检索结果-南通市图书馆

Predicting enhancer-promoter interaction from genomic sequence with deep neural networks

Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2019年第2期7卷 122-137页

作者： Shashank Singh Yang Yang barnabas poczos Jian Ma Machine Learning Department School of Computer ScienceCarnegie Mellon UniversityPittsburghPA 15213USA Computational Biology Department School of Computer ScienceCarnegie Mellon UniversityPittsburghPA 15213USA

Background:In the human genome,distal enhancers are involved in regulating target genes through proximal promoters by forming enhancer-promoter *** recently developed high-throughput experimental approaches have allowed us to recognize potential enhancer-promoter interactions genome-wide,it is still largely unclear to what extent the sequence-level information encoded in our genome help guide such ***:Here we report a new computational method (named "SPEID") using deep learning models to predict enhancer-promoter interactions based on sequence-based features only,when the locations of putative enhancers and promoters in a particular cell type are ***:Our results across six different cell types demonstrate that SPEID is effective in predicting enhancerpromoter interactions as compared to state-of-the-art methods that only use information from a single cell *** a proof-of-principle,we also applied SPEID to identify somatic non-coding mutations in melanoma samples that may have reduced enhancer-promoter interactions in tumor ***^ This work demonstrates that deep learning models can help reveal that sequence-based features alone are sufficient to reliably predict enhancer-promoter interactions genome-wide.

关键词： chromatin interaction enhancer-promoter interaction deep neural network

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：