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Multi-omics approaches identify SF3B3 and SIRT3 as candidate autophagic regulators and druggable targets in invasive breast carcinoma

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Acta Pharmaceutica Sinica B 2021年第5期11卷 1227-1245页

作者： Shouyue Zhang Jin Zhang Yang An Xiaoxi Zeng ziyi qin Yuqian Zhao Heng Xu Bo Liu State Key Laboratory of Biotherapy and Cancer Center West China HospitalSichuan UniversityChengdu 610041China Department of Laboratory Medicine State Key Laboratory of BiotherapyWest China HospitalSichuan UniversityChengdu 610041China Department of Plastic Surgery Peking University Third HospitalBeijing 100191China Division of Plastic Surgery Brigham and Women's HospitalHarvard Medical SchoolBostonMA 02115USA West China Biomedical Big Data Center West China HospitalSichuan UniversityChengdu 610041China School of Pharmaceutical Sciences Health Science CenterShenzhen UniversityShenzhen 518060China

Autophagy is a critical cellular homeostatic mechanism,and its dysfunction is linked to invasive breast carcinoma(BRCA).Recently,several omics methods have been applied to explore autophagic regulators in BRCA;however,more reliable and robust approaches for identifying crucial regulators and druggable targets remain to be ***,we report here the results of multi-omics approaches to identify potential autophagic regulators in BRCA,including gene expression(EXP),DNA methylation(MET)and copy number alterations(CNAs)from The Cancer Genome Atlas(TCGA).Newly identified candidate genes,such as SF3 B3,TRAPPC10,SIRT3,MTERFD1,and FBXO5,were confirmed to be involved in the positive or negative regulation of autophagy in ***3 B3 was identified firstly as a negative autophagic regulator,and siRNA/shRNA-SF3 B3 were shown to induce autophagyassociated cell death in in vitro and in vivo breast cancer ***,a novel small-molecule activator of SIRT3,1-methylbenzylamino amiodarone,was discovered to induce autophagy in vitro and in ***,these results provide multi-omics approaches to identify some key candidate autophagic regulators,such as the negative regulator SF3 B3 and positive regulator SIRT3 in BRCA,and highlight SF3 B3 and SIRT3 as new druggable targets that could be used to fill the gap between autophagy and cancer drug development.

关键词： Invasive breast carcinoma Multi-omics approach SIRT3 SF3B3 Autophagic regulator Anti-proliferation Migration Druggable target

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The chromosome-level genome of double-petal phenotype jasmine provides insights into the biosynthesis of floral scent

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Horticultural Plant Journal 2024年第1期10卷 259-272页

作者： Xiangyu Qi Huadi Wang Shuyun Liu Shuangshuang Chen Jing Feng Huijie Chen ziyi qin Quanming Chen Ikram Blilou Yanming Deng Jiangsu Key Laboratory for Horticultural Crop Genetic Improvement Institute of Leisure AgricultureJiangsu Academy of Agricultural SciencesNanjingJiangsu 210014China School of Life Sciences Jiangsu UniversityZhenjiangJiangsu 212013China College of Horticulture Nanjing Agricultural UniversityNanjingJiangsu 210014China Shanghai Personal Biotechnology Company Limited Shanghai 200231China Biological and Environmental Sciences and Engineering King Abdullah University of Science and TechnologyThuwal 23955-6900Saudi Arabia

Jasmine(Jasminum sambac Aiton)is a well-known cultivated plant species for its fragrant flowers used in the perfume industry and ***,the genetic basis of its floral scent is largely *** this study,using PacBio,Illumina,10×Genomics and highthroughput chromosome conformation capture(Hi-C)sequencing technologies,a high-quality chromosome-level reference genome for *** was obtained,exploiting a double-petal phenotype cultivar‘Shuangbanmoli’(JSSB).The results showed that the final assembled genome of JSSB is 580.33 Mb in size(contig N50=1.05 Mb;scaffold N50=45.07 Mb)with a total of 39618 predicted protein-coding *** analyses revealed that the JSSB genome has undergone an ancient whole-genome duplication(WGD)event at 91.68 million years ago(Mya).It was estimated that *** diverged from the lineage leading to Olea europaea and Osmanthus fragrans about 28.8 *** the basis of a combination of genomic,transcriptomic and metabolomic analyses,a range of floral scent volatiles and genes were identified involved in the benzenoid/phenylpropanoid and terpenoid biosynthesis *** results provide new insights into the molecular mechanism of its fragrance biosynthesis in jasmine.

关键词： Jasminum sambac Aiton Oleaceae Genome evolution Floral scent Terpene synthase

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相变材料的过冷现象及其抑制方法的研究进展

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材料导报 2019年第21期33卷 3613-3619页

作者：张正飞秦紫依李勇王毅兰州理工大学石油化工学院兰州730050 兰州理工大学省部共建有色金属先进加工与再利用国家重点实验室兰州730050

过冷是材料液-固相变过程中为提供离子扩散、晶体生长及晶面扩大所需能量而产生的一种亚稳态。过冷是结晶过程的推动力,但大的过冷度导致相变材料结晶温度降低、结晶时间延迟,使得储存的潜热不能及时释放,储-放热温度不匹配,降低了热能... 详细信息

过冷是材料液-固相变过程中为提供离子扩散、晶体生长及晶面扩大所需能量而产生的一种亚稳态。过冷是结晶过程的推动力,但大的过冷度导致相变材料结晶温度降低、结晶时间延迟,使得储存的潜热不能及时释放,储-放热温度不匹配,降低了热能利用效率。过冷度大已成为限制相变储热技术规模化应用的重要影响因素之一。大量实验结果表明:过冷现象与熔体晶核的生成与长大速率、环境温度、接触面的粗糙程度、熔体温度等因素有关,但其产生的内在机制尚不明确,影响规律和调控手段仍需借助实验探索。目前,主要采用外加添加剂或在胶囊化、流体化过程中加入添加剂的添加晶种法,以及通过搅拌、超声振荡和鼓泡等外部刺激的动力学成核法诱发过冷液体结晶。利用外加成核剂、纳米颗粒以及部分未熔化母相晶体作为晶核诱发非均匀成核是抑制过冷现象最常用、最有效的方法。为提高添加剂的分散性和抑制水合无机盐类相变材料的相分离现象,在添加成核剂的同时往往需要加入一定量的增稠剂,但成核剂和增稠剂的添加量需要优化。胶囊化可以改变相变材料的结晶特性,目前的研究一致认为在胶囊化前添加成核剂有利于改善相变材料的过冷度。动力学成核常采用的方法是超声振荡法,其通过空化作用使晶体持续破碎并与熔体混合而提高晶核的分散性和加速结晶过程。在超声的同时添加纳米颗粒也有利于抑制过冷度。本文简述了过冷现象和典型的过冷曲线,分析了影响过冷度的因素,并着重介绍了外加添加剂法、胶囊化法、功能流体法和超声振荡法等抑制过冷度的方法。

关键词：相变材料过冷度成核理论过冷度抑制胶囊化法功能流体法添加剂超声振荡

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柞树的历史文化价值及多元化利用

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蚕业科学 2024年第1期50卷 66-72页

作者：王勇秦子怡姜义仁秦利沈阳农业大学生物科学技术学院沈阳农业大学柞蚕研究所沈阳110866

柞树是我国第一大天然林树种,也是我国生态系统的建群树种,但长期以来不为人们所重视,导致柞树资源利用率不高。本文依据柞树化石及古代遗存等,阐述柞树是我国古代重要的森林植被及先民重要的食物来源,在推动人类社会文明进步中发挥了... 详细信息

柞树是我国第一大天然林树种,也是我国生态系统的建群树种,但长期以来不为人们所重视,导致柞树资源利用率不高。本文依据柞树化石及古代遗存等,阐述柞树是我国古代重要的森林植被及先民重要的食物来源,在推动人类社会文明进步中发挥了重要作用;结合柞树多元化利用价值和文化价值等论述了柞树种植和培育对生态文明建设及经济社会发展方面的重要意义,旨在提高全社会对柞树价值的重新认识和高度重视,促进我国柞树资源的创新利用,发挥柞树在经济社会发展中的作用。

关键词：柞树历史及文化价值多元化利用

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基于主成分分析的硝普钠处理对采后荔枝活性氧代谢的影响

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食品科学 2022年第9期43卷 192-198页

作者：谢晶覃子倚潘家丽李静董新红桂林理工大学化学与生物工程学院广西桂林541004

为探究外源NO处理对荔枝采后活性氧代谢及生理品质的影响,本实验以不同浓度(10、50、100μmol/L)硝普钠对采后荔枝进行浸泡处理,以清水处理为对照组,在4℃下定期测定荔枝的生理指标的变化,并进行相关性分析与主成分分析。结果表明:硝普... 详细信息

为探究外源NO处理对荔枝采后活性氧代谢及生理品质的影响,本实验以不同浓度(10、50、100μmol/L)硝普钠对采后荔枝进行浸泡处理,以清水处理为对照组,在4℃下定期测定荔枝的生理指标的变化,并进行相关性分析与主成分分析。结果表明:硝普钠处理能明显降低荔枝果实的质量损失率,抑制过氧化氢和超氧阴离子自由基等活性氧的产生和积累,减少膜脂过氧化产物丙二醛的产生和降低细胞膜透性,提高抗氧化酶如超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活力,延缓荔枝的衰老和褐变;10μmol/L硝普钠处理能明显延缓荔枝褐变指数上升和降低果实细胞膜透性,而100μmol/L处理组在贮藏中后期能更有效地降低果实质量损失率和提高SOD活力;主成分分析和品质综合评价结果表明,影响荔枝采后品质的关键指标为褐变指数、细胞膜透性、质量损失率和SOD活力,且100μmol/L硝普钠处理的果实在贮藏后期(6 d后)的综合得分更高,贮藏品质最佳,表明硝普钠处理可以有效通过调节活性氧代谢延缓荔枝衰老褐变,延长其保质期。

关键词：荔枝硝普钠生理品质主成分分析

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扬州“非遗”文创产品的消费者数字化行为影响因素研究

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艺术科技 2023年第17期36卷 20-22,74页

作者：秦紫仪扬州大学新闻与传媒学院江苏扬州225009

扬州作为“世界美食之都”“世界运河之都”,艺术文化多姿多彩,拥有丰富的非物质文化遗产,非物质文化遗产与文化创意产业融合形成了“非遗”文创产品。随着数字技术的迅猛发展,消费者的消费行为也日渐呈现出数字化倾向,这也推动着我国... 详细信息

扬州作为“世界美食之都”“世界运河之都”,艺术文化多姿多彩,拥有丰富的非物质文化遗产,非物质文化遗产与文化创意产业融合形成了“非遗”文创产品。随着数字技术的迅猛发展,消费者的消费行为也日渐呈现出数字化倾向,这也推动着我国经济发展模式的数字化转型。当下,对扬州“非遗”文创产品的调查研究主要集中在文创产品本身的设计与开发策略研究上,但是对“非遗”文创产品的研究不仅要考虑产品设计,更要从消费者的角度出发,考虑消费者的数字化行为,进一步激发“非遗”的活力。扬州“非遗”文创产品目前存在一些问题,如传播能力偏弱、宣传不足、线上销量少等。解决这些问题需要研究消费者的文化认同、扬州“非遗”文创的宣传情况及销售情况等因素,从而提出扬州“非遗”文创产品发展方向和策略,如营销层面,为解决“非遗”文创产品同质化严重等问题进行品牌差异化塑造,树立品牌观念并注重跨界创新,以及发展线下体验、线上销售的营销新模式;体验层面,利用数字技术,打造数字化体验,创新场景体验,发展体验经济。文章研究扬州“非遗”文创产品消费者数字化行为的影响因素,以期提高扬州“非遗”文创产品的市场竞争力与文化影响力,让“非遗”文创产品真正融入人们的生活。

关键词：扬州非物质文化遗产文创产品消费者数字化行为

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补体系统在肿瘤免疫中的双重作用

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中国免疫学杂志 2022年第14期38卷 1777-1782页

作者：秦子一唐文如谢晓丽(指导) 昆明理工大学衰老与肿瘤分子遗传实验室昆明650500

补体系统是先天免疫系统的重要组成部分,连接先天免疫和适应性免疫。最近研究表明补体在肿瘤微环境中起主要作用。本综述讨论补体系统在调节癌症免疫力方面的双重作用,及其在癌症患者新疗法设计中的潜在应用方面的最新进展。

关键词：补体系统肿瘤免疫肿瘤微环境

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绣球属植物组织培养研究进展

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江苏农业科学 2021年第19期49卷 45-50页

作者：秦紫艺陈双双王华娣邓衍明南京农业大学园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014

绣球属植物是园林和家庭园艺中重要的观赏植物,具有较高的生态和经济价值,开发应用前景广阔。开展绣球属植物繁育技术研究对其资源开发、保护与应用具有重要意义。与传统扦插、压条、分株等育苗技术相比,组织培养技术能够满足种苗周年... 详细信息

绣球属植物是园林和家庭园艺中重要的观赏植物,具有较高的生态和经济价值,开发应用前景广阔。开展绣球属植物繁育技术研究对其资源开发、保护与应用具有重要意义。与传统扦插、压条、分株等育苗技术相比,组织培养技术能够满足种苗周年、批量生产的要求,可有力地促进绣球属植物的产业化开发与利用。对国内外绣球属植物的组织培养技术进行了综述,包括外植体材料的选择、外植体的消毒方法、植物生长调节剂的影响、培养条件等,旨在通过总结前人经验和方法,为建立更多绣球属优良植物资源的高效再生体系和遗传转化体系提供参考。

关键词：绣球属组织培养再生研究进展

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鼠尾藻生殖托不同生长阶段的附生细菌多样性研究

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2024年第6期54卷 98-107页

作者：秦子懿陈军臧宇杨智博唐学玺中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 自然资源部第一海洋研究所山东青岛266061

为探明雌雄异株大型海藻——鼠尾藻(Sargassum thunbergii)生殖组织附生细菌群落结构是否随生殖组织的生长而发生相应变化,本研究通过高通量测序技术对鼠尾藻生殖托不同生长时期的附生细菌群落进行了分析。结果显示:变形菌门(Proteobact... 详细信息

为探明雌雄异株大型海藻——鼠尾藻(Sargassum thunbergii)生殖组织附生细菌群落结构是否随生殖组织的生长而发生相应变化,本研究通过高通量测序技术对鼠尾藻生殖托不同生长时期的附生细菌群落进行了分析。结果显示:变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是其核心菌门,与其他大型海藻附生细菌的组成类似;α多样性分析显示鼠尾藻生殖托生长初期阶段的附生细菌群落均匀程度更高;β多样性分析显示鼠尾藻生殖托附生细菌群落在不同生长阶段存在显著差异,且性别可能是影响鼠尾藻生殖托附生细菌群落结构组成的一个重要因素;线性判别分析效应量(Line discriminant analysis effect size, LEfSe)软件分析显示,鼠尾藻生殖托在生长初期、生长中期以及成熟期的附生微生物中分别包含11、15和4个可能与自身发育相关的生物标志物。本研究初步揭示了鼠尾藻生殖托附生细菌的多样性和复杂性,为今后精细刻画鼠尾藻藻体与其附生微生物之间相关作用的网络提供了基础数据,也为鼠尾藻的保护和利用提供了新的见解。

关键词：雌雄异株大型海藻鼠尾藻生殖托附生细菌 16S rRNA

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基于稳定水同位素和原状土柱的贡嘎山原始森林暴雨入渗过程

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水土保持学报 2023年第1期37卷 211-219页

作者：叶鑫黄美玉秦子怡朱婉婷谢莲赵鹏四川农业大学林学院长江上游森林资源保育与生态安全国家林业和草原局重点实验室水土保持与荒漠化防治省高校重点实验室成都611130 中国科学院地理科学与资源研究所陆地水循环及地表过程院重点实验室北京100101 中国科学院大学资源与环境学院北京100049

在贡嘎山原始森林不同土壤质地的样地采集制备原状土柱,监测并分析2020年夏季2场暴雨期间入渗出流过程及出流水稳定同位素(δ^(18) O)变化特征。结果表明:(1)海拔2649 m的富含砾石的粉壤土样地A在8月6日和8月11日次降雨后平均总出流量(... 详细信息

在贡嘎山原始森林不同土壤质地的样地采集制备原状土柱,监测并分析2020年夏季2场暴雨期间入渗出流过程及出流水稳定同位素(δ^(18) O)变化特征。结果表明:(1)海拔2649 m的富含砾石的粉壤土样地A在8月6日和8月11日次降雨后平均总出流量(分别为4.14,14.61 L)比海拔3000 m的粉壤土样地B(1.45,11.99 L)大。样地A的出流过程对降雨的响应也更敏感。(2)出流水的同位素变化幅度小于降雨同位素变化幅度,入渗过程中新旧水混合强烈。(3)2个样地出流水来源和运移路径的变化模式存在明显差异。样地A在初始降雨峰值时体现出极高的降雨贡献和快速触发的优先流路径,出流消退中逐步体现活塞流特征;样地B在相对缓慢的入渗过程中以活塞流为主导,新旧水交换程度更高。因此,较高的有机质和砾石含量以及较大雨强有利于优先流产生,优先流和活塞流的产生转变过程对于降雨强度变化有着快速响应,这对于流域的含水层补给和溶质运移等过程可能产生进一步影响。

关键词：暴雨入渗稳定同位素原始森林原状土柱

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