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The DrugPattern tool for drug set enrichment analysis and its prediction for beneficial effects of oxLDL on type 2 diabetes

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Journal of Genetics and Genomics 2018年第7期45卷 389-397页

作者： chuanbo huang Weili Yang Junpei wang Yuan Zhou Bin Geng Georgios Kararigas Jichun Yang Qinghua Cui Department of Biomedical Informatics Department of Physiology and Pathophysiology MOE Key Lab of Cardiovascular Sciences School of Basic Medical Sciences Center for Non-Coding RNA Medicine Peking UniversityBeijing 100191China School of Mathematics Sciences Huaqiao University Quanzhou 362021 China Hypertension Center Fuwai Hospital Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeState Key Laboratory of Cardiovascular Disease National Center for Cardiovascular Diseases Beijing 100037 China Charit-Universitatsmedizin Berlin. Corporate Member of Freie Universitat Berlin Humboldt-Universitat zu Berlin Berlin Institute of Health Institute of Gender in Medicine and Center for Cardiovascular Research. DZHK (German Centre for Cardiovascular Research) 10115 Berlin Germany Center of Bioinformatics Key Laboratory for Neuro-lnformation of Ministry of Education School of Life Science and Technology University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054 China

Enrichment analysis methods, e.g., gene set enrichment analysis, represent one class of important bio- informatical resources for mining patterns in biomedical datasets. However, tools for inferring patterns and rules of a list of drugs are limited. In this study, we developed a web-based tool, DrugPattern, for drug set enrichment analysis. We first collected and curated 7019 drug sets, including indications, adverse reactions, targets, pathways, etc. from public databases. For a list of interested drugs, DrugPat- tern then evaluates the significance of the enrichment of these drugs in each of the 7019 drug sets. To validate DrugPattern, we employed it for the prediction of the effects of oxidized low-density lipoprotein （oxLDL）, a factor expected to be deleterious. We predicted that oxLDL has beneficial effects on some diseases, most of which were supported by evidence in the literature. Because DrugPattern predicted the potential beneficial effects of oxLDL in type 2 diabetes （T2D）, animal experiments were then performed to further verify this prediction. As a result, the experimental evidences validated the DrugPattern prediction that oxLDL indeed has beneficial effects on T2D in the case of energy restriction. These data confirmed the prediction accuracy of our approach and revealed unexpected protective roles for oxLDL in various diseases. This study provides a tool to infer patterns and rules in biomedical datasets based on drug set enrichment analysis.

关键词： Enrichment analysis Drug Data mining oxLDL Type 2 diabetes

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改进ResNet在鼓浪屿旅游推荐系统中的应用

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福建电脑 2024年第7期40卷 9-16页

作者：朱高峰闫淼梅煜婕李怡霏黄川波华侨大学工学院福建泉州362021 华侨大学数学科学学院福建泉州362021

随着旅游业的蓬勃发展,旅游体验的个性化需求日益凸显。为了帮助游客选择旅游目的地和景点,本文开发一款基于ResNet深度学习模型的鼓浪屿旅游推荐系统。系统采用ResNet架构及其变体ResNeXt,结合自注意力机制和cSE模块,以增强模型对用户... 详细信息

随着旅游业的蓬勃发展,旅游体验的个性化需求日益凸显。为了帮助游客选择旅游目的地和景点,本文开发一款基于ResNet深度学习模型的鼓浪屿旅游推荐系统。系统采用ResNet架构及其变体ResNeXt,结合自注意力机制和cSE模块,以增强模型对用户行为和偏好的分析能力。实验结果显示,该系统在推荐准确性和用户满意度方面取得了显著提升,准确率和召回率均达到98%以上,有效满足了游客的个性化旅游需求,为旅游业的智能化发展提供了新的解决方案。

关键词：鼓浪屿旅游 ResNet模型推荐系统

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塔里木盆地北部凝析气藏特征及成藏机制探讨

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天然气工业 1999年第2期19卷 28-33页

作者：黄传波塔里木石油勘探开发指挥部勘探研究中心

近年在塔里木盆地北部相继发现了众多的凝析气藏，主要集中分布在轮台断隆和轮台低隆两大构造带。１９９８年又在南喀—英买力低隆第三系、白垩系发现了玉东２凝析气藏。塔北凝析气藏顶部埋深普遍超过４５００ｍ，属超深层凝析气藏。单... 详细信息

近年在塔里木盆地北部相继发现了众多的凝析气藏，主要集中分布在轮台断隆和轮台低隆两大构造带。１９９８年又在南喀—英买力低隆第三系、白垩系发现了玉东２凝析气藏。塔北凝析气藏顶部埋深普遍超过４５００ｍ，属超深层凝析气藏。单相凝析气藏在塔北比较多见，其次是带油环的凝析气藏，再次是凝析气顶型油藏。从成因类型上可分为三种，即海相凝析气、陆相凝析气、海陆交互相凝析气。塔北凝析气藏具有三个特点：一是具有较高的气油比，区带不同差异较大；二是凝析油含量普遍较高，但异地或异层其差异较大；三是流体富轻组分、贫中间组分、微含或不含重组分。通过分析认为：轮南低隆凝析气藏的形成有两个阶段，第一阶段为海西晚期—印支期，第二阶段为喜山晚期。前者是在低压条件下，石油直接蒸发变为凝析气，后者是在异常高压条件下，石油溶解在压缩气中形成次生凝析气藏。轮台断隆凝析气藏是在下第三系沉积前后形成了现今构造格局，来自北面库车坳陷烃源岩排出的油气向南面隆起带上运移、聚集而形成现今的油气藏。

关键词：塔里木盆地凝析油气田类型气藏形成油气运移

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A New Fast Edge Detection Algorithm Based on NAM-structured Plane Decomposition

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Geo-Spatial Information Science 2009年第4期12卷 281-288页

作者： WU Xueli CHEN chuanbo SAREM Mudar huang Wei School of Computer Science and Technology Huazhong University of Science and Technology 1037 Luoyu Road Wuhan 430074 China

The nonsymmetry and antipacking pattern representation model （NAM）, inspired by the concept of the packing problem, uses a set of subpatterns to represent an original pattern. The NAM is a promising method for image representation because of its ability to focus on the interesting subsets of an image. In this paper, we develop a new method for gray-scale image representation based on NAM, called NAM-structured plane decomposition （NAMPD）, in which each subpattern is associated with a rectangular region in the image. The luminance function of pixels in this region is approximated by an oblique plane model. Then, we propose a new and fast edge detection algorithm based on NAMPD. The theoretical analyses and experimental results presented in this paper show that the edge detection algorithm using NAMPD performs faster than the classical ones because it permits the execution of operations on subpatterns instead of pixels.

关键词： nonsymmetry and antipacking pattern representation model (NAM) packing problem image processing edge detection

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结合视觉感知与LBP傅里叶直方图的图像检索

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计算机辅助设计与图形学学报 2011年第3期23卷 406-412页

作者：黄传波金忠南京理工大学计算机科学与技术学院南京210094

为了有效地提取图像特征以提高图像检索性能,借鉴生物视觉信息处理过程中的提取图像特征,提出一种结合视觉感知与局部二值模式(LBP)傅里叶直方图的图像检索算法.首先根据视觉感知特点,用主分量图作为亮度初级视觉特征,将形状边缘信息融... 详细信息

为了有效地提取图像特征以提高图像检索性能,借鉴生物视觉信息处理过程中的提取图像特征,提出一种结合视觉感知与局部二值模式(LBP)傅里叶直方图的图像检索算法.首先根据视觉感知特点,用主分量图作为亮度初级视觉特征,将形状边缘信息融入视觉注意模型,获得改进的Itti视觉注意模型,并基于该改进视觉注意模型得到50个视觉特征图;然后计算每个特征图的LBP傅里叶直方图特征,并将其结合在一起作为图像特征;最后利用局部保持投影(LPP)进行维数约简,获取低维特征用于图像检索.实验结果表明,该算法具有颜色、纹理及形状鉴别能力,能获得较好的检索效果.

关键词：图像检索视觉注意视觉特征图局部二值模式傅里叶直方图

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应用视觉注意多分辨率分析的图像检索

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中国图象图形学报 2011年第9期16卷 1656-1663页

作者：黄传波金忠南京理工大学计算机科学与技术学院南京210094

基于人类视觉感知理论,提出一个改进的Itti视觉注意模型用于图像检索。该改进视觉注意模型是在充分考虑纹理特征与视觉感知关系的基础上,构造一个粗糙度图,用作视觉注意模型的一个初级视觉特征。首先通过该改进视觉注意模型得到50个视... 详细信息

基于人类视觉感知理论,提出一个改进的Itti视觉注意模型用于图像检索。该改进视觉注意模型是在充分考虑纹理特征与视觉感知关系的基础上,构造一个粗糙度图,用作视觉注意模型的一个初级视觉特征。首先通过该改进视觉注意模型得到50个视觉特征图;然后分别对每个视觉特征图采用局部二值模式傅里叶直方图(LBPHF)方法抽取其分布信息,从而获得每幅图像的高维特征;最后利用局部保持投影(LPP)方法进行维数约简,以获取具有图像间局部几何和鉴别信息的低维特征用于图像检索。实验结果表明,该算法能获得较好的检索效果。

关键词：图像检索视觉注意模型视觉特征图 LBP—HF算子

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基于半监督线性近邻传递的相关反馈方法

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信息与控制 2011年第3期40卷 289-295页

作者：黄传波金忠南京理工大学计算机科学与技术学院江苏南京210094

提出了一种半监督线性近邻传递的相关反馈方法FSLNP(feedback semi-supervised linear neighborhood propagation).该算法不仅能够保持正、负例约束信息,而且能够保持图的局部以及全局相关性结构信息.采用相关反馈的有标签和未知标签图... 详细信息

提出了一种半监督线性近邻传递的相关反馈方法FSLNP(feedback semi-supervised linear neighborhood propagation).该算法不仅能够保持正、负例约束信息,而且能够保持图的局部以及全局相关性结构信息.采用相关反馈的有标签和未知标签图像点,找到比较好的表示图像相关性的一个图结构,来揭示图像点的语义间结构关系.实验结果表明:该算法可以提高检索的准确度,而且在经过长期学习后可以获得一个优化相关性的图结构.

关键词：相关反馈半监督学习图像检索线性近邻传递

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基于质量度量与颜色校正的多曝光图像融合算法

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电子测量与仪器学报 2019年第1期31卷 90-98页

作者：杜永生黄传波济宁学院计算机科学系济宁273155 西南科技大学国防科技学院绵阳621010

针对当前多曝光图像融合过程的图像质量属性选择不当,易导致颜色失真与丢失细节等问题,设计了一种质量度量耦合颜色校正的多曝光图像融合算法。首先,选择3种最显著的图像质量属性(对比度、饱和度和亮度)作为度量方式;然后,利用线性组合... 详细信息

针对当前多曝光图像融合过程的图像质量属性选择不当,易导致颜色失真与丢失细节等问题,设计了一种质量度量耦合颜色校正的多曝光图像融合算法。首先,选择3种最显著的图像质量属性(对比度、饱和度和亮度)作为度量方式;然后,利用线性组合将得到的3种质量属性进行成加权组合,并采用幂函数来控制每个属性的影响,将较低的权重值赋予曝光不足和曝光过度的像素,消除具有视觉效果不佳的像素,从而有效保留正常的曝光像素及其明亮的颜色与细节;随后,将不同曝光图像加权组合的特征进行Laplacian金字塔分解,经过归一化权重映射后,对其进行不同系数的多分尺度融合,完成多曝光图像融合。为了避免颜色失真与细节丢失,采用基于局部饱和度的颜色校正方法来改善图像质量。实验数据表明,与当前多曝光图像融合方案相比,所提算法具有更高的融合视觉质量,可以更好地保持图像细节和校正曝光融合图像的颜色。

关键词：多曝光图像融合质量度量颜色校正图像质量指数局部饱和度归一化权重映射

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Protective effect of Zhizi huangqi Shanzha formula(栀子黄芪山楂方) on aflatoxin poisoning in mice and its effect on intestinal flora

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Journal of Traditional Chinese Medicine 2024年第5期44卷 926-933页

作者： SUN chuanbo XU Guangpei JIANG Ping huang Shipping CHEN Cunwu HE Yanfei College of Biotechnology and Pharmaceutical Engineering West Anhui University

OBJECTIVE: To evaluate the protective effect of Zhizi huangqi Shanzha formula(栀子黄芪山楂方, ZHSF) on aflatoxin-induced liver injury. METHODS: The protective effect of ZHSF on the aflatoxin-induced liver injury was evaluated by histological observation, blood cell analysis, evaluation of liver function and immunity, and gut microbiota analysis. RESULTS: ZHSF can significantly up-regulate the percentage of lymphocytes and eosinophils in the blood of Aflatoxin B1-intoxicated mice, down-regulate the levels of serum aspartate aminotransferase, alanine aminotransferase, and malondialdehyde, and recover the liver tissue structure. Aflatoxin poisoning induces a variation of the intestinal flora of mice, and ZHSF may recover the variation of intestinal flora induced by Aflatoxin B1. Cluster analysis showed that the intestinal flora of mice in the intervention group was more similar to that of the control group. Correlation analysis showed that Lachnospiraceae, Desulfovibrio, and Lactobacillus may be the key flora for the pharmacological effects of ZHSF. CONCLUSIONS: ZHSF may protect against aflatoxininduced liver damage, improve immunity, and inhibit oxidative stress by regulating the composition and relative abundance of intestinal flora, which makes it a promising liver-protective candidate drug.

关键词： Zhizi huangqi Shanzha formula aflatoxicosis gastrointestinal microbiome liver injury mice protective effect

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基于学习分类器的多机器人路径规划收敛性研究

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计算机研究与发展 2010年第5期47卷 948-955页

作者：邵杰杨静宇万鸣华黄传波南京理工大学计算机学院南京210094

近年来,学习分类器LCS已广泛用于基于归纳学习的强化学习领域,但很少用于多机器人领域.提出了一种基于集成强化学习和遗传算法的学习分类器用于多机器人路径规划领域.由于遗传算法具有早熟收敛、局部最优解和占据较大的存储空间等缺陷,... 详细信息

近年来,学习分类器LCS已广泛用于基于归纳学习的强化学习领域,但很少用于多机器人领域.提出了一种基于集成强化学习和遗传算法的学习分类器用于多机器人路径规划领域.由于遗传算法具有早熟收敛、局部最优解和占据较大的存储空间等缺陷,针对静态和动态环境因素对多机器人路径规划的不同影响,设计了在静态和动态环境下不同的适应度函数,在理论上推导并证明了信用分配算法的收敛性,为路径规划算法的收敛提供了理论保证.仿真实验结果也表明遗传算法和学习分类器结合用于多机器人的路径规划是有效的,遗传算法的早熟收敛、局部最优解、占据存储空间较大和收敛速度慢等难题得到很大改善,提高了多机器人发现安全路径的能力.所以LCS在机器人领域的应用前景是非常广阔的,是今后需要努力研究的方向.

关键词：路径规划多机器人学习分类器收敛性适应度函数

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