0.8419。基于UPGMA将181份资源划分为3个群组。基于主成分分析将材料分为10个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://***/)构建181份陕西糜子核心种质的dNA分子身份证。

关键词：糜子陕西荧光SSR 毛细管电泳 dNA分子身份证

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内蒙古糜黍资源dNA分子身份证的构建

植物遗传资源学报 2024年

作者：冯智尊辛旭霞曹越郭娟王晓丹曹晓宁 santra d.pak k.陈凌乔治军王瑞云山西农业大学农学院山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心

糜黍（PanicummiliaceumL.）是一种品种资源多样的古老作物，采用荧光SSR标记，对糜黍资源进行数字化的管理与分类，可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料，基于本课题组前期开发的85个常规SSR标记，经多次扩... 详细信息

糜黍（PanicummiliaceumL.）是一种品种资源多样的古老作物，采用荧光SSR标记，对糜黍资源进行数字化的管理与分类，可将众多资源合理高效应用。本研究以258份内蒙古糜黍资源为材料，基于本课题组前期开发的85个常规SSR标记，经多次扩增筛选、优化、加工（引物5′端添加荧光基团）获得荧光SSR核心标记。利用MapChart2.32绘制标记的染色体定位图，利用IdAnalysis4.0检测标记对材料的区分度，用PowerMark.r3.25和PopGen1.32进行遗传多样性分析，用MEGA 11.0.10和NTSYSpc2.11a分别绘制聚类图和主成分分析图，最终应用草料二维码生成器构建材料的dNA分子身份证。遗传多样性分析发现，利用7个标记扩增258份材料，共有123个等位基因（Na），平均每个标记有17.5714个，处于8.0000～25.0000之间；有效等位基因数（Ne）变化范围在3.5868～16.2042之间，均值是7.4622；Shannon多样性指数（I）处于1.8361～2.8852之间，平均值为2.2270；观测杂合度（Ho）、期望观测杂合度（He）分别处于0.5303～0.9606、0.7229～0.9408之间，均值分别为0.8021和0.8372；Nei’s基因多样性指数（Nei）变化范围在0.7212～0.9383之间，均值是0.8353；多态性信息含量（PIC）为0.8266～0.9391，均值是0.8994。将毛细管电泳结果以特定方式进行编码处理，最终仅用7个荧光标记（RYW6、RYW8、RYW37、RYW40、RYW67、RYW124和RYW125）组合在一起生成全部材料的字符串和二维码dNA分子身份证，为内蒙古糜黍种质资源的分类管理及快速鉴定提供了分子检测工具和理论依据。

关键词：糜黍内蒙古荧光SSR标记毛细管电泳分子身份证

东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定

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作物学报 2024年第7期50卷 1728-1739页

作者：丁艺冰辛旭霞冯智尊郭娟曹越陈喜明王晓丹曹晓宁 santra d.pak k.陈凌乔治军王瑞云山西农业大学农学院中国山西太谷030801 山西农业大学玉米研究所中国山西忻州034000 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室中国山西太原030031 内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心美国内布拉斯加州斯克茨布拉夫69361

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用Id Analysis4.0进行区... 详细信息

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用Id Analysis4.0进行区分,使用PopGene、PowerMark.r、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,3个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分190份材料,共检测出等位变异73个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为5.4728(RYW3)~15.8922(RYW6),平均为9.6496;检出Shannon多样性指数(I)为2.0851(RYW3)~2.9457(RYW6),平均为2.4896;观测杂合度(Ho)为0.7529(RYW6)~0.9574(RYW28),平均为0.8876;期望观测杂合度(He)为0.8194(RYW3)~0.9398(RYW6),平均为0.8765;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.8173(RYW3)~0.9371(RYW6),平均为0.8741;多态性信息含量(PIC)为0.8656(RYW3)~0.9722(RYW6),平均为0.9198。基于UPGMA将190份资源划分为3个群组。基于Structure的遗传结构分析(k.3)将糜子核心种质分为3个类群,来源于东北地区的4个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分)。基于主成分分析将材料分为4个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://***/)构建了190份东北糜子核心种质的dNA分子身份证。

关键词：糜子东北春播区荧光微卫星标记毛细管电泳 dNA分子身份证

基于荧光SSR的宁夏糜子dNA分子身份证的构建

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作物学报 2024年第11期50卷 2699-2711页

作者：曹越张立媛辛旭霞冯智尊郭娟王晓丹曹晓宁 santra d.pak k.陈凌乔治军王瑞云山西农业大学农学院山西太谷030801 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031 赤峰市农牧科学研究所内蒙古赤峰024031 内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心美国内布拉斯加州斯克茨布拉夫69361

糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其dNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性... 详细信息

糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其dNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用IdAnalysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0~9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermark.r、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://***/)给出材料的二维码dNA分子身份证。PCR扩增结果发现,10个荧光SSR(RYW6、RYW125、RYW43、RYW3、RYW40、RYW37、RYW42、RYW8、RYW28和RYW124)组合在一起可以将274份材料全部区分开。BLAST结果表明,RYW124分布在12号染色体上,位于7.8 cM处;RYW40分布在4号染色体上,位于42.64 cM处;RYW42分布在13号染色体上,位于34.63 cM处,RYW28分布在16号染色体上,位于2.34 cM处,RYW8分布在3号染色体上,位于9.90 cM处。274份材料在10个位点共检出125个等位变异,平均每个位点为12.5个,变幅为5.0000(RYW3)~25.0000(RYW6);检出的Shannon多样性指数(I)为1.2458(RYW3)~2.6568(RYW6),平均为1.8532;观测杂合度(Ho)为0.5185(RYW40)~0.9964(RYW124),平均为0.8674;期望观测杂合度(He)为0.5724(RYW40)~0.9108(RYW42),平均为0.7784;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.5711(RYW40)~0.9091(RYW42),平均为0.7767;多态性信息含量(PIC)为0.6563(RYW3)~0.9602(RYW42),平均为0.8399。聚类分析和主成分分析均将材料划归4个类群。将电泳条带进行数字编码,利用10个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码dNA分子身份证。

关键词：糜子宁夏毛细管电泳荧光SSR dNA分子身份证染色体定位

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77份山西黍稷dNA二维码身份证的构建

山西农业科学 2024年第2期52卷 8-15页

作者：曹越曹晓宁陈凌 santra d.pak k.乔治军王瑞云山西农业大学农学院山西太谷030801 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031 内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心美国内布拉斯加州69361

为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管... 详细信息

为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管电泳。结果发现,仅用5个标记组合(RYW3、RYW6、RYW20、RYW37和RYW40)可区分全部材料。其中,组合RYW6+RYW37可区分60份;组合RYW6+RYW20+RYW37可区分69份;组合RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分73份;组合RYW3+RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分全部77份。77份材料在8个位点共检出79个等位变异,每个位点检出平均为9.875个,检测到的有效等位变异(Ne)为2.675 9,Shannon多样性指数(I)为0.991 6,Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.426 0,多样性信息含量(PIC)为0.553 3。在此基础上,利用Id analysis 4.0在线条形码生成器将对应字符串生成可扫描的条形码dNA分子身份证;利用二维码在线技术将材料基本信息转化成可扫描的二维码dNA分子身份证。

关键词： SSR 黍稷二维码山西

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5个黍子育成品种耐盐性鉴定

山西农业科学 2024年第2期52卷 21-27页

作者：郭娟王昕曹晓宁陈凌 santra d.pak k.王瑞云乔治军山西农业大学农学院山西太谷030801 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031 内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心美国内布拉斯加州69361

土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同... 详细信息

土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同浓度的中性混合盐(NaCl和Na_(2)SO_(4)),采用培养皿发芽方法,从芽鲜质量(SFW)、芽长(BL)、发芽指数(GI)、发芽势(GP)、根鲜质量(RFW)、发芽率(GR)、根长(RL)、活力指数(VI)等8项农艺性状评估材料的耐盐程度。通过分析不同盐浓度下这5个黍子育成品种发芽势和发芽率的差异,结果发现,160 mmol/L为进行盐处理的最适浓度。在该浓度下,5份材料的8项指标变异丰富,变异系数分别为168.41%、48.12%、23.13%、15.11%、32.94%、18.90%、64.37%和123.53%。对8个指标进行相关性分析、主成分分析及综合评价d值综合评价,结果发现,SFW、BL、GI、GP和RFW等5项指标可作为黍子耐盐性评价的参考指标;5份材料耐盐性从强到弱依次为晋黍7号、龙黍19号、宁糜13号、齐黍1号和龙黍9号。

关键词：黍子育成品种耐盐性农艺性状

Emerging noble metal-free Mo-based bifunctional catalysts for electrochemical energy conversion

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Nano Research 2022年第12期15卷 10234-10267页

作者： Saswati santra Verena Streibel Ian d.Sharp Walter Schottk. Institute and Physics department Technical University of MunichAm Coulombwall 485748GarchingGermany

The transition from a global economy dependent on fossil fuels to one based on sustainable energy conversion technologies presents the primary challenge of the *** water electrolyzers and metal-air batteries with earth-abundant bifunctional transition metal(TM)catalysts that efficiently catalyse the hydrogen and oxygen evolution reactions(HER and OER)and the oxygen reduction and evolution reactions(ORR and OER),respectively,reduces the cost and system complexity,while also providing prospects for accelerated scaling and sustainable material *** the TMs,earth-abundant molybdenum(Mo)-based multifunctional catalysts are especially promising and have attracted considerable attention in recent *** with a brief introduction to HER,OER,and ORR mechanisms and parameters governing their bifunctionality,this comprehensive review focuses on such Mo-based multifunctional *** review and discuss recent progress achieved through the formation of Mo-based compounds,heterostructures,and nanoscale composites,as well as by doping,defect engineering,and nanoscale sculpting of Mo-based *** systems discussed in detail are based on Mo chalcogenides,carbides,oxides,nitrides,and phosphides,as well as Mo alloys,highlighting specific opportunities afforded by synergistic interactions of Mo with both non-metals and non-noble ***,we discuss the future of Mo-based multifunctional electrocatalysts for HER/OER,ORR/OER,and HER/ORR/OER,analysing emerging trends,new opportunities,and underexplored avenues in this promising materials space.

关键词： molybdenum-based electrocatalysts bifunctional electrocatalysts hydrogen evolution reaction oxygen reduction reaction oxygen evolution reaction

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6份黍子品种苗期耐盐性差异分析

山西农业科学 2024年

作者：常甜达杨昱陈小红陈喜明陈凌 santra d.pak k.乔治军王瑞云山西农业大学农学院内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西农业大学玉米研究所

土壤盐渍化是制约全球作物生产和农业可持续发展的主要非生物胁迫因素之一。以6个黍子品种为试验材料，采用0、80、120、160、200 mmol/L的中性混合盐溶液进行胁迫，选取株高、根长、地上部鲜质量、地下部鲜质量、地上部干质量和地下部... 详细信息

土壤盐渍化是制约全球作物生产和农业可持续发展的主要非生物胁迫因素之一。以6个黍子品种为试验材料，采用0、80、120、160、200 mmol/L的中性混合盐溶液进行胁迫，选取株高、根长、地上部鲜质量、地下部鲜质量、地上部干质量和地下部干质量共6个生理指标进行苗期耐盐性鉴定；基于主成分分析和隶属函数相结合的方法鉴定材料耐盐性程度。结果表明，随着盐浓度的增加，幼苗的生长受到不同程度的抑制，而160 mmol/L盐溶液浓度可作为黍子苗期生长耐盐鉴定的浓度；研究通过对株高、根长、地上部鲜质量、地下部鲜质量、地上部干质量和地下部干质量6个生理指标对黍子苗期耐盐性进行鉴定之后，结果发现，6份黍子品种苗期耐盐性强弱依次为龙黍9号>龙黍19号>齐黍1号>宁糜13号>晋黍7号>东乡朵麻糜，其中，龙黍9号在苗期的耐盐性最强，东乡朵麻糜最弱。综合评价结果表明，株高、地上部鲜质量和地上部干质量可作为黍子苗期耐中性混合盐筛选与评价的重要指标。

关键词：黍子中性混合盐苗期综合评价

Spatial Modeling Using High Resolution Image for Future Shoreline Prediction Along Junput Coast, West Bengal, India

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Geo-Spatial Information Science 2011年第3期14卷 157-163页

作者： Abhisek.santra d. Mitra Shreyashi Mitra School of Geography University of Southampton Indian Institute of Remote Sensing

National policies and legal decisions are very much dependent on the position of the shoreline. Shoreline change rates are frequently employed to summarize historical shoreline movements. This also helps to predict the future position of the shoreline based on the perceived historical trends. In this regard, the future shoreline positions at both the long-term, that is 2050, and short-term, that is 2015, time interval was predicted using the End Point Rate （EPR） model along the Junput Coast of West Bengal, India. The whole project work.was divided into five parts. The first part showed the detection of shoreline from satellite data lik. IRS LISS IV and Landsat 7 ETM＋ and from the Survey of India Toposheet. The second part gave the glimpse of the dynamic segmentation of the shoreline to get the dynamically segmented nodal points along the shoreline. Shoreline prediction for the years 2015 and 2050 using End Point Rate （EPR） model was done in the third part. In the fourth part, Coastal Terrain Model （CTM） was prepared, and the digital shoreline estimated. The model result was validated and accuracy assessed with respect to the GPS data collected from the field at the fifth stage. Finally at the end of the present work. limitations of the project and the future scope of the work.was sited.

关键词： end point rate model dynamic segmentation coastal terrain model