检索结果-南通市图书馆

simplifyEnrichment:A Bioconductor Package for Clustering and Visualizing Functional Enrichment Results

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2023年第1期21卷 190-202页

作者： Zuguang Gu Daniel Hübschmann Molecular Precision Oncology Program National Center for Tumor Diseases(NCT)HeidelbergD-69120 HeidelbergGermany Heidelberg Institute of Stem Cell Technology and Experimental Medicine(HI-STEM) D-69120 HeidelbergGermany German Cancer Consortium(DKTK) D-69120 HeidelbergGermany Department of Pediatric Immunology Hematology and OncologyUniversity Hospital HeidelbergD-69120 HeidelbergGermany

Functional enrichment analysis or gene set enrichment analysis is a basic bioinformatics method that evaluates the biological importance of a list of genes of interest.However,it may produce a long list of significant terms with highly redundant information that is difficult to summarize.Current tools to simplify enrichment results by clustering them into groups either still produce redundancy between clusters or do not retain consistent term similarities within clusters.We propose a new method named binary cut for clustering similarity matrices of functional terms.Through comprehensive benchmarks on both simulated and real-world datasets,we demonstrated that binary cut could efficiently cluster functional terms into groups where terms showed consistent similarities within groups and were mutually exclusive between groups.We compared binary cut clustering on the similarity matrices obtained from different similarity measures and found that semantic similarity worked well with binary cut,while similarity matrices based on gene overlap showed less consistent patterns.We implemented the binary cut algorithm in the R package simplifyEnrichment,which additionally provides functionalities for visualizing,summarizing,and comparing the clustering.The simplifyEnrichment package and the documentation are available at https://***/packages/simplifyEnrichment/.

关键词： Functional enrichment Simplify enrichment Clustering R/Bioconductor Software Visualization

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高新技术产业开发区居民出行规律浅析

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城市道桥与防洪 2006年第5期 33-34,43页

作者：谷军潘祖光中国市政工程西南设计研究院四川成都610081 贵阳金阳新区建设开发有限公司贵州贵阳550081

高新区内居民小区的交通出行是高新区交通出行的一部分,通过对调查数据的整理分析,选取恰当的高峰小时系数,算出小区单位住户平均一天的出行生成次数,了解和分析高新区居民小区的交通出行,为高新区内的路网规划建设提供参考。

关键词：高新区路网规划交通出行特征

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中药常山、蜀漆古今文献考证

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中国药物警戒 2024年第5期21卷 587-593,600页

作者：胡晓祯马丽娜何婷顾媛媛赵薇郑长辉叶祖光曹俊岭北京中医药大学中药学院北京100029 北京中医药大学东方医院药学部北京100078 中国中医科学院中药研究所北京100700 北京中医药大学东直门医院北京100700

目的探究常山、蜀漆的基原、产地、性味归经、功效、毒性特点,以期为常山、蜀漆的研究与合理应用提供参考。方法以第5版中华医典数据库、读秀数据库、中医智库在线古籍数据库为检索范围,考证常山、蜀漆的基原、产地、性味归经、功效、毒... 详细信息

目的探究常山、蜀漆的基原、产地、性味归经、功效、毒性特点,以期为常山、蜀漆的研究与合理应用提供参考。方法以第5版中华医典数据库、读秀数据库、中医智库在线古籍数据库为检索范围,考证常山、蜀漆的基原、产地、性味归经、功效、毒性,同时结合现代文献研究进行分析。结果发现常山、蜀漆别名较多,分布广泛,喜阴凉湿润环境,以四川产量最大,质量最优。常山的性味与归经在历代古籍中未发现明显变化,但蜀漆性味记载存在分歧,且归经论述较少,未得统一。古籍载常山、蜀漆功效多为截疟、涌吐,现代药理研究发现两者还具有抗球虫、抗肿瘤、解热、降压、抗流感病毒等药理作用。但因两者均存在一定毒性,为保证安全用药,传统多通过炮制及配伍进行减毒存效,现代多从其活性成分本身的结构修饰及致毒机理实现减毒增效。结论古今文献梳理发现常山及蜀漆,除截疟外还具有抗肿瘤等多种药理活性,研发前景良好,但囿于其存在一定的毒性,制约了其临床应用,传统临床多通过炮制、配伍减毒存效,现代学者尝试通过结构修饰和改变给药途径减毒增效,为其减毒增效提供了新的思路和方向。

关键词：常山蜀漆基原产地性味功效主治毒性减毒抗肿瘤

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