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Structure-Based Prediction of Transcription Factor Binding Sites

Tsinghua Science and Technology 2014年第6期19卷 568-577页

作者： Jun-tao Guo Shane Lofgren alvin farrel Department of Bioinformatics and Genomics University of North Carolina at Charlotte Charlotte NC 28223 USA

Transcription Factors（TFs） are a very diverse family of DNA-binding proteins that play essential roles in the regulation of gene expression through binding to specific DNA sequences. They are considered as one of the prime drug targets since mutations and aberrant TF-DNA interactions are implicated in many *** of TF-binding sites on a genomic scale represents a critical step in delineating transcription regulatory networks and remains a major goal in genomic annotations. Recent development of experimental high-throughput technologies has provided valuable information about TF-binding sites at genome scale under various physiological and developmental conditions. Computational approaches can provide a cost-effective alternative and complement the experimental methods by using the vast quantities of available sequence or structural information. In this review we focus on structure-based prediction of transcription factor binding sites. In addition to its potential in genomescale predictions, structure-based approaches can help us better understand the TF-DNA interaction mechanisms and the evolution of transcription factors and their target binding sites. The success of structure-based methods also bears a translational impact on targeted drug design in medicine and biotechnology.

关键词： transcription factor binding site structure-based predictions knowledge-based potential physics-based potential

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